動物型ロボットたちが暮らすエドロポリス。ピザキャットで働くヤッ太郎とスカシーは、美人のおミツをめぐって大騒動に。その時、突然闇が広がり、メカ龍が現れる。やがて闇が晴れると、町は破壊されていて...。
すし屋を営むおミツの兄が行方不明になってしまった。助けを求めてやってきたおミツの話を聞き、裏に何かがあると感じるヤッ太郎。そんななか、手だけが異様に大きいメカ・エドマエ5号が町に出現する。
おミツの乗った地下鉄が、カラ丸たちにハイジャックされてしまった。カラ丸は乗客たちを使って、EDO城の真下までつながるトンネルを作り、そのトンネルを通って埋蔵金を手に入れようとたくらんでいた。
突如町に巨大な観音様が現れた。何と、お金さえ払えばどんな願いでも叶えてくれるという。その仕掛け人であるコーン守は大儲け。そんな時、町で一番の大金持ちである近江屋が、観音様を家に招くと言い出す。
メガEDO城に幽霊の噂が流れていた。壁から奇妙な音がしたり、巨大な虫が這っているのだという。その噂に、おてんばで勉強嫌いのウサ姫様は興味津々の様子。しかし、その実態はコーン守の仕業だった。
ある日、おミツはピザキャットに現れた怪しいライブハウスのオーナーにスカウトされる。そして、プルルンと2人でデビューすることになる。かくして誕生したアイドルユニット・ミップルは、たちまち大人気になる。
オレンダ商人が貿易の許しを請うため、コーン守に秘密メカを贈るという。ニャンキーに恨みを持つカラ丸は、これを使ってニャンキーを消そうと考える。一方、ニャンキーたちはコーン守たちの悪巧みに気づき...。
ある日、ピザの配達をしていたスカシーは、町の娘・オキヌに出会う。理由はわからないが、オキヌは何者かに追われているという。彼女に一目惚れしてしまったスカシーは、オキヌを家まで送るが...。
メカEDO城のウサ姫が、町の娘に変装してエドロポリスの町へ行ってしまった。そのことを知ったコーン守は、ウサ姫が城にいない間、ニセウサ姫ロボを徳川イエッイエッのところに送り込んで、天下を取ろうと考える。
たくさんのアニマロイドたちが暮らす天下のエドロポリス。平和な町に、カラカラ一族の魔の手が迫っていた。そんなエドロポリスの平和を守るために立ち上がった、ニャンキーたちの活躍を振り返る。
コーン守は異常気象を起こす実験を成功させるため、天才科学者・白河玄米の力が必要だった。しかし、玄米はかたくなに協力を拒否。そこでコーン守は、玄米の息子・ゼンマイ之進を拉致し、玄米を脅迫しようとする。
メカEDO城のとある場所で、コーン守とカラカラ一族による映画の上映会が始まろうとしていた。幻ナリ斎は、この映画こそがニャンキーを倒す鍵になるという。その映画はニャンキーたちの戦いの記録だった。
カラカラの里から助っ人がやってきた。彼ら闇の四人衆は、カラ丸でさえも名前を聞いただけで震え上がるほどのすご腕らしい。その頃、エドロポリスの至るところに、ニャンキーへの挑戦状が貼られていた。
空を飛べないためハイセンス9号と闇の四人衆に敗北を喫してしまったニャンキーたち。飛べなければ勝ち目がないと感じた彼らは飛行メカを作ってもらおうと、ネコ忍一族の聖地であるネコ富士山に向かっていた。
ニャンキーはちまたで人気急上昇中。一方、コーン守は相変わらず町民から嫌われている。そこで、何とか自分の人気を上げようとするがうまくいかない。マックロウを呼び、自作自演で格好良く登場するが...。
エドロポリスを治める将軍・徳川イエッイエッのそっくりさんが、ネオサツマで発見された。幕府転覆をたくらむコーン守の手によって噂は一気に広められ、ついにネオサツマからそっくりさんを連れてくるという。
最近、エドロポリスでは神隠しが後を絶たない。しかも、有名な科学者ばかりが行方不明になっていた。そんななか、トリツックンやニャンゴキングを作ったと思われている猫又霊界之介先生がやってくるが...。
ちまたではデートを楽しむカップルであふれていた。「わらわもボーイフレンドが欲しい」というウサ姫のわがままに、家臣たちはお見合い大会をすることに。その頃、エドロポリスに野球選手、ポチ・ピューマが訪れ...。
