公元前362年，秦魏两军鏖战数日，死伤无数，胜负未分。对于即将爆发的新一轮大战，秦魏内部争议频频，中庶子卫鞅提出“秋守春战”遭魏军将士讽笑。翌日血战，秦国仲公子渠梁率领秦军冷静出击，生擒了魏国丞相公叔痤，但秦君献公也被魏军狼毒箭所伤，生死难料。
长公子虔斩断箭杆，救下公父。军塌前，献公授渠梁兵符决定退兵。回城后献公多方考察继承人选，国后欲让两子回宫，交代传国之事，以防万一。同时，世族私议，老太师甘龙默认众人支持公子虔。对于即位，献公似已心下有底，女儿荧玉对公父伤势却是备加担心。
献公让赢虔在自己与兄弟间做出选择，赢虔推渠梁继位，并断指明誓立心，秦献公泯然而逝。赢渠梁继位，号秦孝公。秦国殿上，甘龙提出为何“只张国丧，不谋复仇”，一呼百应，孝公不予回应。魏国大朝，魏惠王领议灭秦，庞涓献出备战灭秦之策。
下邽血战，庞涓挫败。献公灵堂之上，孝公主张国丧从简，众元老自请人殉祭拜先君。秦魏仇恨高涨，要杀公叔痤以泄恨，孝公言明不杀原委，说服了荧玉和赢虔。卫鞅单身赴秦救老师公叔痤，赢虔出面，孝公暗中观察。囚室中孝公提出秦魏两国休战歇兵之意，令公叔痤对其侧目。
卫鞅替老公叔递交了议和盟约。国丧当下，朝局未安，孝公备感重任如山般巨大。秦国割让河西之地表诚心统一议和，以求休养生息，引发魏国上下的争论。公叔痤安然归魏向魏王提出灭秦分秦一说，官复原职。而此时的老公叔已是争心消磨净尽，且有隐隐不安之感。
公叔痤已然病重，欲举荐商鞅仕魏。秦孝公以封地更换之法解决割让河西所失，平定众臣不满。逢泽大营，魏国召集六国会盟，意图强兵分秦。栎阳宫中，秦国面临生死存亡，君臣共议退敌之策。景监提出“贿赂六国，以求退敌”获得认可。于是，众人纷纷献金献物。
财货聚集，荧玉化身“黑林侍卫”，随景监赴魏。公叔痤榻前举荐卫鞅为相，魏王不以为然，公叔痤临终叮嘱卫鞅尽快离魏。庞涓召集众商入秦乱秦。孝公识计，派出兵力将入秦商人全部搜捕。不日，魏王听闻指责庞涓决策失误。
燕赵密使策动陇西叛乱，孝公与众臣商议应对之策。车英献上解困奇策，假扮魏国特使，赶赴陇西骗得单于杀死燕赵密使。赢虔受兵符举兵西豲备战。同时，景监、荧玉二人造访魏国公子卬府献天月剑并巧言攻心博取公子卬信任。
车英一队平定西豲惨胜归来，孝公厚葬西征兵士。燕赵楚齐相继退盟, 魏惠王大怒,收回庞涓灭秦兵符。此时，卫鞅一局大盘灭国折服众人，引发各路暗中查勘，一番高远棋论，更是折服了洞香春女主人白雪。白雪男装寻卫鞅，告之与其对弈的景监的真实身份，卫鞅颇感意外。
卫鞅结识慎到及法家士子申不害，所论言及灭秦方略，振聋发聩，庞涓闻之，不由至陵园试探，卫鞅作伪掩饰，以迂腐之词瞒过。对此，景监、荧玉亦起了提防之心。孝公请石工白驼刻国耻石明雪耻之志。公子卬、庞涓二人谋划以高官厚禄拉拢卫鞅，被卫鞅婉拒。
卫鞅名为老师公叔痤守墓，实被庞涓囚居。白雪再访卫鞅，并带齐、韩变法消息，尽表愿助卫鞅之意。秦国孝公决意求贤治国。卫鞅决定离魏另谋根基，巧出陵园，庞涓、荧玉两方落空。事后，荧玉揣测援手出自白雪，欲留魏继续查寻卫鞅，遭到景监的反对。
