霊峰富士の裾野に広がる巨大学園、武應学園塾にやってきた柳生宗朗。宿所となる柳生道場を訪れた彼は、そこで真田幸村、後藤又兵衛と出会う。徳川と反目する彼らとの出会いに驚く宗朗。しかし、そこに幸村らを捕えるため徳川生徒会の風紀委員長、服部半蔵が乗り込んでくる。宗朗の機転で何とか脱出に成功する3人だったが、生徒会の執拗な追跡にすぐに追い詰められてしまう。絶体絶命――と思われた、まさにそのとき、空に閃光と雷撃が走る。激しい衝撃波の後に彼らが見たもの、それは全裸の少女が舞い降りてくる姿であった…。
空から舞い降りてきた少女は自らを“柳生十兵衛”と名乗った。襲い来る服部半蔵を一蹴する十兵衛。その力は圧倒的であり、古来より日本を守護してきた“剣姫（マスターサムライ）”と同格と言っても過言ではないほどであった。だが、戦いが十兵衛の勝利に終わろうとしたその瞬間、十兵衛はその場に倒れてしまう。好機とばかりトドメをさそうとする半蔵だったが、そこに現れた生徒会副会長、徳川千（千姫）に静止される。千姫の命で道場へと戻る一同。だが、目覚めた十兵衛は、先ほどの戦いで見せた姿とは別人のような女の子になっていた…。
体の一部に剣姫（マスターサムライ）の証拠である“しるし”を持っていた十兵衛。だが、剣術は素人以下、覚えているのは自身の名前と宗朗が“お兄ちゃん”であるということだけ。宗朗達は十兵衛が何者であるのか、計りかねていた…。そんな中、千姫は兄・徳川慶彦に追われている幸村と又兵衛を道場から追い出し、かわりに自分が十兵衛の監視役として道場に寝泊まりすると宣言。たじろぐ宗朗をよそに、次々と荷物を運び入れていくのであった。そして、十兵衛のことを一時保留した千姫は、宗朗に学園を脅かしている“神隠し事件”について話始め…。
“十兵衛は宗朗とキスを交わすことで剣姫（マスターサムライ）になる”――驚きの事実が判明すると、千姫は宗朗に無闇にキスをしないようにと厳命を下す。だが、幸村はこれに真っ向から異を唱えた。大日本を覆う影の脅威がある以上、宗朗のキスが剣姫を生むのであれば、その力を封印するのは間違いであると。そして、その事実を確認するために自分にキスをせよと迫るのであった。しかし、千姫がこれを黙って見過ごすわけもなく、幸村と徳川生徒会の新たな戦いが始まってしまう。そんな戦いの中、幸村の胸の中には熱い何かが生まれつつあった…。
突如、道場を襲う轟音。それは巨大なハンマーが門を破壊する音であった。そこにいたのは“愛”の文字が入った巨大ハンマーを携えた少女。幸村の幼馴染でもある直江兼続であった。非常識な来訪者に唖然とする一同。これに対し、兼続は幸村の顔を見た瞬間、幼いころに幸村にされたひどいイタズラを思い出していた。だが、彼女をここへと送り込んだ生徒会長・徳川慶彦の命を思い出した兼続はぐっと怒りを堪えるのだった。しかし、幸村のあまりに横柄な態度にすぐにキレてしまう。幸村に襲いかかる兼続。だが、剣姫（マスターサムライ）となった幸村にはまったく歯が立たず…。
神隠しの首謀者が、生徒会長・徳川慶彦ではないかと疑う宗朗と千姫。二人はその真偽を確かめるべく、徳川幕府の全ての情報が集うデータサーバが置かれている徳川家の別荘に向かうことを決める。皆を巻き込まないようにと秘密裏に旅立とうとする二人だったが、あっさりと見つかってしまい、結局、皆で行くことに。バカンスだという千姫の言葉に、プライベートビーチに到着するやいなや水着になって遊びだす十兵衛達。千姫も宗朗に水着を見せつけようとし…。そんな浮かれ模様の彼女たちを監視するメイド姿の兼続は、慶彦から与えられたカプセルを手に一人ほくそ笑むのだった…。