憧れのおミツから買い物に誘われたヤッ太郎。思いがけない展開に舞い上がるが、同じ日にプルルンと買い物の約束をしていたことを思い出す。どちらとデートすべきか悩んだヤッ太郎は、2人とデートしようとし...。
プルルンが花嫁学校に通うことになった。通えば誰でも一流のお嫁さんになれると噂の花嫁学校。しかし、その実態はコーン守が裏で糸を引いていた。その学校では、くノ一になるための授業を行っていて...。
タイコモチ3号によって、「ええじゃないか」運動が勃発する。徳川イエッイエッの悪口を連呼する集団が、メカEDO城へと迫っていた。「ええじゃないか」運動を阻止しようと動き始めるニャンキー一行だったが...。
ピザキャットは大繁盛で、ネコの手も借りたい状況だった。しかし、特急便の恐ろしさから誰も応募してこない。アルバイトの補充を諦めかけたその時、カラ丸が面接に現れる。だが、ヤッ太郎たちの正体に気づかず...。
映画に感動し、自分も映画を制作したいというウサ姫。オーディションが開催され、目立ちたいヤッ太郎やスカシー、さらにコーン守の姿もあった。何がなんでも主役になりたいコーン守は、不正行為を連発する。
コーン守が食事からメカEDO城に戻ってくると、城門の前で大泣きする子供に人だかりができていた。事情がわからないコーン守だったが、子供にいきなりパパと呼ばれて抱きつかれたことで事態は急変する。
デートに行くことになっておタマはウキウキしていた。ところがその当日、コーン守の手先・ナベカマ1号が現れ、男を女に、女を男にしてしまうチョウを放つ。そして、おタマのデート相手にまで影響が及んでしまう。
「ばかは風邪を引かない」という大法則を覆し、ヤッ太郎が病気にかかる。不思議がるスカシーたちだったが、将軍、コーン守まで倒れる。そして、将軍は熱にうなされて、勉強までするようになってしまう。
メカEDO城に重大な欠陥があるという。城を設計した建築家・左金語楼の手記が発見され、ワンコー守とコーン守は本人を捜すことに。ところが、金語楼は3年前にウサ姫の機嫌を損ね、島流しされていた。
年に1度のニャンキーの全メンバーが大集合。荒れ寺で反省会をし、また1年頑張りましょう、というだけで終わるはずだったが、何とお助けメンバーとヤッ太郎たち正規メンバーが入れ替わることになる。
ニャンキーの始末をするため、闇の四人衆が町に散らばった。そうとは知らないニャンキーたちはいつもの調子で仕事を始めるが、何も気づかない。そんな彼らの様子に四人衆は不安になってしまう。
物見に集まった群衆の大声援に囲まれながら、ニャンキーはいつものようにカラ丸を退治してみせる。その人気に目をつけたレコード会社のウワツキは、ニャンキー1号をレコードデビューさせようとする。
ウサ姫の婿になって、エドロポリスを手中に収める。そんな作戦を思いついたコーン守が、メカEDO城の園遊会でウサ姫を狙う。しかし、ウサ姫はカラ丸にご執心で、コーン守の陰謀と気づかずカラ丸を追いかける。
全国制覇の野望のため、コーン守は象々寺で願をかける。慣れない正座で足がしびれてしまうが、それがきっかけで宝を呼ぶ笛の伝説を知る。欲に目がくらんだコーン守は、古い笛の回収作戦を実行する。
ピザキャットに宇宙から謎のアニマロイドがやってきた。このアニマロイド・ブンブタ茶釜は、なぜかヤッ太郎についてくる。プルルンが身元不明のブンブタ茶釜のことをワンコー守に相談すると、事実が明らかになる。
ある朝、メカEDO城ではコーン守率いるカラカラ一族が、ニャンキーを倒すためのスペシャル会議を開いていた。幻ナリ斎の提案で、今までニャンキーたちを苦しめた最強メカをパワーアップさせる計画を立てる。
最近化け物が出るという噂がある、オオタマ湖へピザの配達に行ったネッキーが、行方不明になってしまった。ワンコー守から知らせを受けたニャンキーたちは、早速オオタマ湖へ向かいネッキーを捜す。
幻ナリ斎が開発したタマゴ型メカ忍・バクハツ5号。それは1号から30号まで存在し、全てが暗殺用の爆弾メカだった。「青春はバクハツだあっ!」と言ってところ構わず爆発する爆弾メカに、エドロポリスは大混乱に陥る。
