Tokio wird von den feindlichen Mu angegriffen. Ayato, ein 17-jähriger Schüler, trifft in der zerstörten Stadt auf Reika, die ihn an einen merkwürdigen Ort führt.
On Tokyo Jupiter, a 17yr old boy, name Ayato, is living a normal life until, Tokyo Jupiter is attacked. When Ayato is saved by Haruka, Ayato cracks an egg which released a structure, known as RahXephon, to fight against Mu.
Le soleil se couche aux environs de Tokyo. Des porte-avions lancent leurs appareils en direction d'un immense hémisphère rouge : l'opération Overlord de TERRA débute.
Au même moment, le jeune Ayato Kamina est enfin satisfait de la peinture à laquelle il a sacrifié sa nuit, mais le résultat en valait la peine. Sur ce, il va retrouver ses amis sur le chemin du lycée, alors qu'une mystérieuse femme le prend en filature. Mais cette dernière n'est pas la seule à le surveiller, des sbires cherchent le jeune homme comme si un secret ne devait absolument pas être dévoilé...
東京の高校生・神名綾人は、試験会場に向かう途中、突如上空に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。公安を名乗る青い血の男たちに拉致されそうになった綾人は、謎の女性・紫東遙に救われるが、彼女にまで銃を突きつけられる。混乱した綾人は、不思議な少女・玲香に導かれるようにして、地下神殿にたどりつく。
En Tokyo Jupiter, un chico de 17 años, llamado Ayato, lleva una vida normal hasta que Tokyo Jupiter es atacado. Cuando Ayato es salvada por Haruka, Ayato rompe un huevo que libera una estructura, conocida como RahXephon, para luchar contra Mu.
