学院で出土した遺跡で異常を確認した八衢神社の息子である裕理は、クラスメイトのアメリと三九郎に協力を要請し、夜に再び遺跡に訪れた。霊払いのため裕理が祝詞をあげると、太転依（たゆたい）の1人である綺久羅美守毘売（きくらみかみのひめ）が現れて、多くの太転依が遺跡には封印されていることを告げるが、誤って強い力を持つ危険な太転依が封印から解き放たれてしまう。それを止めることができない綺久羅美守毘売は、裕理に1人の白髪の少女を託したのだった。
泉戸家に居候の身となったましろは、人間と太転依の共存を実現するために精力的に動き出した。逃げ出した太転依に対抗できる裕理の能力を伸ばす修練を始めたり、見聞を広めるために裕理と同じ学校へ通うことを希望したり。運よく、裕理の父の裕導のはからいで創聖学院の編入試験を受けることになったましろは、裕理と共に学校へと向かう。初めて乗るバイク。何もかもが初体験で興奮するましろに、裕理はただ見惚れてしまうのだが…
女子学部（フローレス）に編入したましろだが、人間とは違うことを明かすと、周囲の生徒たちは一転して態度を変え、ましろは孤立してしまう。女子総代（ミレディ）の美冬もましろの発言を理解することができず、彼女を一時的に学部内にて隔離する。理解されないことに落ち込むましろ。事情を知った裕理は、ましろの調査に来た美冬に真実を告げるも徒労に終わる。ましろのことを想う裕理は、不可侵のフローレスに対して、ましろ救出を決断する。
フローレス女子寮に侵入者が！？美冬は自慢の剣で対抗するが、異形で巨大な影は難なく用を済ませると再来することを宣言して女子寮を後にした。侵入者の目的は女性の下着だったのだ。犯人は太転依であると考えた美冬はましろに相談を持ちかけるが、「太転依に対抗するには裕理が持つ退魔の霊能が必要」というましろの発言に、「自分たちは役立たずなのか」と過剰に反応してしまう。一方、女子寮では侵入者が虎視眈々と策を巡らせていた。
物心つくころから裕理とは一緒に過ごしていたアメリ。それが、ましろが泉戸家に居候するようになってからは、裕理と過ごす時間が少なくなっていた。長年の裕理への秘めたる想いが、ましろへの嫉妬によって大きくなっていく。勇気を出して誘ってみたものの、求める答えを裕理が返してくれないことに苛立つアメリ。その様子を見たましろは、アメリの想いを察して裕理を促すが、売り言葉に買い言葉で裕理とアメリの溝はさらに深まってしまう。
裕理とましろを心配するゆみなにも事件が降りかかる。学院で美冬に呼び出された裕理とましろは、ゆみなの頭に小さな太転依が居座ってるのを目にする。それは強い力を持つ太転依なのだが、今は弱っており、看病をしたゆみなの頭から離れなくなったというのだ。もし、ゆみなの心が平穏であれば元気を取り戻して、かつ戦わずしてわかりあえるかもしれない。そのため、兄と慕われる裕理は、ゆみなと一緒にいるためにフローレスに潜入するのだった。
ゆみなの元で元気を取り戻したホウだが、つがいであるオウの元に帰ろうとはせず、逆に逃げ出してしまう。美冬の判断で、八衢神社に戻ったゆみなだったが、泉戸家の家事を切り盛りするましろを見て、かつての自分がそこにいたことを思い出す。自分が過ごした泉戸家。もうここに居場所はない。そのマイナス思考をホウに突かれつつも、自分のできることが何なのか頭を悩ませる。そのとき、オウの姿を見つけたゆみなは、勇気を振り絞り行動を起こした。
ホウオウの騒動で力を激しく消耗したましろ。眠っている姿を見つめる裕理に、鵺は応龍のことについて語る。ましろが動けないタイミングを狙うであろう応竜への対策に頭を悩ませる裕理を、アメリは気分転換と街へと連れ出した。まるで恋人同士のように買い物を楽しむアメリ。それに合わせる裕理だったが、ましろのことが心配な気持ちは変わらない。意を決してアメリは2人きりになったときに問いかけた。太転依のこと、そしてましろのことを。
応龍を退けた裕理とましろは、久々の平穏な日常を過ごしていた。裕理との甘い新婚生活を妄想するましろに、鵺がからかいの横やりを入れてみたり。アメリは、自分の気持ちに区切りをつけ、ましろに仲直りの電話を入れ遊びに誘う。ゆみな、美冬たちとも一緒になって過ごした時間に、共存を強く実感するましろ。三強の脅威が無くなった今、もう1つの理想‘人間と太転依との共存’に向けて、さらなる修練に励む裕理とましろだが…
本格的に太転依に対抗する退魔の霊能の力を使いこなせるようになってきた裕理。その成長に喜び、惚気るましろに、鵺は呆れつつも太転依であるましろに忠告する。そのころ、登校した裕理は進路指導を受けていた。既に将来の道を決めた三九郎は、将来のことを決められない裕理に、アメリの問題を解決するように促した。しばらくの間、自宅に籠っていたアメリは、見舞いに来てくれた裕理とましろに対して、そっけない態度を取ってしまう。
潜んでいた応龍は、再びアメリを利用してかつてないほどの力を得る。その力は、人間だけではなく街全体を停止させてしまうほど。膨大な神気を感知したましろと鵺、鳳凰は、裕理と共に応龍の元へと向かうが、そこにいたアメリに裕理の言葉は届かない。応龍の強大な力に、再び力を合わせて対抗する裕理とましろだが、今の応龍には歯形たない。突破口を開けないと判断したましろは、応龍に取り込まれたアメリを救出すべく応龍の中へと飛び込んだ。
応龍を再び退け、ようやく三強との戦いが終わりを迎える。しかし、応龍との戦いの爪痕を修復するために、ましろは自らの神気の大半を費やしてしまう。裕理の退魔の力で魂が弱り、神気の回復がままならないましろ。このままでは存在が消えてしまう。悩む裕理にアメリは…そして、裕理の選択した道とは…綺久羅美守毘売の悲願、人間と太転依との共存は成就するのだろうか？
