１１１８年京都。３００年の平安を誇った貴族の世も乱れ、武家・平氏の嫡男である平忠盛（中井貴一）も、朝廷の命令のまま盗賊の捕縛という汚れ仕事を行っていた。そんなある日、忠盛は物乞い姿のひとりの女と出会う。その女・舞子（吹石一恵）は、時の最高権力者・白河法皇（伊東四朗）の子を腹に宿していた。不吉な子として殺されることを恐れ逃げてきた舞子を、忠盛は納屋にかくまう。その腹の子こそが、後の平清盛であった。
若者になった平太（松山ケンイチ）は二人の父を持つという数奇なさだめのもと、何者でもない自分にいらだち賭場をうろつき、「無頼の高平太」と呼ばれるようになっていた。そんな折、白河法皇（伊東四朗）が出した殺生禁断令により兄弟のように慕う鱸丸（すずきまる）（上川隆也）の父・滝次が捕らえられてしまう。元服して名を改めた清盛（旧：平太）は滝次救出のため御所を訪れ、ついに実の父にして最高権力者の白河と対面する。
清盛（松山ケンイチ）は、瀬戸内海で船の警護役と称し海賊と戦い、取り返した食物を漁民に返すという無頼の日々を送っていた。しかし、賊と間違われた清盛は捕らえられ、京に連れ戻されてしまう。再会した忠盛（中井貴一）は、清盛に「北面の武士」という院の警護役を命じるが、清盛はそれを拒否。あくまで“自分ひとりの面白き人生を歩む”といきまく。そんなある日、清盛の前に源義朝（玉木宏）と名乗る青年が現れる。
平氏に大きな知らせが舞い込む。朝廷に忠誠を尽くす忠盛（中井貴一）の功が認められ殿上人に武士として初めてなったというのだ。喜ぶ平氏一門。北面の武士として務める清盛（松山ケンイチ）にとっても内心うれしい出来事だったが、貴族たちの中には武士の出世を面白く思わない者も多かった。そのひとり、藤原摂関家の長（おさ）・忠実（國村隼）は配下の武士・源為義（小日向文世）をそそのかし、殿上にあがる忠盛に一計を講じる。
１１３５年、朝廷では藤原忠実（國村隼）ら貴族たちが集まり瀬戸内海を荒らす海賊対策の会議に追われていた。通憲（阿部サダヲ）は自分のことしか考えぬ貴族たちにあきれ果てる。海賊討伐には源氏をと推挙する忠実を尻目に、鳥羽院（三上博史）は重用する忠盛（中井貴一）に海賊追討を命じる。初陣となった清盛（松山ケンイチ）は勇んで西海に出陣するが、清盛たち平氏軍の前に現れたのは見たこともないような巨大な海賊船だった。
巨大な宋船と戦闘を始める平氏一族。初めての本格的な戦闘にひるむ清盛（松山ケンイチ）をかばい守役・盛康（佐土井けん太）は深手を負う。圧倒的な海賊たちの武力の前に、宿営地に一時、引き上げた平氏。清盛は海賊の正体を知るために小船で再び海へ。しかし途中乗り込んできた通憲（阿部サダヲ）と共に海賊に捕らえられ船内に拘束されてしまう。２人の前に現れたのは兎丸（うさぎまる）（加藤浩次）という海賊の棟りょうだった。
海賊討伐を経て、清盛（松山ケンイチ）は従四位下の位を得て出世する。そんなある日、清盛は下級貴族・高階基章（平田満）とその娘・明子（加藤あい）と出会う。基章は、ひと目で清盛が気に入り、明子を嫁にもらってくれないかと勧める。はかなげな明子に心ひかれた清盛は、義清（藤木直人）に頼み、恋の歌を明子に送る。一方明子は、清盛のことを琵琶の弟子・時子（深田恭子）に相談していた。
