ムゲとの戦いから1年後。獣戦機隊の面々にもとりあえずの日常が戻りつつあった。そんな中、謎の組織バンディッツが破壊活動を開始する一方で、巨大な敵グザートが出現。忍たちは迎撃に向かうが、敵は自爆してしまい…。これを機に新たな戦いが幕を開ける。
무게와의 싸움도 끝나고 수전기 대원들은 평온한 나날을 보낸다. 이 시기는 사유리라는 사람이 만든 메인 컴퓨터에 도시의 모든 컴퓨터로 연결되어 모든 것이 통제되는 상태이다. 하지만 어느날 갑자기 어디서 보지도 못한 정체불명의 괴물이 나타나 도시를 공격한다. 이에 다시 출격하는 수전기대. 하지만 이 괴물은 지구상에 없는 금속으로 만들어진 로봇으로 수전기대의 공격은 아무런 소용이 없었다. 결국 이 로봇은 자폭하여 도시의 일부분을 먼지로 만들고 수전기 대원들은 작전을 무시하고 싸운 죄로 감옥에 갇히고 다시 죄수들이 일하는 곳으로 끌려간다. 여기서 수전기 대원들은 메인 컴퓨터가 지배하는 것에 대해 저항하는 집단의 대장을 만나 도시에서 일어나는 모든 일들의 원인이 메인 컴퓨터때문이라는 것을 알게된다. 다시 수전기 부대로 돌아온 대원들은 단쿠가로 출격하여 메인컴퓨터 안으로 잠입해 이것을 파괴려고 한다. 이때 나타나는 사유리. 자신을 무게 제왕이라고 하면서 단쿠가를 공격한다. 그리고 무게의 혼은 사유리의 몸을 빠져나와 스스로 거대한 로봇이 되어 단쿠가를 공격한다. 하지만 간돌포의 힘에 입어 단공검으로 무게를 베고 다시 지구를 구하게 된다.
故事時間點為與「無限帝國」戰後一年，獸戰機隊原先成員除了司馬亮外均解散退役，而司馬光也成為了教官對新的獸戰機隊培訓成員進行訓練。而在這同時，沙羅在士官學校的好友，機械天才-道那賀小百合研究出了超越當時技術的智能電腦，然而其智能電腦其實被無限·佐魯巴度斯帝王的亡靈所侵略，進而演變為危害地球的危機。為了保衛戰後的地球，在獸戰機隊總指揮 葉月博士的招集下，原獸戰機隊成員全員歸隊，並與無限·佐魯巴度斯帝王亡靈進行最終決戰。
