ギリシアにあるサンクチュアリで聖闘士になるための修行をしてきた星矢は、聖闘士の証ともいえる聖衣を手に入れるため、幼い頃より競い合ってきたカシオスと戦うことになった。しかし星矢は今までカシオスに勝てた試しがない。勝負は始まる前から決まっていたかに思えたが、星矢の身体には今までにない力がみなぎっていた！
日本へと戻ってきた星矢を待っていたのは、聖闘士同士を戦わせる銀河戦争（ギャラクシアン・ウォーズ）だった。一度は参加を拒否する星矢だったが、行方不明の姉・星華を捜し出すために出場することになる。そして戦いの日が来た。星矢の初戦の相手は、修行中に何万頭ものクマを葬ってきたベアー激だ。
銀河戦争が始まったというのに、いまだ姿を現さない二人の聖闘士がいた。そのうちの一人、キグナスの聖闘士・氷河は修行の地であるシベリアにいた。彼は星矢の戦いぶりを知ると、氷の海で眠るマーマに別れを告げ、己の力を確かめるべく銀河戦争への参戦を決める。そして初戦の相手・毒爪を持つヒドラ市に挑むが…。
星矢の二回戦の相手は、中国の五老蜂で修行を積んだドラゴン紫龍。果敢に攻める星矢だが、ドラゴンの左腕に装着された盾はダイアモンドを超える強度を誇り、容易に打ち破ることは出来ない。しかも右の拳は盾と同等の強度を誇っている。攻防に完璧なドラゴンに星矢は苦戦。しかし彼の脳裏に、起死回生の打開策がひらめいた！
星矢と紫龍は聖衣を脱ぎ捨て、決着をつけるべく激闘を繰り広げる。聖闘士の攻撃力は超人的だが、身体は普通の人間と同じ。必殺の一撃を受けることは死を意味する…。自分の力に絶対の自信がある紫龍は余裕の表情を崩さない。しかし星矢は、紫龍の必殺技・廬山昇龍覇の弱点が「龍の右拳」に隠されていることに気付いていた
星矢と紫龍の死闘も終わり、アンドロメダ瞬とユニコーン邪武の戦いが始まっていた。無益な争いを望まぬ瞬だったが、戦いが避けられないと知ると、ネビュラチェーンで容赦なく邪武を叩きのめす。しかしネビュラチェーンが、突如として謎めいた警告の文字を形作って瞬に示す。「ＡＸＩＡ」…その言葉が意味するものとは？
ネビュラチェーンが警告したのは、デスクィーン島から帰ってきたフェニックスの聖闘士・一輝の出現だった。一輝は他ならぬ瞬の兄。弟思いだったはずの彼が、まるで人が変わったように攻撃的小宇宙で瞬に襲いかかってくる。静止に入った邪武や対戦相手の那智までも倒してしまった彼の目的とは、一体何なのか？
一輝は自らの影とも言うべき暗黒フェニックスたちに命を下し、黄金聖衣を奪取。悠々とグラードコロッセオを後にする。星矢たちは戦いの傷も癒えぬまま、奪われた黄金聖衣を取り戻すために一輝の後を追う。その一輝は黄金聖衣を装着して強大な力を得ることで、ある復讐を遂げようと画策していた。
星矢たちは黄金聖衣の4つのパーツを奪い返したものの、残る5つのパーツは依然として一輝のもとにある。一輝の変貌ぶりに心を痛める瞬は、いつしか二人の想い出の場所である大樹のもとへと足を向けていた。そこに暗黒聖闘士が現れ、瞬に襲いかかってくる。彼こそ一輝配下の暗黒四天王の一人、暗黒スワンだった！
破壊されたペガサスとドラゴンの聖衣を修復するため、紫龍は世界でただ一人聖衣を修復できる人物・ムウの住むジャミールへと向かった。だがそこは聖衣の墓場と呼ばれる恐ろしい場所で、たどり着いた紫龍の前に、聖闘士の亡霊たちが立ちはだかる。紫龍は亡霊たちを倒し、ムウのもとに辿り着くことが出来るのか？
星矢たちは黄金聖衣のパーツを賭け、暗黒聖闘士と決戦を繰り広げることになった。一輝が戦いの場に指定した殺生谷に到着するが、紫龍の姿はない。落胆する星矢の前に、紫龍の魂に導かれるようにペガサスの聖衣だけが現われる。聖衣を運んできた貴鬼によると、修復には紫龍の命が必要だったらしい…。
暗黒スワンを倒した氷河は、決着をつけるべく一輝のもとへと向かう。しかし聖闘士には同じ技は二度と通用しない。氷河はダイヤモンドダストを弾き返され、逆に一輝の幻魔拳を食らってしまう。精神を破壊された氷河は、怒りの力で必殺のオーロラサンダーアタックを繰り出すが、それでさえ一輝には通用しなかった…。
ようやく戻ってきた紫龍だったが、聖衣の修復に己の血を大量に流していたため、かすり傷からの出血でも死に至るほど弱っていた。相対する暗黒ドラゴンは、指先一つで紫龍を吹っ飛ばすほどの強者。紫龍はこの強敵を倒すため、弱っている時に使えば全身から血が噴き出すことを承知で、廬山昇龍覇を放った！
紫龍と瞬はようやく一輝のもとにたどり着き、死の淵からよみがえった星矢と氷河も戦線に復帰。しかし一輝は、四対一の絶対的に不利な状況に陥ったにも関わらず、余裕の表情を崩さない。幻魔拳を氷河にはね返されながらも、必殺の鳳翼天翔で四人を一掃。星矢だけが黄金聖衣に守られ、一輝に最後の決戦を挑む。
星矢は友情の小宇宙に守られ、ついに一輝を打ち破った。一輝は敗北を認め、自分が変貌した理由を語る。デスクィーン島での生き地獄のような日々、最愛の人エスメラルダの死、そして自らの手で師匠を殺してしまったこと……暗く悲劇的な過去を語る一輝。そこに謎の武装集団が、黄金聖衣を奪うために現れた。
突如として現れたドクラテスに、黄金聖衣は頭部を残して持ち去られてしまった。一輝までも失って戻ってきた傷心の星矢たちを、沙織は暖かく城戸邸に迎え入れる。一方、サクンクチュアリでは温厚だった教皇が崩御し、野心家である弟のアーレスが後を継いでいた。そのアーレスこそ、黄金聖衣を狙う張本人だった！
ドクラテスが城戸邸を襲撃、沙織と辰巳がさらわれてしまった。ドクラテスは二人の命と引き換えに、黄金聖衣の頭部を渡すよう星矢たちを脅迫する。星矢は万が一のことを考えて、瞬と二人だけで指定されたグラードコロッセオに向かう。そして人質交換が行われるが、ドクラテスは予想通り卑怯な手段に出る。
サンクチュアリの参謀長ギガースは幽霊（ゴースト）聖闘士のガイストに、刑の軽減と引き換えに、黄金聖衣の奪取を命じた。ガイストは前教皇に終生遠島の刑にあったシャイナの妹分である。ガイストは手下の幽霊聖闘士三羽ガラスに命じ、グラード財団のタンカーをシージャック。乗員の命と引き換えに黄金聖衣を要求してくる。
星矢たちは幽霊聖闘士三羽ガラスを追いつめるが、ガイストの放ったファントム幻惑拳によって、黄金聖衣の頭部を持ち去られてしまう。落ち込む星矢たちに、沙織は幽霊聖闘士のアジトが魔界島にあることを伝える。汚名返上を期して魔界島に乗り込んだ星矢たちを、幽霊聖闘士の仕掛けた巧妙極まりない罠が待ち受ける！
沙織は次々に起こる不穏な動きを警戒し、瞬に守られて山奥の山荘へと身を隠すことになった。星矢、紫龍、氷河は、各々の師匠に現在の情勢について尋ねるべく修行地へと旅立つ。しかし魔鈴を訪ねてサンクチュアリに戻った星矢を待っていたのは、屈辱を晴らすために聖衣を着て戦いを挑もうとするシャイナだった。
シベリアに戻った氷河を迎えたのは、まるで人の変わってしまった師匠・水晶（クリスタル）聖闘士だった。水晶聖闘士は、氷河を抹殺して黄金聖衣の頭部を手に入れると宣言。悪鬼の表情で襲いかかってくる。氷河は驚きのあまり、逃げ惑うことしか出来ない。水晶聖闘士の身に、いったい何が起こったのか？
