転校してきてまだ友人がいないるう子は、友達つきあいのきっかけにと、兄からWIXOSS（ウィクロス）のスターターキットをもらう。プレイヤーカードを手にすると、描かれたキャラが声を発して動き出し、驚くるう子にカードはバトルをしたいと訴える。翌日同級生の紅林遊月から、WIXOSS（ウィクロス）のバトルをしようと声をかけられる。じつは遊月も「意志のあるカード」を持っており……
ルリグのことやその声を聞ける少女＝セレクターのことなどを遊月から教えてもらったるう子は、自分のルリグを「タマ」と名付ける。遊月との初めてのバトルをきっかけに二人は友達になった。そして放課後、遊月に誘われて読者モデルのセレクター、蒼井晶に会いに行くことに。そこで二人は、おとなしそうな少女、植村一衣と晶のバトルを観戦し、晶の本性を知ることになる。
晶との対戦を前に、ケンカをしてしまったるう子と遊月。晶との実力差に怖じ気づいていた遊月は、るう子とのいざこざの憂さ晴らしにと、晶と対戦を始めてしまう。同じ頃るう子は、意外にも一衣から対戦を求められていた。バトルに楽しさを覚えるるう子と、願いのために懸命に戦う一衣。だが一度晶に負けている一衣のため、るう子はわざと負けても？ と考える……。
遊月との溝がさらに深まり落ち込むるう子。だが遊月の方から仲直りに現れ、秘めた願いをうちあけられる。一方、晶はるう子と無理矢理バトルしようと画策する。その凶暴さを知る遊月は、対戦を避けるようるう子に助言するが、晶は読者モデルの影響力を利用して、るう子のクラスメイト達を巧みに操り……!?
晶の読者モデル仲間でセレクターの浦添伊緒奈に糾弾され、困惑するるう子。そんな時、彼女は遊月、一衣と一緒にWIXOSS（ウィクロス）大会にエントリーすることになり、3人で盛り上がる。だが友達を欲してバトルを続けてきた一衣に対して、一衣のルリグである緑子は自分を捨てて欲しいと言い出し……!?
一衣を蔑む晶の態度に怒りを覚えてバトルを始めたるう子。晶にとっては思惑通りの展開のはずだったが……。一方、遊月は同級生の女子たちから、香月との関係性を強く非難される。。気落ちしている遊月に、ちよりという天真爛漫なセレクターが話しかけてきて、無邪気にバトルを挑んでくるのだが……。
現在の一衣の状況を知ってしまい、衝撃を受けるるう子。セレクターバトルに負け、セレクターとしての資格を失うことによるペナルティの大きさを再認識すると同時に、先日バトルをした晶のことが気にかかり、撮影スタジオへ赴く。撮影スタジオで出会った伊緒奈は晶のことを気にもかけず、るう子とのバトルを望む……！
晶から呼び出されたるう子と遊月は、変わり果てたその姿を目の当たりにして慄然とする。その場を逃れた二人だったが、遊月はるう子にセレクターバトルから降りるように言い、るう子との友情に別れを告げた。そして強引な方法でセレクターを見つけてバトルを挑む。バトルがはじまる前から勝利を確信する遊月。願いが叶う時が来たのか!?
二度とセレクターバトルをしないと決めたるう子。だが一衣に続き遊月とも友人でなくなっていまい、その心は淋しかった。学校では、姉弟なのに恋人同士だという噂が広まり、遊月は孤立してしまう。だがその遊月から本当の気持ちを聞いた時、香月は、なぜ友人たちに怒りが湧き上がったのか、本当の理由に気がついた。同じ頃、るう子の前に一衣が姿を現す……。
緑子も失ったはずの一衣は、なんと再びセレクターとなりるう子にバトルを挑んできた。一衣の新しいルリグ……それは……あろうことか……。困惑と動揺を隠せないるう子。だが一衣はバトルの途中で意識を失い、勝負はつかなかった。一衣の搬送された病院で、るう子はセレクターバトルに隠された残酷な真実を知ることになる。
るう子とのバトルを望む伊緒奈は、「ファンの集い」と称してセレクターを一堂に集めたバトル大会の開催する。彼女はセレクターだけがその趣旨を理解出来る隠語を用いて、ネットで「集い」への参加募集を拡散する。セレクターバトルの真実を知ったるう子の中に、ある願いと決意が生まれていた。るう子も伊緒奈の呼びかけに応じて、そのバトルに参加することを決める。
バトルの会場は、るう子がいつも見ていたあの工事中の巨大ビルだった！トーナメント方式の戦いを、強い意志でタマとともに勝ち進んで行くるう子。準決勝での相手は一衣。伊緒奈と戦うのは、この勝者のどちらかになる。るう子と激しいバトルを繰り広げる最中、一衣の口から思いもよらぬ言葉が……。果たしてるう子は、抱いた願いを叶えることが出来るのか──!?
