何者かが地上に投げ入れたひとつの球。“それ”は大地を転がり、石やコケ、けがを負い死んだ白いオオカミへと姿を変え、雪原をさまよっていた。やがて“それ”は、飼い主の少年が暮らす小さな家にたどりつく。集落でたったひとり、豊かな土地を求めて去った仲間を待ち続けていた少年は、オオカミとともに旅に出ることを決意する。
少年に姿を変えた“それ”は、死と再生を繰り返しながら歩き続けた。森の大地ニナンナに到着するが、突然何者かに襲われてしまう。ニナンナでは「大人になってママになること」を夢見る少女マーチが、家族や友人とともに穏やかな暮らしを送っていた。ところがある日、隣国ヤノメの役人ハヤセが祈祷師ピオランとともに村に現れて…。
少女マーチは森で出会った不死身の少年を“フシ”と名付けた。少年の姿をしているものの、人間らしい意識は持たず、食事や会話もままならないフシに対して、マーチはまるで母親のように優しく接した。彼女とのふれあいを経て、フシの心に変化が起こっていく。儀式から逃げたマーチをあきらめられないハヤセは、その後を必死に追う。
フシの不死身の能力に興味を持ったハヤセは、フシ、マーチ、パロナ、そして身分を明かしたピオランをヤノメ国へ連行する。華やかで活気にあふれたヤノメの街を楽しむフシたち。しかし、ハヤセが密かに進める恐ろしい企てにより、フシたちの自由が危うくなろうとしていた。
夜の闇にまぎれて監獄を出たフシたちは、馬車でヤノメ国から脱出しようとする。ニナンナの両親のもとに帰れることが嬉しいマーチは、フシに「一緒に大人になろう」と笑いかける。しかし、ハヤセ率いるヤノメの一団がフシたちの逃亡を許すはずはなく…。
わずかな“人間らしさ”を獲得したフシは、ひとり旅立った。フシは森で老婆ピオランと再会し、少しずつ言葉や文字、人間としての生き方を教わっていく。ある夜、フシは森の中から現れた奇妙な触手に襲われる。そして、とうとう、“観察者”がその姿を現す…。
フシとピオランは、タクナハに到着。酒爺の店で仮面の少年グーグーに出会う。３か月前のある出来事のために素顔を隠し、酒爺のもとで使用人として働いているグーグーは、謎めいた少年フシに、どこか親しみを感じる。
フシ、グーグー、ピオラン、酒爺、そこにお金持ちの一人娘リーンが加わり、一風変わった共同生活が続く。リーンに憧れるグーグーは、戸惑いつつも彼女との暮らしにほのかな期待を抱く。ところがある日、酒爺から自分の体の大きな秘密を知らされたグーグーは…。
兄弟の絆を深めていくフシとグーグー。フシは、これまで出会った雪原の少年やオオカミのジョアン、マーチたちのことをグーグーに話す。グーグーも、フシに「死ぬこと」について教えながら、自分の過去を思い返す。それは、かつて兄とともにお金持ちの家で雇われていた頃、家族の意味に気付かされた時のこと…。
森の中に現れたのは謎の敵“ノッカー”だった。敵はマーチの器を奪いとり、植物のツルのような無数の触手を伸ばしてフシたちを追い詰める。フシとグーグーは互いを守りながら懸命に戦うが、絶体絶命のピンチに。グーグーはノッカーの弱みに気付き、自分にしかできない攻撃方法を思いつく。
ノッカーとの戦いから４年の歳月が流れ、フシとグーグーはたくましい青年へと成長した。グーグーは生き別れた兄と再会。そしてリーンの屋敷で開かれる、16歳の誕生日パーティーに招かれる。親が決めた相手と結婚しなければならないリーンは、その胸中をフシに打ち明けるのだった。
グーグーとリーン。ついに二人の心が通い合おうとしたとき、屋敷にノッカーが現れた。華やかなパーティー会場を揺れが襲い、招待客たちは悲鳴をあげながら逃げまどう。フシはおびえる人々を外へと逃がし、グーグーとともにノッカーに挑む。そしてフシは、自分ではない、誰かの激しい痛みを感じる…。