度重なる失敗で後がなくなったギガースは、星矢たちが留守で手薄になった日本へとやって来た。部下の炎熱聖闘士を使い城戸邸に火を放ったギガースは、心配して戻ってきた辰巳を拉致すると、沙織たちの隠れている場所を突き止める。沙織と黄金聖衣の頭部は、瞬が一人で守り切らねばならない…。
炎の中から復活を果たした一輝が、星矢たちの仲間として合流した。各々が持ち帰った情報によって、立ち向かうべき敵はサンクチュアリを悪の力で支配する新教皇アーレスと判明。星矢たちの意気は上がる。しかし新たに参謀長に就任したパエトンが、魔鈴ら白銀聖闘士に青銅聖闘士を抹殺するように命令を下す。
星矢の前に現れた白銀聖闘士・蜥蜴星座（リザド）のミスティ。実力は星矢をはるかに上回り、ペガサス流星拳も全く通用しない。ミスティの必殺技マーブルトリパーをまともに食らった星矢だが、不屈の闘志で立ち上がり、あきらめずに立ち向かってゆく。そしてついに、ミスティ攻略の突破口が見えた！
白銀聖闘士から死の制裁を受けることになった魔鈴。救出すべく駆けつけた星矢は、彼女こそ探し続けていた姉だと知らされ、驚きを隠せない。それでも強敵モーゼスを撃退するが、相手の心を読むことができるアステリオンに敗北を喫してしまう。ピンチを救うべく現れたのは、貴鬼に助けられて戦線に復帰した魔鈴だった。
グラードコロッセオに集まった星矢たちを一網打尽にすべく、白銀聖闘士のバベルが襲いかかってきた。バベルの操る紅蓮の炎に、星矢たちは苦戦を強いられる。そこに、見たこともない聖衣をまとった３人組が現われた。鋼鉄（スチール）聖闘士と名乗る３人組は、突然バベルに襲いかかる！
サンクチュアリへ偵察に向かうことになった星矢、瞬、紫龍。ところが、乗っていた飛行機が操縦不能に陥り、墜落してしまう。星矢への復讐に燃えるシャイナが、連れていたスパルタンに命じて念動力を使わせたのだ。シャイナとスパルタンにペルセウス座のアルゴルを加え、不時着した地中海の孤島を舞台に戦いが始まる。
アルゴルの持つメドゥサの盾で、星矢と瞬が石に変えられてしまった！ 残された紫龍はアルゴルを倒して２人を元に戻そうとするが、メドゥサの盾から目をそらしている必要があるため防戦一方。しかも盾は直接見ない人間にも効果を及ぼす力を秘めており、紫龍は肝心のドラゴンの盾がある左腕を石に変えられてしまう。
戦いには勝利したものの、紫龍の眼は医者からも絶望的と宣告されるほどの傷を負っていた。治療のために五老蜂へと帰る紫龍。見送る星矢たちの心には、やり場のない苛立ちだけが残る。さらに一輝が別行動を取ると宣言、沙織のもとを離れてしまう。次々に聖闘士が去ったことで、沙織はアテナとしての自信を失ってしまい…。
沙織を誘拐したのは、白銀聖闘士・烏座（クロウ）のジャミアンの操るカラスたちだった。後を追った星矢は、沙織の救出には成功するものの、骨折して右腕が使いものにならなくなってしまう。背後は切り立った崖、両側にはジャミアンとシャイナが迫る。意を決した星矢は、死中に活を見出すべく目の前の絶壁からダイブする！
瞬と氷河が駆けつけてジャミアンを撃退したものの、新たな白銀聖闘士・地獄の番犬座（ケルベロス）のダンテと、御者座（アウリガ）のカペラが沙織を狙って現れた。攻撃を受けた瞬と氷河は、断崖絶壁に突き落とされてしまう。残された沙織の危機を救うべくやって来たのは、それまで単独行動を取っていた一輝だった！
一輝はふたたび単独行動をとり、デスクィーン島に戻ってきた。忌まわしい思い出しか残されていないデスクィーン島に戻ってきたのは、新たに暗黒聖闘士の首領になったジャンゴから挑戦状を受けたからだ。たった一人で暗黒聖闘士の残党と戦う一輝に、アーレスが恐るべき罠をしかける。
紫龍は五老蜂に戻って眼の治療を続けていたが、春麗の懸命な看病もむなしく、一向に回復する兆しを見せなかった。光なきドラゴンの前に現れたのは、かつての同門・王虎だった。力のみを追い求める姿勢を改めようとせず、老師から破門を言い渡されていたが、紫龍と決着をつけるために帰ってきたのだ。
紫龍は失明によるショックから、完全に闘志を失っていた。抜け殻のような男との決着を潔しとせず、王虎は戦いを先に延ばす。しかし時は来た。紫龍は己の戦う意味さえ見出せず、王虎との命を賭けた決戦に臨む。聖闘士とのあるべき姿を取り戻し、牙を剥く宿敵に打ち勝つことが出来るのか…？
星矢は紫龍の眼を直す手がかりを求め、ジャミールのムウを訪ねる。ムウは姿を消していたが、貴鬼から万病に効くという命の水がこの地に伝わっていることを聞く。その頃、日本では黄金聖衣の頭部が消え失せ、大騒動になっていた。しかもサンクチュアリにある黄金聖衣まで姿を消していた！
行方不明になった黄金聖衣はいまだ見つからない。そこでアーレスは、まず邪魔な星矢たち青銅聖闘士を抹殺しようと、黄金聖闘士・蠍座（スコーピオン）のミロをサンクチュアリに呼び寄せる。一方、星矢の前には、彼の命を狙うシャイナがまたしても姿を現す。シャイナは星矢本人さえ忘れていた、因縁の過去を語り始める…。
シャイナの拳をかわし続ける星矢は、強大な小宇宙が突如として迫ってくるのを感じる。それは黄金聖闘士・獅子座（レオ）のアイオリアのものだった。アーレスの勅命を受け、青銅聖闘士を抹殺しに来たと言うアイオリア。手も足も出ない星矢をかばって自ら盾となったのは、他ならぬシャイナだった。
消えたはずの射手座の黄金聖衣が、星矢の危機に姿を現す。黄金聖衣は星矢の体を包み、凄まじい威力で三人の白銀聖闘士を一瞬の内に葬り去る。聖衣の上では対等になったものの、星矢とアイオリアには歴然たる実力差が存在している。ふたたび彼が危機に陥ると、雄大な小宇宙をまとった沙織が姿を現した！
黄金聖闘士アイオリアの襲撃によって、星矢たちは、ついに教皇アーレスが本気で戦いを挑んできたことを知った。その頃、治療のために五老峰を訪れていた紫龍は、老師から黄金聖闘士の存在を聞く。愕然とする彼の前に、アーレスの勅命に従って老師を抹殺するため、蟹座キャンサーの黄金聖闘士デスマスクが現れる！
激しさを増す教皇アーレスとの戦い。見かねた沙織は、直接サンクチュアリに乗りこんで決着をつけることにした。激戦を前に、最後の休息を楽しむ星矢たち。そして決戦の日、旅立ちの時を迎えた瞬の前に、共に修行の日々を送ったカメレオン座のジュネが現れる。ジュネは瞬に、驚くべき事実を告げる！
アンドロメダの宿命に従って、瞬をサンクチュアリへの生け贄に捧げるべく、レダとスピカが戦いを挑んできた。宿命は己で切り開くものと、一輝から教わった瞬は、絶体絶命の危機を何とか一人で切り抜ける。その頃サンクチュアリでは、沙織から真実を聞いたアイオリアが、教皇アーレスに対して戦いを挑んでいた。
矢座のトレミーの放った黄金の矢が、沙織の胸に突き刺さった。このままでは矢が心臓にまで達してしまう…沙織の命を救うには、12時間以内に十二宮を突破して、教皇の間にいるアーレスを連れてくるしかない。星矢たちは、最初の宮である白羊宮へと急ぐ。だが、そこに待っていたのは驚くべき人物だった！
星矢たちの傷ついた青銅聖衣は、ムウによって完全に修復された。さらにムウは、小宇宙の神髄が、人間の第六感を超えた第七感・セブンセンシズにあることを教える。気持ちも新たに、第二の宮である金牛宮へ向かった星矢たち。彼らを待っていたのは、牡牛座タウラスの黄金聖闘士アルデバランだった。
