Padderne opdager, at manden bag muserne er Baxter Stockman, og hans assistent April o'neil opdager, at han har gang i mere. Men da hun selv bliver opdaget af Baxter Stockman, må hun flygte ud i kloakerne med en hel hær af musere i hælene.
Die Turtles wollen herausfinden, wer ihr altes Zuhause zerstört hat. War es vielleicht Doktor Stockman, der mit seiner Erfindung des Mousers die Schildkröten auslöschen will? In der Fabrik des Bösewichts entdeckt April einen dunklen Plan, der Stockman zum mächtigen Mann machen soll. Leider wird April beim schnüffeln entdeckt und von einem Mouser bis in die Kanalisation gejagt. Erst in letzter Sekunde können die Schildkröten ihre Freundin retten.
The Turtles discover the source of the Mouser robots that trashed their old lair: Dr. Baxter Stockman a noted technological genius/inventor, who tries to pass off the Mousers as a means to eradicate the city's rat problem. Donatello gets one of the broken Mousers working and the Turtles chase it through the sewers.
Meanwhile, Stockman's lab assistant April O'Neil uncovers a secret subterranean facility where hundreds of Mousers are being manufactured and stored - but to what end?
Черепашки начинают обустройство своего нового жилища: Майки настраивает свой любимый DVD-театр, Лео и Раф возвращаются на руины старого убежища, чтобы забрать уцелевшие вещи. Донателло ковыряется в останках разбитого крысолова, пытаясь понять, кто и зачем его создал. К возвращению Леонардо и Рафаэля телевизор, наконец, начинает показывать и тайна робота тут же раскрывается - из выпуска вечерних новостей. Миловидная журналистка ведет репортаж из здания "СтокТроникс" - крупнейшей исследовательской лаборатории города. Некто Бакстер Стокман и его помощница Эйприл О'Нил демонстрируют публике свое новейшее изобретение - точную копию тех самых крысоловов, что совсем недавно уничтожили убежище Черепашек. Зеленая Команда тут же решает отправиться к Стокману, но Сплинтер их отговаривает...
