Sára je zatčena za vraždu Christiny Scofieldové a okamžitě odvedena do vězení. Michael vymýšlí plán, jak svou ženu dostat z vězení.
Im Eilverfahren wird Sara ins Hochsicherheitsgefängnis von Miami verfrachtet, wo ihr von allen Seiten Gefahr droht. Die Wächter wissen, dass sie es war, die Michael Freiheit verhalf, weil sie eine Tür unverschlossen liess – was Teile des Wachpersonals den Job kostete. Sie erteilen Sara eine schmerzhafte Lektion. Später macht der Neuling die Bekanntschaft der Rädelsführerin namens „Daddy“, die Sara Schutz anbietet – jedoch zu unwürdigen Bedingungen.
Michael and Sara's newfound happiness is short-lived, as Sara soon finds herself in prison, and Michael must break her out before a vengeful Krantz has her killed.
Michael e Sara, accompagnati da Lincoln e Sucre, si sposano in riva al mare. Non passa molto tempo che proprio durante i festeggiamenti arriva la polizia che arresta Sara per l'omicidio di Christina. Dopo Lincoln a Fox River e Michael a Sona, anche Sara finisce dietro le sbarre. Qui incontra Gretchen, ripresasi dalla sparatoria che l'aveva messa in fin di vita e quindi in condizione di essere arrestata. A capo dell'ala femminile c'è una detenuta molto temuta che si fa chiamare Daddy ed è conosciuta per aver creato una "famiglia" all'interno del carcere. Nell'altra ala, quella maschile, il Generale e T-Bag risiedono fianco a fianco in modo del tutto pacifico; Il primo, dopo essere venuto a conoscenza dell'arresto di Sara, fa mettere una taglia sulla donna e T-Bag vorrebbe entrare nell'operazione. A difesa di Sara, Kellerman invia un avvocato di sua fiducia, ma le prove contro la donna sono inattaccabili. Sara viene riconosciuta da alcune guardie che, per vendicarsi degli agenti del Fox River, la picchiano. La direttrice del carcere, vista la fama di Michael, tiene Sara come osservata speciale e monitora ogni sua mossa. Michael, Lincoln e Sucre si mettono al lavoro per cercare di far evadere Sara ed invia i due compagni a perlustrare i confini del carcere. Ad aiutarli arriva anche Alex, dopo un colloquio all'FBI, con Richard Sullins e Felicia Lang. Nel frattempo, l'agente Wheatley viene nominato per seguire tutta la vicenda ed Alex è di nuovo messo in mezzo dovendo scegliere se aiutare Michael o tradirlo per riavere in cambio il suo vecchio lavoro. Dopo qualche perplessità Alex sembra scegliere la seconda opzione, informando di volta in volta l'agente Wheatley su tutte le mosse ed i piani di Michael. Sara, dopo essere scampata ad un tentativo di avvelenamento di Gretchen ed aver scoperto che non potrà tenere il bambino una volta partorito, decide di entrare nella famiglia di Daddy; Il costo per la protezione è una marchiatura a fuoco di un simbolo sulla spalla.
Michael och Saras nyfunna lycka är kortlivad då Sara hamnar i fängelse och Michael måste hjälpa henne att rymma innan en hämndlysten Krantz dödar henne.
Η ευτυχία του Μάικλ και της Σάρα είναι μικρής διάρκειας, καθώς η Σάρα σύντομα καταλήγει στη φυλακή και ο Μάικλ πρέπει να την ελευθερώσει πριν την σκοτώσει ο αδίστακτος Κραντζ.
После снятия всех обвинений, друзья начинают налаживать быт, а Майкл делает Саре предложение, однако посреди посвящённого бракосочетанию праздника полиция арестовывает Танкреди по обвинению в убийстве Кристины. В совмещённом с тюрьмой изоляторе, весть о заключении пособницы недавнего побега мгновенно распространяется и достигает генерала, видящего в случившемся отличную возможность отомстить Скофилду. Тем временем сам Майкл, не веря в систему правосудия, решается на единственно верный и не раз оправдывавший себя способ освободить любимую, в то время как его планам начинает мешать прозорливый агент ФБР.
En el primero, titulado 'Los viejos grilletes', se presenta a un equipo feliz ante su recién estrenada libertad. Michael incluso se decide a contraer matrimonio con Sara, pero la detención y posterior internamiento de su esposa en una prisión, acusada de matar a la madre de Scofield truncarán de nuevo su vida.
Quand le général Krantz, ancien chef de l'organisation défaite appelée Le Cartel est en prison avec T-Bag, et apprend que Sara Tancredi se retrouve derrière les barreaux, elle-aussi, pour meurtre, il saute sur l'occasion et projette de la tuer. Emprisonnée, elle est enceinte, et inquiète pour son bébé… Michael Scofield tentera de sauver Sara dans cette ultime trame qui conclut la série. Pour ce faire, il se fait aider par ses anciens complices et amis : Lincoln Burrows, Fernando Sucre et Alexander Mahone.