黄金聖闘士アルデバランとの激戦のさなか、星矢は傷つきながらも、ついに究極の小宇宙であるセブンセンシズに目覚めた。黄金の角を折られ、潔く自らの敗北を認めたアルデバランは、星矢たち青銅聖闘士を次へと進ませることを許す。しかし、次なる双児宮には、得体の知れない怪しい小宇宙が立ち込めていた…。
双児宮に突入したものの、星矢たちは迷宮に入ったように道を見失って、抜け出せずにいた。そこで二手に分かれるたところ、瞬と氷河の前に双子座ジェミニの黄金聖闘士が現れる。果敢に戦いを挑む氷河の攻撃は、なぜかすべてはね返されてしまう。一方、別の道を進む星矢と紫龍の前にも、双子座の黄金聖闘士が現れていた！
ジェミニの必殺技・アナザーディメンジョンによって、氷河は異次元の彼方に吹き飛ばされてしまった。瞬も危ういところだったが、危機を知った一輝によって、間一髪のところで救われる。双児宮の迷宮も消えたが、異次元に囚われたままの氷河を見捨てるわけにはいかない。瞬は危険を承知で、あえてジェミニに戦いを挑む！
セブンセンシズに目覚めた瞬の一撃が、双子座の黄金聖闘士は退けた。異次元に飛ばされていた氷河も、無事に十二宮へと戻ることに成功する。だが、彼の前に、水瓶座アクエリアスの黄金聖闘士・カミュが現れた。このカミュこそ、氷河の師である水晶聖闘士を育てた男だった。カミュはなぜか、氷河に戦いを挑んでくる。
第四の宮である巨蟹宮へと突入した星矢と紫龍は、苦悶の表情を浮かべる人の顔が、床や壁一面に並んでいるのを見て驚く。巨蟹宮の守護者・デスマスクに命を奪われ、いまだ成仏できずにいる人々の顔だ。正義を守るはずの聖闘士にあるまじき行為に、紫龍は怒り心頭。星矢を先に行かせ、単身デスマスクに立ち向かう！
デスマスクの必殺技・積尸気冥界波を受けた紫龍は、生きながらにして死の国である積尸気へと送り込まれてしまう。しかし、無事を祈り続ける春麗の献身的な祈りが、紫龍に絶えず活力を与え続けていた。そのことに気づいたデスマスクは、積尸気にやって来ると、自らの手で紫龍を冥界の穴へと叩き落とそうとするが…。
デスマスクは念動波で、中国にいる春麗を滝つぼに突き落としてしまう。情け容赦のない悪行に、紫龍の怒りは頂点に達した。逆襲に転じる紫龍だったが、黄金聖衣をまとったデスマスクには、大きなダメージが与えられない。勝ち誇るデスマスク。ところが、予想だにしなかった事態が発生し…。
第５の宮・獅子宮にたどり着いた星矢。彼を待っていたのは、沙織を認めて忠誠を誓ったアイオリアだった。しかしアイオリアは、人が変わったような態度で、星矢に容赦のない攻撃をしかけてくる。一方、星矢たちがサンクチュアリに向かったことを聞いた魔鈴は、急遽十二宮を目指す。
魔鈴の小宇宙を受け取った星矢は、アイオリアの光速拳を見切り、ようやく一撃を入れることに成功。だが、立ち上がってきたアイオリアは、まるで悪鬼のような表情で、情け容赦なく星矢をなぶり始める。日本からサンクチュアリに戻った後、アイオリアの身に何が起きたというのか…？
伝説の魔拳・幻朧魔皇拳によって、アイオリアはアーレスに、頭脳を支配されていた。正気を取り戻すためには、目の前で人がひとり死ななければならないことを、星矢は知るよしもない。その頃、獅子宮にたどり着いた紫龍と瞬の前には、かつて星矢とペガサスの聖衣の持ち主の座を争ったカシオスが現れ…。
カシオスの尊い犠牲によって、アイオリアは自らの意志を取り戻すことに成功。先を急ごうとする星矢たちに、次なる処女宮の守護者・乙女座バルゴのシャカこそ、「もっとも神に近い男」と言われるほどの実力者だと教える。一方、カノン島で翼を休めていた一輝の命を狙って、サンクチュアリから刺客が送り込まれる。
一輝に襲いかかったのは、シャカの高弟・孔雀座パーヴォのシヴァと、蓮座ロータスのアゴラ。苦戦する一輝は本来の力ではなく、何者かによって動きを封じられている。「もっとも神に近い男」とうたわれる、シャカの実力は想像を超えていた。沙織の小宇宙さえ遮断するほどの力を持っていたのだ！
処女宮に突入した星矢と紫龍と瞬は、アイオリアの忠告に従い、シャカの目が開く前に戦いを終わらせようと積極的に攻撃をしかける。だが、計り知れない力を持つシャカの前に、三人はあっけなく敗北を喫してしまう。止めを刺そうとするシャカ。その時、完全復活を果たして戦線に復帰した一輝が現れた。
シャカの六道輪廻によって、意識を失ったかに見えた一輝だったが、起死回生の幻魔拳を放つことに成功する。だが、それすらもシャカには通用せず、自分自身が幻の世界におちて幼い日の己の姿を見てしまう。圧倒的な実力差の前になすすべもない一輝をあざ笑うかのように、シャカは不死身の鳳凰座の聖衣を粉砕してしまう！
ついにシャカが目を開き、秘めたる本領を発揮し始めた。驚異的な力の前に、一輝は五感をすべて失ってしまう。身動きできなくなった一輝にシャカは止めを刺そうとするが、そこへ意識を取り戻した瞬が戦いを挑んできた。だが、その瞬を制止する声が響いてくる。それは五感を失ってもなお、戦うことをあきらめない一輝の心の声だった！
一輝の尊い犠牲によって、星矢たちはシャカの守護する処女宮を通り抜けた。次なる宮は天秤宮。他ならぬ老師が守護する宮だけに、すぐに通り抜けられるはず…ところが、そこには氷づけにされた氷河が待っていた。愕然とする星矢たちだが、氷河の命の灯は微かに燃え続け、まだ消えてはいなかった。
氷河は仲間たちによって氷の棺から救出されたが、カミュの冷気によって著しく体力が減少していた。星矢と紫龍は、氷河が体力を回復するまでの間の保護を、瞬に任せて次なる宮へ向かう。天蠍宮に到着した二人は、嫌な予感に襲われて天秤宮に戻ろうとするが、黄金聖闘士・蠍座スコーピオンのミロが行く手を阻まれる。
献身的な瞬の小宇宙によって、氷河は死の淵からよみがえり、天蠍宮に現れた。彼は意識を失った瞬を星矢に託して先に進ませる。そして、ミロと戦闘開始！ 一方、黄金の矢によって意識を失ったままの沙織の前には、雑兵たちが大挙して押し寄せていた。この危機を、ムウは何故か静観したままで…。
ミロのスカーレットニードルが炸裂。五感を徐々に失ってゆく氷河は、逆転を狙ったオーロラサンダ―アタックを放つ。だが、黄金聖闘士のミロには通用せず、逆にスカーレットニードルを受けた傷から大量の出血をしてしまう。崩れ落ちてもなお戦おうとする氷河に、ミロはカミュの真意を教える。
ただ倒れるだけの沙織を憐れみ、辰巳が愛用の錫杖を持たせると、どこからともなく射手座の黄金聖衣が飛来した。不思議がる邪武たちに、辰巳は射手座の黄金聖闘士・アイオロスについて語る。やがて射手座の黄金聖衣は共鳴を始める。13年ぶりに、サンクチュアリに12体の黄金聖衣が勢ぞろいしたのだ！
無人の人馬宮へと突入した星矢たちは、出口が見つからずに足止めを食ってしまう。そこへ突然、射手座の黄金聖衣が飛来して矢を放つ。驚く星矢だったが、矢が刺さった場所から隠し通路らしきものが発見された！ 遅れてきた氷河も合流し、隠し通路に入ってゆく星矢たち。死の罠が待ち受けているとも知らずに…。
