メタルファイトのチャンピオンを目指し旅を続ける少年・紅拳は、スポンサー探しに向かった研究施設で冴場翔子という少女に出会った。翔子は開発中だったロボット・レッドバロンを強奪されてしまい、その行方を探していたのだ。翔子はバロンを発見、何とか取り戻したものの逃走中に追手の攻撃に意識を失ってしまう。あわやという瞬間、拳が飛び込む窮地を脱するが、なおロボットヘリ部隊が迫っていた。追いつめられる中、拳がバロンを起動する！
謎の組織に奪取されたレッドバロンを取り戻したものの、ロボットヘリ部隊に追われた絶体絶命の翔子。拳がバロンに乗り込み撃退するが、翔子には頼れる人物などなく途方にくれてしまう。そこで拳は「メタル・ファイル」協会に殴りこみをかけ、一躍有名になれば、謎の組織もうかつに手が出せなくなると提案するのだが…。
見事にチャンピオンロボ・ガルーダEZを倒し、メタル・ファイトのチャンピオンに君臨したレッドバロン。そして初防衛戦にアジアチャンピオン・柳孔明との対戦も決まる。孔明に会うため、一路少林寺に向かう拳たち。しかし、謎の組織のメタルファイターもまた孔明を狙っていた…。
レッドバロンの次の対戦が決まった。闘いの舞台はハワイ・キラウエア火山。ハワイに向かった拳たちは、そこでエリックという謎のファイターと出会う。そして、火山には、打倒レッドバロンを叫ぶアシモフ教授の卑劣な罠と、エリック操るアイアンクローロボが待ちかまえていた！ 灼熱のマグマの中闘うレッドバロンに、勝利の女神は微笑むのか？
次々と現れる挑戦者を倒してゆくレッドバロンに、また新たな刺客が送られる。今度の挑戦者は、イーグルロボ。お色気作戦でバロンの弱点を聞き出した、マリリン博士製作のロボットだ。素早い動きが苦手なバロンに対して、イーグルは華麗な空中殺法で襲いかかる！ 果たして、デスバレーに勝利のおたけびを上げるのはどちらなのか？
久々の休暇を海で楽しむ拳と翔子。しかし拳は泳げなくて面白くない。拳が泳げないことを知ったマリリン博士は、次の作戦を考える。拳が水中に弱ければ、バロンもまた水中に弱いはず……。そして迎えた防衛戦。闘う相手はメタルファイター・セイレーン。舞台も海上都市とバロンに不利。しかもマリリンが仕掛けた爆弾により、海上都市はだんだん沈下してゆき……。
互いをライバルとして認め合う拳と孔明。かねてからの拳との再試合を申請していた孔明に、メタルファイト協会から許可が下りた。孔明は翔子との別れの後、拳にメッセージを残す。それには「麺うち、のばし、ゆでる」とだけ書いてあった。果たして孔明のメッセージの意味とは？ そしてふたりの試合の結果は？
フィンランドにやってきた拳たち。スキーを楽しむ翔子だが、崖から落ちそうになる。間一髪で翔子を助けたのはオーロラ伯爵と名乗るメタルドライバーだった。そんな折、熊野の娘・京子がこの近くの氷河で行方不明になったという情報が。拳はバロンで捜索に向かうが……。
今回の試合の舞台は灼熱のサハラ砂漠。だがレッドバロンは冷却装置の調子が悪く、あまり長時間の戦いはできない。そんな時、拳たちは町で挑戦者のアリババから歓迎を受けるのだった。沢山の食べ物や踊りでもてなされる拳たち。しかしこの歓迎は、バロンを修理させないための罠だったのだ！ 灼熱の砂漠でバロンは不利な戦いをしいられることに……。
メタルドライバー・ゼウス搭乗のナイト相手に、戦うレッドバロン。バロン必殺のエレクトリッガーも通じず、ナイトのメガナイトパワーボムの前にバロンは敗北寸前。だがゼウスはとどめを刺さずリングを降りる。ゼウスは美しいメカを傷つけたくないから、というのだが……!?
