Februar 1999: Die Kara no Kyoukai - Reihe geht in die finale Runde. Shiki und Mikiya haben schon einige gefährliche Situationen hinter sich gebracht, doch ihr neuester Fall ist sicher auch ihr gefährlichster. Mikiya glaubt, trotz aller Mordanschuldigungen seit dem Vorfall vor zwei Jahren, dass Shiki immer noch unschuldig sei und nie einen Menschen getötet hat. In diesem Glauben lässt er sich auch durch nichts und niemanden beirren. Doch als plötzlich von brutalen, geradezu sadistischen Morden, in den Medien berichtet wird und das Täterprofil haargenau Shiki zu entsprechen scheint, gerät auch Mikiya ins Wanken. Hat Shiki wirklich skrupellos Menschen getötet oder steckt eine große Verschwörung hinter der ganzen Sache? Was für eine Rolle spielt Mikiyas ehemaliger Schulkamerad Lio Shirazumi bei der ganzen Sache?
Shiki awakes from her coma and starts to live a new life. Meanwhile, a series of murders are occurring after four years of silence. “Who is the murderer?” The incidents remind her of a murderous impulse hidden inside her soul and “SHIKI,” her lost alternate persona. While Shiki searches for a suspect, Mikiya also starts an investigation of his own to prove Shiki is innocent. As he follows a lead of a drug dealer, Mikiya comes across Rio Shirazumi, who was a senior at his high school. Mikiya finds out that Rio is the one who sells the drug called “blood chip” and tries to convince him to stop, but he is instead harmed by Rio.
Février 1999. Quatre années se sont écoulées depuis une première série de meurtres dans la ville de Mifume. A ce jour, sept meurtres supplémentaires ont été perpétrés, ce qui porte le total des homicides à treize. La police, accusée d'incompétence sur cette enquête, pense qu'il s'agit du même meurtrier. Mikiya se met de nouveau à soupçonner son amie Shiki bien que celle-ci soit débarrassée de sa double personnalité. En plein désarrois, le jeune homme essaye de passer un maximum de temps avec Shiki afin d'ôter ce doute lancinant qui s'est emparé de lui. Mais la jeune femme erre la plupart du temps dans les rues sombres de la ville : est-elle à la recherche de réponses sur son passé ou d'une potentielle victime ?
1999年2月。両儀式は黒桐幹也の前から姿を消した。そして、それに合わせるように再発する連続猟奇殺人事件。3年前、自らを人殺しと称した式。信じ続けると誓った幹也。幹也は式の無実を証明するため、殺人事件の捜査を始める。そんな中、幹也はある麻薬事件をきっかけに、高校時代の先輩・白純里緒と再会する。
第一章裡的白純裡緒和兩儀式、黑桐幹也之間的糾葛。第五章裡的荒耶宗蓮是白純裡緒的製造者，所有的事件因荒耶宗蓮而起，所有的事件也將在這一章結束。
Shiki despierta de su coma y comienza a vivir una nueva vida. Mientras tanto, se suceden una serie de asesinatos tras cuatro años de silencio. "¿Quién es el asesino?" Los incidentes le recuerdan un impulso asesino oculto dentro de su alma y "SHIKI", su personaje alternativo perdido. Mientras Shiki busca a un sospechoso, Mikiya también inicia una investigación propia para probar la inocencia de Shiki. Mientras sigue la pista de un traficante de drogas, Mikiya conoce a Rio Shirazumi, quien estaba en el último año de su escuela secundaria. Mikiya descubre que Rio es el que vende la droga llamada "chip de sangre" y trata de convencerlo de que se detenga, pero Rio lo daña.