星矢たちはアイオロスの残した言葉に力を得て、決意も新たに次なる宮・磨羯宮にやって来た。魔羯宮には伝説にあるアテナ像があったが、守護者らしき者の姿は見当たらない。先の宮に向かうべく外へ出ようとした一同に、突然、凄まじい衝撃波が襲いかかる。山羊座カプリコーンの黄金聖闘士・シュラの攻撃だ！
シュラと戦う紫龍。すべてを切り裂くというシュラの聖剣・エクスカリバーの前に苦戦するが、廬山昇龍覇の弱点をあえてさらすことで、シュラの左腕を粉砕するのに成功する。だが、満身創痍の紫龍には、それ以上シュラに対抗する術はない。たったひとつ、老師によって禁じられた必殺技・廬山亢龍覇を使うより他には…。
カミュの待つ宝瓶宮にたどり着いた氷河は、この場は自分に任せるよう星矢と瞬に頼む。師に対する弟子として、自らの手で決着をつけようと心に決めていたのだ。そして二人の戦いが始まった。冷気を操る聖闘士二人は、原子の動きを止めるとも言われる絶対零度にいかに近付くか、熱き戦いを繰り広げる。
紫龍に続き氷河までも、尊い命を散らしていった…。星矢と瞬はそれでも足を止めることなく、最後の宮である双魚宮にたどり着く。瞬は、星矢ひとりだけでも教皇の間に進ませるため、この場を自分に任せて先へ向かうように主張。彼の前に現れたのは、十二宮を守る最後の黄金聖闘士・魚座ピスケスのアフロディーテだった。
星矢を先に進ませたものの、教皇の間に至る道には猛毒のデモンローズが咲き乱れていることを聞いて、瞬は愕然となる。アフロディーテは、自分こそ瞬の師匠であるアルビオレを教皇の密命によって抹殺した張本人だと、自慢げに打ち明ける。はからずも師の仇に巡り会い、瞬の怒りの小宇宙は燃え上がる！
アフロディーテこそ、恩師アルビオレの仇と知って、瞬は全力を持って戦うことを決意した。しかし、アフロディーテの放った黒バラ・ピラニアンローズによって、２本のチェーンはおろか、聖衣まで粉々にされてしまう。万策尽きたかに見えた瞬だったが、彼の小宇宙はアフロディーテを驚かせるほど大きくなっていった！
デモンローズによって身体がマヒした星矢は、教皇の間を前にして倒れていた。魔鈴が助けに駆けつけるが、彼女もここまで来るのに相当なダメージを受けていた。星矢を救出したものの、途中で倒れてしまった魔鈴。意識を取り戻した星矢は、流星拳でデモンローズを吹き飛ばすと、魔鈴をシャイナに任せて教皇の間へ急ぐ！
自分の罪を悔いたはずの教皇が、別人のような態度に変わってゆく。豹変した教皇は、双子座の黄金聖衣をまとって星矢に襲いかかってきた！ 一方、ムウの助けを借りて処女宮に戻って来たシャカは、一輝が再び戦えるように鳳凰座の聖衣を与える。そして星矢を助けるため、一刻も早く教皇の間へと向かうように言う。
星矢の活躍によって、一命をとりとめた沙織。今まで星矢たち青銅聖闘士の活躍を見守っていた老師も、ついに13年前の真実を黄金聖闘士たちに語った。すべては、世界をその手に握ろうとする悪の心に負けた男、双子座の黄金聖闘士・サガの陰謀だったのだ。沙織は黄金聖闘士たちを従え、サガの待つ教皇の間へと向かう！
北欧神話に語りつがれている伝説の地・アスガルド。この地を治めるヒルダの心に異変が起こった。サンクチュアリ打倒のため、北欧神話最強の７人と言われる神闘士（ゴッドウォーリアー）を招集したのだ。その一人、ゼータ星ミザールのシドは、黄金聖闘士のアルデバランを倒し、沙織の命を狙って城戸邸を襲撃する！
アスガルドに偵察に向かった氷河は、ヒルダの妹であるフレアを保護する。沙織に会ったフレアは、姉のヒルダが数日前から別人のようになってしまったことを語る。しかもオーディーンへの祈りを捧げることを止めてしまったため、このままでは北極と南極の氷が溶けてしまうらしい。地上は大洪水になってしまうというのだ！
ヒルダに邪悪な心を植えつけているのは、黄金の指輪ニーベルンゲン・リングだった。指輪を外してヒルダを元に戻そうと、星矢たちはワルハラ宮殿に向かう。彼らの前に立ちはだかったのは、ガンマ星フェクダのトールだった。星矢は氷河と瞬を先に行かせ、二本の戦斧を駆使する強敵に、ひとりで立ち向かうことを決意する！
トールの猛攻に追いつめられる星矢を、ようやく合流した紫龍が救った。老師を訊ねた紫龍によると、ニーベルンゲン・リングの魔力を断ち切れるのは、伝説のバルムングの剣のみだという。剣を手に入れるためには、７人の神闘士を倒し、彼らの守護石であるオーディーン・サファイアを手に入れなければならない。
神闘士を倒してオーディーン・サファイアを手に入れるため、星矢たちは別行動を取り、四方からワルハラ宮殿に向かった。途中、十二宮でのシュラ戦を回想していた紫龍に、狼の群れが襲いかかってくる。何とか蹴散らした紫龍の前に現れたのは、狼使いの神闘士・イプシロン星アリオトのフェンリルだった！
フェンリルと狼たちの波状攻撃に、紫龍は視力を奪われてしまう。倒れる度に起き上がり、戦いを挑む紫龍。不屈の闘志に驚くフェンリルに、紫龍は信じることの尊さを語る。しかし、信じられるものは狼だけと言うフェンリルは、自らの過去を語り始める。それは、幼き日の彼を変えた悲劇だった…。
人間の素晴らしさを説く紫龍と、人間など信じられないと叫ぶフェンリル。二人の激闘は際限なく続いている。互いに必殺拳を見切り、決定打に欠けていたのだ。その頃、氷河は後を追っていた怪しい影の正体を突き止める。荒くれ馬の異名を持つ神闘士・ベータ星メラクのハーゲンだったのだ！
ハーゲンと拳を交える氷河だが、何とか戦いを止めようと、フレアに助けてもらった経緯を説明する。しかし、あくまでも氷河がフレアをたぶらかし、ヒルダとの姉妹の絆を断ち切ったと思い込むハーゲンは、心から訴える言葉にも耳を貸さない。そして、自慢の凍結拳の効果が薄いとみたハーゲンは、ある場所に氷河を誘い込む。
氷河はハーゲンと、マグマが煮えたぎる灼熱の地で戦うことになった。この場所で長年修行を積んできたハーゲンに対し、シベリア育ちの氷河にとっては、最も過酷な戦場だ。その頃、ハーゲンと氷河が戦っていることを貴鬼から聞いたフレアは、二人の戦いを止めさせようと戦場へと急いでいた。
フレアを貴鬼に任せ、先へと進む氷河。一方、傷付いた星矢は、黄金聖闘士たちが聖衣をよみがえらせるために命をかけてくれたことを思い出していた。瞬はひとり無傷で進んでいたが、どこからともなく竪琴の音色が聞こえてくるのに気付く。それは神闘士・エータ星ベネトナーシュのミーメが奏でる葬送曲だった…。
ミーメは殺気を全く帯びておらず、アンドロメダのチェーンが反応しない。困惑する瞬に、ミーメは光速の動きから鋭い拳を続けざまに浴びせる。苦戦する瞬は、竪琴の音色によって自分が幻惑されていたことに気づく。ようやく反撃開始と思われたが、攻撃はまたしてもミーメには通用しなかった…。
ミーメのストリンガー・レクイエムによって、瞬の命は風前の灯だった。そこに、瞬の危機を察知した一輝が現れる。ミーメの瞳の奥に何かを感じながらも、一輝は戦いを挑む。だが、ミーメの光速拳は徐々にスピードと威力を増し、一輝でさえかわせないほどの攻撃に変化してゆく。果たして一輝に勝機はあるのだろうか…？
