Das Hauptquartier lokalisiert Fines Basis in einem verlassenen Krankenhaus außerhalb der Stadt. Als die Symphogear-Kriegerinnen die Basis angreifen, merken sie, dass sie durch ein merkwürdiges Gas ihre Kraft verlieren. Dann werden sie von Monstern angegriffen, die keine Noise zu sein scheinen...
A week following the incident, and Hibiki is still concerned over what Shirabe said whilst Tsubasa and Chris, who had enrolled into the academy, help with preparations for an upcoming school festival. Later that night, Hibiki, Tsubasa and Chris are sent to infiltrate an abandoned hospital filled with Noise, affected by a gas that decreases their sync with the Symphogears. Dr. Ver soon appears, revealing he stole Solomon's Cane for himself and is working with the enemy. As Chris starts to become affected by the feedback on her Symphogear's attacks, Ver plans to unleash an experimental new creature known as a Nephilim onto the city, forcing Tsubasa to chase after it. Before Tsubasa can destroy the Nephilim, Maria appears before her once again, with Ver announcing her to be the reincarnation of Finé.
La vie semble avoir repris son cours à l'école Lydian, même si l'organisation Finé menace le monde. Après une enquête de la seconde division, les filles tentent d'attaquer le repaire ennemi.
増殖分裂するノイズを殲滅した絶唱の三重唱。
だが、その場にて爆発的に高まったフォニックゲインは、
蛹の状態にて眠る完全聖遺物ネフィリムを覚醒させてしまう。
響たちを謀り、生きていたウェル博士は、
ナスターシャ教授たちと通じ、人類に敵対する。
闇に身を潜める者たちの昏い思惑。
だが少しずつ歯車は狂い、早くも思惑から外れた軋みを奏ではじめる。
アジトとした廃病院よりナスターシャたちを送り出したウェルは、
誰に邪魔されることなくひとり策謀を巡らせる。
その渦中に飛び込んでいくシンフォギア装者たちは、
纏ったギアの重さに戸惑い、予期せぬ苦戦を強いられることになる。
生化学者であるウェルの搦め手は、初めて相対する脅威であった。
