友達付き合いをしない天野雪輝は、携帯電話で日記をつけるのが毎日の習慣となっていた。 家に帰っても自室にこもり、ひとり空想にふける。 そんなある日、いつも通り空想にふける雪輝の前に、デウスと名乗る時空を操る神が現れる。
サードを倒したことで他の日記所有者たちから狙われることになった天野雪輝。 その雪輝が通う桜見中学校に９番目の日記所有者「雨流みねね」が現れる。 仕掛け爆弾を使って雪輝の命を狙うみねねに対し、雪輝を守ろうと奔走する我妻由乃。
天野雪輝と未来日記同盟を結んだ刑事「来須圭悟」。彼もまた4番目の日記所有者である。 彼の指示で遊園地で遊びまくる雪輝と由乃。遊びの最中、由乃の女の子らしい仕草に 思わず胸がドキドキする雪輝。
雨流みねねが新興宗教の教団「お目方教」に拘束された事を知った来須、雪輝、由乃は、早速、教団内に入り込む。 教団を率いる「お目方様」、春日野椿に面会した雪輝たち。そこで椿から驚くべき話を聞かされる。
平坂黄泉が動き出した。千倍の聴覚と催眠術を駆使しながら雪輝たちに襲いかかる。由乃は雪輝と一刻も早く教団を脱出したい。ところが、椿の身を案じる雪輝は動こうとしない。いよいよ迫る黄泉の攻撃！
久しぶりに雪輝の母親の天野礼亜が仕事先から帰宅した。その日によりにもよって由乃が家にやって来る。由乃の存在を母親に知られてしまった雪輝だったが、礼亜と由乃はすぐに仲良くなる。少し安心した雪輝だったが・・・。
三日間預かる事になった幼児、「豊穣礼佑」。両親の敵、我妻由乃の命を狙ってあの手この手で作戦を実行してくる。彼を日記所有者と確認した雪輝と由乃は、礼佑の日記を探そうとするも、何処にも見当たらない。
雪輝と由乃は、新しい学校に通う事になった。二人は別々のクラスに。友達が出来るか心配な雪輝。偶然、同じクラスには高坂王子がいた。相変わらずの彼の悪態に困惑する雪輝。そんな雪輝に「ともだち」が現れる。
日向は雪輝の携帯と雪輝自身を人質に秋瀬と勝負することに。勝負はコインで決める。雪輝の未来日記「無差別日記」で未来を予知出来る日向の方に有利な展開かと思いきや、意外にも秋瀬の反撃に合う日向。動揺する日向。更に秋瀬は由乃と共同戦線を張って日向を追いつめる。
雪輝と由乃は、秋瀬によって結婚式の見学会に呼び出される。食事会に参加したり、試着をしたりする内に、段々その気になっていく二人。特に、雪輝は「あの事件」さえなければ、と思い始める。見学会を終えて由乃の自宅まで戻ってきた二人の前に現れる秋瀬。
雪輝と由乃を桜見署に呼びつけた来須。このままだと二人を逮捕する理由がない。そこで来須が取った突飛な行動に驚く雪輝。刑事達に追われる二人。逃亡犯となった二人は病院に逃げ込む。そこで９thの雨流みねねと出会う。
警察に包囲された雪輝と由乃とみねね。絶体絶命の中、来須の家族を人質に来須と交渉するみねね。だが、交渉は失敗。雪輝は捕まり、来須が迫る！由乃と対峙した来須。由乃は、自身の命を投げうって雪輝を助けようとする。
雪輝は由乃と二人で星を見に行く事になった。星が綺麗に見えそうな場所に着いた時、喉が渇いた由乃は雪輝にジュースを飲ませるのだった。一方、或、日向、まお、高坂の四人は快気祝いをかねて山間の温泉街へ旅行に来ていた。
雪輝を監禁している由乃のトラップによって捕らわれてしまう日向。一方、地下室に閉じこめられてしまった或、まお、高坂の三人。絶体絶命の状況下で或は、由乃に向かって衝撃の事実を突き付けた！
新たな敵８thの「孫日記」の秘密をつかんだ或は、雪輝を守るために高坂邸で敵の孫日記所有者たちを迎え撃つ作戦に出た。しかし作戦開始早々に予期せぬ停電が起きてしまい、敵の侵入を許してしまうのだった。
７thの襲撃によって負傷した雪輝は入院していた。そこへ父の「天野九郎」がお見舞いにやって来る。半年振りに父と再会した雪輝は、離婚してしまった両親が再婚して欲しいと願うのだが。
倒壊を始めた「桜見タワー」はマルコと愛にとって特別な場所だった。二人の「ラブ」の力に圧倒されて、苦戦をする雪輝と由乃。一方、雪輝の事が心配で現場に駆けつけた礼亜は偶然、九郎と再会をして…。
一年前、我妻由乃が天野雪輝のことを意識し始めていた頃、雪輝が書いたラブレターを偶然発見してしまう。相手は学級委員長の若菜萌絵。雪輝が彼女にラブレターを渡さないように変装したウサギの着ぐるみで邪魔をする由乃であった。
１ｓｔと２ｎｄが消息を絶ってから五日。11ｔｈが不穏な動きを始めていた。因果律大聖堂に集合した残りの日記所有者たちの前で雪輝たちを排除しようと進言する。デウスによって二人の存在が抹消されそうになった時、間一髪で雪輝と由乃が現れて11ｔｈの正体を暴いた！
９ｔｈ雨流みねねは、１１ｔｈジョン・バックスを倒して「神」になるために、彼のいる桜見中央大学に単身で乗り込んだ。警備の隙を突いてドーム内に侵入したみねねなのだが、なぜか１１ｔｈにすべての行動が読まれていた…。
１１ｔｈを倒すため一時共闘していた雪輝とみねねだったのだが、あと一歩のところで「クワッドタワービル」北塔３２階の奥にある金庫室の中に逃げ込まれてしまった。作戦が失敗してしまい、西島を見殺しにされた怒りが収まらないみねねは、雪輝に襲いかかるのだった。
崩壊を始めた世界で、死んでしまった人間を生き返らせるために神になると決意した雪輝は、残りの日記所有者である８ｔｈ上下かまどを倒すために、由乃と行動を共にしていた。その雪輝に「真実」を伝えるために秋瀬或がとった行動とは。
８ｔｈを倒し日記所有者は雪輝と由乃だけになった。そして由乃の携帯電話に「７月２８日に世界が滅ぶ」と「ユッキーが由乃と結ばれる」と予知される。残りの時間、雪輝は由乃を疑いながらも、その気持ちに応えようとするのだが…。
崩壊を始めた因果律大聖堂で雪輝と由乃は対峙していた。最後の勝者を決めなければ世界の崩壊が止まらない。由乃は「神」になってゲームをまたやり直すため、雪輝を突き落としてしまう。だが、由乃を愛した雪輝はボロボロになりながらも崖を昇っていた！
「神」になった由乃の力で、「サバイバルゲーム」は何度も繰り返されていた！真実を知った雪輝は、「由乃」と「世界」を救うためにすべての始まりである「学校」へ向かう。悲しみと絶望が交錯する中、「神・由乃」との最後の戦いが始まった…。
「神・由乃」の力によって、雪輝は「幻覚空間」に閉じ込められていた。その幸せな空間で両親と念願の星を見に行くことになる。しかし雪輝は本当に愛する人の名前を忘れてしまっていた。両親が温かく見守る中、雪輝はすべてを思い出し、大声で彼女の名前を叫んだ！