次のメタルファイトの対戦相手が決まった。歴代のチャンピオンが対戦を避けていた伝説のメタルファイター、ハシミコフが操縦するビッグベアだ。早速、シベリアの大森林地帯へ乗り込む拳。だが、漁夫の利を得ようとしたアシモフが森に火を放ってしまう。拳とハシミコフは試合を中断し消火を開始。だがレッドバロンとビッグベアの前に、アシモフの変形ロボが立ちふさがる。拳たちは無事に、火災を消し止めることができるのか!?
インドへやってきた拳たち一行。だが、ささいなことから拳と翔子はケンカをしてしまう。そして翔子は、ふと立ち寄った魔術師に誘われて魔法のひもを登ったまま行方不明になってしまった。実は、魔術師はカイザーの部下マリリンの変装だったのだ。熊野とロビーが必死に翔子を探すが試合は始まってしまう。翔子を人質に取られ実力を発揮できず、マラカイトが操縦するクィーン・マサラを相手に防戦一方のレッドバロンは……。
翔子が、突然ブラジルに行くと言い出した。誘拐され行方不明になっている父親がブラジルにいる夢を見たのだ。だが、それはカイザーの部下フロイトの罠だった。そんなこととは知らずにブラジルにやってきた拳たちは、フロイトの心理作戦に追いつめられ、ジャングルの奥地にあるインディオの遺跡まで誘い出されてしまう……。そして、ボディーの色を変化させるロボット、カメレオンが姿を現し、レッドバロンに襲いかかってくる！
世界最強のロボットを決定する”アルティメット大会”の招待状を受け取った拳たちは香港にやって来た。この大会には孔明やハシミコフも参加することになっている。だが、大会の主催者であるドラゴン皇帝は香港の大金持ちということしかわからない謎の人物。実は、この大会には恐るべき秘密が……。
ドラゴン皇帝＝カイザーがレッドバロンを倒すために催したアルティメット大会。レッドバロンは、反則なしの殺人ルールの前に苦戦しながらも、キングオックスを倒し、二回戦に勝ち進んだ。そして翌日。とある誤解から孔明を殺そうと殺人カンフーを身につけた仲達と孔明の因縁の勝負が始まった。
にせレッドバロンが現れた!? しかも、ニセモノは、特訓中のキングソードを闇討ちにしたというのだ。もちろん拳がそんなことをするはずはない。不審に思った翔子と熊野が、拳の部屋を調べてみると、そこにはカイザーの罠が待っていた。一方会場では、神龍を倒したタイガーと何も知らないバロンとの対戦が始まる！
タイガーの前に大苦戦するレッドバロン。ローリングサンダーを破られたレッドバロンは、絶体絶命のピンチに追いつめられるが、キングオックスが乱入してきたおかげで勝負が延期され、命拾いするのだった。一方、拳の部屋の秘密に気付いた翔子たちはある物を発見する。それは……。
拳は、かろうじて仲達を倒して決勝戦へと駒を進めた。だが、拳たちを倒そうと企むマリリンたちは新たな作戦を実行する。監禁していた翔子たちをにせバロンに乗せて本物と闘わせようというのだ。しかも、にせバロンはボディーに衝撃を受けた途端、爆発するよう超伝導爆薬が……。
世界最強のロボットを決定する”アルティメット大会”決勝戦が、拳とバイキング兄弟の間で始まった。だが、そこへ体内に翔子と熊野を閉じ込めたにせレッドバロンが――！ 強力な爆弾を積み込み衝撃を受けただけで爆破するにせレッドバロンを前に、拳は大苦戦。何とかしてにせレッドバロンに閉じ込められたふたりを救出しようとするのだが……。拳は陰謀を阻止することが出来るのだろうか!?
レッドバロンを倒すために開催したはずの“アルティメット大会”の失敗に怒ったカイザーは、とうとうアシモフ、マリリン、フロイトを組織から追放してしまう。一方、拳はチャンピオンとしてスター扱いされ、すっかり舞い上がってしまう。だが、そんな拳を思わぬ落とし穴が待っていた。何とレッドバロンが拳に反応しなくなってしまったのだ！ しかも、そのことを知ったフロイトたちが攻撃を仕掛けてきた。追いつめられた拳は……。
レッドバロンは、葉隠寅右衛門がドライブするサムライダーと次期防衛戦を行うことになった。サムライダーは、その名の通り手刀を利用した居合い抜きが得意なサムライロボット。そのスピードは拳の目でもとらえることが出来ない程。だが実は、サムライダーのスピードは、それとは知らずにフロイトから受取ったシステムのおかげであった。しかも、このシステムはレッドバロンから盗み出したものに改良を加えたもの。レッドバロンは勝てるのかあ!?