一輝の放った起死回生の幻魔拳によって、ミーメの過去が暴かれる。自分自身ですら気付かずにいた心の奥底を知り、ミーメは激しく動揺する。しかし、それ以上に燃えたぎったのは、自らの心を暴いてしまった一輝に対する怒りだった。ミーメ必殺のストリンガー・レクイエムの弦が、一輝を地獄へと追いやる！
敗北の続く神闘士の名誉を挽回するため、アスガルド随一の頭脳の持ち主と呼ばれる男・デルタ星メグレスのアルベリッヒが出陣する。宮殿を出ようとしたアルベリッヒは、侵入者を見つけて後を追う。その侵入者こそ、星矢たちをサポートするためアスガルドに乗り込んできた魔鈴だった。
アメジスト・シールドによって囚われの身となった魔鈴を盾に、アルベリッヒは星矢に降伏を迫る。星矢はアテナのために戦うことが聖闘士の務めだと苦渋の決断を下し、構わずアルベリッヒに攻撃を仕掛ける。状況が不利だと感じたアルベリッヒは、炎の剣で星矢を攻撃。そして、またしても紫水晶が輝いて…。
魔鈴に続いて星矢までもが、紫水晶の中に閉じ込められてしまう。二人の身を案じるあまり、実力を発揮できない氷河。余裕のアルベリッヒは、確実に敵を葬り去るため、氷河を精霊たちの棲む森へと誘い込む。アルベリッヒ家に代々伝わる技によって、自然の精霊たちが意志を持ち、一斉に氷河に襲いかかってくる！
ようやく戦線に復帰した紫龍が、氷河の危機を知って駆けつける。今度は紫龍を倒そうと、アルベリッヒはアメジスト・シールドを放つが、最強を誇るドラゴンの盾を前にしては通用しない。そこでアルベリッヒは、ふたたび大自然の精霊たちの力を使って紫龍を追いつめる。苦戦する紫龍に、老師はある助言を与える…。
一足先にワルハラ宮殿へと到着した瞬を待っていたのは、日本でも戦ったことのある神闘士のシドだった。シドとの激闘が始まったところに、星矢と氷河が駆けつけるが、瞬はこの場は自分に任せて先に進むように言う。一方、倒れていた魔鈴を介抱したシャイナは、シドの身に恐るべき影が存在することを聞いていた！
シドの凍気によって、アンドロメダの鎖は力を失ってしまった。余裕のシドは、必殺の一撃を瞬に放つ。意識を失ってゆく瞬に、遠く離れている一輝が語りかける。その言葉が、失われかけていた瞬の闘志に火を点けた。瞬は聖衣を脱ぎ捨てると、２度と使わないと決めていた生身の拳でシドに挑む！
苦戦の末、ようやくシドを倒した瞬を新たな危機が襲った。シドの影である神闘士・ゼータ星アルコルのバドだ。シャイナによってバドの放った不意の一撃から救われるが、シドとの死闘で受けたダメージは大きく、瞬は力尽きてしまう。その時、一輝がまたしても不死鳥のごとくよみがえり、駆けつけてきた。
バドは弟のシドに代わって正式な神闘士になるという野望を燃やし、そのために必要なオーディーン・サファイアを欲していた。執念の攻撃の前に、苦戦を強いられる一輝。だが、真実の兄弟の絆を信じる一輝の放った幻魔拳が、ついにバドに炸裂する。そして、自分自身でさえ気付かずにいた想いを知ったバドは…。
兄弟のきずなを取り戻し、バドは静かに戦いの場から消えていった。これで残る神闘士は、アルファ星ドゥベのジークフリートを残すのみ。だが、北欧神話最強の勇者と言われるジークフリートの実力はケタ違いで、圧倒的な力をもって星矢と一輝を倒してしまう。ヒルダの身代わりとなっていた沙織にも、限界が近付いていて…。
最強の神闘士ジークフリートの前に、次々に倒れてゆく青銅聖闘士たち。危機を知った紫龍が残された小宇宙を燃やして駆けつけるが、彼の拳もことごとくジークフリートに弾き返されてしまう。伝えられる神話と同じ不死身の肉体を持つジークフリートに屈するかに見えたその時、紫龍の耳に老師の声が聞こえてくる。
紫龍の捨て身の行動によって、星矢はジークフリートの弱点を知ることができた。最後の希望である星矢に、残る小宇宙のすべて託す青銅聖闘士と沙織。彼らの姿を見て、自分たちの正義に迷いを覚えたジークフリートは、ヒルダの命令を無視して、あえて星矢との真っ向勝負に応じる。その勝負を冷ややかに見つめる男もいて…。
争いの元凶は、海皇ポセイドンだった。真実を知ったジークフリートは、自らのオーディーン・サファイアを星矢に託し、海将軍セイレーンのソレントを道連れに散る。こうして星矢は苦難の末、７つのオーディーン・サファイアを手に入れたが、巨大なオーディーン像には何も変化はなく、ただ静かに立ちつくすのみだった…。
星矢は伝説のオーディーンローブを装着。かつて神話の時代に、オーディーン自らがまとったと言われるものだ。邪悪を断ち切ることができるというバルムングの剣で、ヒルダの心をニーベルンゲン・リングの魔力から解放した星矢。だが、時はすでに切迫しており、力尽きた沙織をあざ笑うかの如く崩壊は始まっていた。
大津波に呑まれて行方知れずになった沙織。星矢たちが必死に探している頃、彼女は海底深くにある、ポセイドン神殿の一室で目を覚ましていた。目の前に現れた海皇ポセイドンを見て、沙織は驚愕する。海皇の正体は、かつて自分に求婚してきた男、地中海の海商王であるジュリアン・ソロだったのだ！
星矢と瞬は、アスガルドの禁断の地からポセイドン神殿へ乗り込む。二人を待ち受けていたのは、海闘士マーメイドのテティスと海将軍シードラゴンだった。一方、地上ではポセイドンが、大雨によって大洪水を起こそうとしていた。沙織はポセイドンの野望を阻止するため、大地に代わって大雨を受けることになるが…。
沙織が閉じ込められているメインブレドウィナを破壊するには、周囲に立つ7本の巨大柱を破壊する必要がある。そのためには、柱を守護する海将軍を倒さねばならない。手分けをして、それぞれ柱に向かう星矢と瞬。北太平洋の柱に向かった星矢は、守護者である海将軍・シーホースのバイアンと戦闘を開始する！
南太平洋の柱へ向かう瞬は、魔獣の影に襲われる。守護者である海将軍・スキュラのイオが攻撃をしかけてきたのだ。一方、バイアンを倒した星矢は北太平洋の柱を砕こうとするが、渾身の必殺拳でさえヒビひとつ入れることができない。一か八かの特攻を考える星矢の前に現れたのは、天秤座の黄金聖衣を持った貴鬼だった。
６種類の獣の特性を持つイオの聖獣拳の前に、追いつめられたかに見えた瞬。だが、それぞれの獣に対応した星雲鎖のバリエーションによって、次々に獣の鱗衣を粉砕してゆく。その頃、ポセイドンは、メインブレドウィナに入った沙織に向かい、自らがポセイドンとしての宿命に目覚めた時のことを語り始めていた。
小宇宙を最大限にまで高めた瞬の聖衣が、黄金に輝き始める。黄金聖闘士の血によって復活した青銅聖衣が、真の力を発揮し始めたのだ。一方、インド洋の柱に向かった紫龍を待ち構えていたのは、黄金の槍を持つ海将軍・クリュサオルのクリシュナだった。紫龍は、黄金の槍をドラゴンの盾で防ごうとするが…。
シュラから託されたエクスカリバーによって、紫龍は形勢を逆転させる。だが、黄金の槍を失ったことが、かえってクリシュナに真の実力を発揮させ始める。小宇宙の壁とも言うべき結界を前に、一歩も前に進むことが出来ない紫龍。南氷洋の柱に向かった氷河の前には、十二宮の戦いで死んだはずのカミュが現れ…。
南氷洋の柱にやって来た瞬は、何者かの手によって倒された星矢と氷河を発見する。柱の守護者である海将軍・リュムナデスのカーサの仕業だった。カーサには相手の大事な人間そっくりに変身できる特殊能力があり、その力を使って星矢たちを倒したのだ。卑劣な手段に怒る瞬の前で、カーサは一輝に変身する！