近頃、怪しい虚無僧がエドロポリスを騒がせていた。スカシーとプルルンを倒し、さらにニャンキー1号を名指しで挑発。おミツを人質に取られたヤッ太郎は、虚無僧のもとへと向かい、その正体を知る。
ヤッ太郎は死んではいなかった。霊界之介のもとに行き、新しいメカを頼むが、霊界之介はヤッ太郎を煙たがり、まんまとネコ富士山の山頂に向かわせる。その頃、エドロポリスではコーン守たちが勝利に酔っていた。
ワンコー守の命で、ニャンキーの3人がニューヨークシティに研修に行くことになった。そこで街の平和を守る秘密忍者隊・ヤンキーのメンバーと合流する。だが、ヤンキーのマイケルとヤッ太郎は馬が合わず...。
平穏なエドロポリスに突如、謎のUFOが舞い降りた。しかも、ウサ姫を人質にしたUFOは、メカEDO城と将軍の座の明け渡しを要求してきたのだった。幕府の一大事に大慌てのワンコー守たちだったが...。
ウサ姫の母・ウサ局が長い旅からエドロポリスに帰ってきた。彼女の警護を任されたニャンキーだったが、お局様は娘との挨拶代わりにバズーカを放つような、デンジャラスな人柄をした人物だった。
将軍とウサ姫の警護を兼ねた慰安旅行で、温泉を訪れたニャンキー。そこで彼らは同じく温泉旅行に来ていたカラカラ一族と出くわす。緊張を走らせる両者だったが、お互いに休戦条約を結ぶことになる。
メカEDO城で御前試合が開かれることになった。優勝者は、何でも望みを叶えてもらえるという。ヤッ太郎はハーレムを夢見てやる気を見せる。一方、コーン守も最強のメカを用意して優勝を狙っていた。
ヤッ太郎の猫目スラッシュによって、何度もメカを破壊されてきたコーン守。幕府転覆を諦めかけたその時、幻ナリ斎がある作戦を提案する。その作戦とは、こそどろメカ・ルパン3号を使った計画だった。
幕府転覆のための資金が底を突いてしまった。背に腹は代えられない幻ナリ斎とカラ丸は、取りつく金運をアップさせるが、恐ろしい秘密があるというメカを用意する。しかし、そのメカはヤッ太郎に取りつき...。
コーン守たちが今回生み出したのは、何とタイムマシンだった。そのメカ・トキカケ1号を使って、未来に行って武器を取ってこようと計画する。しかし、どういうわけか15年前のにたどりついてしまう。
エドロポリス中がニャンキーの噂で持ち切りだった。面白くないコーン守たちは、ニャンキーに化けて悪事をしまくる。そして、ついにニャンキーの人気は下がり、ウサ姫はニャンキーに島流しを命じる。
ヤッ太郎たちはクリスマスプレゼントをもらい、楽しい時を過ごしていた。しかし、コーン守だけはプレゼントをもらえずに怒り心頭。そこで、サンタに復讐をするために町を混乱に陥れようとする。
ウサ姫のピザを勝手に改造した罪で、やったろうと将軍・イエッイエッは島流しにされてしまう。メカEDO城ではイエッイエッに代わり、臨時の将軍にコーン守が選ばれていた。そして、将軍を亡き者にしようと考え...。
エドロポリスでは、地震が頻繁に起きていた。自身が大の苦手だというヤッ太郎とコーン守は、戦々恐々の毎日を送っていた。耐えられなくなった2人は、町を飛び出してしまう。自身の正体は、幻ナリ斎の作戦だった。
ニャンキーたちにやられっぱなしのコーン守は、幻ナリ斎と共にこれまでの作戦を振り返ることに。幕府転覆と人気アップのため、数々の悪事を繰り返し、そして失敗し続けてきたコーン守たちだったが...。
老中をクビになってやけくそになったコーン守が、将軍の座を明け渡さないと彗星をエドロポリスにぶつけると脅迫してきた。彗星の誘導装置を破壊するため、ニャンキーたちは城の奥へと突き進んでいく。
激しい戦いの中で心を通わせたヤッ太郎とカラ丸は和解する。そして、彗星の誘導装置を破壊するが、なぜか彗星はエドロポリスへ向かって加速を始めてしまう。その時、ヤッ太郎は1人でニャゴキングに乗り込む。
先週で「てやんでえ」が終わり、ニャンキーたちはゆっくりとくつろごうとする。そんななか、これまでの名場面を振り返ることに。カラ丸との決戦や、15年前に戻った時のことなど、さまざまな思い出を紹介する。