１１３６年、清盛（松山ケンイチ）は博多にいた。宋から運ばれてきた品々を前に、清盛は忠盛（中井貴一）が朝廷を通さず、密貿易をしていることを知る。一方、朝廷では藤原忠実（國村隼）の子・頼長（山本耕史）が内大臣に就任。頼長は乱れた朝廷を粛清するといきまく。頼長は、ひょんなことから平氏の密貿易を知り、清盛を自らの屋敷に呼びつけ尋問する。清盛は宋銭を見せながら、交易によって国は豊かになると頼長に説く。
崇徳帝（井浦新）の弟君の雅仁親王（松田翔太）は、ばくち場に入り浸る変わり者の親王。今様狂いのこの親王が、後に為政者として清盛（松山ケンイチ）と争うことになる後白河法皇の若き日の姿であった。そんな折、得子（松雪泰子）が念願の男児を生み、誕生祝いのうたげに清盛と義清（藤木直人）も呼ばれる。清盛はそこで初めて雅仁親王と対面するが、雅仁親王はうたげの裏に錯そうする各人の仮面を突如暴き始め、混乱に陥れる。
うたげ以来、傷ついた待賢門院（檀れい）に接近した義清（藤木直人）であったが、義清と男女関係にある堀河局（りょう）は、あまりにも身分違いの恋は身の破滅を招くと義清に警告する。そんな折、待賢門院は息子・雅仁親王（松田翔太）をめぐって得子（松雪泰子）とつかみ合いのケンカをしてしまう。待賢門院の身を案じた義清は、その夜忍んでいくが、待賢門院の心が実は鳥羽（三上博史）にあることを知り…。
得子（松雪泰子）の策略に陥れられた崇徳帝（井浦新）は、得子の子・近衛帝に、みかどの座を譲ってしまう。一方、清盛（松山ケンイチ）は最愛の妻・明子（加藤あい）と子どもたちと共に、幸せな日々を送っていたが、明子が物乞いを助けたことではやり病にかかり、死の床についてしまう。祈とう師たちを呼び、なんとか明子を助けようとする清盛だったが…。そして、駆けつけた忠盛（中井貴一）の目に映ったものとは…。
１１４５年、出家した待賢門院（檀れい）は、ついに重い病の床につく。鳥羽法皇（三上博史）は、武士たちに季節外れの水仙を探させ、待賢門院に届けようとする。水仙探しの途中で、清盛（松山ケンイチ）は１０年前に別れて東国修行に出ていた義朝（玉木宏）と宿命の再会を果たす。そして、清盛は明子（加藤あい）の友人・時子（深田恭子）を、義朝は熱田神宮の由良姫（田中麗奈）を…。
祇園社で僧兵ともめたことをきっかけに、比叡山は平氏の横暴だと強訴を起こす。院の命令で止めに入った源氏兵を横目に、清盛（松山ケンイチ）が放った一本の矢は神聖として誰も手が出なかった神輿（しんよ）に突き刺さる。この一本の矢が京の都中を揺るがす大事件に。若き日の清盛といえば、このエピソード。比叡山の僧兵・鬼若（青木崇高）も登場。この鬼若、後々、源平合戦の重要なキャラクターになっていくので、そこにも注目！
検非違使庁から戻った清盛（松山ケンイチ）を待っていたのは、弟・家盛（大東駿介）の反逆ののろしだった。“祇園事件で世を騒がせた清盛を嫡男とは認めない”と家盛は決起する。そのことに目をつけたのは、藤原頼長（山本耕史）。家盛に接近し籠絡することで、平氏の武力と財力を我が物にしようとする。策略とは知らず、家盛は頼長の思うがままになってしまう…。類いまれなる美貌の持ち主といわれる女性・常盤（武井咲）が登場。
家盛（大東駿介）は、頼長（山本耕史）の謀略にはまり失意のうちに落馬死する。家盛の死に絆強き平氏一門は初めて大きく揺れる。だが家盛の死は清盛（松山ケンイチ）のせいだとする忠正（豊原功補）らの反発をよそに、忠盛（中井貴一）は清盛に鳥羽院（三上博史）のための高野山再建の名代という大役を任せる。清盛は家盛の供養のためと再建にまい進。そんな時、頼長は忠盛に家盛の死の真実を告げ、忠盛は初めて我を失ってしまう。
