学校の廊下で騒ぐベビーズのことで、竜一は特進クラスの猪又まりあに厳しく注意されてしまう。 ところが放課後、その猪又が保育ルームにやってきて…。 保育ルームのみんなで動物園に遠足に行くことに！ はしゃぐベビーズの中で、鷹だけは兄の隼と喧嘩中でご機嫌ななめ。 強がるけれどやっぱりなんだか寂しくて…。
学園内が浮き立つバレンタインデー。 特進クラスのイケメン山羊と学年２位の秀才根津は女子に大人気。 そんな人気者の山羊がベビーシッター部に入部したいと言ってきて…。 校庭のまわりをお散歩するベビーズ。 少し目を離した隙に、拓馬が怪しげな男につかまってしまう！ 慌てて助けた竜一たちだが、その男の正体は人気俳優の狸塚恒介だった！
高校生になった竜一は、部活の新入生勧誘に賑わう校内を保育ルームのみんなと見学することに。 竜一も「ベビーシッター部」の部員を増やすべく頑張るが、なかなかうまくいかなくて…。 竜一が風邪をひいて寝込んでしまった！ 早く良くなるようにと、虎太郎は理事長と一緒に特製ドリンクを作ることに。 一生懸命「れもちゃ(レモン)」を絞るが…。
突然保育ルームにやってきた2年生の犬井先輩。 しかも美鳥が将来の自分の娘になると言い出して…。 まさか犬井は猿渡先生の不倫相手!? いつも仲良しなベビーズだが、 魔女になるための勉強をしたい奇凛と、 レンジャーごっこをしたい鷹が大喧嘩。 魔女なんかいないと言われた奇凛は、 自分がほうきで空を飛んで 証拠を見せると言い切るが…。
休日、家の庭で遊んでいた虎太郎は、 なぜか生垣に挟まり動けなくなっている男の子を見つける。 根津そっくりのその子は根津の弟の吉だった。 助けてあげようとする竜一だが、 なんだか訳ありの様子で…。 保育ルームに置き忘れられた竜一のお弁当を、 虎太郎がたったひとりで教室に届けるという。 気合い十分な「はじめてのお使い」だが、 その道はなかなか厳しい…。 そんな虎太郎を助けてくれたのは、 紙袋を被った謎の「袋仮面」…！？
中々遊びに来てくれない猪又に会いたくて、 虎太郎を連れて保育ルームを抜け出した奇凛。 猪又が保育ルームに来ないのは 竜一のことが嫌いだからだと勘違いした二人は、 一生懸命竜一の魅力を猪又に伝えようとするが…。 いつも一緒の拓馬&数馬だが、 数馬が風邪をひいたため、 保育ルームにやってきたのは拓馬ひとり。 いつもと変わらずニコニコ元気に虎太郎たちと遊ぶ拓馬だが、 本当はやっぱり…。
初めてラブレターをもらった竜一は、 保育ルームでもなんだか上の空。 ベビーズからも心配されてしまう。 竜一がまた風邪をひいたと思った虎太郎は学園に行く途中、 「薬」を探すために竜一とはぐれてしまい…。 狼谷兄弟と一緒に夏祭りに行くことになった竜一と虎太郎。 お祭りを楽しむ4人だが、ふと気が付くと、 鷹の手からおもちゃの剣がなくなっていて…。
保育ルームのみんなで海水浴！ 今日はママたちと猪又も一緒だ。 大はしゃぎのベビーズだが、 虎太郎は海に入るのが怖い様子。 浜辺で砂遊びに付き合った竜一は、 虎太郎のお昼寝中に少し泳ぐことにしたが…。 隼とケンカして大泣きしながら保育ルームにやってきた鷹。 ケンカの原因は落書きされた野球のサインボール。 怒った隼は朝から鷹を完全無視しているらしい。 狼谷先生に頼まれた竜一が隼の様子を見に行くと…。
楽しい文化祭が始まった。 保育ルームの模擬店は「おやさい喫茶」。 野菜の着ぐるみ姿のかわいいベビーズのために、 今日はみんなのパパたちがやってくる！ でも熊塚先生は竜一たちにお願いがあるという。 そのお願いは…女装!? 理科室の孵卵器で温めている鶏の卵が もうすぐ孵化しそうだ。 狼谷先生に誘われて卵を見に行くが、 ひよこはなかなか生まれずベビーズは不満顔。 ひとり熱心に卵の観察を続けた虎太郎の目の前でついに…！
風邪を引いてお休みの兎田の助っ人として、 犀川がベビーシッターをすることになった。 何事も器用な犀川だが、 果たしてうまくベビーズのお世話をすることができるのか。 心配する兎田のもとに、犀川から緊急連絡が…！？ 猪又に誘われて初めて保育ルームにやってきた牛丸。 実は小さい子が苦手な牛丸はベビーズに囲まれてたじたじ。 苦手意識を克服するために、 みんなで散歩にでかけることになって…。
日曜日にクラスメイトと遊びに行くことになった竜一。 虎太郎抜きのお出かけは初めてだ。 犀川と一緒にお留守番の虎太郎はしょんぼりしていたが、 ボール遊びの最中にたまたま書庫を見つけて…。 もうすぐクリスマス。 サンタクロースからのプレゼントが待ちきれないベビーズと、 かわいいわが子のために準備するパパたちを見ながら、 竜一も虎太郎を喜ばせたいと サンタになる方法をあれこれ考え始めるが・・・。
