練馬署から赴任してきたばかりの「新参者」刑事・加賀恭一郎（阿部寛）。 着任早々、日本橋署管轄の小伝馬町のマンションで絞殺された女性の殺人事件がおこる。被害者は三井峯子（原田美枝子）。彼女もまた、2ヶ月前にこの町に引っ越してきたばかりの「新参者」だ。 峯子の部屋の現場検証から、人形焼、衣服から外れたと見られるボタン、そしてある男の名刺などが発見される。警視庁捜査一課・小嶋一道（木村祐一）の指揮のもと捜査本部がおかれ、加賀は従兄弟の松宮脩平（溝端淳平）とコンビを組むこととなった。 まず加賀と松宮はこの名刺の男に会いに行くことに。人形町を担当する保険営業マンの田倉慎一（香川照之）である。
三井峯子殺害事件を捜査する、日本橋署刑事・加賀恭一郎（阿部寛）。 現場に残されていた、餡入り・餡なしが7対３の組み合わせの人形焼を、同じ店で事件当日に買った客に、料亭「まつ矢」の見習い・佐々木修平（石黒英雄）がいた。加賀は煎餅屋「あまから」に続き、「まつ矢」の謎に迫っていく。 さっそく「まつ矢」へ出向く加賀と、警視庁の松宮脩平（溝端淳平）。青山亜美（黒木メイサ）が書いたタウン誌「ドールタウン」の記事に「まつ矢」はわさびが売りだとあったのにツーンとこない、と不平を言う加賀に、女将の枝川頼子（夏川結衣）が「わさびは隠し味だ」と説明する。存在を主張するのではなく、あくまで主役は素材だというのだ。 修平に話を聞きたい、と申し出た加賀たちは、修平に缶コーヒーを勧める。人形焼を買った時のことを聞くが、修平は「人形焼は自分で全て食べ、容器も捨てた」という。
殺害された三井峯子（原田美枝子）が最後に書いたメールの文章が捜査線上で注目される。「買いました。今度持って行きます」。その謎めいた文章の送信相手は、人形町に古くからある瀬戸物屋「柳沢商店」の嫁、柳沢麻紀（柴本幸）だった。いったい麻紀と峯子の関係は？そして峯子は彼女のために、何を買ったのか？思案する松宮脩平（溝端淳平）を横目に、加賀恭一郎（阿部寛）は被害者宅にあった新品のキッチンバサミと断定、老舗刃物店「うぶけや」で売られている鋏（はさみ）に目をつける。 なぜ、峯子は鋏（はさみ）を頼んだのか？謎を持ったまま向かった「柳沢商店」には、柳沢麻紀と夫・尚哉（大倉孝二）が店番をしていた。麻紀へ峯子との関係を伺うも、ただのお客だった、特別なことはなかったと話し、鋏（はさみ）についても何も言わず、何かを隠しているような素振りであった。
三井峯子（原田美枝子）が、殺害される直前まで書いていたメールに、「いつもの広場で子犬の頭をなでていたら、今日も小舟町の時計屋さんと会いました。お互いマメですね、と笑い合いました」というものが。加賀恭一郎（阿部寛）は峯子の行動をたどるべく、「浜町公園で峯子に会った」と証言している、小舟町の寺田時計店主・寺田玄一（原田芳雄）に話を聞きに行く。 玄一は頑固な時計職人で、修理を依頼する加賀にもそっけない。「刑事」と名乗ると「あのチンピラが何かやったのか」と言う。チンピラとは誰のことだろうか？ 改めて確認すると、散歩に出たのは夕方5時半で、峯子と浜町公園で会い子犬の頭をなで、帰ってきたのは7時キッカリだという玄一。 しかし浜町公園で、峯子と同じマンションに住んでいて、犬の散歩をしていたアサミ（宮地真緒）と出会い話を聞くが、子犬の散歩をしていた人はいないし、峯子を見たという人すらいないのだった。
