かつて、鋼鉄ジーグと邪魔大王国の最終決戦の地となった九州。そこはあの日より、謎の結界“ゾーン”に覆われ連絡不能となっていた。あれから50年…。“ゾーン”に遮られた九州を望む本州最南端の町。高校生ライダー・草薙剣児は突如、地中から現れたハニワ幻神・魔愚羅（まぐら）と遭遇して…。
ビッグシューターから射出されたパーツで鋼鉄ジーグにビルドアップした剣児。魔愚羅（まぐら）との戦いの中、広がったゾーンの中に飲み込まれてしまう剣児たち。その頃、阿蘇の地中深くでは、かつてのジーグに封印された邪魔大王国の女王・妃魅禍が復活を遂げて…。
未だ状況を把握し切れていない剣児に、50年前のジーグと邪魔大王国の戦いについて語る珠城司令。ジーグと同調できるのは自分だけだと知り、自分が選ばれし者であると調子に乗る剣児。一方、妃魅禍は新たなるジーグの中に銅鐸（どうたく）の存在を感じ、ハニワ幻神・馬頭羅（めずら）を博多に出現させる。
ゾーン内の現状の把握と、設備の復旧を急ぐビルドベース。見守るしかない剣児は雷鋼馬で偵察に出かける。一方、珠城司令と司馬遷次郎はデータ収集のため、ゾーン内にあった旧ビルドベースの調査を敢行する。旧ビルドベースを訪れた珠城司令と遷次郎は、ゾーンの中が50年前と全く変わっていないことを知り…。
ハニワ幻神・罵玖羅（ばくら）との戦いから戻った剣児たちは、ビルドベースの食堂でくつろいでいた。だが、不意に奇妙な感覚にとらわれる剣児たち。戦闘に出た者だけが、知らず知らずのうちに奇妙な世界に引き込まれていたのだ。繰り返す日常。なにかが違うと気づいた剣児は、その世界からの脱出を試みるが…。
剣児にもっとジーグを理解させ、無理のない戦闘をさせようと個人授業を始めるつばき。しかし、剣児は机に座るとすぐに居眠りをする始末。困っているつばきに、剣児をその気にさせるいい方法があると持ちかける身堂たち。そんな時、邪魔大王国の阿磨疎と壬魔使が、ハニワ幻神・魔可羅とともに現れて…。
50年前の最終決戦の日から滞留する謎のエネルギーが、もっとも濃い高千穂周辺。そこの調査が重要だと感じていた美和だったが、常識を遥かに上回る高重圧反応に調査隊を差し向けることを躊躇していた。だが、高千穂の高重圧反応が突然収まり、美和は調査を決断する。霧に霞む高千穂の火口で剣児たちが見たものとは…？
高千穂で発見された首の無い宙のジーグ。そのジーグヘッドは、壱鬼馬が八岐之大蛇に持ち帰っていたのだ。妃魅禍は、ジーグヘッドから銅鐸を取り出そうとするが取り出せない。二つの銅鐸を共鳴させることにより、取り出せるに違いないと考えた壱鬼馬は、ハニワ幻神・徒鼻羅で剣児が乗るジーグの銅鐸を狙い…。
ハニワ幻神・玄武羅でビルドベースに全面攻撃を敢行する壱鬼馬たち。しかし、その狙いは別にあった。つばきの能力に気がついた妃魅禍は、その能力を利用して宙のジーグヘッドから銅鐸を取り出そうとしていたのだ。防御力の高い玄武羅に苦戦しながらも、アースパーツでそれを砕くジーグ。だが、その時…!?
捕まったビッグシューターを破瑠覇とともに追う剣児のジーグ。阿蘇で彼らを待っていたのは、これまで見たこともない数のハニワ幻神の軍団だった。つばきと鏡を救うため、必死で戦う剣児。そんな中、壱鬼馬は邪魔大王国の奥義・万象羅偶を発動させる。だがその時、破瑠覇と感応したジーグは、バルバ・ジーグとなって…。
つばきと宙を救出したものの、阿蘇に散った鏡…。二つの銅鐸のパワーを得た妃魅禍が、遂に結界の呪縛から解き放たれた。そして、九州全域に大空爆を行った妃魅禍は、八岐之大蛇で何処かに消えてしまう。 ビルドステーションの大利博士と連絡をつけた遷次郎は、すべての残存兵力を率いてビルドシャトルで宇宙に飛び立つ！
ビルドステーションに集結する防衛軍の残存兵力たち。銅鐸が無く、ジーグになれない剣児と宙。唯一、妃魅禍に対抗し得る手段は、銅鐸の真理に近いと思われる剣児とつばきが真の意味で銅鐸と共鳴を果たすことだった。月面に潜む敵の本拠・ラングーンへの突入を命じる美和。そして、剣児たちはラングーンに突入するが…。
剣児とつばきの想いが大銅鐸と共鳴して新たな銅鐸を生み出した。そして、復活する剣児と宙のジーグ。だが、大銅鐸の力を我がものにした妃魅禍は様々なパワーで二体のジーグを翻弄する。それでも諦めず、必死に戦う剣児たち。そんな彼らに対して最終兵器を起動する妃魅禍。それは妃魅禍の想像を遥かに超える存在だった…！
