二千年前、暴虐の限りを尽くした史上最強の魔王アノス。そんな彼の血を引く後継者、《魔皇（まおう）》を育成するべく、現代の魔王学院では入学試験が行われていた。試験内容は生徒同士で決闘を行う「実技試験」。そこに現れたのは、二千年前に荒んだ世界に飽き、転生した暴虐の魔王アノスの姿だった。
始祖としての莫大な魔力を有しているにも関わらず、《不適合者》の烙印を押されてしまったアノス。彼はそんな不当な扱いも意に介さず、圧倒的な実力を示し続け、班別対抗試験にはリーダーとして参加する事に。だが、クラスメイトは混血のアノスを認めず、班員はミーシャのみになってしまう。さらに対戦相手は、実の妹であるミーシャを《ガラクタ人形》と蔑む姉、サーシャ率いる班となった。
「最後に、あなたに会えてよかったわ」。意味深な言葉を残したサーシャの真意を掴めぬまま時は経ち、魔王学院では特別授業として、七魔皇老アイヴィスによる大魔法教練が開催される。七魔皇老は始祖が自らの血を使い生み出した七人の配下。「くれぐれも失礼のないように」とエミリアに念を押されたアノスだったが、躊躇いもなくアイヴィスのことを呼び捨てにしてしまう。
「十五歳の誕生日……。午前零時に私は消える……」。ミーシャが衝撃の事実を告げる。アイヴィス・ネクロンの掛けた魔法により、仮初めの生を過ごしていたミーシャは"本来は存在しない存在"であった。「十五年が私の一生」。それでいいのだと諦観する彼女にアノスは告げる。「俺には知らぬことが二つある。後悔と不可能だ」。《不適合者》が姉妹を縛り付ける悲劇を、理不尽を、いま粉砕する。
ミーシャ、サーシャとの邂逅。アイヴィスとの激闘も記憶に新しい中、魔王学院では、七魔皇老をも打ち負かす実力者、《錬魔の剣聖》レイが転入生として現れる。レイは有能なリーダーのもとに就きたいと言い、アノス班に入ることを希望した。しかしアノスがこれを拒否。代わりに「相応の結果を見せれば配下に加えてやる」と条件を提示する。かくしてレイは班を結成し、アノス班と、班別対抗試験で真っ向勝負をすることに。
班別対抗試験での活躍を認められ、アノス班に加入する事となったレイとミサ。その後、アノス家にて行われた祝勝会で喜びを分かち合ったのも束の間、魔剣大会への参加者として、レイとアノスが選抜されることに。再戦のチャンスが早くも訪れたと喜ぶレイとは対照的に、アノスは「何か裏があるのではないか」という疑念を拭いきれない。そしてミサの案内で七魔皇老の一人メルへイス・ボランと出会い、事態は加速していく。
「皇族派がどんな罠を仕掛けてこようと打ち砕く」。そう決心したアノスは、父グスタから託された剣を手に、魔剣大会の一回戦へ臨む。また同時刻、選手控室にて己の胸元を強く押さえるレイ。いつもと様子が違うレイに対し、アノスは「首輪をつけられているな」と人質の可能性を感じ取る。魔剣大会の背後で蠢く、存在と陰謀とは一体。
ディルヘイド魔剣大会決勝————アノスとレイが激突する。シーラを人質に取られ、実力を出し切れない状況へ追い込まれた両者は一つの決断を下す。そして決着の瞬間、突如舞台に巨大な魔法陣が出現。二人の周囲の景色は歪み、異次元空間へと飛ばされる。事件の黒幕が、遂にその姿を現す。
魔剣大会も幕を閉じ、アノス達は勇者学院との交流授業のため、人間界・アゼシオンへと赴く。現地で各自行動をとる中、「調べ物がしたい」というアノスは、勇者学院へ向かい、“部外者立ち入り禁止”の学院内に堂々と侵入しようとする。するとそこに「ボクと一緒ならお咎めなしだぞ」といたずらっぽく笑う、勇者学院三回生エレオノール・ビアンカが現れ、特別に学院を案内してもらうことに。
アノス達は勇者学院との学院交流初日を迎えた。しかし“学院交流”とは名ばかりで、勇者学院の面々は、歓迎ムードとは程遠い雰囲気。魔王学院三回生首席のリーベストが魔法の発動に失敗すると、勇者学院の面々はくすくすと笑い声を漏らす。不愉快そうに表情を歪める魔王学院の生徒達。そんな状況をアノスの一言が切り裂く。「——相変わらず、罠を仕掛けるのが好きだな、人間は」。学院交流は、不穏な雰囲気で幕を開けた。