カーサは一輝の手によって倒された。意識を取り戻した氷河は、己の甘さを恥じ、誓いを新たにして北氷洋の柱に向かう。そこに待っていたのは、かつて水晶聖闘士のもとで共に修行したアイザックだった。困惑する氷河に、アイザックは自分がポセイドン配下の海将軍・クラーケンになったことを宣言する。
氷河はアイザックに抵抗することなく、必殺拳を受けて倒されてしまう。そこへ天秤座の黄金聖衣を運んでいた貴鬼がやって来る。子供である貴鬼に対しても、アイザックは容赦なく拳をふるう。貴鬼は聖衣を守るため、必死で抵抗。その姿を見た氷河は、自分の間違いに気づき、再び小宇宙を燃やし始める。
見事に北氷洋の柱を倒した氷河は、アイザックから戦いの裏にいる男の名を聞くが、伝えることなく力尽きてしまう。直接ポセイドンを倒そうと急ぐ一輝の前には、シードラゴンが出現。一輝は、強大な小宇宙を以前にも感じたような感覚に襲われる。シードラゴンはマスクを外し、驚愕の素顔をあらわにする！
沙織を救出するため、星矢はメインブレドウィナのある神殿へと乗り込む。そしてついに、ポセイドンと対峙した星矢。敢然と攻撃を仕掛けるが、神であるポセイドンは、ことごとく弾き返してしまう。それでも闘志を失わない星矢だったが、ポセイドンは限りなく黄金に近づいた青銅聖衣さえ、簡単に破壊してしまう。
瞬がソレントを倒し、南大西洋の柱を破壊。星矢も射手座の黄金聖衣をその身にまとい、再びポセイドンに立ち向かってゆく。カノンは野望の崩壊が迫るのを感じるが、強大な小宇宙に釘付けにされるように、自らが守護する北大西洋の柱から動けずにいる。彼の感じた小宇宙の正体は、異次元に飛ばされたはずの一輝だった！
黄金聖衣をまとった星矢の攻撃でさえ、ポセイドンはことごとくはね返してしまう。傷つきながらも立ち上がった星矢は、今度は射手座の黄金の弓矢でポセイドンを貫こうとする。だが、それもポセイドンには通用しない…あきらめようとしない星矢を、シャイナが、紫龍が、盾となって守り抜く！
星矢に続いて、紫龍と氷河も黄金聖衣をまとう。彼らの攻撃の前に、さすがのポセイドンもついに倒れる。星矢たちは、沙織を救出しようとメインブレドウィナに攻撃を仕掛けるが、天秤座の武器をもってさえヒビひとつ入れることが出来ない。その頃、一輝はポセイドンを封じる方法を聞くためにカノンと戦っていた！
アテナに封印されていた冥王ハーデスが復活し、新たな聖戦が始まろうとしていた。白羊宮を守るムウの前には謎の男が現れ、聖闘士である彼にアテナの殺害を命じる。さらに、死んだはずのデスマスクとアフロディーテまでが姿を見せる。
デスマスクたちと対峙するムウ。だが、アテナの命を狙う黄金聖闘士は、彼らだけではなかった！ そして、ただ一人で白羊を守るムウのもとには、五老峰の老師が駆けつける！
地上と冥界の狭間に浮かぶハーデス城。そこでは、黒衣の美女パンドラが、はやる冥闘士を諭していた。一方、サガたちの後を追っていたムウは、金牛宮で新たな冥闘士と遭遇する！
サガたちの前に立ちふさがる謎の双子座の黄金聖闘士。その正体は、サガの弟・カノンであった。己の罪を悔い、アテナを守ろうとするカノン。だが、そんな彼にミロは過酷な試練を与える…。
双児宮を突破し、巨蟹宮へと向かうサガたち。だがそこは、死者が徘徊する黄泉比良坂と化していた！ 一方、聖域を目指していた紫龍は、一輝、そして星矢と再会する。
つい激突する老師とシオン！ だが、ハーデスの力で若返ったシオンにとって、年老いた老師はすでに敵ではなかった。その時、二人の間を割って天秤座の聖衣が現れ…。
巨蟹宮でムウを待ち受ける冥闘士軍団！ ムウに加勢せんとする星矢であったが、敵の攻撃に打ちのめされてしまう。さらに、恐るべき力を秘めた冥闘士が、星矢たちの前に姿を現した！
獅子宮に侵入した冥闘士軍団に、獅子座の黄金聖闘士アイオリアの光速拳が炸裂！ だが、一瞬の隙を突いて、冥闘士のライミがアイオリアの動きを封じてしまう。一方、獅子宮に急ぐ星矢たちは、奇妙な亡骸を発見する。
シャカに迫るサガ、カミュ、シュラ！ シャカは三人の真意を問いただすべく、対決の場を沙羅双樹の園へと移す。だが、サガたちの態度は依然として変わることはなかった。意を決したシャカは…。
シャカを葬り、沙羅双樹の園を後にしたサガたち。そこで彼らを待ち受けていたのは、ムウ、アイオリア、ミロたちであった。今ここに、黄金聖闘士による三対三の戦いが始まった！
両者の放ったアテナエクスクラメーションの威力は互角！ だが、その均衡は星矢たちの加勢によって崩れ、処女宮にビッグバンのような爆発が起こる。一方、シャカの“辞世の句”を読んだ沙織は…。
衝撃の真実を知った星矢たちは、パワーアップした聖衣を纏い、ハーデス城を目指す。一方、いち早く敵陣に潜入していた黄金聖闘士たちには、絶体絶命の危機が訪れていた…。
死闘の末、散ってゆくアイオリア、ムウ、ミロ。夜明けと共に消えゆくサガ、カミュ、シュラ。彼ら黄金聖闘士たちの遺志を継ぎ、ラダマンティスに挑む星矢、紫龍、瞬、氷河。小宇宙が今、最大限に燃え上がる！
シオンより託された女神の聖衣を渡すために、星矢は冥界へと旅立った。一方、天秤座の黄金聖闘士・童虎よりアテナの真意を聞かされた瞬、紫龍、氷河は、エイトセンシズに目覚め、星矢の後を追う。冥界の入口、地獄門に降り立った星矢は瞬と合流し、三途の川の渡し守・天間星アケローンのカロンと対峙する。
アケローンのカロンを撃破し、第一獄・裁きの館へとやってきた星矢と瞬。そこは、冥界へやって来た者の現世での罪業を調べ、罪の重さに応じた地獄へと落とすための場所であった。星矢たちは、裁きの館を守護する冥闘士・天英星バルロンのルネにより、地上での罪を浮き彫りにされて苦しめられる。
ラダマンティスとの戦いをカノンに託し、第二獄にやってきた星矢と瞬。獰猛な地獄の番犬・ ケルベロスと共に現れたのは、第二獄を守護する冥闘士・天獣星スフィンクスのファラオであった。ファラオは、魔琴を操り星矢に呪いをかける。しかし、魔琴の音をさえぎるように、 どこからともなく琴の音色が響き始める。
恋人ユリティースへの愛ゆえに、冥界へとやってきたオルフェ。彼はパンドラの陰謀により、 冥界でハーデスのために琴を弾き続けていた。オルフェは真実を知り、アテナの聖闘士として ハーデスと戦うことを誓う。ファラオの魔琴とオルフェの琴…互いの力が拮抗する中、 オルフェの琴の命であるG線が切れてしまう。
冥界三巨頭を前に、琴を奏で始めるオルフェ。三巨頭とパンドラは、その音色に眠りについたかに見えた。しかし、ラダマンティスが眠りに落ちず、オルフェに攻撃を仕掛ける。ラダマンティスに攻撃されながらも、ハーデスに向かっていくオルフェ。決死の行動の中、星矢は花箱から飛び出してラダマンティスと戦う。
カノンと合流した紫龍と氷河の前に、ラダマンティスが現れる。紫龍たちに先に進むよう指示し、カノンはラダマンティスに一騎打ちをしかける。カノンの力がラダマンティスを圧倒しようとしたその時、ミーノスとアイアコスが現れ、冥界三巨頭が一同に会する。一対三という圧倒的戦力差の前に、カノンは窮地に陥るが…。