寺田時計店の主人・寺田玄一（原田芳雄）の一件から、安産祈願のために水天宮にお参りをしていたことが分かった三井峯子（原田美枝子）。峯子の部屋からは育児雑誌などが発見されており、捜査本部は峯子の周囲に妊婦がおり、その妊婦に峯子が特に気をかけていたのでは、と推理する。その妊婦の女性を探そうとする捜査本部。 一方、加賀恭一郎（阿部寛）は峯子の持ち物にあったレシートから、ケーキ屋「クアトロ」に出向く。店員・北村美雪（紺野まひる）に確認すると、峯子は事件当日も来店しているものの、何も買わずに帰ったという。美雪にとって峯子はただの客で、名前も知らない相手だというが、いつも優しく微笑みかけてくれたことを不思議に思っていた美雪。ここで加賀はあることに気づく。それは美雪が妊婦であることだ。
三井峯子（原田美枝子）殺害事件の日、彼女はある友人と約束を交わしていた。それは峯子殺害の第一発見者となってしまった親友・多美子（草刈民代）。その約束の時間を引き延ばした間に峯子は殺されてしまった。「自分が約束の時間を変えなければ…」。多美子は罪の意識に迫られていた。 クアトロの美雪（紺野まひる）の証言から、クアトロでケーキを選んでいた峯子の携帯に、ある公衆電話から電話をかけてきた人間がいたようだ。刑事の加賀（阿部寛）と松宮（溝端淳平）は、峯子の遺体を最初に発見した多美子を訪ね、周りに携帯電話をなくしている知人がいるかどうか尋ねた。多美子は心当たりがないと答えるが、実際には日系イギリス人で映像作家の恋人コウジ・タチバナ（谷原章介）が公衆電話から電話をかけてきていて、とっさに嘘をついたのだ。まさか自分の恋人が…！？親友の殺害に関係があるというのだろうか？ 加賀たちは、事件当日、多美子が峯子に会うことを知っていたというコウジ・タチバナに捜査の矛先を向けた。コウジは2年前に来日、ここ1年の作品で注目を集めている新鋭映像作家だ。加賀はコウジに携帯電話の提出を求めた。それは真新しく、聞けば以前のものは紛失したという。しかもコウジは峯子とも親しく、犯行現場である彼女のマンションも知っていた。この2点から、コウジは怪しいのではと疑う。 さらに、犯行時刻にコウジは銀座の宝石店にいたことが確認されているが、実は元の予定を変更して、事件当日に来店しているのだ。そこから事件現場までは車で10分。一体、なぜ予定を変えたのか。コウジの思惑は
親友の吉岡多美子（草刈民代）の証言から推察するに、殺人事件の被害者・峯子（原田美枝子）は生前、離婚による財産分与について後悔しているようだったことが分かる。夫の清瀬直弘（三浦友和）の会社では、直弘は浮気をしており、その相手は社長秘書の祐理（マイコ）ではないかと噂がでていた。捜査本部でも彼女のことが原因で二人は離婚、果ては浮気の発覚を恐れて清瀬が峯子を殺害したという疑いを持つ。上杉刑事（泉谷しげる）は、清瀬を追い詰めようと主張し、小嶋（木村祐一）は証拠が挙がってからと慎重な構えだが…。 加賀（阿部寛）は清瀬の息子・弘毅（向井理）に、父親の女性関係について尋ねるが、浮気など考えられないという。清瀬の身辺を探る加賀と上杉が次に向かったのは、清瀬が経営している会社の税理士・岸田要作（笹野高史）だった。清瀬とは30年来の付き合いだというが、岸田は彼の周りに女性の影はないと断言した。
上杉（泉谷しげる）が警察を去り、残された手がかりから峯子（原田美枝子）殺害事件の動機が最も大きいと考えられる最重要人物として、元・夫の清瀬直弘（三浦友和）と秘書の祐理（マイコ）が捜査線上に浮かび上がった。「2人は不倫発覚を恐れて峯子を殺害した」というシナリオを裏付けるために、捜査本部は清瀬たちの見張りを開始した。事件当日のアリバイ証言も曖昧で、２人が口裏を合わせているだけかもしれない。共犯を疑われる清瀬と祐理は、24時間態勢で徹底的にマークされた。 