正義感の強い青年、赤塚正義（通称：セーギ）はある日、不良に絡まれていた男性を助ける。しかし、助けたお礼として渡された謎の石に触れた瞬間、掌にタトゥーの様な紋様が刻まれてしまう。翌日、一向に消えないその紋様に困惑するセーギの前に、謎の美少女が現れ、「その呪紋、どこで手に入れたの？」の言葉とともに、突如襲いかかってくる…。
セオドアとの戦いの中で気絶したセーギが自分の部屋で目を覚ますと、そこにはイジーとトムの姿があった。米国の下、各地に散らばった呪紋を回収することが任務であるという彼らは、セーギに定着した呪紋の力を説明し、仲間になるよう詰め寄るが、セーギは事態が飲み込めず困惑する。一方でその頃、不穏な二つの影も動き始め…。
ブラフマンの圧倒的な戦力によって窮地に立たされた米軍は、ついに総員撤退命令を下すことに。しかし、トーコはセーギがまだ戦場に残されていることへの不安を隠せずにいた。一方で、突如戦場に現れたBBはカルに挑むが、“絶対境界”を前に苦戦を強いられ、最後の手段に出る。目の前で起こる決死の戦いに、セーギは…
セーギは辿る…BBの記憶を。そこには、米国の呪紋研究の資料を手土産に軍を抜け出し、セリニスタン王国へ身を寄せた若き日のBBの姿があった。「地球上から全ての呪紋を無くしたい」というイジーの願いを叶えることが目的である彼は、呪紋研究の先進国である王国へと接触し、その方法を模索しようとしていた。だが、王国の呪紋研究の中枢へと潜入したBBは、そこで驚愕の事実を知ることになる…。
BBの意志を継いだセーギが、ワイズマンの提案によって身を潜めて1年が経過した。セーギと共に行動する事を選んだイジー、トム、そこに合流した玉城らと共に修行を続け、セーギはイジーをも圧倒するほどの成長を遂げる。そんなある日、セーギたちのアジトが突如謎の敵に急襲される。残されたビデオレターに映るのは、第三遺跡のある米国に入国したアリヤの姿だった。
グランドキャニオンにおける王国との戦闘は激化し、イジーと玉城は、セーギとトムを先行させるため、ブラフマンと死闘を繰り広げる。一方で、アリヤを止めるために第三遺跡を目指すセーギの前には、BBに敗れたことで強くなったカルが立ちはだかる。セーギは、最強の無能力者となったカルを打ち倒し、アリヤの真の目的を阻止することが出来るのか…。
イジーらが遺跡を進んで行くと、そこには、串刺しにされたセーギの姿があった。呪紋使用の反動で復元能力も弱まり瀕死状態となっていたのだ。イジーと玉城は、作戦の鍵であるセーギを連れて逃げるようトムに告げ、その時間を稼ぐためアリヤの前に命を賭けて立ちはだかる。自分を救うために戦うイジーらを感じたセーギは、「復讐」に囚われていた自分の過ちに気づき、皆を救いたいと願う...。