第五獄で冥界三巨頭の一人アイアコスと対峙する一輝。執拗な攻撃にあうが、倒れるたびに不死鳥のごとく立ち上がり、アイアコスを倒す。驚く三巨頭が一輝に攻撃を仕掛けようとした時、小宇宙を感じたハーデスが、パンドラに一輝をジュデッカまでテレポートさせた。一輝と瞬、兄と弟が冥界の地にて再会する！
瞬は自らを犠牲にし、自分と共にハーデスを撃ち砕くよう一輝に訴える。悲痛な心の声が、躊躇する一輝に拳を繰り出させる。パンドラの叫びがこだまするジュデッカの床に、鮮血が飛び散った…。そして、悲壮なる一輝の小宇宙を感じた星矢は、コキュートスに墜とされていながらも目を覚ます。
ジュデッカにて対峙する二人の神、アテナとハーデス。グレイテスト・エクリップスを止めるよう懇願するアテナに、ハーデスは自らの命を代償にするよう求める。パンドラの槍を使い、ハーデスがアテナの命を奪おうとした瞬間、その血に触れたハーデスが苦しみだす！
ハーピーのバレンタインを倒し、再びジュデッカにやってきた星矢。彼はそこで、ハーデスの呪縛から逃れた瞬と再会する。ハーデスは玉座の裏、はるか続く階段の先に消えていったという…。階段の奥へ進んだ二人の前に立ちふさがったのは、嘆きの壁と呼ばれる地獄の最終地だった。
嘆きの壁の前に、五人の黄金聖闘士が揃った。ムウ、シャカ、アイオリア、ミロ、そして童虎だ。それぞれがライブラの武器を手に、嘆きの壁に向かって攻撃を放つが、あえなく跳ね返されてしまう。最強の聖闘士の力でも、嘆きの壁は破壊できないのか…その時、星矢たちの前に黄金の光が飛来する！
ついにそろった十二人の黄金聖闘士。黄道に位置する十二人の黄金聖闘士の小宇宙を集めれば、太陽の光を作り出し、嘆きの壁を破壊できる。サジタリアスの矢に全ての小宇宙を込め、十二の光がエリシオンへの道を拓く！ 星矢たち青銅聖闘士に、地上の愛と正義の全てを託して…。
ついに嘆きの壁が崩れ去った。だが、先へと急ぐ星矢たちに、さらなる追撃の手が迫る。三人の冥闘士に立ち向かう紫龍。冥界三巨頭の最後の一人・ミーノスと対峙する氷河。二人が限界まで高めた小宇宙によって、究極の奥義が放たれる！ 一方、壁の出口から広がる、未知の領域に驚愕する星矢たちは…。
嘆きの壁の出口、超次元の先を見据える一輝の背中に、パンドラが語りかけてくる。かつて一族をことごとく死滅させられ、星矢たちの熱き魂に触れて目を覚ました今、ハーデスの呪縛に捕われていたことに気付いたのだ。パンドラは一輝に寄り添い、ハーデスを倒して家族の仇を取ってくれと頼む。
星矢の前に現れたタナトスには、渾身のペガサス彗星拳すら無力だった。しかし、かすり傷を負ったタナトスは激昂し、星矢の眼前に一人の女性の姿を投影させる。記憶を失ったまま聖域近くで暮らしていた星矢の姉・星華だ。タナトスの攻撃から彼女を守っているのは、聖域の聖闘士たちだった。そして…。
遙か冥界より黄金の援軍を送り込んだのは、封印されたはずの海皇ポセイドンだった。僅かな間だけ甦った魂が、聖闘士たちに希望の光を届けたのだ。だが、黄金聖闘士たちの攻撃でさえも、タナトスにあえなく粉砕されてしまう。何もかも失ったかに思えたその時、人々の声が星矢の胸に響いてくる。
刻一刻と迫るアテナの死、そしてグレイテスト・エクリップス…。星矢はハーデス神殿を目指して走り、残る四人はヒュプノスを相手に死闘を繰り広げる。瀕死の聖闘士たちだったが、小宇宙は更に輝きを増してゆく。一方の星矢は、ハーデスの魂と捕われたアテナを前に、なす術もなく立ちすくんでいた。
長きに渡った戦いに終止符が打たれようとしていた。復活した冥王ハーデスは、自らアテナに止めを刺そうと手にした大剣を振りかざす。その斬撃を、身を盾にして受ける一輝と星矢。神聖衣を纏う五人の聖闘士は、力を結集させて決死の攻勢に転じる。だがグレイテスト・エクリップスは完成し、地上は闇に包まれてしまう。
冥王ハーデスとの戦いの最中、12人の黄金聖闘士たちは自らの命と引き換えに嘆きの壁を破壊した。しかし消滅したはずの獅子座のアイオリアはアスガルドの大地で復活していた。そこで1人の少女リフィアと出会う。彼は彼女からヒルダに代わりオーディーンの地上代行者となった男、アンドレアスが大樹ユグドラシルを復活させアスガルドの支配を企んでいる事を聞き、救済を求められる。そんな中、戦いに巻き込まれるアイオリア、そして彼の小宇宙が極限まで高まった時…獅子座の黄金聖衣に変化が起こった!!
黄金聖衣が新たなる姿に変化し、神闘士フロディを打ち砕いたアイオリア。しかし再び謎の文様が浮かび上がりアイオリアは気を失ってしまう。アイオリアを助けるため、奔走するリフィアだったが彼女もまた力尽きてしまう。彼女が目を覚ました時に目の当たりにしたのは一人の少年と黄金の聖衣箱を持つアリエスのムウであった。一方、アスガルドに存在する闘技場に赴いた一人の男、彼もまた自分が蘇った意味を捜し求めていた。彼の名はタウラスのアルデバラン!!
蠍座のミロは遂に神闘士の一角、スルトと対峙する。そしてミロの前に立ちはだかるもう一人の人物、その男は何と黄金聖闘士・水瓶座のカミュであった！ 一方、大樹ユグドラシルへと向かうアイオリアとリフィアは街で偶然、蟹座のデスマスクと出会う。黄金聖闘士とは到底思えない風貌に驚きを隠せないリフィア、それでも彼女はデスマスクにアスガルドの救済を求める。しかしデスマスクは戦いに参加する事を拒むのだった。アイオリアとデスマスク、黄金聖闘士同士の小宇宙による底知れぬ緊迫感が空間一体を覆っていく！
スルトの狡猾な策略によりミロの命運が尽き果てようとした時、現れたのはアテナに仕える最強の黄金聖闘士・双子座のサガであった!! ミロの制止を払いのけ、サガは『ギャラクシアンエクスプロージョン』をカミュ達に放つ！ 一方、デスマスクが密かに想いを寄せるヘレナは残虐な神闘士ファフナーに『病気の治療』という悪魔の手招きに誘われてしまう。花屋が休業しているのを見かけ、不審に想うデスマスクは兄妹達の言動から言い知れぬ不安を拭えぬまま、ヘレナのいる病院へと全速力で駆け出していく!!
『神聖衣』、ムウはシャカから大いなる力の真実を聞く。そして大樹ユグドラシルへと向かうアイオリアとリフィアにムウからのテレパシーが届く。彼の話からユグドラシルの結界を司る大いなる根、グレートルートを三点方向から『神聖衣』により極限まで高めた小宇宙を叩き込む事で、結界を破壊できる事が判明する。同じくテレパシーを聞いたアルデバラン、童虎そしてミロは結界破壊の為、グレートルートへと邁進していく。そんな彼らの前に立ちはだかる闘士達！ それは彼らの想像を絶する相手であった!!
結界『フィンドルの冬』を打ち砕いたアイオリア達、黄金聖闘士達はアンドレアスに誘われるままユグドラシルの内部まで突き進んでいく。リフィアの話によると7つの間にそれぞれ存在する像を破壊する事で邪悪なる存在の成長を阻止する事ができるという。新たな決意を胸に闘いに望む黄金聖闘士達、しかしリフィアにある異変が生じ始める。一方、アンドレアスはフロディとの会話の中で左目に傷を付けた男を思い出す、その男はアイオリアの兄、射手座のアイオロスであった。アイオロスVSアンドレアスの死闘が今語られる!!
