Den karismatiske provst Johannes Krogh står overfor sit livs chance, da han stiller op til bispevalget i Københavns Stift, hvor han har mulighed for at blive den første biskop i sin 250 år gamle præsteslægt. Men det er ikke kun Johannes, som går en dramatisk tid i møde. Hans yngste søn, August, som er en populær præst i København, har længe drømt om at blive udsendt som feltpræst, og det er pludselig ved at blive en realitet til hans kone Emilies bekymring. Storebroren, Christian, der tidligere sprang fra teologistudiet til sin fars store fortrydelse, ser nu ud til endelig at have fundet sin vej i livet, da han afleverer sit speciale på CBS. Men det viser sig, at han holder noget skjult.
Johannes går en hård tid i møde ovenpå et dramatisk bispevalg, og det bekymrer Elisabeth og de ansatte i Lindegård Kirke. August står også overfor nogle store udfordringer som feltpræst i Mellemøsten og har svært ved at vinde soldaternes respekt og tillid. August bliver bragt i et vanskeligt dilemma, som kommer til at vende fuldstændig op og ned på hans liv. Christian flytter ind hos Emilie, mens August er udsendt, eftersom Johannes har nægtet at lade sin ældste søn at overnatte på præstegården. Christian er nemlig blevet permanent udelukket fra CBS, og det går også ud over hans venskab til Mark. Det gør heller ikke situationen lettere, at Christian ikke kan få Marks kæreste, Amira, ud af hovedet.
August er vendt hjem til Danmark, hvor han forsøger at overbevise både familien og sig selv om, at han har det fint ovenpå sin udsendelse. Men løgnen tærer hårdt på ham, og da Forsvarets Auditørkorps indkalder ham til afhøring og spørger ind til hans rolle under ildkampen, er han tæt på at krakelere. Da Elisabeth finder ud af, at den norske violinist, Liv, ikke har noget sted at bo, tilbyder Elisabeth, at hun kan flytte ind på præstegården. Monica fortæller en desperat Johannes om sine planer om kirkelukninger, og Johannes må nu kæmpe indædt for at bevare sin lukningstruede kirke som Guds hus. Mark og Christian beslutter sig for at tage til Nepal sammen - en rejse som gør Amira nervøs. Med god grund!
Christian vågner op på et kloster i Nepal; en buddhistisk munk har fundet ham, forslået og helt uden ejendele. Det eneste Christian ønsker er at komme hjem, men munken har helt andre planer for ham og den vrede, der for alvor presser sig på ovenpå rejsen. Hjemme i Danmark forværres Augusts tilstand, og han har svært ved at passe sit arbejde som præst, da udsendelsen bliver ved med at hjemsøge ham. Emilie forsøger at gøre det rigtige, men har svært ved at nå ind til August. Elisabeth opdager, at Johannes har haft en affære med en af de ansatte, hvilket for alvor sætter deres ægteskab på prøve. Serien er uegnet for mindre børn.
Efter hjemkomsten fra Nepal trækker Christian sig tilbage i familiens sommerhus, nu med et helt nyt syn på tilværelsen. August forsøger at vende tilbage til det liv, han havde sammen med Emilie, før han var udsendt som feltpræst. Selv med hjælp fra Christian, viser dette sig at være en større udfordring - både for ham selv, hans tro og ikke mindst for Emilie. På præstegården forsøger Johannes at genvinde Elisabeths kærlighed og respekt, men det er ikke nemt for Elisabeth at tilgive Johannes - og slet ikke da hun begynder at tilbringe mere tid sammen med norske Liv.
August begynder langsomt at kunne mærke sig selv igen efter udsendelsen. Hans tro på Gud er begyndt at vakle, og familieforøgelsen, som han og Emilie drømte om, synes stadig at være langt væk. Da Christian opsøger Amira i et forsøg på forsoning, opdager han, at hun og Mark ikke længere er sammen. Amira ser potentialet i Christians dagbogsskriverier fra Nepal og vil udgive det som en bog, men Christian er afvisende overfor idéen. Johannes kæmper fortsat for at redde sit ægteskab - alt imens Elisabeth glider længere og længere væk fra ham - og tættere på Liv. Johannes forsøger også at råde bod på den anspændte stemning blandt de ansatte ovenpå sin affære med graveren og lader sig derfor overtale til at afholde en påskefrokost for at ryste personalet sammen.
Påskefrokostens udfald får store konsekvenser for Johannes og inderkredsen i Lindegård Kirke. Augusts forsøg på at hjælpe en ung konfirmand giver bagslag og resulterer i en skarp advarsel fra biskoppen. Det får August til at overveje, hvorvidt han overhovedet passer ind i den danske folkekirke. Christian kæmper for at slutte fred med Mark, men Mark er uforsonlig - og det får betydning for Christians forhold til Amira. Elisabeth og Liv rejser væk sammen, hvilket får Svend til for alvor at hanke op i Johannes. Da Elisabeth og Liv vender tilbage til Præstegården, tvinger Johannes Elisabeth til at vælge mellem ham og Liv.