酒爺たちに別れを告げたフシは、タクナハの地をひとりさまよっていた。道すがら、観察者に自分の存在理由や生き残った意味を問いかけるが、満足な答えは返ってこない。やがてフシを追って、ある人が旅に合流する。そしてフシは、マーチの器と記憶がノッカーに奪われたことに気付かされて…。
スカイフィッシュ号の案内役、少女トナリに導かれジャナンダ島へやってきたフシ。そこは凶悪殺人犯たちを囚人として集めた島だった。囚人たちは望みをかなえるために、闘技場で殺しあうという。離れ離れになったピオランを救いたいフシは、闘技場で戦い続ける。
バーサーカーとの戦いの最中、ニナンナの少女パロナの姿に変身したフシ。その意味を悟り、ショックを受ける。トナリはそんなフシを仲間に引き入れようと、ピオラン救出への協力を申し出る。明るいがとらえどころのないトナリをフシはまだ信じきれずにいたが、再び闘技場での戦いに身を投じていく…。
ノッカーとの戦いに辛くも勝利を収めたフシ。トナリやジャナンダ島民との共闘は、フシの心に変化をもたらした。その夜、フシは子どもたちと一緒に火を囲み、それぞれの夢を語りあう。トナリもまた、自分の過去に思いをはせる。そして次はいよいよ島からの脱出をかけた決勝戦。その戦いの場に現れたのは…。
フシを倒し優勝したハヤセは、ジャナンダの島民たちに意外な提案をする。眠らせたフシを連行し、いよいよ我が物にしようと企むハヤセ。そこへ、フシを助け出そうとやってきたトナリとその仲間たち。無敵のハヤセに果敢にも挑む子どもたちだったが…。
囚われの身となったフシを救出するため、トナリはひとりジャナンダ島へ戻った。二人は再び島を脱出しようとするが、海が荒れたため洞窟で一夜を過ごす。トナリは思いを語り、二人は心を通わせる。翌朝、観察者によってノッカーの出現が知らされた。そしてジャナンダの街には、信じられない光景が広がり…。
フシは島民たちを守るため、次々と現れる死体に乗り移ったノッカーの集団と戦う。しかし仲間たちの命の火が次々と消えていく。大切な人を助けられない自分自身を呪うフシ。一方、トナリとサンデルの前にはハヤセが立ちふさがり、フシにある決断を迫る。
フシはトナリたちに別れを告げ、ピオランが待つゼダンの港へと戻る。しかし、ノッカーを引き寄せてしまう自分の存在は、ピオランに危険を与えてしまう。もう会わない方がいいのではないか。ピオランを案じてなかなか再会できずにいたフシだったが…。
老婆ピオランとの別れから40年。不死身のフシはたったひとり、孤独で退屈な島での日々を過ごしていた。「もう誰にも会わない」そう決めたはずのフシの前に、ヤノメ国の少女・ヒサメが現れる。彼女は言う。「私はハヤセの生まれ変わりなのだ」と……。再び動き出したノッカーの脅威から罪なき人々を救うため、フシはヒサメたち『守護団』と行動をともにすることにした。
窮地のフシを救ったのは、かつての仲間・ジャナンダのトナリだった。トナリはフシに自分の素性を明かそうとはせず、ただ「これまで出会ってきた人の顔を見せてほしい」と願う。フシが変身できるのは、この世を去った人の姿だけ。誰かに変身するたびに死を悟り悲しむフシを、トナリは静かに見守るのだった。一方、ノッカーとともに森に逃げ込んだヒサメは……。
居場所を転々としながら仲間を探すフシのもとへ、守護団はたびたび現れた。ハヤセの6代目継承者・カハクが訪ねてきた時、街にはフシを異端とするベネット教が広まっていた。守護団に同行することを決めたフシは、訪れた村々で々で奇蹟を起こしながら旅を続ける。ところがある日、ウラリス王国のボンシェン王子に捕らえられ、カハクとともにウラリス城へと連行されてしまう。
「新しい世界を与えてやる」ボンシェン王子の言葉に、わずかな感動を覚えたフシ。フシは王子の妹のポコア、付き人のトドとも知り合う。だが、このままウラリスに留まるとノッカーが襲ってくるかもしれない。フシは再び旅に出ることを決めボンシェンに告げると、彼はフシの旅に付いていくと言い出した。不敵に微笑む王子の瞳には、どんな景色が見えているのか。彼は味方か、それとも……。