ウィーン・ロボットオーケストラの指揮者アマデウスから招待状が届いた。同じロボットを作る者としてコンサートに招待したいというのだ。彼の大ファンである翔子は大喜び。拳たちとともに早速、オーストリアへ旅立つ。だが、アマデウスには驚くべき過去があった。彼は、学生時代のマリリンの恋人だったのだ。
拳は、テオティワカンでファイトすることになった。対戦相手は謎の組織のマリリン博士が作った双子のメタルファイター。そのことを知らない拳は、巧みな攻撃に翻弄され大ピンチ。レッドバロンは、翔子のアドバイスでようやく反撃を開始するが、それも束の間、双子のメタルファイターはエネルギー発生装置の力を受けて合体すると、さらに強力なパワーでレッドバロンに襲いかかってくる。はたして、拳は双子ロボットを倒すことが出来るのであろうか!?
拳のムエタイの師匠・サムリットが事故で危篤状態に――!? ジムで一番強いチャンプアという選手が、厳しい修行に我慢し切れずにジムを飛び出そうとするのを止めようとして、事故に巻き込まれたのだ。知らせを受けた拳たちは、急遽タイへ向かう。だが、拳たちがタイに到着したときには、師匠は亡くなった後。しかも、悲嘆にくれる拳の前に思わぬ敵が……。
アシモフ、フロイト、マリリンの3人が、レッドバロンを倒すための新たな作戦を開始した。映画の都・ハリウッドで制作されている、メタルファイトを題材にした、映画の撮影を利用してレッドバロンを倒そうというのだ……。その頃カイザーは、拳の幼なじみで、ムエタイの名人でもあるシャドーのためのメタルファイター・ゴールドバロンを完成させていた。何も知らない拳に危機が迫る!!
ロボット・バトル協会からの挑戦を受けて、とある田舎へとやって来た拳たい一行。協会のチャンピオン3体vsレッドバロン、神龍、カンフータイガーで勝負しようというものだ。だが、試合開始時刻になっても神龍、カンフータイガーは、村に到着しない……。実はこの試合は、アシモフたちの罠。2体は途中で攻撃を受け、足止めされていたのだ。3体同時攻撃を受けたレッドバロンは窮地に陥ってしまうのだが……。
カイザーに解雇されたマリリン、アシモフ、フロイトの3博士は次なる企みを画策する。メタルファイト協会の秘書を脅迫し、フランスはパリでの試合を仕組んだのだ。秘書のようすが変なことに気づいた孔明は協会に赴き、そこでマリリンと遭遇する。危険を感じた孔明は、拳に忠告するが、拳は逆に闘志を燃やすのだった。そしてパリには、バロンを倒すためマリリン自ら乗り込んだ、ヴィーナスが待ちかまえていた！
次の対戦相手を待つ拳に、協会の秘書から連絡が入った。秘書は、今までの対戦が3博士によって操作されていたことを告白する。この事実を知ったアシモフは、逆にバロンを罠にはめるのだった。石油採掘基地で作業ロボットが暴れていることを知った拳は、レッドバロンで救助に向かう。そこにブラックジャガーと名乗る謎のファイターが現れた！
カイザーにレッドバロンとの対決を迫るシャドー。レッドバロンとゴールドバロンを五分の状態で戦わせたいカイザーは、ロボット警察のコンピューターを操り、レッドバロン逮捕を企てるのだった。そのため拳たちは無罪なのに警察から追われる羽目に。拳は身の潔白を証明するため、バロンで警察に向かう。だが、そこにも罠が……。
ゴールドバロンの秘密訓練が順調に進む中、カイザーには一抹の不安があった。どんなに力つきようと、理屈を超えたパワーで勝利を勝ち取るレッドバロンの強さの秘密だ。一方、メタルファイト協会では究極の技と技のぶつかり合いを観客に見せるハイブリッド大会の開催を決めていた。打撃系選手の拳は出場をためらうが、2代目チャンピオンのテー・ルーズのテクニックを見せつけられ出場を決意するのだった。
