シブヤのスクランブル交差点で目を覚ました主人公・ネク。 そこは、シブヤと重なりあう異なる次元、UG（アンダーグラウンド）だった。 突如スマートフォンに届いたミッションメール。 「104にたどりつけ。できなかったら消滅」 訳がわからず困惑するネクに、謎の敵・ノイズが襲いかかる。
7日間の死神ゲームの参加者としてパートナー契約をしたネクとシキは、ミッションクリアのために向かったスペイン坂で、シキにそっくりな女子高生を目撃する。彼女を見た瞬間、取り乱したシキは、その後も、憔悴した様子を見せる。その理由を聞いたネクは、ゲームの参加者たちに共通する衝撃の真実を知ることになる。
ネクたちと同様、ゲームの参加者であるビイトとライムに会ったネクとシキは、互いに協力してミッションをクリアしよう、と話し合う。そんな4人に、「タワーレコードにたどりつけ」という、簡単なミッションメールが届く。しかし、クリア直前の4人に、ヤシロとカリヤが放ったノイズが襲いかかり……。
2回目の死神ゲームに参加することになったネクは、謎の少年・ヨシュアとパートナー契約をすることになる。 ヨシュアはゲームに詳しく、シキのことも知っていた。 不信を抱いたネクは、正体の怪しいヨシュアに詰め寄るが、その体に触れた瞬間、何故か宇田川町の風景が見えた。参加者同士はスキャンできないはずだが……。
ヨシュアとともに、キャットストリートにあるカフェ・ワイルドキャットを訪れたネク。 そこは、1回目のゲームで幾度となく助けてくれた、ハネコマの店だった。 ハネコマはネクに、「全力で今を楽しめ」と言う。その言葉は、ネクが尊敬するCATの言葉でもあった。 一方、ゲームマスターのミナミモトが消息を絶ち、突如発生した禁断ノイズが、参加者だけでなく、死神までも襲いはじめる。
パートナーであるヨシュアに不信感を抱きつつも、7日間の死神ゲームを生き残り、シキを救うために耐えるネク。 ハネコマに改良してもらったスマートフォンの反応を追い、渋谷川を訪れた2人。そんな2人に、禁断ノイズが襲いかかる。その様子を観察していたカリヤは、あることに気づく。
死神ゲームの最終日を迎えたネクとヨシュア。 最後のミッションは、ゲームマスター・ミナミモトを倒すこと。 ヨシュアへの不信感をぬぐえないまま、決戦の舞台・マークシティへと向かうネク。 そこに、死神となったビイトが現れ……。
3回目のゲームに参加することになったネク。 今回が最後のゲームとなる。 必ずクリアして、全員を救うと心に誓うネクの元に届いたのは、 「参加者は1名」というミッションメール。 しかし、パートナーがいなければサイキックは使えない。 ノイズに囲まれるネクに、絶体絶命の危機がおとずれる。
ライムを取り返すため、ネクはビイトとともに、ヤシロ、カリヤと戦うことに。 そして、シブヤに起こりはじめる異変。 行き交う人々が皆、CATのデザインしたレッドスカルバッジをつけており、思考がスキャンできない。 そのデザインは、コンポーザーが作ったという参加者バッジとよく似ていた。 コンポーザーがCATである訳がない、そう信じたいネクだったが……。
死神ゲームの終わりまで、後3日。あせるビイトを、なだめるネク。 手持ちのキーバッジで行ける所をしらみつぶしに探そうとするが、ネクの体を通行人がすり抜けていった瞬間、謎の言葉が聞こえてくる。 「すなわちそこはすばらしきせかい」
渋谷川。そこはヨシュアが来たがっていた場所であり、 その先には、コンポーザーがいるという。覚悟を決めるネクとビイト。 先に進もうとする2人の行く手にいたのは、意外な人物だった。 そして、その人物の呼びかけに応じるように姿を現したのは……。
