月野うさぎは、今日もねぼうして学校へ急ぐ途中で、小学生にいじめられているおでこにバンソーコーを貼られた黒ネコのルナを助けた。その夜、うさぎのもとへやってきたルナは変身ブローチを渡し、セーラームーンとなって月のプリンセスを探せと、使命を語る。その時、うさぎの耳に親友なるの助けを求める悲鳴が聞こえた。
うさぎは、最近評判の占いハウスにお客を取られて寂しそうにしているジジに恋愛運を占ってもらった。そこで「いつも会っている人に思われている」と言われて、ゲーセンの元基のことだと思いこんで有頂天に。しかし占いハウスへ行ったクラスメイトたちのようすがおかしい。占いハウスが怪しいとにらんだうさぎとルナは…。
深夜のラジオ番組“ミッドナイト・ゼロ”のDJのJダイトーにラブレターを読んでもらった春菜先生が、授業中に眠ってしまった。なるもJダイトーにラブレターを読まれた翌日、教室で眠ってしまう。おかしいと感じたうさぎは、変身ペンで美人アナウンサーに変身してラジオ局へ潜入する。
おフロからあがったうさぎは、体重計にのって悲鳴をあげた。ダイエットに目覚めたうさぎは、なるたちと評判のエステサロンへ向かう。しかしうさぎは、すぐにギブアップ。そのころ、なるたちは、たちまちやせるというシェイプアップ光線を浴びていた。しかし、それはダーク・キングダムのワナだった。
うさぎの弟の進悟は大のネコ嫌い。そこで動物になれるために新種のペット、シャネーラを飼うことになった。しかし進悟は、シャネーラを連れて部屋にとじこもってしまう。そしてシャネーラは、学校でも問題を起こしていた。原因はシャネーラだとペットショップへ調査に向かったうさぎも、シャネーラの目に魅入られてしまった。
うさぎは、怪物に追われているという作曲家の雨出祐介を調べるためミュージシャンに変装してライブハウスへ潜入。そこで演奏する祐介のピアノに、うさぎはうっとり。しかし祐介は妖魔に襲われ、好きな人に贈るための恋の曲が入ったテープを奪われてしまった。うさぎは祐介とともに妖魔を追跡する。
十番中学出身の大人気アイドルの白鳥みかんに影響されて、うさぎとなるはアイドルを目指して特訓開始。しかし、みかんがはじめたシンデレラ・キャラバンに参加した人々がおかしくなりはじめた。次の日曜にキャラバン参加者がショーをすることを知ったうさぎは、会場のシャンシャンプラザへ向かった。
ルナは不思議なエナジーを感じる少女、水野亜美を監視していた。テストのヤマを教えてもらおうと、うさぎは亜美とゲームセンターで遊ぶ。やがて亜美は塾へ向かったが、1枚のディスクを忘れていった。だがルナが解析すると、そのディスクには洗脳プログラムが入っている。はたして亜美は妖魔なのか!?
亜美とショッピングを楽しむうさぎは、時計店で見た黒ネコの目覚まし時計をひとめで気に入ってしまった。お金がなくて泣く泣くあきらめたけど、ママがその時計を買ってきてくれていた。翌朝、亜美がうさぎを迎えにいくと、朝寝坊が得意のうさぎがすでに学校へ!?うさぎだけではない、亜美以外のみんなはなんだか忙しそう。
呪われた路線バスのうわさに、怖がりのうさぎは火川神社へお守りを買いにきた。そこで出会った神社の孫娘のレイは、最近不思議な気配を感じるという。レイは神社の手伝いをしている謎の青年を怪しんでいたのだ。調査中のうさぎもバスごと暗黒へ吸い込まれてしまう。レイは火に祈りを捧げて、ついに謎の原因を突き止めた。
ルナはセーラー戦士が3人になって、いよいよプリンセス探しに全力を出すべきだと考えていたが、手がかりがほとんどない。とりあえず亜美の提案で、最近行方不明者が続出している夢ランドを調査することになった。しかし、何かとケンカばかりするうさぎとレイ。その間に亜美がダーク・キングダムのワナに落ちてしまった。