涑水猎庄，卫鞅受白雪款待，作别后欲游历勘探各国自觅归宿。在齐国稷下学宫向孟子挑战争鸣，大谈天下治道，法家之道，一鸣惊人。庞涓司马夜探客栈，被荧玉发现，与卫鞅谈话间被点破秦国密使身份。秦孝公雪夜意外助百里子击退刺客，初识玄奇。作求贤令引来甘龙等老臣异议，始终坚持坦诚相待，颁行天下。
卫鞅在韩国正遇百里子及玄奇，更见白雪梅姑，大喜过望。秦公求贤令，卫鞅一见，大为震动，叹为五百年一卷雄文，明确入秦之志。各国士子陆续入秦，秦公专设招贤馆迎接，秦老世族惶惶不安。荧玉归秦，言及卫鞅对孝公求贤令之见，无不切中要害，孝公惊愕之余，对卫鞅充满期待。
卫鞅入秦，拜访了侯赢与景监，入秦士子眼见秦国贫弱，去意渐生，孝公诚意挽留士子。同时，甘龙也拟书欲简拔氏族子弟为官，孝公对此持不逆不许之态。卫鞅不受举荐，独下民间，走访秦国，体察秦人疾苦，大获感触。
士子纷纷回秦，问及卫鞅，却听闻其回魏消息，失望之际，卫鞅风尘仆仆归来，却以王道迂腐之说相对。众士子各出策论，面对田常的《秦国恶政十陈》，孝公不怒不惊，谦虚受教。田常深为所感，拔剑自刎，孝公厚葬，折服众士子。
卫鞅又两见孝公，最终以法家强国之说示之。三日长谈后，英主强臣，终于走到了一起。朝野上下风闻此事，世族元老惊疑不定，孝公找到赢虔，表明变法心志，赢虔心下了然，表明支持之心。众士子各按所能授予官职，卫鞅客卿虚衔。
卫鞅风波众臣不明所以，孝公不置可否，面对此举，甘龙顿感大变的前兆。伏案数月，卫鞅理清治国细略，在朝堂上，痛陈秦国祖制弊端，舌战诸元老，公开自己的变法治国理念。元老重臣纷纷色变，赢虔相向，震慑全场。孝公刻国耻石决意变法强国，拜卫鞅为左庶长，赐穆公金剑，总领秦国军政，推行变法。
孟、西、白三族元老暗地抗争，甘龙却闭门谢客。卫鞅设城门徙木立民信。孟、西、白设计挑起族人私斗。郿县县令赵亢惊闻前往劝解，水渠却早已是拼杀一片……噩耗频传，卫鞅果断处置。各族元老找到甘龙欲上保书，太后施压，甘龙表示支持新法。
孟、西、白三人被罚苦役，荧玉举发世族阴谋，却遭卫鞅冷遇。犯人名单石工白驼赫然在列，孝公书信求情，卫鞅回书却令他深感法治之难。经过反复争论，孝公深悟法理不可掺杂人情。
渭水大刑，斩首七百余，震动天下，侯赢荐哑仆荆南做卫鞅护卫。第二批法令一出，朝野震荡。甘龙等人齐献封地给太子，景监觉蹊跷，卫鞅表明只要不违新法但献无妨。郿县封地族长白龙在太子面前诋毁新法法令，令太子对卫鞅心生不满。县令赵亢放任氏族抗法，民情汹涌，卫鞅领兵捉拿白龙。景监提出似有人指使，卫鞅坦荡。
白龙赵亢等十三名人犯伏法，甘龙蛰伏静观事态。变法井然，白雪决定动身入秦，亲见秦国变化，与卫鞅终解相思之苦。墨家剑客夜袭卫鞅，幸有惊无险。孝公得知“太子封地”一事，心感不安。
第三批法令颁行在即，孝公西巡，欲与墨家弟子一番激战。白雪、梅姑、侯赢夜袭铁工坊，将墨家剑客逐出秦国。卫鞅布置兵力紧追保护。孝公亲赴墨途中竟遇玄奇，知其墨家弟子身份。