美福門院（松雪泰子）の策略は、増長する忠実・頼長親子（國村隼・山本耕史）をワナにかけ、その報復に平氏を使って彼らを襲撃させるというものだった。病床の忠盛（中井貴一）は判断に迷うが、そこに安芸から清盛（松山ケンイチ）が帰り、ある決断を迫る。すべてのもののふたちに、武士の世の夢を与えた誇り高き男がついに世を去る…。そして次の平氏の棟梁（りょう）になったのは…！第１部完結。
１１５３年、ついに清盛（松山ケンイチ）は平氏の棟りょうの座につく。父・忠盛（中井貴一）の仕事を引き継いでいく清盛だったが、忠盛が残した功績は計り知れなく棟りょうの器に不安を感じ始める。妻・時子（深田恭子）もまだ一門をまとめるにはおぼつかなく、不安な船出となる。そんな平氏一門を見かねた家成（佐藤二朗）は、棟りょうとなった清盛を朝廷にお披露目すべく、歌会を催し、清盛に歌を一首詠ませようと画策する。
１１５４年、近衛天皇（北村匠海）の容態が悪化。朝廷は大きく揺れる。近衛天皇が崩御すると、再び鳥羽院（三上博史）と崇徳院（井浦新）の権力争いが激化するとされていた。清盛（松山ケンイチ）は、何とか２人の仲を取り戻そうと奔走を始める。一方、雅仁親王（松田翔太）は訪れた美濃青墓で乙前（松田聖子）という白拍子に会う。そしてついに、近衛帝は１７歳の若さで崩御。そして次の帝（みかど）に選ばれたのは…。
予想し得なかった後白河天皇（松田翔太）誕生に、朝廷は揺れる。強大な軍事力を持つ平氏の棟りょう・清盛（松山ケンイチ）は、この人事によって決定的となった崇徳上皇（井浦新）と鳥羽法皇（三上博史）の仲を取り持とうと奔走するが、時は非情に流れる。そんな中、カリスマ・鳥羽法皇がついに崩御。朝廷のパワーバランスが崩れ、時代はついに崇徳上皇と後白河天皇が軍事的に争う保元の乱へ突入する！
ついに物語は前半最大の山場・保元の乱へ！崇徳上皇（井浦新）と頼長（山本耕史）は共闘し、後白河帝（松田翔太）と信西（阿部サダヲ）方との決戦は避けられないものになっていた。清盛（松山ケンイチ）、義朝（玉木宏）ら平氏、源氏の武士は果たしてどちらにつくのか？前夜の決断が彼らに託される。平氏方、源氏方ともども身内の中でも意見が分かれ始め、親兄弟同士が争い合う様相を見せる。果たして決戦の行方は…。
ついに保元の乱開戦！後白河帝（松田翔太）対崇徳上皇（井浦新）に分かれた朝廷内争いは、平氏・源氏の武士集団を巻き込んで京の都を二分する争いに！清盛（松山ケンイチ）は叔父・忠正（豊原功補）と、義朝（玉木宏）は父・為義（小日向文世）と、それぞれ身内同士斬り合うつらい戦いとなる。さらに、強弓の使い手・源為朝（橋本さとし）の参入で、戦況の行方は？勝つのは果たして…。そして「武士の世」が到来する。
保元の乱がついに終結。負傷した頼長（山本耕史）、山に逃れた崇徳上皇（井浦新）に悲劇が…。さらに敗走中に捕らえられた忠正（豊原功補）と為義（小日向文世）に、信西（阿部サダヲ）から下された信じられない沙汰に、清盛（松山ケンイチ）は苦しむ。負けた者にも勝った者にもつらき結末に、戦士である武士たちは苦悩する。
