田舎町ポンポ・ヒルズで暮らす少年・セト。大魔法使いを目指して日々特訓に励むも失敗ばかり…。大切な家畜を逃がしてしまい、住民を怒らせるばかりか、育ての親・アルマからも叱られてしまう。そんなある日、空から怪物・ネメシスの卵が降ってきた。ネメシスを倒せるのは魔法使いだけ。町の人たちを守るため、セトは不在のアルマに代わり、ネメシスと戦うことを決意。しかし、想像を超えるネメシスの強さに、セトは歯が立たず…。
突如現れた魔法使い４人組“ブレイブ・カルテット”。アルマ以外の魔法使いを初めて見たセトは、あっという間にネメシスの動きを封じた彼らに頼もしさを感じる。自分もカッコよく活躍できることを証明したいセトは、リーダーのドン・ボスマン（ボス）に協力を申し出る。その志に感動したボスは、住民を避難させる間、封印が解けたネメシスを引きつけるよう頼む。大役を任され、闘志みなぎるセトは、再びネメシスに立ち向かう！
魔法使いと普通の人間は分かり合えない。アルマに何度教えられても納得がいかないセトは、魔法使いを悪者にさせないため、すべての元凶であるネメシスを全滅させると宣言。ネメシスの巣があるといわれる伝説の地・ラディアンを目指すことを決意する。無謀な目標にあきれるアルマ。セトを諭そうとするも、お互いを大切に思うからこそ、２人の意見は食い違ってしまう。その夜、アルマはセトと出会ったころのことを思い起こす…。
伝説の地・ラディアンの手がかりを見つけるため、アルテミス学院を目指すセト。その道中、魔法使いを取り締まる組織・異端審問所のドラグノフ隊長と遭遇する。何も悪さをしていないセトだったが、なんと魔法使いというだけでオリの中に捕らわれてしまった。脱出を試みるもうまくいかない。困り果てたそのとき、赤毛の少女・メリと出会う。一方、セトを心配するアルマの元には、研究者を名乗る男・ドクがやって来ていた。
魔法使いの街・アルテミス学院。セトは到着早々、アルテミスの一員となるための入院式に参加することに。しかし、そこで学院の創設者であるマスター・ロード・マジェスティから、強引にあるペナルティーを課されてしまう…。アルマの言いつけに従い、セトは最強の魔法使い・ヤガを探し始める。ラディアンの手がかりを得るため、やる気満々のセトとメリだったが、知らず知らずのうちにトラブルを巻き起こしてしまう！
ヤガへの弟子入りを果たすためには、魔法の才能を見せなければならない。セトはメリに教えを請うが、メリは攻撃魔法が苦手でセトが望むものを教えることができない。優しいメリはセトを心配するあまりに性格がひょう変。もう一つの凶暴な性格『クレイジーメリ』が現れてしまう。クレイジーメリは、力とは死ぬ気にならないと身につかないものなのだと、危険で厳しい訓練を強いる。しかし、訓練中にトラブルが発生してしまい…。
ミス・メルバの喫茶店でコーヒーを飲むことがドクの日課だ。穏やかな昼下がり、ドクは急にマンホールから出現した触手にさらわれてしまう。地下水道に潜むその怪物はデビルフィッシュクラーケン。コーヒーが好物で、ドクの体に染みついたにおいに釣られて彼をさらったのだ。セトとメリは救助のために地下水道に潜るが、セトのタイタンパンチですら、怪物の柔らかい体には通じなかった。難航する救出をよそにドクは…。
セトはめきめきと魔法の力を習得していたが、慣れることによって力の扱いも雑になっていた。ヤガはそんなセトを戒めるため、魔法の使用を封じる手袋を着用させ、破ったら破門だと言い渡す。そんなとき、ポンポ・ヒルズで対決したブレイブ・カルテットが、悪事を働くためにアルテミスに潜入しようとしていた。学院の外壁掃除を命じられていたセトだけがそれを発見してしまう。セトは魔法無しで、侵入を阻止しようと奮闘するが…。