多くのメタルファイターを倒したやり口に業を煮やした拳は、シャドーのゴールドバロンに戦いを挑む。だがレッドバロンの攻撃は全て予測されて、エレクトリッガーすらカウンターで返されてしまった。とどめを刺そうと迫るゴールドバロン。だが神龍とカンフータイガーの乱入でゴールドバロンは一端退いた。傷だらけでも闘志は衰えない拳だが、このまま再戦しても勝機はない。ゴールドバロンの秘密を探るため、孔明は一計を案じる。
拳のレッドバロン対シャドーのゴールドバロンとの果てしない戦いは続く。孔明の神龍が叩きのめされたことで怒りが頂点に達した拳は捨身の攻撃を放つ。だが、バロンと拳の動きのすべてを予測するゴールドバロンの前に、ダメージすら与えられない。そんな拳に孔明や翔子は戦いをやめるよう説得するが、拳は戦いを止めない。ついに拳は必殺エレクトリッガーを撃った。だがその瞬間、ゴールドバロンのこぶしはレッドバロンの腹部を打ち抜いた！
ゴールドバロンを撃退したレッドバロンと拳だったが、ダメージは大きかった。そこで翔子は拳のニセの葬式作戦を実行、地下に隠れる。そして孔明は。シャドーが語った鉄面党の情報から「守るよりも攻めるのが得策」と、カイザーの側近だったマリリンの協力も得て、カイザーの本拠地に乗り込む。だが、その作戦はカイザーに筒抜けだった。たちまちピンチに陥る孔明たち。皆を助けるため、大ケガをおして拳がレッドバロンで出る!!
鉄面党の首領・カイザーの正体は自分の父・鉄郎と知って落ち込む翔子。そんな中、またもやカイザーからの挑戦状がバロンに叩きつけられる。光子爆弾を積んだロボット・ソドムをニューヨークの自由の女神に向かわせたというのだ。女神にたどり着くその前に、ソドムの胸から信管を抜かないとニューヨークは消しとんでしまう。この挑戦がカイザーの罠だと承知で拳たちはニューヨークに向かう。
カイザーの罠にはまり、レッドバロンはロケットで連れ去られてしまった。しかも光子爆弾の起動まで残り時間はわずか。残された神龍とカンフータイガーは捨て身の攻撃でソドムを破壊、難を逃れた。バロンの行く先は翔子の父・鉄郎も関わっていたスーパーコンピューターセンターの跡地。カイザーはレッドバロンの強さの秘密を探ろうとしていたのだ。拳だけでなく鉄郎のことも気がかりな翔子はロビーとともにセンターに潜入するが……。
意志も持ったスーパーコンピュータネットワークシステムΣ（シグマ）によって、システム内に閉じ込められてしまった翔子とカイザー。落ちてくる天井を孔明の神龍と仲達のカンフータイガーが支えるが、強大なパワーに苦しむ。だが飛び込んできたレッドバロンにより、ピンチをしのいだ翔子たち。しかし拳からの応答は無かった……。レッドバロンと拳に何が起きているのか？ そして、その時、翔子はカイザーの正体に気づいてしまう。
翔子の父・鉄郎の犠牲によってシグマのシステムは破壊、鉄面党との戦いは終わったようにみえた。だがシグマはしぶとく生き残り、翔子を連れさってしまう。そして、巨大なシグマタワーを東京湾上に浮上させたのだ。翔子がシグマタワーにいることを知った拳は、単身タワーに乗り込もうとする。だが、孔明はそんな拳を諌める。その拳の元に仲間たちが続々と駆けつけてきた！
巨大シグマタワーに捕らわれた翔子を救出するため、シグマタワーに向かう拳たち。そしてかつては敵だったマリリン、フロイトまでもが拳に協力してくれるのだった。だがシグマタワーはまるで彼らを誘うように入口を開けるのだった。
シグマタワーに侵入した拳たちを待っていたのは、バロンを模倣したバロンもどきメカだった。はなればなれになってしまったうえ、自分の位置さえわからず苦戦する拳たち。何とか第2層突破を果たそうとした時、ハシミコフのビッグベアが……。