「斬首せよ」と、信じ難い沙汰を信西（阿部サダヲ）から言い渡された清盛（松山ケンイチ）と義朝（玉木宏）は、叔父・忠正（豊原功補）と父・為義（小日向文世）を守ろうと奔走する。しかし、かい無くついに斬首の日を迎える。それぞれが下した決断とは？武士の世の到来までには、あまりに大きな代償が必要だった…。保元の乱編の完結回、ついにクライマックスを迎える。
大学生（だいがくしょう）の信西（阿部サダヲ）が取りしきる後白河帝（松田翔太）を頂いた政が始まった。信西は手始めに内裏を修復し、宮中行事として相撲節会を復活させようとする。そのうたげの取りしきりを清盛（松山ケンイチ）は請け負う。鎮西（現・九州）に飛んだ清盛は、見たこともない茶器に出会う。いよいよ清盛の朝廷での大一番が始まる！現役力士の小結・豊真将関がゲスト出演。相撲節会でダイナミックな一番を披露。
出世を果たしていく清盛（松山ケンイチ）と、父・為義（小日向文世）を犠牲にしても身分が上がらない義朝（玉木宏）。信西（阿部サダヲ）の策略の犠牲になった義朝の心に無念が渦巻き始める。一方、信西の権勢はさらに増し、後白河上皇（松田翔太）の近臣・信頼（塚地武雅）は信西をけん制する。そんな中、義朝の妻・由良御前（田中麗奈）が病でこの世を去る。行き場をなくした義朝に信頼は接近し、信西の首を取れと持ちかける。
義朝（玉木宏）は信頼（塚地武雅）と手を組み、ついに決起した。後白河上皇（松田翔太）と二条天皇（冨浦智嗣）を幽閉した義朝は、逃げた信西（阿部サダヲ）を追撃しながら、熊野詣で中の清盛（松山ケンイチ）を京で迎え撃つ！前半最大のクライマックス「平治の乱」。２回にわたって源平最初の大激突を描く。
平清盛（松山ケンイチ）ＶＳ源義朝（玉木宏）、とうとう宿命の一騎打ちへ！のちの源平合戦につながる壮大な戦記の序章「平治の乱」、ついにクライマックス！戦火の中での常盤御前（武井咲）と義朝のラブロマンスにも注目。懐妊した常盤のおなかには、あの牛若丸が…。平氏と源氏の最初の大激突、勝敗はいかに！？
源氏の義朝（玉木宏）は敗れた。京で平氏の清盛（松山ケンイチ）は、尾張の地で義朝が果てたことを知るが、嫡男・頼朝（中川大志）を何としても捜し出せと命ずる。その頃、鬼若（青木崇高）にかくまわれていた常磐御前（武井咲）が、義経を出産する。源氏はついに頼朝・義経の時代へ…来るべき源平合戦に向かって平氏と源氏、ふたつの武家の運命が大きく動き出す！
永暦元年、平清盛（松山ケンイチ）は、ついに武士として初めて公卿（くぎょう）の座につき、平氏は「平家」となる。一方、上西門院（愛原実花）に仕える清盛の義妹・滋子（成海璃子）は兄・時忠（森田剛）から二条帝（冨浦智嗣）へのじゅだいを勧められるが拒否。やがて内裏で出会った後白河院（松田翔太）と恋に落ちる。後白河院の子をみごもってしまった滋子に、清盛と平家は騒然となる。朝廷と平家の関係は？滋子の恋の行方は？
ついに第二部完結へ！２つの乱で死んでいった者たちの魂を鎮めるため、清盛（松山ケンイチ）は厳島神社へ、平家一門が製作した経典を納めることを思い立つ。そして乱の最大の犠牲者、讃岐に流された崇徳院（井浦新）の魂の行方は？巨大なジャンク船で、厳島へ向かうシーンのスペクタクルは圧巻！前半を彩ったキャラクターたちは去り、ついに物語は源平対決のクライマックス第三部へ！
第３部が華々しく開幕！来るべき源平合戦に向けて、伊豆の頼朝（岡田将生）、北条時政（遠藤憲一）がついに登場！京都では清盛（松山ケンイチ）が朝廷内で着々と力を伸ばし、平家の全盛時代を築き上げる。後白河上皇（松田翔太）との権力争いも、より過激に。繁栄する平家一門と、追い落としにかかる朝廷＆源氏。激動の時代はここから始まる！北条政子、源義経、弁慶も間もなく登場。