August er begyndt at arbejde som gadepræst. Hurtigt bliver han involveret i en sag med to brødre, der som afviste asylansøgere opholder sig illegalt i Danmark. August bliver dybt involveret i brødrenes skæbne og sætter alt ind for at hjælpe dem. Emilie bliver også trukket ind i sagen, og der går ikke længe, før politiet begynder at vise interesse. Elisabeth tager en pause fra Johannes og tilbringer mere tid hos Liv. Men den nye fælles hverdag får tvivlen til at melde sig hos Elisabeth. Christian har travlt med arbejdet omkring sin bog, der endelig udkommer og tages godt imod af alle - undtagen Johannes.
Ovenpå en succesfuld bogudgivelse flytter Christian ind i sin nye lejlighed. Hans ungdomskærlighed, Nanna, dukker pludseligt op i hans liv igen - og det sætter forholdet til Amira på spil. Alt kulminerer for Elisabeth, der for alvor er splittet mellem Johannes og Liv, som vil have hende med til Berlin. Augusts følelsesmæssige engagement i sagen med de to illegale asylansøgere tager til, hvilket blot skaber mere afstand mellem ham og Emilie. Endelig fortæller han Emilie sandheden om drabet på den uskyldige kvinde under sin udsendelse.
Hele familien Krogh og Lindegårds ansatte er samlet til en storslået pinsegudstjeneste med biskoppen i front. August synes pludseligt distanceret fra den store begivenhed, hvor en skelsættende hændelse ryster alle tilstedeværende. August kæmper for at overbevise alle om, at han har det godt, men særligt Emilie føler sig magtesløs og ved ikke, hvad hun skal stille op med August. Hun betror sig til Christian, som for første gang kommer nærmere sandheden om Augusts udsendelse. Snart eskalerer en familiekonflikt, der får stor betydning for alle og hver især - denne gang med uigenkaldelige konsekvenser.
Halvandet år efter Augusts død forsøger familien Krogh at finde tilbage til hverdagen - hver især med helt forskellige strategier. Emilie har lagt afstand til kirken og besluttet, at hendes og Augusts lille søn skal navngives. Det vækker ikke ligefrem begejstring hos Johannes, for i familien Krogh bliver man døbt. Samtidig står Augusts gamle kirke overfor en lukning. Det vækker ekstra mange følelser hos Johannes, som føler, at kirken er det eneste, der er tilbage efter August.
Elisabeth opsøger en clairvoyant i håbet om at skabe kontakt til August. Samtidigt prøver hun ihærdigt at få Johannes til at tale om August; men hvad hun ikke ved er, at Johannes er på vej ned ad en selvdestruktiv og farlig vej, der kan få alvorlige konsekvenser. Også Emilie må overveje konsekvenserne, da en af hendes patienter beder hende om hjælp til at tage sit eget liv.
Salget af Brovang Kirke vækker opsigt omkring Lindegård. For Johannes har Gud aldrig været længere væk, hvilket bekymrer Svend, som også har bemærket, hvordan Johannes' passion er forsvundet. Amira har svært ved at blive enig med sin eksmand, Walid, om deleordningen for deres fælles datter Safiyah. Og så er terminalpatienten Ellen pludselig vendt tilbage på Emilies afdeling, nu i en helt anden tilstand end før.
Det er blevet nytår, og for hele familien Krogh betyder det forandring. Tabet af August har lagt stor afstand mellem Johannes og Elisabeth, og skal deres ægteskab overleve, må sandhederne på bordet. Emilie må rådføre sig med psykiateren Daniel, da hun føler et ansvar for at hjælpe sin hjerneskadede terminalpatient Ellen. Hos Christian og Amira tager festlighederne en uventet drejning, da Amiras datter Safiyah pludselig kommer til skade.
Svend har tilbagefald i sit stofmisbrug og vil ikke have hjælp. Johannes og Elisabeth insisterer på at træde til, da de kan se, hvor alvorligt det står til. Christian holder sit hidtil største foredrag for en fuld sal af topchefer og medarbejdere. Men under foredraget går han for vidt og får en medarbejder til at overskride sine egne grænser.
Elisabeth tager en skeptisk Johannes med til sin clairvoyant. Her får hun en besked, der kommer til at vende op og ned på hendes eget liv. Samtidigt har Johannes og Elisabeth åbnet kirken for hjemløse, der mangler et sted at sove. Det vækker ikke ligefrem begejstring hos Nete, der er meget imod projektet.
Amira og Walid er uenige om opdragelsen af deres datter Safiyah. Det påvirker Safiyah mere, end de aner. Johannes er lykkelig for at være farfar for lille Anton, og det får ham til at gøre noget uigennemtænkt, som kan få store konsekvenser for ham. Og så skal familien Krogh for første gang møde Emilies nye kæreste, Daniel, Augusts gamle psykiater.
Christian kæmper med at skrive sit afsluttende speciale på teologistudiet og må indse, at han får brug for hjælp. I Augusts gamle dagbog fra teologistudiet leder han efter inspiration, men her finder han nedskrevne tanker om noget helt andet, som August aldrig har fortalt til nogen.
Christian finder Augusts papirer fra hans udsendelse som feltpræst. Det sender ham på en rejse tilbage til tiden efter Augusts død. For i papirerne finder han noget, han ville ønske, de allesammen havde vidst dengang.
Christian er rejst til Jerusalem for at lede efter det sted, hvor August ønskede sin aske begravet. Under en samtale hos biskoppen må Johannes for alvor indse, at Antons dåb har store konsekvenser. Konsekvenser, der betyder uigenkaldelige forandringer for hele familien Krogh.