卫鞅有意对侯赢提及铁工坊刺客一事，暗示其中利害。玄奇破除疑惑，答应带孝公深入墨家。太子封地村民所献粮食无故被换沙石，赢驷震怒之下大开杀戒，村民举族交农反官，嬴虔调兵镇压，被太后阻止。卫鞅不惧压力依法严惩赢虔、公孙贾。在太后面前，卫鞅重申变法决心，获得太后赞赏，荧玉对他有意。
秦孝公孤身论战，澄清误会。孝公与玄奇渡过短暂时光，车英飞马来报嬴虔被处劓刑，孝公悲痛难当。探访嬴虔，嬴虔表明不反对变法，但对卫鞅已是刻骨仇恨，并冷言，不许荧玉嫁给卫鞅。同时，嬴驷被废黜太子爵位，逐出宫门。
秦孝公探访卫鞅，两人见面不言其他，坚行变法。太后为缓解赢氏内部矛盾，欲牺牲荧玉幸福。荧玉却愿与卫鞅同死同穴。孝公请候嬴说媒，白雪卫鞅听闻心绪大乱。甘龙也预备伺机而动。变法有条不紊的进行中。
景监与令狐关系止步不前，在卫鞅、车英等人主持下完成大婚。卫鞅不忍辜负白雪，心生退意，欲辞官，白雪识大体，要求卫鞅必须与公主成婚，怀胎安然离秦。秦孝公认为嬴虔欲鳏居之举出于个人恩怨。荧玉坚决非卫鞅不嫁。秦公诏书，卫鞅擢升大良造兼领上将军，统摄军国大政。百官贺喜，卫鞅淡然应对。
太后只身探望嬴虔，嬴虔坚称对卫鞅之刻骨仇恨。新婚之夜，荧玉独守洞房，待卫鞅处理公务归来已是天色微明，二人重执大盘灭国棋。魏国大军集结，卫鞅命车英担任国尉，练成精锐大兵，新都选址也在进行中。荧玉决定寻找嬴驷，只身前往黑林沟一探下落。
卫鞅向太后表明收复河西之志，太后大为感动。荧玉归来，卫鞅叮嘱太子牵涉人事太多，暂不走漏行踪。嬴驷流浪至黑林沟，亲身体会到新法深入民心。数年后，嬴驷作别黑林沟乡亲决定再行游历，寄情于他的黑枣姑娘遭拒跳崖殉情。
白雪托荆南带信给卫鞅，魏军集结河内，当早谋为好。孝公明断要做好大战准备，有备无患。庞涓提议秦国依旧是大患，趁新军未练成，正是绝佳机会，却遭公子卬嘲讽，指定首战进兵赵国。景监急报战讯，卫鞅听罢前往新军营寻找孝公。秦军幕府隐蔽河谷，一切按计划顺利进行。
实力悬殊，战局动乱，孝公、卫鞅等更认识到护法的重要，决定全面铺开变法，推行法令，且新军与新都城也要加紧建设。魏军战况频频传来，齐国出兵救赵，却行军怪异，卫鞅与孝公均不明其意，但卫鞅笃信齐国定有后招，因其军师正是庞涓所惧怕的孙膑。
魏军中计，折损精兵十三万，庞涓突出重围。魏韩一场恶战，尸横遍野。孙膑田忌中道设伏。马陵道追兵四伏，庞涓走投无路，命绝树下。申不害韩侯死在城头，两败俱伤，韩国变法宣告失败。秦国迁都咸阳，并开始酝酿收复河西。
秦军初练成，时机已到，卫鞅率大军隐秘东进。魏国河西军情告急，魏王却还质疑消息真假。迫于压力，魏惠王开释龙贾，以公子卬为河西统帅，龙贾辅之，迎战秦军。卫公子卬存私心，出尔反尔。对于卫鞅迟迟不进攻，两人亦有夜半临渊之感。
强弩营不能抵达，引发龙贾、晋鄙不满。鞅明辨军情，欲借助河西老秦人对地理的熟识，制定用兵之策和河西战略。公子卬河东立营，生活奢靡，种种滑稽之举，令魏军将士瞠目结舌。大战前夕，卫鞅不信公子卬求和诈言，排兵布阵，公子卬同意决战。