摂政基実（村杉蝉之介）を後ろ盾に、清盛（松山ケンイチ）は出世の道を駆け上る。一方、伊豆の源頼朝（岡田将生）は伊東祐親（峰竜太）の娘・八重姫（福田沙紀）との間に、ひそかに子をもうけていた。しかし、それは頼朝を襲う、更なる悲劇の始まりでしかなかった…。乙前（松田聖子）が再登場！華麗な歌と舞いを、清盛＆後白河上皇（松田翔太）の前で披露する。
１１６７年、太政大臣にのぼった清盛（松山ケンイチ）は５０歳になろうとしていた。六波羅で行われた一門による５０のうたげに現れたのは、熊野で育った清盛の末の弟・忠度（ムロツヨシ）や、牛若丸を連れた常磐御前（武井咲）など、意外な面々。そのうたげに突然、摂関家の基房（細川茂樹）と兼実（相島一之）が現れ、平家は武家で花鳥風月を解せないと、舞や歌による勝負をしかけてくる。そんな彼らを迎え撃ったのは…。
「清盛病に倒れる」の報は後白河上皇（松田翔太）始め、貴族・諸国の武士など多くの人々の心を揺るがす。そんななか清盛（松山ケンイチ）は夢の中で、実の両親・白河法皇（伊東四朗）と舞子（吹石一恵）と会い、高みにのぼった自分は、父・白河を越えてみせると語る。清盛に対して白河法皇が語りだしたこととは…？そして、満を持して北条政子（杏）が登場！頼朝（岡田将生）と政子の出会いが更なる歴史のうねりを生みだす。
仁安３年、病からよみがえった清盛（松山ケンイチ）は出家する。清盛は福原に住むことを表明し、一門を驚かせる。後白河上皇（松田翔太）は、清盛の動きを警戒しつつも、わが子・憲仁を即位させ、平家との結びつきを強める。一方、伊豆では北条時政（遠藤憲一）の娘・政子（杏）が、わが子を失って絶望する源頼朝（岡田将生）とついに出会い、歴史が大きく動き始めようとしていた。
福原に居をうつした清盛（松山ケンイチ）は、京を嫡男の重盛（窪田正孝）に任せる。後白河上皇（松田翔太）は出家し、法皇となる。しかし、院の近臣・成親（吉沢悠）を巡って起こった比叡山の強訴騒ぎにより、院と清盛の間に入った重盛は、立ち位置をはっきりすることができず、苦悩する。混乱する京に上らくした清盛がとった行動とは？待望の遮那王（後の義経・神木隆之介）が本格登場！
１１７０年、清盛（松山ケンイチ）は後白河法皇（松田翔太）を福原に呼び、宋人と会わせる。治天の君が京を離れ、外国人と会うという前代未聞の行いに、貴族たちは驚がくする。そんな折、重盛（窪田正孝）の子・資盛が藤原基房（細川茂樹）に辱めを受ける事件が起こり、重盛が対応するが、なかなか解決を見ない。福原にいる清盛は時忠（森田剛）に事を治めるよう命じる。奥州の覇者・藤原秀衡（京本政樹）が登場！
１１７１年、清盛（松山ケンイチ）は宋から得た羊を後白河法皇（松田翔太）に送る。一方、時忠（森田剛）は京の町に「かむろ」を放ち平家をあしざまに言う者を取り締まる。そんなとき京に伝染病が発生。その原因は清盛が送った羊にあるというウワサがたつ。それは清盛の、娘・徳子（二階堂ふみ）入内（じゅだい）の野望を阻止しようと八条院（佐藤仁美）が流したのだ。そして、五条大橋では、あの運命的な出会いが…。