新人隊員・ガーヴィスにとって、隊長であるはずのドラグノフの態度はだらしないものに見えており、古参の隊員が信頼していることが信じられなかった。異端審問官らしく危険な魔法使いと戦いたいとガーヴィスは願う。そんな折、エドムンド隊より緊急信号が届く。ネメシスの襲撃で、船が壊れてしまったというのだ。大勢の魔法使いを捕えたエドムンドに、感心するガーヴィス。そのときドラグノフは、ある真実に気がついていた。
セトがアルマのもとから旅立って１か月。アルテミス学院では祭りが開催されようとしていた。にぎやかな雰囲気にセトは胸が高鳴る。マジェスティの思いつきに見えるその祭りは、実は自衛のための資金を集めるためのものであった。最大の注目は箒（ほうき）レース。優勝候補の少年・ニックにアルマのことを馬鹿にされたセトは、彼を見返すため、レースに参加することを決意。アルマから譲り受けた箒にまたがり、セトは空を駆ける。
ドクのもとにネメシス事件についての依頼が届いた。警戒するドクは依頼を断ろうとするが、ネメシスを追いたいセトは強引に出発を決める。一行は轟音（ごうおん）と喧騒（けんそう）の街、ランブル・タウンへと旅立つ。その街では、異端審問官・コンラッドの理不尽な政策によって魔法使いがひどく冷遇されていた。ネメシスと遭遇したセトはこれを捕まえようとするが、そこに全身包帯姿の謎の魔法使い・グリムが立ちはだかる！
セトたちはスラムにある依頼主の家にたどり着く。長男・タジはネメシスの感染者だった。家族は、移民たちの訴えに耳を貸さない異端審問官に代わって調査をしてほしいとセトたちに懇願する。セトたちが調査を開始すると、避難を告げる鐘の音が響く。ランブル・タウンは乱開発により地盤が不安定になっており、街の崩落を避けるために定期的に住民を移動させなければならないのだ。街が無人になったそのとき、ネメシスが現れる！
異端審問官・コンラッドは、ランブル・タウンで起きる事件は移民や魔法使いたちによるものだと大衆を扇動した。恐怖と不安をあおられた人々は、感染者たちを排除するのだと蜂起。それは以前から移民を忌み嫌っていたコンラッドの計画だった。暴徒と化した人々に捕らえられたタジは処刑されそうになるが、間一髪、駆けつけたセトとメリに救い出される。セトは人々を扇動するコンラッドを止めようとするが…！？
セトはドクを人質にされたことで返り討ちにあい、捕らえられてしまう。コンラッドはセトを移民と結託していた犯罪者としてつるし上げ、人々をあおりたてる。移民居住区への砲撃が始まった。セトはグリムの手によって救出されるも、時を同じくしてネメシスが出現、街はさらなる大混乱を迎える。ネメシスを操っていたのは女魔法使い・ハーメリーヌであった。ランブル・タウンの人々を憎む彼女の目的は何なのか？
１５年前、感染者である幼いハーメリーヌは、同じ境遇の子どもたちとともにランブル・タウンに幽閉されていた。若きコンラッドは、子どもたちをかばう異端審問官准尉・オクシュマレを手にかけ、これを移民たちによる反逆だとでっち上げる。恐怖した人々は幽閉区画を島から崩落させる。これが１５年前の真相だった。ただ一人事件を生き残ったハーメリーヌは復しゅうの機会を狙っていたのだ。悲劇の始まりを知ったセトは…。
巨大なヤリを繰り出す強敵・コンラッド。死闘の末、セトはついにコンラッドを打ち倒す。しかし、ハーメリーヌの手によって街の崩落は始まっていた。攻撃を受けたセトは、吹き飛ばされ意識を失ってしまう。目覚めると、そこにはセトによく似た顔立ちの男が立っていた。ピオドンと名乗る謎の男はセトに問いかける。何のために戦うのか、どの立場の側につくのかと。そして、セトは戦いの場へ急行する。ハーメリーヌを止めるために。