河西山谷，秦军严阵以待，红色魏武卒骑兵狂飙般卷过，却被秦军新战法打得落花流水，十万大军顷刻灰飞烟灭。公子卬大败被俘，龙贾阵前宁死不降。河西之战大胜，秦国失地收复。
魏王退回秦国全部失地，迁都大梁。从此一蹶不振，走上了败落之路。卫鞅将函谷关交给子岸，二人冰释前嫌。秦国收复河西失地，一雪前耻，举国大庆，秦孝公奖赏将士。卫鞅封号商君；六国庆贺；太后以河西大胜，带天月剑见赢虔，赢虔态度如前。战后秦人送礼之风大盛，商鞅明令禁止。法令颁布，引起老世族的不满。孟、西、白请甘龙主持公道，甘龙了然大势，虚假护法责众。
孝公商鞅共论秦国前景，定秦国百年大计。卫鞅提出退隐之意，孝公惊谔沉思。商鞅赴商於郡处理事务，强调“依法治国，唯法不移”。孝公此刻得知商君为公忘私，许商鞅隐退寻访妻室幼子；商鞅带荆南赶赴崤山。与此同时，公孙贾藏真造访，引得白雪的怀疑。
商鞅到来，家人团聚，其乐融融。崤山河谷，商鞅、白雪遇刺，商鞅怀疑刺客是公孙贾所为。侯嬴到来提及蒙面刺客之事，商鞅已明确主谋之人。秦国景监急简，孝公病重，白雪支持商鞅重返咸阳维持秦国大局。
孝公病重，各方势力蠢蠢欲动。商鞅面见秦孝公，直陈找回太子之重要。孝公亲赴白村接回赢驷，赢驷的归来引发连锁反应。赢驷痛改前非，并拜商鞅为师。秦孝公开始对赢驷的考量。而公孙贾的事情也将水落石出。
针对局势，商鞅定两法处置，访查缉拿公孙贾。秦孝公认真研读嬴驷文章，商鞅认为秦国册立储君时机已经成熟。秦孝公初问嬴驷，嬴驷纵论秦国变法，受到公父和商君认可。秦孝公病势加剧，嬴驷、商鞅当国领政。另外，甘龙蛰伏依旧，只是提醒杜挚万事小心谨慎。荧玉请来扁鹊医治秦孝公。
扁鹊坦言孝公时日无多，商鞅为策万全，紧急布置，维系秦国稳定。秦孝公垂危，荧玉身怀六甲连夜奔波找来玄奇，孩子夭折。公元前338年，秦孝公与玄奇大婚。太后交托后事，手付密令，同日晏驾。
秦孝公欲立商鞅为秦君，商鞅痛陈利害，予以拒绝。商鞅随后在幕后听嬴驷处理法案，大为欣慰，又与嬴驷讨论秦国法制。嬴驷接待六国特使，显示治国执法才能。
太子一事刚定，久已蛰伏的甘龙察觉时机到了，意图有所作为，孝公大宴老臣，欲杀甘龙，永决后患。商鞅事后知悉，指出孝公不妥。赢虔假死。公孙贾扮商人见赢驷，意欲陷害商鞅。商鞅等人会商秦国扩军，以强战力。秦孝公再回函谷关，并在关上教诲嬴驷，必定护法信商君，同时感叹秦国在他在位之时尽收河西之地，心中宿愿已了。
秦孝公赢渠梁在函谷关上薨逝。举国大葬秦孝公，六国闻听秦孝公死讯，魏国欲出兵收复河西。同年，嬴驷即位秦君，史称秦惠文王。黑伯哀伤过度先君墓前自尽。王轼欲闯城守陵，违背秦法，商鞅破法，令王轼带罪理事，带来隐忧。嬴驷接到赢虔未死之讯，大为欣喜。甘龙密嘱甘成领导元老，密谋复出。此时，商鞅再明隐退之意。
商鞅在归隐前铺排政局，希望以上《请辞官书》引出老世族，甘龙为首的老世族果然蠢蠢欲动。赢驷招景监讨论大举逸民一事，商鞅分析时势，同意大举逸民。赢驷拜见嬴虔，求教国事，意欲独掌大权。