学院別対抗試験第二戦が開始された。ハイネ達に敗北したリーベストの悔恨を引き受け、アノス達は勇者学院の面々と対峙する。作戦は必要なら考えると、莫大な魔力を用いて、正面から相手を叩き潰しに行くアノス。たが、都市を覆う結界『デ・イジェリア』と、少女・ゼシアの聖剣エンハーレの斬撃によって攻撃は防がれてしまう。そして次なる攻め手に欠ける状況下で、ミーシャがある打開策を提案する。
「お願い。ゼシアはボクにしか止められないぞ」。ディエゴによって瀕死まで追い詰められたミーシャを抱き上げ、神殿の奥間へと向かうアノス。そこにはエレオノールの姿があった。自身が“魔法そのもの”であるという彼女は、その真意について、そして勇者学院の狂気に満ちた真実について語っていく。
全ては二千年前から始まっていた。黒い仮面の男・アヴォス・ディルヘヴィアの正体が明らかになり、事態は急転する。二千年を経ても癒えぬ魔族と人間の禍根。その果てに、暴虐の魔王アノス・ヴォルディゴードが取った選択とは――。
「この平和な世でわざわざ俺に挑んだのだ。相応の覚悟はしていような」 人と魔族の戦争を阻止したアノスの前に、四邪王族が一人、 エールドメード・ディティジョンが魔王学院の教師として現れた。 しかもエールドメードは自らを天父神てんぷしんノウスガリアと名乗り、 暴虐の魔王を滅ぼす新たな“神の子”が魔王学院にいるという。 あらゆる理不尽をものともしない《不適合者》は新たな戦いへ！
ハンデなどいくらあっても足りはしないぞ。 なにせ、この俺に挑むのだ 魔王学院に潜む“神の子”を探すアノスたち。 仲間たちが二千年前の魔族から襲撃を受ける中、アノスは熾死王軍参謀、ジーク・オズマと知恵比べで対決することに。 アノスが“神の子”の正体を予想して相手の判定を受け、 一定回数内に当てるというものだ。アノスが導き出した解答、そしてジークの真の目的とは――!?
これからだ。 お前たち、とっておきの芸を出せ 遠征試験の名目でゼーヘンブルグを訪れたアノスと一回生たち。 アノスの目的は「精霊の森アハルトヘルンで待つ」と伝言を残したかつての右腕、シン・レグリアである。 森への道中、アノスは情報屋の少女・リィナと出会う。 同じくアハルトヘルンを目指す彼女を連れて、一行は森の深淵へと進む。そこで見たものとは…。
それがお前の真体だったわけだ― 精霊王に謁見するため、大樹エニユニエンの試練に挑み続けるアノスたち。 次なる試練「グニエールの階段」は20本の道から5本の正解を選ぶという、ほとんど運試しの難問だ。しかしリィナの助言もあり、アノスたちはそれぞれ天辺を目指していく。 そして精霊王の城に一番乗りしたレイとミサが、いよいよ最後の試練へ！
せいぜい栄華の夢を見ているがよい。 本物の魔王が帰るまでな。 デルゾゲードに現れたアヴォス・ディルヘヴィアは伝承と噂に支配されたミサだった。彼女はディルヘイド中の魔族に自身を信奉させ、アノスを滅ぼすことを宣言。 アノスたちはミサを救うために魔王城へ。一方、街中ではアヴォスに支配された者たちが混血の魔族を襲っていた。その脅威はアノスの両親にも及び……！
俺の名はアノシュ。 アノシュ・ポルティコーロだ。 アノスたちはデルゾゲードの地下迷宮に潜入。 アヴォス・ディルヘヴィアとの対決の前に、ミサの出生の秘密、アノスの右腕シン・レグリアの意図、そして大精霊レノの死の真相を確かめるべく、《時間遡航（レヴァロン）》で二千年前のガイラディーテへと向かう。 自身が滅びた後の世界で、アノスが見たものは――。
せめてこの夢でぐらいは、 救われねば嘘だろう。 アハルトヘルンでのアノスたちの調査は続く。 アヴォス・ディルヘヴィアの《暴虐の魔王》としての根源を変えることは叶わないが、レノからあるヒントを得たアノス。 レイはシンを相手に剣技の修練に励んでいた。 その後、アノスはエールドメードを追ってデルゾゲードへ。 そこで彼らは人間を虐げる魔族たちと遭遇する。
神話の時代。《創造の月》を堕とさんとするアノスは創造神ミリティアと出会い、彼女と交流を重ねていく。――そして現在。世に暴虐の魔王であることを知らしめたアノスは、転入生アノシュとして魔王学院の授業に加わることに。エールドメードはより強い魔族を育成すべく、大魔王教練を宣言。手始めとしてシンによる剣術教練が始まった！