ついにハーメリーヌと相対したセト。ハーメリーヌは「街の住人に救う価値はない」とセトを激しく攻撃する。みんなを守るために魔法を使うセトだったが、自身の過去を顧みて、やがて同じ境遇のハーメリーヌに共感してしまう。魔法使いへの迫害や差別は確かにあった。しかし、決してみずから暴力を振るうバケモノにはなってはならないともアルマに教わった。セトがハーメリーヌにある申し出をした時、異端審問官の軍艦が急襲する！
“野獣”トルク将軍の凶刃によって倒れるハーメリーヌ。激高したセトが戦いを挑むも、異端審問官フォン・ツェペシュに返り討ちにされてしまう。意識を失うセト。しかしその時、セトに秘められていた大きな力が暴走を始める。ツェペシュを一蹴し、意識がないままトルクへと襲いかかる。さらに“山頭”サントーリ大佐も加勢し、激しい戦いが繰り広げられる。街からの脱出を図るメリたちの前に、マジェスティからの迎えがあり…。
アルテミス学院に帰還したセトたちは、異端審問官の不正を暴いたヒーローとして熱烈な歓迎を受ける。しかしセトは、ハーメリーヌのことや自身の暴走を思うと、とても素直には喜べなかった。マジェスティがセトたちをたたえるパーティーを開くも、その悲しみは晴れない。一人ふさぎ込むセトのもとに、アルマが会いに来る。セトを心配するメリが連絡を取っていたのだ。アルマはセトに、ランブル・タウンのタジからの手紙を読む…。
ランブル・タウンでの不正が公にされたことによって異端審問所の信用が失われつつある今、ドラグノフ隊に物資の支援をしてくれる街はなかった。新人兵士は、悪事を働いたコンラッド隊だけでなく、人々を救うために戦った自分たちまで不遇な扱いを受ける理不尽を嘆く。ドラグノフは、正しいと信じた行いであってもいい結果が伴うとは限らないと諭す。一方、アルテミス学院ではランブル・タウンの一件で流通が止まってしまい…。
ヤガが残した手紙から、セトが新たな旅立ちを決意したその時、アルテミス学院に大量のネメシスの卵が降ってくる。魔法使いたちが迎撃するが、撃ち漏らした卵が孤島へと落ちてしまう。そこは今まさにメリがお使いで出向いている場所だった。セトはメリを救うために急行し、卵からかえったネメシスと戦う。あまりの強さに、追い詰められたセトは再び力を暴走させてしまう…。制御できない己の力に恐怖するセトは、ある決断を下す。
『ラディアン』の謎を解くため、セトは新たな冒険へと旅立った。目指すは魔法使い騎士団の都、カスラーン・マーリン。セトはアルマの飛行船に乗って、アルマとアルマの助手となったボスマン、ジジと共に、シファンディール大陸へ向かう。一方、異端審問官隊長・ドラグノフは、トルク将軍からの命令で異端審問所の聖地を訪れていた。極刑を覚悟していたドラグノフであったが…。
アルマたちと別れ、セトは１人、シファンディール大陸に降り立つ。そこで、大陸の資源を求めて訪れたという商人男爵の一団と不意に接触し、魔法使いのセトは敵と見なされてしまう。セトは商人男爵たちの猛攻に追い詰められるが、グリムの助けでからくも逃れる。ようやく街にたどり着いたセトは、魔法使いもそうでない人も共存し魔法騎士たちが人々にたたえられていることに驚く。
セトはメリ、ドクと再会を果たした。しかしメリの態度は冷たく、すげなく立ち去ってしまう。ラディアンの手がかりを求めて城に向かうセトであったが、門前払いを受けてしまう。困ったセトの前にミルと名乗る怪しい老人が現れ、魔法使い騎士団の厩舎（きゅうしゃ）に案内する。そこでは魔法騎士志願者の少女・オコホがネメシス退治のために出撃しようとしていた。セトは新入りと勘違いされたまま連れられてしまい…。
戦いで荒らされる田畑でセトは作物を守ろうとする。そんな姿に感心したオコホは協力し防御魔法で土地を守るも、命令違反だととがめられてしまう。しかし、女王クイーン・ブーディカは、伝説の魔法使い・マーリンのようにオコホは大地を守ったのだと褒めるのであった。農民たちによると、スペクトル・ネメシスが現れるようになった頃から、夜には首をぶら下げた妖精・デュラハンがさまようというが…。
