Haruka und Ayato betreten den Flugzeugträger Lilia Litvyak. Als bei Ayato Mu-Anzeichen gefunden werden, wird er sofort festgenommen.
Ayato and Haruka now arrives in Litya City, along with RahXephon, and now Ayato and RahXephon are being researched, while Ayato Meets Quon. Meanwhile Haruko is confronted by Elvy, the only other survivor from the Battle on Tokyo Jupiter. During the test Ayato is found our to be a Murian and is locked up for it by order of King Kunugi. And then Litya gets attacked by a Dolem. And Ayato must save Terra from the Dolem. After eliminating the Dolem, Ayato hands over the Rahxephon to Terra where it can be taken care of by Dr. Itsuki
Le Lilia Litvyak arrive bientôt au port de Nirai-Kanai, et Ayato passe des examens médicaux avant d'y entrer. Haruka est d'ailleurs rassurée de voir que le sang de ce dernier est rouge. Vient ensuite le commandant Kunugi, qui prend le jeune homme de haut il faut le dire, lui disant de "mettre sa montre à l'heure". Plus tard, alors que Haruka cherche son chat, Buchi, elle explique à Ayato que le temps s'écoule de façons différentes entre Tôkyô-Jupiter et le reste du monde. Puis la pilote Elvy Hadhiyat la prend à part, entre femmes. En effet, cette dernière demande à l'autre si ses camardes ne sont morts dans l'opération Overlord que pour récupérer un "garçon stupide"...
TERRA特務航空母艦リーリャ・リトヴァクに収容された綾人は、不思議な少女・如月久遠を始めとして、多くの人々に出会う。ラーゼフォンはオーパーツとして特設輸送艦ユリシーズに移され、TOKYO JUPITERから来た綾人も監禁される。そこに、深海から新たなドーレム・グラーベが接近してくる。
Ayato y Haruka ahora llegan a la ciudad de Litya, junto con RahXephon, y ahora Ayato y RahXephon están siendo investigados, mientras que Ayato se encuentra con Quon. Mientras tanto, Haruko se enfrenta a Elvy, el único otro superviviente de la batalla de Júpiter en Tokio. Durante la prueba, se descubre que Ayato es un Murian y es encerrado por orden del Rey Kunugi. Y luego Litya es atacada por un Dolem. Y Ayato debe salvar a Terra del Dolem. Después de eliminar al Dolem, Ayato le entrega el Rahxephon a Terra donde puede ser atendido por el Dr. Itsuki.