義経（神木隆之介）は、ついに五条大橋で弁慶（青木崇高）と会い、宿命の対決をする。一方、福原では清盛（松山ケンイチ）が、大輪田泊の工期を巡って兎丸（加藤浩次）と対立。決裂が避けられない状況になる。京に戻り、酒に溺れた兎丸の前に現れたのは、時忠（森田剛）が放った「禿（かむろ）」たちであった。清盛ふんけいの友、兎丸の運命は！？
平家と朝廷のバランスを保っていた建春門院滋子（成海璃子）の死で清盛（松山ケンイチ）と後白河法皇（松田翔太）の関係にも暗雲が…。法皇は悲しみを背負いながら有名な「梁塵秘抄（りょうじんひしょう）」を編み始める。西光（加藤虎ノ介）、成親（吉沢悠）も清盛への警戒心を強め、世は再び激動の時代へ…。厳島の海上社殿に、盛国（上川隆也）と立つ清盛は、何を思うのか。そして、ついに清盛への反逆ののろしがあがる！
鹿ケ谷の陰謀編前編！法皇近臣の西光（加藤虎ノ介）の息子を巡り、比叡山が強訴に踏み切った事件をきっかけに、清盛（松山ケンイチ）と後白河法皇（松田翔太）の対立は決定的なものになる。一方、伊豆の頼朝（岡田将生）は、政子（杏）の前向きな人間性に閉じていた心を開き始める。平家打倒ののろしが、そこかしこから始まり、ついに動乱の時を迎える！
鹿ヶ谷の陰謀後編！後白河院（松田翔太）が着々と進める企てに、清盛（松山ケンイチ）は陥れられそうになるが、間一髪のところで多田行綱（野仲イサオ）から密告を受ける。成親（吉沢悠）と西光（加藤虎ノ介）を捕らえた清盛が次に出た行動とは？一方伊豆では、平家側の山木に嫁ぐ直前に政子（杏）は頼朝（岡田将生）のもとに走り、「源氏の魂を忘れるな」と説く。政子の愛情は、ついに頼朝に届くのか？
清盛（松山ケンイチ）は、鹿ヶ谷の首謀者・西光（加藤虎ノ介）を斬首とし、成親（吉沢悠）を流罪とする。成親は配流先で餓死し、そのことが義弟・重盛（窪田正孝）を追い詰める。そんな重盛をよそに、ついに徳子（二階堂ふみ）が懐妊。安徳帝が誕生する。清盛は、ついにこの世の頂点に君臨する。一方、伊豆では源頼朝（岡田将生）と政子（杏）がついに結ばれ、新たなる源氏が誕生しようとしていた。
平清盛（松山ケンイチ）の後白河法皇（松田翔太）幽閉計画を阻止した重盛（窪田正孝）は、心労がたたり病に伏す。反撃を試みる後白河法皇は基房（細川茂樹）と手を組み、清盛を嚴島詣でに行くようにしむけた。そして清盛の留守中に娘・盛子（八木のぞみ）の所領を強引に没収。さらに病床の重盛を訪ね厳しく問い詰め、重盛は清盛が帰京して間もなくこの世を去る。怒りで自制心を失った清盛は、反平家勢力を一掃せよと命を下す。
この国の頂に立った清盛（松山ケンイチ）は強引に高倉天皇（千葉雄大）を譲位させ、我が孫を安徳天皇として即位させる。後白河法皇（松田翔太）の子・以仁王（柿澤勇人）は源頼政（宇梶剛士）を呼び反平家勢力を結集し武力蜂起せよと命じる。平泉では義経（神木隆之介）を迎えた秀衡（京本政樹）が清盛を警戒。伊豆では頼朝（岡田将生）が太刀を手に来るべき時に備えていた。その頃清盛の前に謎の女・仏御前（木村多江）が現れる。
平清盛（松山ケンイチ）は反乱を起こした源頼政（宇梶剛士）を攻め落とし、以仁王（柿澤勇人）を自害に追い込む。事態を憂いた清盛は都を福原に移す。４００年続いた京の都を離れることに一門や貴族の間にも不満は高まるが、清盛は耳を貸そうとしない。清盛の暴挙を知った源頼朝（岡田将生）はついに挙兵を決意。伊豆の領主・平家勢の山木兼隆（中村竜）に攻め入る。その知らせは清盛に届くが、その時清盛は武士の心を忘れていた。