メリは宿を訪ねてきたセトを冷たく拒絶する。自身のコントロールできない力で仲間を傷つけまいと１人旅立ったセト、仲間として信頼を得たかったメリ、それぞれの思いは相反するものだった。行き場をなくし途方にくれていたセトに、オコホは鍛錬への協力を求める。それと引き換えに、オコホは城でラディアンについて調べると申し出る。セトは仲間ができることにためらうが…。
オコホのラディアン調査は難航していた。セトはみずから城の書庫に忍び込むことを決める。しかし、セトは初めて来たはずの城内をなぜか夢で知っていた。夢と同様に隠し通路を進み、奥にたどり着く。そこにはネメシスと謎の青年がいた。青年はセトの角を見ておののき、バリアの中に閉じ込めてしまう。捕らえられたセトの所作が地上を襲うスペクトル・ネメシスと同期してしまい…。
地上にセトの姿をしたネメシスが出現した。それは城の地下に潜んでいた謎の男の仕業だった。彼こそがスペクトル・ネメシスを出現させていたのである。城の地下に潜入したセトは、ネメシスの攻撃で意識を失い、不思議な世界に閉じ込められてしまう。そこはセトの意識の世界だった。自分の記憶と向き合うセト。しかし、そのことによって、セトは暴走状態のまま目を覚ましてしまう。
ピオドンを知るという謎の男は、暴走したセトを恐れ、城の外へ吹き飛ばしてしまう。メリたちは消息を絶ったセトを探すためにファンタジアの痕跡を追い、二度と出られないというカイルトの森へ入った。不思議な森を抜け、メリたちはセトをかくまっていたミルとその妻ジルと出会う。意識の世界『シド』から戻れなくなっていたセトは、自分の力を恐れ、帰還を拒否するが…。
オコホとメリは、先の戦いでの行動を命令違反であったと糾弾される。しかし、モルドレッドはブランゴワール卿の過失であると女王に進言し、オコホたちを救う。一方、セトは自分の力を制御できるようになるため、カイルトの森に残って修行を続けていた。ミルとジルの助けで、セトはファンタジアとの調和を覚えていく。自分の中の闇を制御しようと試みるセトだったが…。
魔法使い騎士団はブランゴワール卿とギュリス卿の指揮で、農地に新たに出現したネメシスを討伐する。しかし、オコホだけはそれがネメシスの集合体、エコー・ネメシスであったことに気づく。エコー・ネメシスは無数に分離して暴れ出した。助けを呼ぶオコホの声は騎士団に届かず、追い詰められたオコホはまたも命令違反を決意する。強力なジゾニによってブランゴワール卿から指揮権を奪ったオコホは…。
セトは、いまだ暴走化の制御ができずにいた。力ずくで抑えようとするが、逆に飲み込まれ危機に陥るセト。だが、今日まで出会ってきた仲間とのつながりに気づいたことで、セトは開眼し、力を破壊ではなく、創造のために使えるようになった。命を育む力を正しく使っていけば、妖精があふれていたころの世界がよみがえるかもしれないことを学んだセト。そんなセトに、ミルはある希望を託す。
叙任式の日を前に街がにぎわうなか、オコホは人に悟られないように出かける。彼女の振る舞いを怪しんでいたブランゴワール卿はオコホを襲う。メリがブランゴワール卿を止めるが、信じがたいことにオコホはスペクトル・ネメシスを発生させようとしていた。 正気を失ったように襲ってくるオコホをセトが止めるが、オコホは正気に戻ると何も覚えておらず、何者かに操られていたことが明らかになる。果たして、その犯人は…。
オコホを操っていたのはモルドレッドだった。モルドレッドは女王ブーディカこそが怪しい組織『世捨て人の信者』とつながっている反逆者であると語る。何を信じたらよいのかわからなくなったオコホであったが、セトの言葉で決意をする。 叙任式の日、オコホは皆の前で女王を問いただし真実を暴く。ある一部の騎士たちこそが反逆者だったのだと。
