Ayato kann mit Hilfe der Rahxephon die Dolems zerstören. Nach dem Kampf erfährt er von Haruka, dass die Welt, so wie er sie kennt, gar nicht existiert.
Suddenly Ayato is surprised to see his mother and two of her Dolems attack. Ayato leaves Tokyo Jupiter, and one of the Dolems kills Ayato's mother, Mishima. Ayato, kills the Dolems and leaves Tokyo Jupiter. Meanwhile, Haruka joins an organization called Terra.
Dès lors qu'Ayato est à bord de RahXephon, tout s'enchaîne dans son esprit : sa mère a le sang bleu, lui parle d'une façon plus qu'énigmatique, peut léviter et se faire obéir des Dolem ; Reika Mishima est sur l'épaule du géant, et se fait appeler "Ixtli" par Maya ; Haruka, manquant de se faire écraser, se voit enfermée dans une boule d'énergie protectrice dans la main du titan ailé. Une fois dans le ciel nocturne de Tôkyô, seule l'écharpe de Reika flotte au vent. Le jeune homme, fou de douleur, broie d'une seule main le monstre qu'il a face à lui, créant un immense halo de lumière, puis se volatilise ! Xephon est "sorti" avec Ollin à son bord.
攻撃されたラーゼフォンは綾人と同調し、ドーレム・フォルテシモを粉砕、「回廊」を作って飛び去った。外から故郷を見た綾人は、TOKYO JUPITERというものを目撃する。謎の存在MUに占拠された首都は不思議な膜に包まれ、住人は偽りの生活をしていた。しかも、膜の外部とは12年もの時間差が生じていた。
De repente, Ayato se sorprende al ver a su madre y dos de sus Dolems atacar. Ayato deja Tokio Júpiter y uno de los Dolems mata a la madre de Ayato, Mishima. Ayato, mata a los Dolems y deja Tokio Júpiter. Mientras tanto, Haruka se une a una organización llamada Terra.