運命の「浦添伊緒奈ファンの集い」からしばらくして──。るう子は一衣やルリグになってしまったユヅキと、一見平穏な日々を過ごしていた。そして休日に連れ立って遊びに出かけた三人は、偶然にもちよりと出会う。「ファンの集い」には参加出来なかったというちよりは、相変わらずの軽いノリで、るう子たちにバトルを申し込む。だが、今るう子と一緒にいるルリグは……。
顔に大きな傷を負って読者モデルを続けられなくなったはずの晶が、以前と変わらぬ姿で再びファッション雑誌に登場していた。しかも誌面でセレクターバトルを求めている……！伊緒奈と入れ替わったウリスが晶に接触して、読者モデルに復帰出来るようにお膳立てしたのだ。ウリスに手なずけられた晶は、新たなルリグ・ミルルンとともに、るう子の前に現れた。
晶とやむなくバトルをしたるう子であったが、今の彼女のルリグ・イオナとではセレクターバトルをしてもまったく高揚感を得られない。るう子に以前のような強さを感じられず、ほぞを噛む思いのイオナ。タマに強く心を寄せるるう子は、タマと一緒にバトルをすることが楽しかったのだ。だがそれを理解出来ないイオナは、自分を利用してタマと再会できるよう願えば良いという……。
偶然にも、ウリスとちよりのバトルに出くわしたるう子たち。ウリスはどうやら自らの意志でセレクターとして戦っているらしい。ウリスのパートナーのルリグを見て愕然となるるう子。そのウリスの行動に、嫌悪感をにじませるイオナ。ちよりとのバトルが終わった後、ウリスはるう子とイオナに自分とバトルをしないかと挑発するが……。
ちよりの愛読しているWIXOSSを題材にした小説を読んだるう子たちは、その内容があまりにもセレクターバトルに酷似していることに疑問を抱く。ちよりは小説に心酔するあまり、ルリグになりたい様子なのだが……。とにかく真相を知ろうと、るう子たちは作者であるふたせ文緒を訪ねた。やはり彼女もセレクターであり、しかもセレクターバトルの真実をすべて知っているという。
バトルに勝てば知っていることを話すという文緒に、るう子は意外な形で逆転勝利を収めることが出来た。そして、文緒の驚くべき過去を聞かされるのであった。さらに小説を書き続けるため、精神的にかなり追い詰められていることを知る。その有り様に、さすがのちよりも顔色を失う。そんな時、イオナは体調に異変を来す。一方、ウリスは晶にある人物とバトルをするよう命ずる。
晶は一衣を捕らえて、るう子を呼び出した。ユヅキとともに指定された場所へやって来たるう子は、一衣が酷い目にあわされたと知り怒りを覚える。そこへ現れたウリスは晶をなじると、るう子へバトルを迫る。彼女はるう子とイオナとのバトルを望んでいたのだ。そして明かされる、おぞましいウリスの心の内。イオナの体調は万全ではないものの、るう子はバトルを受ける……！
ウリスとのバトル中、イオナはるう子のピュアで温かな想いを強く意識する。タマもるう子の気持ちを感じ取り、本気でバトルをする。だがこれまで感じたことのない感情に満たされたイオナは、また体に変調を来す。苦痛に喘ぎながらも、彼女は自分とタマとの特別な関係を語りはじめる。それは忌まわしいセレクターバトルの起源の物語……そして孤独な少女の物語……。
タマとのバトルで激しく消耗したイオナとともに、自宅に戻ってきたるう子たち。繭がセレクターバトルを生み出したということを知り、るう子や一衣、ユヅキは孤独だった彼女の心情に想いを馳せる。そんなるう子たちを見て、イオナは自分の心に変化が生じはめていることを意識するのだった。そんな時、ちよりが一衣にバトルを挑んできた。すでにちよりは２回負けているが、一衣はその挑戦を受けて立つ。
ウリスの呼び出しを受けた晶は、完成した例のビルへとやって来た。晶は先日の一衣を捕らえた一件の後、ウリスを発作的に刺して傷を負わせており、それ以降心に変調を来していた。ウリスはタマに、このバトルに勝てば入れ替わって人間になれるとそそのかす。バトルを始める晶とウリス。その結果は……!? 一方、イオナはある決意を抱き、ウリスの元に連れていって欲しいとるう子に請う。
ウリスを探するう子たちに一通のメールが届く。指示された場所にいたのは、イオナと入れ替わる前の本物の浦添伊緒奈だった。伊緒奈の話を聞いたあと、るう子はイオナに「ユキ」と新しく名前をつける。そして、メールの送り主である遊月（花代）に会うために紅林家へ。花代は、るう子たちに入れ替わってからの苦しい心情を語る。だがその会話を、偶然にも香月に聞かれてしまった。
バトルの会場は、るう子がいつも見ていたあの工事中の巨大ビルだった！トーナメント方式の戦いを、強い意志でタマとともに勝ち進んで行くるう子。 準決勝での相手は一衣。伊緒奈と戦うのは、この勝者のどちらかに...