叙任式は中断された。女王ブーディカは降伏勧告を受け入れず、徹底抗戦が始まった。 魔法使い騎士団は戦いに臨むも、突如魔法が使えなくなり危機に陥る。それは商人男爵たちが用意した不気味な装置による仕業であった。 一方、城に潜入したセトはディアバルと再会する。ディアバルは自分たちは兄弟のようなものだと語る。そしてドクは城の書庫で真実の書を見つけ、ラディアンについて手がかりを得ようとするが…。
ディアバルはピオドンの追跡を逃れ、隠れ場所を守るために『世捨て人の信者』に協力していた。 セトは意識の空間『シド』を通じて、地上では戦争状態になっていることを知る。急ぎ地上へ戻るもメリをおとりにされ、ドラグノフに捕らえられてしまう。 一方、オコホは戦場を離れるモルドレッドたちを追う。モルドレッドたちはあろうことか商人男爵の船に降り立つ。モルドレッドは追って来たオコホに、ある事実を告げるのだった。
モルドレッドに感情はなかった。彼は来たるべき時に混乱を引き起こすために、父の指示で幼少の頃からカスラーン・マーリンに潜入していたのだった。彼の父ドゥーサン男爵は、感染者を奴隷とすることこそが目的であると明かす。 地上では激情した女王ブーディカがファンタジア無効化装置を壊そうとするも、サントーリの攻撃で力尽きてしまう。 オコホは捕らえられ、サグラモールは幼なじみのモルドレッドと刃を交わす。
ドラグノフはトルク将軍から、セトを捕らえることこそが目的であり軍事介入は本意ではないと聞かされていた。しかし、セトを捕らえたと伝えてなお、軍艦はカスラーン・マーリンを攻撃する。 ドラグノフは命令に背き、駆けつけた部下たちとともに戦争を止めるための行動を開始する。 セトは立ちはだかるサントーリに挑む。しかし、その強大な力に圧倒されてしまう。その時、戦場に謎の戦士が舞い降りた。
謎の戦士は『記憶の石』とともによろいに取り込まれたドクであった。戦士は女王を救うため駆け付けようとするが、石化能力を持つヴェローヌに阻まれる。 セトはサントーリとの決戦に臨む。戦闘を楽しもうとするサントーリはセトを追い詰め暴走させようとする。しかし、人間を道具扱いするサントーリの言葉にセトの怒りが爆発する。オコホはドゥーサンに、メリはリゼロッテに、３人はそれぞれ憤りを爆発させる。
オコホに追い詰められ商人男爵たちは本性を現した。これで戦いは終わるかと思われたが、異端審問官ウルミナがサントーリを失った報復に、さらなるハーモニジウムを森に投下した。失われていくファンタジア。さらにウルミナの強力な奇跡によって操られた兵士たちが城壁へと迫る。 ミルとジルの身を案じたセトは森へ急行する。ミルは絶望していた。大切なものを失った悲しみはやがて激しい怒りに変わり…。
絶望したミルは何もかもを破壊するために暴れる。そしてセトまでもがミルの怒りに反応して暴走し、ウルミナに捕らえられてしまった。最大の危機的状況の中、オコホは絶望するクイーン・ブーディカにその資質を問いただす。オコホの言葉で奮い立った女王はハーモニジウムを破壊しようと立ち上がる。メリ、そしてドラグノフとグリムが協力してセトを奪還。正気を取り戻したセトは暴走するミルを止めるために立ち向かう。
暴走するミルを止めたのは、セトが見つけたジルの忘れ形見であった。新しい命を前にしたミルは希望を取り戻す。 この戦いで異端審問所のあり方に疑問を持ったドラグノフは、トルク将軍に問うため本国ボームへの帰還を決める。 長い戦いは終わった。カスラーン・マーリン中の人々が集まるなか、クイーン・ブーディカは古いしきたりへのこだわりを捨てるべきと宣言し、新たな女王を任命する。