次々と犠牲を出しながらも、第3層にたどり着いた拳たち。そこはバロンの複製・ベビーバロンが作られている場所だった。フロイトは、シグマタワーがより完成された肉体を作るための実験場なのだと気づく。一方、はぐれた仲間たちとロビーは、翔子の頭の中のイメージが見える不思議な空間に迷い込んでいた。
拳を第4階層に向かわせるため、とっておきの秘技・究極超絶龍を出し閃光の中に消えた孔明とマリリン。またそのころ、シャドーのゴールドバロンもシグマタワーに潜入していた。一方、拳はコピーバロンを次々と生み出すマザーバロンと対峙していた。
次々と必殺技を放つレッドバロンだが、マザーバロンはびくともしない。そしてついにシグマがその目的を明らかにした！ シグマの目的とは、究極の身体を手に入れること。そのためにレッドバロンのコピーを作っていたのだ。犠牲になった仲間たちのため、そして翔子を救うため今、拳の闘志は最高に燃え上がるのだった。
多くの仲間たちに助けられ、マザーバロンを倒しシグマタワーから翔子を救い出すことに成功した拳。だがシグマはまだ死んだわけではなかった！ シグマは新たにデスバロンとライジン＆フージンを東京に向かわせる。すべてのコンピューターはシグマに支配され、軍も警察も手が出せない。今戦えるのは、人間の思考で動くメタルファイターのみ。さっそく、シャドーのゴールドバロンと仲達のカンフータイガーが東京に向かう。
デスバロンのサイコパワーを浴び、強化されたフージン＆ライジンの前に退却を余儀なくされる拳たち。しかもデスバロンのコクピットからは、聞きなれた声が……。その姿に驚く孔明たち。なんとそれは拳そっくりだったのだ！ こうしている間にも東京はフージンたちに破壊しつくされ、死の街に変貌してゆく……。
シグマによって、無人のシリコンシティと化した東京。シグマの次の目標は、富士山麓に作られたハイテクシティだ。孔明たちは富士山のマグマ熱発電所を利用して、フージンたちを迎え撃つ作戦を立てる。そのころデスバロンにひとり立ち向かい、気を失ってしまった拳は意外な人物に出会っていた。その人物とはいったい？
死んだと思われていた翔子の父・冴場博士と再会し、精神エネルギーを起こす性能を追加されたレッドバロン。このレッドバロンとデスバロンが、富士山上空で激突する。2体の激突で再び活動を始める富士火山帯。精神エネルギーを使い果たした、一時退却する。そのころ神龍、カンフータイガー、ゴールドバロンはフージンたちと激しい戦いを行っていた。
一度はレッドバロンに敗れたデスバロンだったが、ニセ拳は新たな計画を企てていた。一方、新コントロールシステムで精神エネルギーを著しく消耗した拳は、死んだように眠り続ける。そんな拳を見た孔明たちは、自分たちも奇跡の精神エネルギーを出すため修行に出るのだった。しかし仲間たちのいないスキを狙ってデスバロンが出現。拳を挑発してくる。
精神エネルギーを円盤機から補給できるデスバロンに対し、ひとり戦うレッドバロンは大苦戦。今の拳は精神エネルギーの使用で闘志は燃え上がるものの、肉体は限界以上に疲労していたのだ。そしてついに動けなくなるレッドバロン。ニセ拳がレッドバロンにとどめを刺そうとしたその時……。
ついに迎えた、シグマ＆デスバロンとの最終決戦。孔明やシャドーの友情に支えられ、デスバロンに痛打を浴びせるレッドバロン。しかしデスバロンの新たな精神エネルギーの増幅に、しだいに押されてゆく。だがピンチを迎えた4人に、5人目の新たな精神エネルギーが出現した！ そのエネルギーの正体とは？ そしてシグマとの最終決戦の結末は？