商鞅将秦孝公遗命的护法军归了大军，并说服荧玉交出密诏，将其烧掉。赢驷也派车英、公孙贾前往澄清真相。荧玉痛心，找嬴驷讲述“孝公密诏”，谋逆一说，纯属诬陷。商鞅面见樗里疾，解决“孝公密诏”关于商於郡建商君封邑之事。
赢驷开始削除商鞅羽翼，借故收回景监等人之权利。公孙贾、赢虔“请”商鞅回返咸阳，激起商於民众的抗争，公孙贾被刺，子岸人前自刎。商鞅嘱托后事于荆南，回返咸阳，亲赴国狱。荆南将讯息告知白雪，白雪托付后事，前往秦国，抱与商鞅同死之志。
嬴虔开解赢驷，以坚赢驷杀商鞅之心。荧玉心死欲自殁，一夜白头。朝堂论罪，六国特使觐见，逼迫赢驷必杀商鞅，老贵族和变法派展开论战议决商鞅罪行。景监、车英等人陪伴荧玉前往国狱，三人共立《商君书》，商君法制，万古不朽。民众聚集为商鞅请命；侯赢出手惩戒甘龙等人；嬴虔直面白雪，说出多年隐忍。
甘龙老而弥坚，百折不挠，庙堂论战，车裂商鞅。赢驷口书甘龙：定刑商鞅，交由太师府和廷尉府共同议决。并前往探望商鞅，鞅纵论天下，指点秦国。渭水刑场，商鞅死地，甘龙、赢虔等人主持行刑。白雪款款走向商鞅，二人同饮“三生雪酒”。商鞅被处车裂。秦川原野，大雪缓缓下落。
战国中期，东周各诸侯国经过几百年的战争兼并，此时出现了七个实力强大的诸侯国，秦国经秦孝公时期的变法，国力提升，兵锋强健，开始了它向东发展的战略意图。公元前338年，秦孝公之子赢驷即位，史称秦惠文王，赢驷即位之初，为平抚秦国的保守势力，车裂商鞅，从此不问朝政，隐身秦宫。但是并无恢复旧的贵族等级，宗法之意，以甘龙、杜挚为主的复辟势力一再施压。 魏国因为桂陵，马陵两战大伤元气欲拉拢齐国以制衡秦国，并缓解边境楚国迫镜的压力。齐公知晓魏王用意，同时想又探知秦国的野心和实力转而邀请嬴驷相王，嬴驷应允。秦国国内甘龙，杜挚等人劝谏嬴驷不要相王未果，变起了易主之心。甘龙拜会公子虔欲要另择明君，公子虔没有表态。嬴驷去相王路上遭遇训练有素的黑衣人劫杀，护卫拼死保护悉数被杀，嬴驷为了拖延时间主动与黑衣统领单挑，嬴驷技艺不及危难时刻嬴华赶到。秦使认出黑衣人乃是魏国名士犀首。 嬴驷与犀首两人畅谈，嬴驷邀犀首入秦被拒绝。惠施得知魏王派人刺杀嬴驷，斥责魏王不该杀嬴驷应该让秦国耽与内乱。龙贾带兵处置犀首等回营复命的魏卒。徐执软禁嬴驷於魏修府邸，魏修之女魏纾装扮成丫鬟见嬴驷，被识破后帮助嬴驷逃脱。嬴驷对魏纾顿生情愫，逃出后将贴身玉佩赠与魏纾。魏国，齐国两国相王，相王大典结束后嬴驷等人赶到，魏王讽刺嬴驷有称王的心却没有称王的命，嬴驷当著众人的面指责是因魏王派人劫杀所以赴会来迟。魏国河东秦军压境，惠施向秦君赔罪，主张魏王向秦示弱提出和亲。 惠施出策让魏纾嫁给嬴驷，才方可救出被魏王囚禁的其父。秦君嬴驷归国途中遇到犀首，再次邀犀首入秦。嬴驷拜见太傅公子虔致谢河东大军压境之险，并要与魏和亲，遭嬴虔怒斥。嬴驷所为激怒甘龙，杜挚一党，甘龙杜挚决定在嬴驷大婚之时联络义渠一起举事。咸阳即将有一场血雨腥风。秦君婚典，嬴驷满怀欣喜迎接魏纾，却被魏纾将匕首插入嬴驷心脏。