そんな中、加賀（阿部寛）はしばらく泳がせておこうという捜査本部の方針に反し、疑いをかけられている清瀬と祐理に直接ぶつかった。清瀬は祐理のことを単なる秘書だと言い張るが、加賀は祐理のネックレスと指輪に注目していた。高級なダイヤのネックレスに比べて、左手の小指にはめられた指輪はかなり古そうな印象だ。加賀は誰からのプレゼントだと聞くが祐理は答えず、清瀬も知らないと話をそらした。 次に加賀が向かったのは、清瀬とは30年来の間柄という税理士の岸田（笹野高史）だった。そこで加賀は、清瀬が以前通っていた銀座のクラブの存在を知る。 加賀は清瀬と祐理の事件当日のアリバイを崩し、犯行を実証できるのか？
清瀬直弘（三浦友和）と祐理（マイコ）の関係が親子だとわかり、峯子（原田美枝子）殺害について二人の共犯説は消えたものの、清瀬のアリバイが怪しくなってきた。犯行時刻には自分の会社にいたというが、その時間に電話をしたが誰も出なかったと証言した人間が現れたのだ。清瀬の会社の税理士・岸田要作（笹野高史）の息子・克哉（速水もこみち）だ。清瀬はその時間、事務所でなく倉庫にいたので電話は聞こえなかったと加賀（阿部寛）に説明する。 加賀は克哉の自宅を訪ね、さらに詳しく電話の件を探った。すると、ひょんなことから克哉自身の犯行当日の行動が曖昧なことが判明し、加賀の矛先は克哉にも向くことになる。さらにその克哉が、峯子とは6年前に会ったのが最後と言うものの、峯子が引っ越した最新の住所が記された転居通知を持っていた。ということは、克哉は殺害現場である彼女のマンションに行くこともできるし、それを清瀬に知らせることもできたわけだ。 克哉は本当に峯子を殺したのであろうか？克哉の隠していることは一体？ ついに、峯子殺人事件の本命容疑者の登場か！？
峯子（原田美枝子）殺人事件の重要参考人として、松宮（溝端淳平）と加賀（阿部寛）は、動機があり、しかもアリバイのない元夫の清瀬（三浦友和）に日本橋署まで同行を求めた。同時に、事件当日に被害者と一緒にいるところを目撃されている克哉（速水もこみち）も署に呼ばれる。清瀬が克哉に金を渡していたという証言もあり、二人は共犯かもしれないというのが警察の見方だった。 共犯の疑いがある克哉は「峯子さんとは6年前に会ったのが最後だ」と言っていたが、それは嘘だった。しかも自分の息子のためにフィギュア専門店に行っていたのに、そこにも行っていないと偽っている。加賀は克哉の数々の嘘を見抜き、事実を証言するよう迫った。 克哉の贅沢な生活、清瀬から受け取った現金、事件当日の峯子への訪問…。なぜ、克哉は嘘をついているのか。清瀬の隠し事とはいったい何か。 峯子殺人事件とのつながりはどこにあるのだろうか？人形町を舞台に、複雑に入り組んだ心模様を読み解きながら、核心に近づいてきた新参者の刑事・加賀恭一郎。真犯人は元夫の清瀬か？それとも顔見知りの克哉なのか？ 三井峯子はなぜ殺されなければならなかったのか。 加賀の推理が人々の嘘をあばき、ついに事件の真相へとたどり着く。
これは、加賀恭一郎（阿部寛）が人形町に赴任する、約2年前のお話――。 闘病生活を送る加賀恭一郎の父・加賀隆正（山崎努）のもとへ、松宮脩平（溝端淳平）が見舞いに訪れていた。捜査一課に配属になったばかりの甥から、近況を聞き出す隆正――。そんな隆正の“束の間の楽しみ”といえば、担当看護師との将棋であった。 松宮が足繁く病院に通う一方で、実の息子である恭一郎は、一向に隆正を見舞おうとはしない。そんな従兄弟の姿に、松宮は不信感を覚えていた。 とある日の夜のこと。 仕事中のサラリーマン・前原昭夫（杉本哲太）は、今日も自宅に帰るのをためらっていた。