何気ない日常を過ごしていた高校生のタケルは、バイトの途中で空からやってきた謎の光と遭遇した。一瞬意識をなくしたタケルは森の中で光る繭を見つけた。その中から、何と裸の美少女が落ちてきた。自らを「ヒカリ」と名乗りおびえる彼女にタケルは「ヒカリは自分が守る」と伝える。その時二人の前に謎の怪獣が現れて…。
昨晩の出会いの後、ヒカリを自分の下宿先の家に連れてきたタケルだったが、従姉妹のマリにあっさりとヒカリが見つかってしまう。クラスメートも集まり、ヒカリについて問いつめられるタケル。その頃、昨夜の森では女性科学者ジェニファーが怪獣の死骸を調べていた。そして、ジェニファーは西野家に下宿することにして…。
タケルと暮らし始めたヒカリは早くも家族の一人として過ごしていた。 そんなある日、タケルがヒカリと出会った森へと向かったリョウは、その外れにある湖の畔で雨にぬれる少女を見つける。少女は森の中で彼女がクオンと呼ぶものと暮らしていた。少女の住む森に毎日通い始めるリョウ。彼に少女は「アカリ」と名乗り…。
熱を出したアカリを連れて自宅に帰ったリョウ。兄のリョウがアカリを連れてきたことに驚く紀美。最初は迷惑顔だった紀美だが、アカリがひとりぼっちだと聞くと、放っておけず面倒を見るようになる。ジェニファーの「二人はもともと一つだったのでは」という話から、二人は自分たちが姉妹のようだと互いに喜ぶのだが…。
ジェニファーの計らいで、学校に通うことになったヒカリ。そこに新しい出会いがあるのでは？と期待を胸に向かったヒカリだが、授業中の生徒たちのあまり楽しくなさそうな様子から、なぜタケルたちは学校に通うのか疑問に思うのだった。そんな中、避難訓練の途中で校庭に向かう列を突然離れたヒカリは、校舎へ向かい…。
待ちに待った夏休み、山へキャンプに出かけたタケルたち一行。初めてのキャンプで、川遊びや魚釣りなどを楽しむヒカリやアカリ。その夜、夏休みの定番「肝試し」をすることにした一同。タケルとペアになりうれしいヒカリと、二人きりで何を話していいか分からずあせるタケル。暗闇の中、二人の距離が急接近して…。
一丁の海の家（副業）を手伝いにきたタケルたち一行。ヒカリたち女性陣が水着姿で出迎えるお店は大反響。そんな中、タケルに良いところを見せようとお店の手伝いを頑張るヒカリだが、逆に失敗ばかりしてしまう。そして、タケルとお店で使う食材をとりに海へ出かけたヒカリは、突然タケルにキスをしようと迫るが…。
再び現れた怪獣に、改めてヒカリを守ることを決めたタケル。そんなある日、ヒカリとタケルは庭で鳴く鈴虫を見つけ、ヒカリの部屋で飼うようになる。また、海で二人のキスシーンを目撃したマリは、ヒカリに自分もタケルが好きだと宣言する。だが、ヒカリはマリも自分と同じくタケルのことが好きなことを純粋に喜び…。
一丁から、壊れたバイクを売ってもらったタケルはそのバイクを修理しようとしていた。ボロボロのバイクをタケルに与えた一丁から理由を聞き、タケルを手伝うことにするマリ。そんな中、アカリに自分たちが地球にきた理由を知っているのではないかと、問いかけるヒカリ。アカリがヒカリに語る二人の秘密とは…。
自らの役割、この世界を滅ぼす存在、であることを知りつつ、それを避けようと思い悩むヒカリ。その頃、マリは自分の思いをタケルに告げるための決心をしていた。だが、元気づけようとヒカリをデートに誘ったタケルが、そのまま彼女にキスをしようとしたところを見てしまうマリ。駆け出すマリを追いかけたヒカリだが…。
ヒカリに見せられた自分の過去に反応するかのように変身したタケルは、全てを壊したくなるような感情を必死に抑える。そして、滅びを始めようとするヒカリに立ち向かおうとするアカリ。だが、そんなアカリをリョウがとどめる。彼の言葉からヒカリがまだ迷っていることに気づいたタケルは、再びヒカリのもとに向かい…。
大切なこの世界を守るため、タケルと共に滅びを止める決心をしたヒカリ。その頃、アイオニオスは滅びの準備を始めていた。それを阻止しようとするアカリ。ヒカリと共に滅びを止めようと決心したアカリは、リョウに別れを告げる。滅びを止める鍵であるクオンを手に、必死にアイオニオスに向かうタケル。そして…。
