新越谷高校に入学した武田詠深は、隣の席で野球好きの川口芳乃、その双子の姉・息吹と仲良くなる。詠深が中学の時ピッチャーだったことを知り、芳乃はすぐに食いつくが、詠深自身は高校では野球から離れようとしていた。ところが入学式の後、幼馴染の山崎珠姫と再会。強豪チームの捕手だった珠姫とキャッチボールを始めると、やがて詠深は封印していた“あの球”を珠姫に投げ込む。
野球部へ入部届けを提出した詠深たち。同じ1年生の川﨑 稜と藤田 菫もチームに加わるが、不祥事で停部していたため部員がほとんどいないことが発覚。残っていた2年生の岡田 怜と藤原理沙も復帰せず、外部のクラブチームに参加するつもりだという。詠深は強打者の怜に「私の球、打ってみませんか？」と勝負を持ちかける。
活気の戻ってきた新越谷野球部に、2人の1年生が体験入部してくる。1人は福岡の強豪チームでプレイしていた中村 希。もう1人は野球初心者だが剣道で全国優勝経験のある大村白菊。どちらもその日のうちに野球部の一員となり、ついにチームに必要な人数が揃った。「全国を目指そう！」と詠深が声を上げる一方、珠姫はどことなく複雑な表情を見せる。
野球部の顧問として藤井杏夏が就任し、さっそく練習試合が組まれることになった。迎える相手は今夏大会の注目チーム・柳川大附属川越だが、先発は2番手投手の大野彩優美。新越谷は3点を先制すると、詠深・珠姫のバッテリーも先頭打者を三振に仕留めてみせる。2回表、新越谷が三者凡退に抑えられた頃、ようやく学校に着いた柳大川越の２年生エース・朝倉智景の姿があった。
ゴールデンウィークに学校で合宿を行う新越谷ナイン。初日から予想だにしない杏夏のハードなノックに悲鳴が上がる一方、新越谷に控え投手の必要を感じていた芳乃はメンバーの投手適正を見極める。その夜、素振りをしていた理沙に怜が声をかける。停部になった去年のこと、中学時代に出会ったときのことを振り返る2人だったが、理沙が野球を続けてきたのは意外な理由からだった。
守谷欅台との練習試合。合宿中に芳乃が告げたとおり、4番は希。打点を上げられず悩んでいた希だったが、初回にタイムリーヒットを放つ。一気に6点を取った裏の守り、珠姫の提案で“あの球”を封印した詠深はピンチを招くものの、杏夏のノックと芳乃の分析が生きたバックの守備に助けられる。だが、守谷欅台の投手も立ち直り、ジリジリと追い上げられつつ試合は終盤を迎える。
夏の県大会の抽選に参加する怜と芳乃。不祥事で停部していた新越谷の名前が挙がると会場には不穏な空気が流れるが、柳大川越・大野の助け舟で事なきを得る。抽選の結果、初戦の相手は影森高校、勝ち上がった二戦目の相手は一昨年の優勝校・梁幽館高校が濃厚となった。さっそく梁幽館戦を想定した練習に入る詠深たち。一方、芳乃と息吹はデータのない影森へ偵察に出かけていく。
迎えた県大会の開会日。柳大川越ナインと健闘を誓い合う中、珠姫は中学時代の先輩でバッテリーを組んでいた梁幽館の投手・吉川和美に会い、その様子を見た詠深は吉川と張り合おうとする。影森戦ではエースの詠深を温存し、理沙が先発のマウンドに上がる。エラーもあり先制を許してしまうが、得点したにも関わらず、影森ベンチからは歓声が上がることもなく、不気味な雰囲気を漂わせる。
影森の投手・中山のアンダースローをコピーした息吹の好リリーフで6回表のピンチを切り抜けた新越谷。その裏の攻撃、ペースを崩した中山から息吹がデッドボールを受けてしまう。しかし希のタイムリーヒットで息吹が生還すると、さらに打線が繋がり、大量得点に成功する。理想の試合運びになったものの、芳乃は結果的に息吹を危険な目に遭わせてしまった自分の采配を責める。
二戦目・梁幽館戦。相手の選手層や大応援団に稜や菫がたじろぐ一方、詠深は気負いを見せない。それを見て気を引き締める梁幽館のキャプテン・中田奈緒。初回、1番に入った珠姫のヒットを足がかりに、怜のタイムリーヒットで1点をもぎ取る新越谷。その裏の守り、詠深は先頭打者の陽 秋月こそ“あの球”で三振に打ち取るものの、その後2塁にランナーを置き、大会屈指の強打者・中田を迎える。
梁幽館の堅い守備にことごとく得点を阻まれる新越谷。不運なエラーなども重なり、満塁の場面で打席には中田を迎えるが、ここで新越谷は敬遠を決断する。客席からは非難の声が飛ぶが、詠深は気丈な様子を見せ、全力投球のストレートで切り抜ける。突破口を開けない新越谷と、詠深の球を捉えきれない梁幽館との攻防が続く中、中田の第3打席を迎え─。
リードを広げられた直後、新越谷は怜の3塁打から再び1点差に詰め寄る。その裏、詠深も梁幽館の下位打線を寄せ付けず、試合は1点差のまま、いよいよ最終回に突入する。先頭の珠姫、続く菫がともに出塁する新越谷だが、梁幽館は投手交代を告げ、マウンドにエースの中田が立つ。そして打席に向かった4番の希。仲間への思いを込めて振りぬいた打球の行方は――。