頼朝（岡田将生）の挙兵を知った清盛（松山ケンイチ）は、孫の維盛（井之脇海）を総大将として追討軍を派遣。一方、数万に膨れ上がる源氏軍は西へ兵を進め、両軍は富士川を挟んで対じする。しかし敵軍を目にし、おじけづく平家軍は、戦闘前に総崩れ。大敗に激怒する清盛だが、家臣の伊藤忠清（藤本隆宏）から殿自身が武士の魂を忘れていると痛烈な批判を浴びる。圧倒的勝利を手にした頼朝は弟・義経（神木隆之介）と、ついに対面！
富士川の戦いで大敗した清盛（松山ケンイチ）。平家はすでに武士ではないという忠清（藤本隆宏）の言葉が、清盛の心に強く刻まれる。頼朝（岡田将生）は東国を平定、鎌倉で新たな国づくりを始めていた。高倉上皇（千葉雄大）が危篤となり苦境の清盛は悩んだ末、夢の都・福原を離れることを決断。京に都を戻し巻き返しを図る。そんななか南都・奈良で戦う平家軍が、誤って東大寺の大仏を炎上させ、清盛は更なる窮地に追い込まれる。
高倉上皇（千葉雄大）崩御の知らせに清盛（松山ケンイチ）は言葉を失う。清盛は幼い安徳天皇の後ろ盾として、後白河法皇（松田翔太）を復権させるという危険な賭けに出る。苦境に追い込まれる清盛を時子（深田恭子）は気楽に参りましょうと温かく励ます。一方、頼朝（岡田将生）は鎌倉で東国武士による新たな政治を始めていた。そのウワサを西行（藤木直人）から聞いた清盛は頼朝との決戦に備えるが突然の熱病に侵され意識を失う。
１１８１年１月、清盛（松山ケンイチ）は熱病で死のフチにいた。源氏との決戦に勝利し頼朝（岡田将生）の首を墓前に供えよと叫び清盛は世を去る。４年後、時子（深田恭子）は「海の底にも都はある」と壇ノ浦に入水、盛国（上川隆也）は捕虜となり鎌倉で息絶える。そして頼朝は義経（神木隆之介）を追討し幕府を開く。ある日、頼朝のもとを西行（藤木直人）が訪ねてくる。頼朝は西行を通じ亡き清盛の霊と対面するのだった。
武士が「王家の犬」と呼ばれ、藤原摂関家をはじめとする貴族たちから蔑まれていた時代、清盛は時の最高権力者・白河法皇の落胤として生を享け、平氏の棟梁・平忠盛の子として成長する。やがて自らの出生の秘密を知った清盛は「自分は何者なのか?」と思い悩みながら、平氏と並び立つ源氏の嫡男・源義朝と競い合うように一人前の武士へと成長していく。
清盛が平氏の棟梁を継承して間もなく、保元の乱が起こり、平氏・源氏もそれぞれの陣営に別れた骨肉の戦いの末、武士の力が戦の趨勢を決めたことに清盛・義朝は武士の世の到来を期待するが、勝利した後白河帝に崇徳院方についた一族の処断を強いられる結果に終わる。乱後、権力を握った信西と組んで順調に出世する清盛に対し、冷遇される義朝は不満を募らせ、遂に反信西派の誘いに乗って行動を起こす。平氏と源氏、決着の時が迫っていた。
平治の乱に勝利した清盛は、昇進を重ねて太政大臣にまで上り詰め、平家は栄華を極める。出家して福原に移り住んだ清盛は、ここに念願の宋との交易を始める為の新しい港の建設を始める。しかし都では次第に平家の専横に対する王家・貴族たちの不満が高まり、相次ぐ平家排斥の動きに遂に清盛は決起し、後白河法皇を幽閉して自らが権力の頂に立つ。己の理想とする国造りを進める清盛だが、平家に不満を抱く東国の武士達が義朝の遺児・頼朝を旗頭として挙兵し、勢いを増していく中で病に倒れる。清盛の死後、平家は源氏に追い詰められ、遂に壇ノ浦で滅亡に至る。清盛が目指した「武士の世」の夢は頼朝へと受け継がれていく。