別荘から戻った宗朗たち一行。道場の犬小屋には兼続が眠っていた。兼続をたたき起こすと、兼続は犬小屋を拠点とし宗朗の動向を監視すると宣言。あまりにアホすぎる兼続がかわいそうに思ったのかなんとなく受け入れる宗朗たち。そんな兼続はさておき、宗朗たちは別荘から持ち帰った徳川家のデータのなかに不審な音声データを発見する。聞き覚えの無い謎の声の主はなにやら外国語をつぶやいていた。その音声を解析した幸村は、その声がご禁制の福音書の一文であることを発見したが…。
徳川慶彦の思惑、そして謎の敵の襲来、柳生道場の訪れる危機に対応する為、幸村と千姫は、半蔵と又兵衛に宗朗とキスしマスターサムライになる契りをかわせと命ずる。しかし乙女心がそうさせるのか、なかなかキスには踏み切れない。だが主の命令とあっては聞かぬわけにもいかず…。見かねた十兵衛は、好きでもない人とキスをするのはダメだと反対し感情が高ぶる。すると突然、夜空に青紫の光の広がる。以前にも見た光景、そう十兵衛が降ってきたときと同じ光景…。そして宗朗の元に降りてくる眼帯をした全裸の少女。目覚めた彼女は宗朗とキスをしようとすると…。
生徒会長・徳川慶彦の大日本帰国まで一週間と迫り、幸村と千姫は焦っていた。半蔵と又兵衛が宗朗とのキスの契りを躊躇しマスターサムライ化できず、具体的な策も無く、また、新たな厄介者・柳生義仙にも手を焼いていた…。そんな矢先、宗朗の姿が見当たらない。どうやら義仙に連れ去られてしまったようだ。義仙はキスがダメなら身体の契りをと宗朗に迫り、手練手管の限りをつくし宗朗を篭絡しようとするが宗朗に断固拒否される。すると義仙は最終手段を使うことに…。十兵衛たちがやっとのこと宗朗を見つけるが、なにやらいつもと様子が違うようで…。
慶彦に捕らわれてしまった宗朗と十兵衛、千姫。そして、幸村たちもまた柳生道場に軟禁状態となっていた。幸村たちに、慶彦の進める “イザナミ計画”について、そして幸村たちの処刑命令について語るダルタニアン。これを聞いた幸村は自らの身よりも宗朗の身を案じ、涙ながらにダルタニアンを問い詰めるのであった。その姿に処刑を一時中断するダルタニアン。だが、彼女が何かに思い悩むその隙をついて幸村たちは脱出に成功する。そして、宗朗の居場所を探るため、強いつながりを持つ将と剣姫同士だけが使えるという秘術“波動霊視”を行った幸村は宗朗の心の中に侵入することに成功するが、そこには義仙の姿が…。
千姫と幸村の心からの声が、宗朗にかかる義仙の精神呪縛を解き放った。目覚めた宗朗は徳川慶彦に、天草に対抗するため、自分たちが協力すべきだと訴える。しかし提案を一蹴する慶彦。かねてより進めていたマスターサムライを人工的に作る計画“イザナミ計画”が成功した慶彦は、宗朗たちを不要と排除しようとするのであった。宗朗を守るため、慶彦の前に立ちはだかる十兵衛。そしてダルタニアンもまた慶彦を守るため剣をとる。激しい戦いを繰り広げる二人のマスターサムライ。だが、そのとき、義仙の天草復活の宣言とともに、学園塾は霊的エネルギーによって包み込まれようとしていた…。
霊的エネルギーの結界に包まれた武應学園塾。結界の内部では、巨大なブロブが群となって蠢き、学園にとりついた繭はその大きさを次第に増していた。学生たちの恐怖が天草に、義仙に力を与えていたのだった。一方、真の将として覚醒した宗朗は、改めて十兵衛たちと契りを結ぼうとしていた。だが、十兵衛は真の将との契りによって“自分”という人格は消え、本来の人格であるマスターサムライの“柳生十兵衛”の人格だけが残ることに気が付いていた。葛藤する十兵衛。しかし皆を救うため、宗朗と契りを結ぶことを決意する…。今ここに大日本をかけた将と士の闘いが始まる！！
