60億の生命と90％の陸地が海に飲み込まれた大惨事「ハンマー・オブ・エデン」から14年。山頂に原子力空母を乗せた町ヤビツに14歳の少年、キールはいた。キールが思いを寄せる少女イスラと食事をしている時、突如町が攻撃された。原子力空母が軋みをあげる。その日、空母では新国連の議会が開かれていた。
脱出が遅れたティーンは新国連に囚われた。一方、キールたちはユリシーズに保護される。艦長グールドがヤビツを攻撃した元凶だと気付かぬまま、彼の保護下に入ったキールたち。だがユリシーズに護衛艦てしおと潜水艦なるしおが迫り、逃げ場のないユリシーズは海の中の竜巻のような流れ・ドゥーラビィーラに追い込まれる。
ユリシーズはドゥーラビィーラの流れの速さを逆手に取り、一気にアラビア海まで逃れた。膨大な距離を移動したことに感動するキール。そんな中、キールが赤ん坊を取り上げてくれたと信じているイスラはその子に「キール」という名をつける。また、アオイはティーンを自らのそばに置き、次の作戦を考えていた。
キールとイスラのユリシーズでの生活が始まった。自分に出来ることを見つけて働くイスラに比べ、怠惰な生活を送るキールに、グールドは色々な仕事を与える。一方アオイはティーンを連れ、石油王キングを訪れていた。キングの懐柔を謀るアオイ。そんな中、キールはヤビツを攻撃したのがグールドであることに気づく…。
テンゲルと魏の国にミサイル攻撃を行い、ユリシーズへの降伏と戦争を終結させることを勧告したグールド。その頃、運搬係として両国の国境地帯に潜入していたキールは、グールドの攻撃にヤビツを思い出して怒りを覚える。しかし、実際にそこで彼が目にしたのは、ユリシーズの攻撃による平和を喜ぶ民の姿だった。
ティーンがノーラッドで目にしたのは、地下資源や海流が克明に描かれた世界地図だった。アオイは、この地図を公表することは富をもたらすと同時に新たな紛争の火種を生むことにもなると考えていた。一方、K2付近ではユリシーズと新国連軍の戦闘が始まり、ジョゼとキールは小型潜航艇でK2へ急ぐのだった。
新国連軍と魏軍に追い詰められたユリシーズは、ドゥーラビィーラに飛び込み脱出した。取り残されたキールとジョゼはチベットに上陸し、小型潜航艇に燃料を補給するための金を得るべく、街の酒場でイカサマギャンブルを仕掛ける。同じ頃、アオイとティーンも、法王チェンレーシに協力を仰ぐため、チベットに来ていて…。
チベットの街中で偶然出会ったキールとアオイ、ジョゼとティーン。ジョゼは隙を突いてティーンを取り戻すと、共にアオイのもとから逃走する。イスラへの手掛りを失いたくないキールもまじえて、三人はユリシーズの元へ向かおうとする。一方、アオイは新国連軍をユリシーズのいるフランスに差し向けていた。
浮きドックの船員たちに不法侵入者として捕まってしまったキールは、ジョゼのはからいもあり、ユリシーズの修理へ向かうことを賭けて船長とのサイコロ勝負に挑む。生まれて初めてイカサマなしで勝ったキールだったが、船員たちはイカサマだと騒ぎ始める。一方、アオイから新世界地図の存在を知らされた里山は…。
キール、ティーン、ジョゼは、ユリシーズを浮きドックに導くことに成功する。しかし、修理半ばのユリシーズは新国連軍に発見されてしまう。キールはティーンが気にかかり、ユリシーズに再び乗り込むことにした。メタセコイア海域で、新国連軍に最後の決戦を挑もうとするグールド。アオイはグールドに和平交渉を試みるが…。
漁夫の利を狙い無音航行で潜んでいた魏の国の潜水艦もグールドの敵ではなかった。アオイの説得を拒絶するグールド。一方、キールはティーンに、戦闘を止める方法がなにかあるはずだ、と迫る。グールドが元々戦争を望んでいなかったことを十分理解していたティーンは、戦闘の最中、グールドに休暇を申し出る。
ジョゼは、キール、イスラ、ティーンを新国連軍に送り届けると、一人で帰艦した。アオイに地図を公開すべきだと必死に訴えるキールとティーン。しかし、地図の公表によって人々の間に新たな利権やエゴが生まれることをアオイは危惧していた。そんな話し合いの中、ユリシーズは遂に核ミサイル(SLBM)を発射した。
ミサイルに核弾頭は積まれていなかった。アオイは新国連の席上で、KCから送られた、資源や海流を明記した地図の存在を明らかにし、子供たちに未来を委ねようと訴えた。キールはそれを実現するために浮きドッグの船長たちと浮遊樹を集めるのだった。キールとティーンの願いは、フリーダムに残った父KCに届くのだろうか。