家に帰れば認知症の母親と、いつからか口も聞かなくなってしまった家族がいる…。そんな事実が、昭夫の心に重くのしかかっていた。と、そこへ、普段なら電話をかけてくるはずもない妻・八重子（西田尚美）からの着信が――。電話に出ると、八重子はいつになく取り乱しており、「とにかく帰ってきて欲しい」という。嫌な予感を胸に抱きながら、自宅へ戻った昭夫が庭で目にしたものとは――見知らぬ少女の遺体だった！ 状況を掴めぬまま八重子を問い詰めると、どうやら少女の死に息子・直巳（泉澤祐希）がかかわっているという。八重子に背中を押され、「家族を守るため」に昭夫がとった行動とは…！？ そして、この事件を担当することになった加賀と松宮は、コンビを組むことに。 『家族』とは何なのか。「平凡な家庭」に起こった悲劇を通じてみえてくるものとは――！？
寒い夜のこと。日本橋の欄干にもたれかかる男を巡査が目撃する。男の胸にはナイフが刺さっていた。どうやら男は死にかけた状態でここまで歩いてきて、力つきたようだ。その後、男は病院で死亡してしまう。 加賀と松宮も参画して事件の捜査が始まる。その中、事件直後に若い不審な男が現場から逃走中にトラックにはねられ、昏睡状態に陥っていることが分かった。「彼が人殺しをするはずがない」と否定する恋人。しかし、彼の持ち物からは被害者が持っていた財布と書類鞄が発見される。そして、被害者とのある関係が浮上したことから、警察は不審な男を犯人と断定し裏付け捜査を進めてしまう。 一方、被害者が部長を務めていた会社で「労災隠し」が発覚し、その責任が被害者にあることが公になる。このことで被害者家族は一転して世間・学校からのバッシングにさらされてしまう。 果たして、若い男は真犯人なのか。被害者はなぜ瀕死の状態で日本橋まで歩いてきたのか。加賀と松宮はその真相に挑む。
警視庁捜査一課の刑事・加賀恭一郎（阿部寛）は、ひょんなことからバレエ「白鳥の湖」を観にいく羽目になるが、興味の無い上に徹夜明けということも重なり、公演中に居眠りをしてしまう。しかし、途中で目を覚ました加賀は、浅岡未緒（石原さとみ）が演じる黒鳥に目を奪われ、その才能にすっかり魅了される…。 そんなある日、その公演を主催する名門・高柳バレエ団の事務所で、ある男が殺された。居合わせたバレリーナ・斎藤葉瑠子（木南晴夏）が被疑者とされ事情聴取を受けるが、不審者から身を守る上での正当防衛だと主張。被害者の男・風間利之（内田朝陽）と葉瑠子は面識がなく、プリマである高柳亜希子（音月桂）を中心に、バレエ団側も葉瑠子の証言を疑わなかった。 石神井北署の太田刑事（柄本明）は、当初この案件にやたらと首をつっこんでくる加賀に対して冷たい態度をとっていたが、次第にその捜査姿勢や観察眼に一目置くように。徐々に捜査に熱を帯びていく加賀に対し、嫌味を言いながらも冷静になるよう諭しつつ、2人はパートナーとして捜査を進める。 捜査が進む中で幾つかの不審な点が浮かび上がり、事件が混迷を極める中、今度は「眠りの森の美女」のゲネプロ中に、バレエ団の敏腕演出家・梶田康成（平岳大）が毒殺された。果たして、最初の事件と関係があるのか…！？
類い稀な推理力で難事件を解決に導く刑事を主人公にした、東野圭吾の人気ミステリー小説を映像化した『新参者』シリーズの完結編。謎に包まれた殺人事件の捜査線上にある女性演出家が浮上したことで、主人公・加賀の母が失踪した理由や父との不和、加賀自身の過去が明かされる。主演の阿部寛をはじめ溝端淳平、田中麗奈、山崎努らレギュラー陣が続投し、新キャストとして松嶋菜々子、伊藤蘭、小日向文世らが参加。テレビドラマ「半沢直樹」などの演出を務めた福澤克雄がメガホンを取る。
