The war against the Tokugawa Shogunate ended years ago. But there are some who are not happy with the outcome. Shigure Takimi watched his friends and family get slashed down in the name of freedom and prosperity. Now he and a band of desperate rebels have sworn to settle one final score. Only one man stands in their way: Kenshin Himura. But when Shigure discovers Kenshin's true identity as the Hitokiri Battousai, his fight becomes a personal vendetta.
幕末の動乱の時代､｢人斬り抜刀斎｣と呼ばれ恐れられた伝説の維新志士がいた－。明治11年､東京の下町に姿を現したその男は､腰の逆刃刀に不殺(ころさず)を誓う流浪人(るろうに)･緋村剣心となって､人々の幸せを守るため闘い続けていた。そんなある日､横浜を訪れた剣心は､元会津藩士･時雨滝魅と出会う。幕末そして明治を生きる剣客としてお互いに共鳴しあった二人にとって､遠い過去の因縁など知る由もなかった。時雨は､幕末に命を散らした者達の遺志を継ぎ､明治政府に不満を持つ者達を集め反乱を起こす。戦闘の最中､“新･維新”なる維新の再来を宣言する時雨の前に､剣心の逆刃刀が立ちはだかる！剣心の｢飛天御剣流｣と時雨の｢斎鬼鹿沼流｣ 最強の刃の壮絶なぶつかり合いが､二人の過去の因縁を呼び醒ます！
La guerra contra el shogunato Tokugawa terminó hace años. Pero hay algunos que no están contentos con el resultado. Shigure Takimi vio a sus amigos y familiares ser reducidos en nombre de la libertad y la prosperidad. Ahora él y una banda de rebeldes desesperados han jurado establecer un puntaje final. Solo un hombre se interpone en su camino: Kenshin Himura. Pero cuando Shigure descubre la verdadera identidad de Kenshin como Hitokiri Battousai, su lucha se convierte en una venganza personal.
明治十年，劍心、彌彥、阿薰、左之助一行乘火車來至橫濱，甫至此地，便因與幾個騷擾年輕女子的外國士兵發生爭端，且因此結識了正直的武士時雨瀧魁，他們很快成為好朋友。
時政治格局仍動盪不安，諸多反抗明治的志士不斷向政府機關以及外國大使館發動襲擊。而時雨正是所謂“新維新”運動的領導者，明治以前，他曾是佐幕派彰義隊的領袖之一，其好友“鬼斬”高槻嚴達即死在拔刀齋劍心的刀下，而被他們所搭救的女孩朱鷺正是嚴達的女兒。
造物弄人，讓這些恩怨糾纏的人以如此方式重逢。得知一切的劍心決定不顧一切阻止好友襲擊政府的行動。而另一方面，野心家田母野打算借鎮壓叛亂分子的良機圖謀不軌……
Au cours d'une promenade dans Yokohama, Kenshin, Sanosuke, Kaoru et Yahiko assistent à une confrontation entre des marchands soûls et une jeune femme. Un samouraï, Takimi Shigure, s'interpose et vient rapidement à bout des marchands. Lui et Kenshin se lient d'amitié, mais Kenshin découvre que Takimi essaye de fomenter une révolution contre le gouvernement Meiji…
요코하마로 간 켄신 일행은 새로운 변화를 겪고 있는 풍경을 구경한다. 그러나 곧 그들은 영국군의 행패를 참지 못하고 싸움을 벌이고 있던 시구레 타키미라는 검객을 만나고, 검객은 켄신의 역날검을 유심히 지켜본다. 하지만 사이토 하지메는 켄신에게 시구레를 조심하라는 말을 남긴다. 한편 시구레는 영국의 국빈을 암살하기 위한 음모를 꾸미고 있었는데...