福引きで一晩の船旅が当たったレイは、亜美といっしょにでかけてしまう。うさぎもカメラマンに変装して船に乗り込む。しかし、このクルーズはジェダイトのワナだった。クルージングを楽しむ恋人たちからエナジーを奪おうとしていたのだ。エナジーを吸い取られて次々に倒れる恋人たち。最後に残ったのは、恋人のいないレイと亜美だった。
失敗続きのジェダイトにクイン・ベリルの怒りは頂点に達していた。追いつめられたジェダイトは、セーラー戦士へ最期の挑戦状を突きつける。うさぎたちが決戦の場の空港へ向かうと、突如飛行機が襲いかかってくる。絶体絶命のセーラー戦士。そこへタキシード仮面が現われ、ジェダイトと組み合ったまま深い海へ落ちていった。
ダーク・キングダムの新たな指揮官ネフライトは、将来が有望なテニスプレーヤーの西園寺瑠依のテニスラケットに妖魔を送り込んだ。人が変わってしまった瑠依を心配するなるは、うさぎに相談する。テニススクールに向かったうさぎだが、瑠依のエナジーレベルがピークに達して妖魔が正体を現してしまう。
亜美が読書をする公園の管理人のおじさんにネフライトが近づいていた。一方、レイは元基から衛の情報を仕入れて、まんまとデートに誘うことに成功。2人が心配なうさぎは、海野を使って追跡する。ウキウキ気分でデートを楽しむレイは公園のボートに乗るが、とつぜん衛が苦しみだした。
手作りウエディングコンテストの開催を知ったうさぎとレイは、特賞のウエディングドレス無料を目当てにお裁縫に挑戦する。結婚が間近な十番中学の家庭科の秋山先生もウエディングドレスを作るために布地店でシルクを選んでいた。しかしそのシルクには、ネフライトの紋章が刻み込まれていた。
ネフライトがつぎに狙ったのは、日本写真大賞を受賞した中学生の篠川貴人。妖魔によって性格が変わってしまった篠川は、女の子を集めてコンテストを開く。うさぎもモデルを夢見て応募する。しかし撮影会場では撮影された女の子たちがつぎつぎに消えていく。そして、正体を現した妖魔に、亜美とレイも写真にされてしまった。
進悟はガールフレンドの香山みかにプレゼントされた人形を壊してしまった。その人形は、みかがフランス人形コンテストで入賞した人形だったのだ。うさぎから直接謝るようにといわれた進悟だが、みかは人形作りに夢中で会ってくれない。みかは、すでにネフライトの妖魔人形に操られていたのだ。
うさぎのクラス全員にタキシード仮面からのラブレターが届いた。しかしそれはネフライトが、セーラームーンを見つけるためのワナだったのだ。翌日、デパートでなるはネフライトに出会い、夜にまた会うことを約束する。ネフライトはなるがセーラームーンだと疑い、そのエナジーを奪おうとしていたのだった。
夏になり、うさぎたちは特訓のために海辺のペンションで合宿することになった。しかしそこは古びた洋館で、ペンションのひとたちはうさぎを怖がらせてばかり。ほかのお客さんも、小さな女の子と怖い顔の父親だけ。特訓も忘れて浜辺で楽しむうさぎたち。しかしその夜から、ペンションでは不気味な現象がはじまった。
セーラーVの劇場版を製作しているアニメ会社の原画マンの浩美が落したカット袋をスタジオへ届けた。すると、お礼に、うさぎたちとともにスタジオ見学に招待される。アニメの製作現場におおはしゃぎのうさぎとレイ。しかし、昨日とは人が変わってしまった浩美に怒鳴りつけられてしまう。浩美にはすでに妖魔が取り付いていたのだ。
ダイヤモンド国の晩餐会が開かれることになった。ルナは秘宝を受け継ぐ王女が月のプリンセスかもしれないと考えて、うさぎはお姫さまに変装して会場にもぐり込んだ。しかし、そこにはすでに幻の銀水晶を狙うネフライトが入り込んでいて、ふたたび出会ったなるを利用して、王女に近づこうとしていた。
なるは、三条院正人に恋をしてしまった。しかし三条院の正体がネフライトだと知るうさぎは大ショック。一方ネフライトは、なんとか銀水晶を手に入れて汚名を挽回しようとしていた。そのネフライトの黒水晶に浮かんだのは、なるの姿。なるの近くに銀水晶があると考えたネフライトは、なるを誘い出した。
