特殊な能力を持つ少年少女が集められた孤島の学園。 生徒たちは「人類の敵」と呼ばれる怪物と戦うため、訓練にはげんでいる。 その一人、中島ナナオは、自分の能力に自信を持てず、 クラスメートからは「無能クン」と呼ばれていた。 しかし転校生、柊ナナとの出会いをきっかけにその運命は大きく変わっていく。
失踪したナナオを気にかけるクラスメートたち。 なにくわぬ顔をしてその中に混ざるナナ。だが彼女の前に新たな強敵があらわれた。 「時間を止める能力を持つ」と言われる渋沢ヨウヘイだ。 彼こそ最強の能力者かもしれない。 なんとか弱点を探ろうとするナナだが、ヨウヘイの真の能力は、さらに恐るべきものだった……。
ナナと同じ日に転校してきた小野寺キョウヤ。 彼のひそかな目的は、行方不明になった妹を探すこと。 無愛想だが、優れた観察力と推理力の持ち主である彼は、中島ナナオの失踪に不審を抱き、調査を開始。 犯行現場から見つけたナナオの腕時計をナナに見せる。 強敵登場。ナナはキョウヤの追求をかわすことができるのか？
犬飼ミチル。おとなしく、クラスではいじられ役の彼女は、 他人の傷をなめて治すことができるヒーリング能力の持ち主。 ミチルと親しくなるナナ。同時に、キョウヤの疑惑を晴らすため、 「人類の敵」に襲われたように見せかけて自分を傷つける。 その目論見は成功したように見えたが……。
ツネキチに脅迫されるナナ。 「犯行をバラされたくなければ俺の彼女になれ」。 やむなくナナはツネキチの部屋へ。 ツネキチが眠っているあいだにニセの未来念写写真を用意し、ツネキチを体育倉庫に誘いこむ。 ところが、ナナのトリックに気づいていたツネキチはナナに反撃。 絶体絶命のナナ。この危機をどう切り抜ける!?
ミチルに写真を見られてしまったナナ。 だが、とっさの嘘で言いくるめ、ことなきを得る。 翌日、ツネキチの葬儀の席で、キョウヤが遺体の解剖、検死を提案。 するとクラスメートの風間シンジが「死体に直接聞いてみればいいんじゃない？」と発言。 同時に、棺桶からツネキチの死体が立ちあがった。 死体を操る能力、「ネクロマンシー」だ。
かろうじてユウカから逃れたナナ。 だが、ナナの能力を暴きたいユウカは、シンジとともに執拗に追いかけてくる。 夜の森でナナに迫る死者たちの群れ。 いったいこの死者たちは何者なのだろうか？ 新たな謎を解く間もなく、ナナは追いつめられてゆく。 山小屋に逃げこんだナナだったが、それもまたユウカの罠だった……。
ユウカを倒したナナは、キョウヤの目をあざむくための工作を開始する。 ユウカは「人類の敵」にあやつられていたとキョウヤたちに報告。 さらに、「人類の敵」によって羽生キララもあやつられ、その友人の高梨カオリを殺害したかのように偽装する。 キョウヤの疑いはナナに向いているが、証拠はない。 ナナとキョウヤの息詰まる頭脳戦。 キョウヤの鋭い追求を、ナナは今回もかわしきれるのか。
ナナとキョウヤのギリギリの攻防。 間一髪でキョウヤの追求をかわしたナナは、逆にクラスメートたちからの信頼を深めることに成功した。 だが、ほっとするも間になく、新たなピンチが襲いかかる。 ヒーリング能力をもつ犬飼ミチル。 心優しく、クラスメート思いだったはずの彼女が、 突然カッターナイフをつきつけ、ナナに牙をむいてきたのだ……！
橘から逃れようとするナナ。 だがモグオに変身した橘によって炎の攻撃を浴びてしまう。 負傷したナナは、本物のミチルのもとに送り届けられる。 ミチルの看護によって回復してゆくナナだが、その脳裏に、いまわしい記憶がよみがえる。 ナナは子どもの頃に、「人類の敵」によって両親を殺されていたのだ。 ナナの過去が、今、あかされる。
新たな被害者は石井リュウジ。 何者かによって喉を切り裂かれていたのだ。 容疑者の中には、被害者の幼なじみの空野フウコがいる。 彼女は空気を刃にして相手を攻撃できる能力者だ。 その一方、ミチルの挙動もおかしい。 橘を殺すために準備しておいた毒を、ミチルが見つけてしまった可能性があるかもしれない……！？
浴槽で気を失っていたミチルを懸命に介抱するナナ。 たびかさなるヒーリング能力の使用のせいか、衰弱しているミチル。 一方キョウヤはリュウジを殺した犯人の証拠を見つけるべく、捜査を続けていた。 意識を一向に取り戻さないミチルに付きっきりのナナの元に、現れたのは空野フウコだった。
ナナの過去の話を聞いてからずっと思いつめた様子のミチルに、自分に対して不審感を抱いていると考えるナナ。 遂にナナの部屋まで訪れたミチルは、思いがけない言葉を告げるのだった。 その中で、リュウジを殺害した犯人は、次にミチルを標的にしようとしていた。