遂に7つの間を舞台に黄金聖闘士VS神闘士の全面対決が開始された。牡牛座のアルデバランはかつて闘った神闘士ヘラクルスと対峙する。ヘラクルスはアンドレアスから与えられたオーディーンサファイアの力を得て凶暴化し、強力な攻撃を仕掛けるが「本当の強さ」を見出したアルデバランはさらなる力をもって応えるのであった。一方、氷の間ではシュラとカミュによる黄金聖闘士同士の闘いが遂に始まった。お互い一歩も引かない中で遂に神聖衣化による極限の闘いが繰り広げられる。そして、カミュはミロそしてシュラとの闘いを経て、友であった神闘士スルトに対する本当の想いに気付くのであった。
光の間に到着したシャカは神闘士バルドルと対峙する。「神に最も近い男」と評されるシャカはその通り名の如き強力な技をバルドルに繰り出していく。しかしバルドルはシャカの攻撃をものともせず圧倒的な力を見せ付ける。彼の力は正に「神」そのものであった!! だがシャカはバルドルが内に秘める呪縛に看破し始めるのだった。一方、デスマスクは仇敵ファフナーを黄泉比良坂に連れて行き全ての因縁を断ち切ろうとしていた。そんな中、デスマスクはファフナーの卑劣な策略により窮地に立たされてしまう。デスマスクは今度こそ掛け替えのない存在を守り切る事はできるのだろうか。
弟であったジークフリートの死により復讐に燃えるシグムンド、だがサガは最強の黄金聖闘士と評されるに相応しい圧倒的な攻撃によりシグムントを一蹴する。それはアンドレアスをも驚嘆させる力であった。遂にサガがシグムンドに止めを刺そうとしたその時、ある一筋の光がシグムンドの前に現れる!! 一方、勇者の間ではアイオリアとフロディによるお互い一歩も引かない激闘が繰り広げられていた。そんな激闘の中に割って入ってきたのは何とリフィアであった！ 彼女の口から語られる衝撃的真実、それがさらなる悲劇を生み出すとも知らずに…。
リフィアの言葉を胸にアイオリアは遂にアンドレアスと対峙する!! アンドレアスは操り人形の如くリフィアの命を弄んだ事を嘲笑を含めてアイオリアに語りかける。怒りに震えるアイオリアは強大な小宇宙を纏い、神聖衣化となる！ アスガルドの死闘に終止符を打つため、アイオリアは『ライトニングプラズマ』を叩き込む！ 一方、フロディはウートガルザの強靭な剣技に圧倒され、防戦一方となってしまう。しかし、フロディは絶対的窮地の中、リフィアの語ったアスガルドの大地の声を感じ取りアスガルドを守護する覚悟を取り戻す！
ムウ、サガ、そして童虎の神聖衣による三位一体の究極の影の闘法『アテナエクスクラメーション』がアンドレアスを消滅させた！ だが邪悪なる実の成長は止まらず、アイオリア達は根に取り込まれてしまう！ 何とか生還したアイオリアの目の前には何とロキローブが浮遊していた。邪神ロキは肉体は消滅したが本体はロキローブに秘められていたのだ！ 黄金聖衣を失い、絶対絶命の状況でも熱い小宇宙を胸にアイオリアはロキに挑む！ しかし、抵抗も虚しくロキによる最後の止めがアイオリアに繰り出されるその瞬間、大いなる奇跡がアイオリアを救う！
兄アイオロスの熱き意志、そしてリフィアの願いを託されオーディーンローブを纏ったアイオリアはオーディンの剣と宝具『ドラウプニル』を手にロキへと立ち向かう！ アイオリアとリフィアの力の融合がロキを追い詰め始める。しかしまだ地上代行者としての期間が浅いリフィアは次第にオーディーンの力に耐え切れなくなっていく。同時に徐々にグングニルの実が成熟し、神器グングリルの槍の復活が直前まで迫ってきた！ アイオリアの拳とグングニルの槍の復活、どちらが栄光を掴むのか究極の死闘がクライマックスを迎える！
「嘆きの壁」以来、集結した12人の黄金聖闘士達!! 彼らは自分達が地上に甦りし使命を胸に神器グングニルを携える邪神ロキに立ち向かう！ だが、圧倒的な神の力を前に12人の黄金聖闘士は窮地に立たされてしまう。一方、どんな絶対的な窮地に立たされても黄金聖闘士達の為にリフィアは祈り続ける。それに呼応するが如く天空から舞い落ちるアテナからの啓示！ 遂に12人の黄金聖闘士による究極の神聖衣が降臨する。地上の愛と平和を守る為、邪神ロキを打ち倒すべくアイオリア、そして黄金聖闘士達の黄金の小宇宙が神をも超越する!!
翔子は流星学園中等部に通う中学生。仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから一切の連絡を絶っていた。そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。翔子、そして銀河戦争を目前に控えた城戸沙織が出会った時、運命の歯車が動き出す…！
「邪神の器」である自分の身代わりに、響子が邪精霊に連れ去られたことにショックを隠せない翔子。アテナの侍女で身辺を警護する「女子」のまま聖闘士となることを許された「特別な存在」を知った翔子は、自身が強くなり姉を救いたいという思いから、その「聖闘少女」になることを決意。沙織は白銀聖闘士パーヴォのマユラに翔子の修行を託すが…。 一方、聖域のミロとアイオリアは、邪神エリスの不穏な動きを感じていた。
邪神エリスの配下である邪精霊、マリス（悪意）のエモニ、マーダー（殺戮）のフォノスが、アテナの首を取りエリスに捧げようと沙織を急襲。「出来損ないの神様」と沙織を罵倒するエモニに、美衣は立ち向かう。マユラとの修行で燃え上がる翔子の小宇宙。聖衣箱の異変からアテナの危機を察知した翔子は、果たして、沙織を救うことはできるのか…！？
逃げ去るフォノスを追い、エリスの神殿に乗り込むことに成功した翔子。姉・響子を救うため神殿を捜索するなか、アテに衝撃の事実を告げられる。愕然とした翔子の隙をつき激しい攻撃が降りかかったその時、黄金の閃光が翔子を包みこむ――！ 翔子に加勢する為、エリス神殿へと向かった美衣、そして沙織も合流するが、そこで少女たちが目の当たりにしたのは、変わり果てた響子の姿だった。
エリス神殿での闘いで、響子の小宇宙は消えた。邪神を討つために彼女を救えなかった自身の存在意義に心揺れる沙織。しかし城戸光政の遺志を継ぎ、「銀河戦争」は無情にも始まってしまう。一方、闘いで負傷した翔子は沙織から別れを告げられ納得が行かず落ち込む中、姉にもらったペガサスのペンダントを落としてしまう。拾ってくれた少年は、「銀河戦争」に参戦する、ペガサスの星矢だった。
教皇への忠誠を誓う冠座のカティアらに聖域への反逆を疑われ、襲われた沙織たち。翔子は、新たな聖闘少女・こぐま座のシャオリンらと共に闘うが苦戦。駆け付けたマユラらに危機から救われた。しかしその最中、沙織はアフロディーテの手により、聖域の教皇のもとへと連れ去られてしまう。アテナを前に教皇は、涙ながらに思いがけない願いを沙織に吐露するのだが… 一方不甲斐ない自分に落ち込む翔子たち。そこに鷲座の魔鈴が現れてー？
黄金の矢が沙織を襲うー 時を同じくして、蠢き活性化する邪霊たち。邪神の器であった翔子は邪気に引きずられるように、意識を失ってしまう。邪霊の沈下に励むマユラと聖闘少女たち、そして星矢たち青銅聖闘士は、アテナを救うため聖域に向かう。今、十二宮の死闘が始まったー。
十二宮の死闘の末、聖域の聖闘士たちの忠誠を得たアテナ・沙織。一方、封印されたと思われた邪神エリスは依り代・響子と融合し、桁違いの力をつけていた。翔子を守る為立ち向かった沙織は、林檎の呪いを受けてしまう。人々の心を憎しみで満たす争いの種・「イヴィル・シード」を撒き散らす邪神の阻止とアテナ救出の為、聖闘少女たちと共に、黄金聖闘士はエリス神殿へと向かう。そこでアイオリアが目にしたのは、自身に拳を向ける、兄の姿だった。
邪神と融合した姉を討てるのかー？ ムウの問いかけで、架せられた運命に葛藤する翔子。そんな翔子の前に立ちはだかったのは、元白銀聖闘士の邪霊士、オリオン座のリゲルだった。 聖闘士時代から響子に寄り添うリゲルの哀しい瞳から、本当の思いを感じ取った翔子はー？ 美衣vsエモニ、アイオリアvsサガ、エリス神殿での、それぞれの闘いが幕を開けた。
ついに対峙した翔子と邪神エリス。沙織の小宇宙が弱まる中、翔子、美衣、シャオリン、カティア、エルダたち聖闘少女は、心をひとつに邪神への闘いに挑む。神殿を聖域に激突させようとするエリスの思惑を察知した黄金聖闘士たちは、聖域を守り続けていた。サガとの死闘を繰り広げるアイオリアとミロは神殿の破壊を企てるがー？聖闘少女、黄金聖闘士、邪神エリス、城戸沙織をとりまく凄絶な運命。最後の闘いが始まった。
遥か神話の時代、闘いの女神アテナを護る戦士たちがいた。彼らこそ、この世に邪悪がはびこる時、必ずや現れるという希望の戦士・聖闘士〈セイント〉。長きに渡る「聖戦」より時は経ち、現代。自らの持つ不思議な力に思い悩む少女・城戸沙織は、突如刺客にに襲われ、青銅聖闘士<ブロンズセイント>の少年・星矢に救われる。そこで自らの運命と使命を知った沙織は、星矢と仲間の青銅聖闘士と共に聖域〈サンクチュアリ〉へと向かう決意をするのだった。だがそこには教皇の罠と、聖闘士の中でも最強を誇る伝説の黄金聖闘士〈ゴールドセイント〉たちとの死闘が待ち受けていた―！