なるを妖魔から助けてしまった自分の感情にとまどうネフライト。なるはネフライトの力になってあげたいと悩み、うさぎに相談する。家を飛び出したうさぎだが、セーラームーンの正体がネフライトにバレてしまった。ネフライトに追い詰められるうさぎ。そのときネフライトの耳に、妖魔に襲われるなるの悲鳴が響いた。
ついにクイン・メタリアが目覚め、7つの虹水晶をもとめてゾイサイトが町へ向かう。そのころ、怖いお兄さんから救ってくれた転校生の木野まこととうさぎは友達になった。放課後、ゲームセンターで“クレーンの丈”を見たまことは、「センパイにそっくり」と目を輝かせる。しかし、ゲームセンターを出た丈をゾイサイトに襲う。
ネフライトの死から立ち直れないなるを心配して、うさぎは海野も誘い横浜に行く。外人墓地で悲しみに暮れるなるを牧師が励ましてくれた。そこへゾイサイトが現われて、牧師から虹水晶を奪い妖魔が出現。危機一髪のうさぎをタキシード仮面とジュピターが救う。しかし、虹水晶はタキシード仮面が持ち去ってしまった。
中間テストで1位になった浦和が亜美に告白したいということを知ったうさぎは、恋のキューピッドになることを決意。その浦和の前にゾイサイトが現われる。しかし、予知能力でゾイサイトの出現を知っていた浦和は驚かない。そこへやってきた亜美は浦和を助けるが、自分が妖魔になったら殺してくれと亜美に頼む。
虹水晶を奪っていったタキシード仮面に思い悩むうさぎは、恋のイラストで人気の夢野ユメミの展覧会で衛を見かける。衛とともにユメミに招待されたうさぎは、そこでイラストのモデルになって欲しいと頼まれた。そして、仕上がったスケッチを見たとき、衛は過去の記憶を呼び覚まされはじめるのだった。
まんまと元基のアパートへ行ったまことは、そこで元基に恋人のレイカがいることを知って大ショック。そのことをまことから聞かされたうさぎも大ショック。しかし、レイカは留学するという。チャンス到来と喜び、レイカに会いに行ったまことは反対にレイカを元気付けてしまう。そのレイカをゾイサイトが狙っていた。
レイの祖父の前にゾイサイトが現われた。祖父が第6の虹水晶を持っているというのだ。祖父は神通力と、カラスのフォボスとディモスの助けでゾイサイトを追い返したが、翌日からようすがおかしくなってしまった。うさぎは、祖父の弟子の雄一郎のことでレイから絶交されてしまう。しかし、ふたたびゾイサイトが現われて。
大群のネコに追われたルナを助けたのは、1匹の巨大なネコのレッドバトラーだった。亜美が最後の虹水晶を突き止めたが、なんとそこはレッドバトラーの飼い主の家。ルナは別行動をとると言い張り、またしてもネコの大群に襲われてレッドバトラーに助けられてしまう。するとそこへゾイサイトが現われた。
海野がなると接近中。しかし、なかなか友達レベルから発展しない。うさぎはカッコイイ男になれば、きっとなるも振り向いてくれると海野をたきつける。勘違いした海野はタキシード海野仮面になって、なるの身辺警護を開始。うさぎは、さらに遊園地でのデートを画策したが、そこではゾイサイトの計画も進行していた。
虹水晶を持つタキシード仮面をおびき出すため、ゾイサイトはニセセーラームーン作戦を思い立つ。ニセモノを追い、コンビナートへやってきたうさぎたちは、クレーンに吊されたニセセーラームーンを発見した。ワナと知りつつ変身したうさぎたちだが、やはりクンツァイトのバリアにとらわれてしまった。
セーラーヴィーナスは月のプリンセスではなかった。一方、タキシード仮面の正体が衛だと知ったゾイサイトは、それぞれの虹水晶をかけて勝負を挑んできた。町で衛と会ったうさぎは、一緒にゾイサイトにさらわれてしまう。虹水晶を奪われて危機一髪の2人。ついにうさぎは、衛の目の前で変身した。
セーラームーンは銀水晶の力で、月のプリンセス・セレニティの記憶を取り戻した。タキシード仮面にも、地球の王子・エンディミオンの記憶が戻った。しかし衛はクンツァイトにさらわれてしまう。スターライトタワーからの脱出をこころみるセーラー戦士たち。しかしセーラームーンは、もう戦いたくないと言い出した。
タキシード仮面が連れ去られて、すっかり落ち込んでいるうさぎを励まそうと美奈子がやってきた。そして2人は話題のヘアデザイナー・カリコ床山の店へ向かう。しかし、そこはクンツァイトのワナ。妖魔に襲われた美奈子を助けるためにうさぎは変身して戦う。妖魔を追い詰めるうさぎの目の前に、赤いバラが突き刺さった。
円盤投げゲームで合格したうさぎは、ローズ屋敷のプリンセスセミナーに参加することになった。しかしそのセミナーは、クンツァイトのワナ。円盤投げがうまくて、しかも卒業できないのが、いつもドジなセーラームーンだと見破ったのだ。ほかのセーラー戦士もやってきたが、合格点が取れたのは亜美とまことだけだった。
うさぎたちは、ムーンプリンセスコンテストが開かれる月光ゲレンデへ行くことになった。はりきるうさぎだが、じつはスキーはニガテ。しかし、このコンテストもクンツァイトのワナだった。妖魔によってゲレンデが形を変えてしまい、参加者たちが倒れていく。そしてうさぎとレイもクレバスの中に閉じ込められてしまった。
金メダルペアのスケート選手・ジャネリンとミーシャが5人組の女の子に無料コーチをしてくれる。うさぎと美奈子は、5人組限定がアヤシイと言い張ってみんなを集める。しかし、はじめてのスケートでコケまくるうさぎ。一方、氷上を華麗に滑るまことを見たミーシャが、個人コーチをすると申し出てきた。
月野一家は、湖のほとりの温泉宿へ一泊旅行にやってきた。そこは、うさぎの両親が出会った思い出の場所だった。家族で露天ぶろを楽しむうさぎは、湖のほとりにたたずむ衛を見つける。しかし衛は、うさぎのことも、衛という名前も知らないと言い姿を消す。うさぎを迎えにきた母は、湖に伝わる悲しい恋人の伝説を語った。
虹水晶を持っていた妖魔7人衆のうち、5人が黒水晶に取り込まれた。残るのは浦和とレイの祖父だけ。レイの祖父を守るために集まったセーラー戦士たち。そして浦和を迎えに、亜美とまことが町へ向かう。しかし浦和の前には、すでにエンディミオンが出現。ジュピターが戦うあいだに、マーキュリーと浦和は遊園地へ逃げ込んだ。
美奈子はイギリス時代の知合いの国際警察官のカタリナに会っていた。美奈子がセーラーVだった過去を知るカタリナは、セーラー戦士の連絡先を教えて欲しいと頼んできた。カタリナは、すでにクンツァイトに操られていたのだ。美奈子は、その行動を熟知するカタリナの妖魔に追い詰められ、ピンチにおちいってしまった。
セーラー戦士たちがうちわもめしているという情報が、ダーク・キングダムに伝わってきた。真偽を確かめるべく、クンツァイトは妖魔に指令を下す。妖魔の前でも仲間割れを始めるセーラー戦士たち。うさぎは妖魔が変装した週刊誌の記者に、セーラームーンがタキシード仮面のために仲間を裏切ると伝えるのだが…。
ヴィーナスとアルテミスがダーク・キングダムへの道を発見した。洞窟のようなその道を進むセーラー戦士たち。しかしクンツァイトに阻まれてしまう。その時、銀水晶が輝き、セーラームーンたちは月の王国シルバー・ミレニアムの廃墟へ飛ばされ、そこでクイーン・セレニティから、太古の月と地球の物語を聞かされる。
ダーク・キングダムとの最終決戦を前に決意を新たにするセーラー戦士たちは、セーラーテレポートで北極圏Dポイントへやってきた。しかし、セーラー戦士抹殺のために送り込まれた、5人のD．D．ガールズの卑劣な戦法に苦しむセーラー戦士。ついに、D．D．ガールズにつかまったジュピターは、相打ちを覚悟で電撃を放った。
ダーク・キングダムにたどり着いたセーラームーンの前にクイン・ベリルが姿を現した。しかも、そのかたわらにはエンディミオンの姿があった。セーラームーンに襲いかかるエンディミオン。セーラームーンは傷付き、涙を溢れさせながら、エンディミオンに目を覚ますよう必死に訴え続ける。「あたし、セレニティです…」