ノッカーを倒しながら各地をめぐり、順調に支持者を集めていくフシたち一行。旅の途中で立ち寄ったイルサリタ国ウガ城で、フシは城主の娘・アンナを生き返らせてほしいと頼まれる。死んだ人間を蘇らせることはできない。フシは自分の能力の証明としてアンナの姿に変身し、その抜け殻だけを置いて城を後にした。追いかけようとしたボンシェン王子は、城で信じられない事態に直面する……。
野営地の夜、カハクに求婚され戸惑うフシ。フシ自身の意思とは別に、パロナの体はカハクの抱擁に拒否反応を起こしてしまう。カハクは、かつて自分の先祖・ハヤセがパロナを殺めていたことを知り、自分の愚かさを恥じるのだった。フシたち一行は、次の目的地・エンタスで歓待を受ける。ところが、その街にはフシを悪魔と信じるベネット教の大教督・サイリーラが待ち構えていた……。
溶けた鉄に焼かれ、肉体の崩壊と再生を繰り返すフシ。一方その頃、ベネット教によって捕らえられたボンシェン王子とトドは、パンを盗んだ罪で同じ檻に入れられた少年・チャボの境遇を聞く。ベネット教の異端審問は何日も続き、3人は疲弊していく。大教督・サイリーラの目的は、フシを悪魔の使いだと認めさせることだった。フシを守るため、ボンシェンは大きな決断をする。
大観衆が見守る中、死刑台のボンシェン王子めがけてギロチンの刃が落とされた。大教督・サイリーラは勝ち誇る。ボンシェン王子は死に、フシはベネット教によって異端と認定されたのだ。程なくして王子の死の知らせが各地へ届き、ウラリス王国は悲しみに包まれた。フシたちは再び旅立つことを決める。そして、カハクの左腕のノッカーが自らの目的を語り始めた……。
ノッカーの猛攻撃を受けたベネット教の総本山。フシは市民を逃がすために奮闘するが、戦闘は苛烈を極め、一度に多くの器を奪われてしまう。守れなかった人々の墓標を前に、フシは己の無力さを痛感するのだった。ノッカーから皆を守るためには、もっと強くならなければならない。さらなる成長を望むフシに、観察者が道を指し示す。
ノッカーがソニア国の王都レンリルを襲撃するまであと1年。レンリルの王女・アルメに謁見したが、警戒され信頼を得ることができない。修行の合間に街へと出かけたフシは、見世物小屋で土器人の少女を助け、船で一緒に暮らし始めた。フシは言葉を話さない少女に「エコ」という名前を付ける。エコとの土器を介した会話にヒントを得たフシは、船と一体化し、自らの感覚野を広げていく。
船での修行を終えたフシは、王都レンリルに降り立つ。ノッカーは、この平和で美しい都市を襲うと予告した。フシは半年後に向けて、気を引き締める。その頃、ウラリス王国ではレンリルへの出兵準備が整わんとしていた。ついにフシのもとに新たな仲間が集う。カイ、ハイロ、メサール。三人に課せられた役割を知り、フシは思い悩む。
王都レンリルを守るには、すべての民の信頼を勝ち取る必要がある。市民兵に接触し、交流を深めるハイロ。ハイロはフシに、ベネット教の手で「悪魔つきの子」として育てられた過去を語る。一方、メサールは城に出入りし、王女アルメにゲームを持ちかける。新たな仲間たちの協力を得たフシは、素性を隠した「賢者」として着実に街を作り替えていく。
メサールが王女アルメから手に入れたのは、王都レンリルの地下水路の地図。広大な水の道は、ノッカーの侵入経路になりうる。地下に鉄板を張り巡らし、地上の家々を作り替え、防壁を築く。昼夜問わず働くフシの身体には、徐々に疲労がたまっていく。さらに、「賢者」の正体がベネット教に封印されたはずの悪魔フシであることが、市民に露見してしまい……。
ともに戦う。まっすぐなフシの決意が、市民に伝わった。王女アルメは、正体を明かしたフシを国王のもとへ案内する。やがて、ポコアたちウラリスの面々もレンリルに到着。ウラリス兵、レンリル兵の助けを借りて、王都防衛の準備は順調に進んだ。ノッカーとの決戦の日を前に、カイ、ハイロ、メサールは、運命の選択を迫られる。
戦いの火ぶたは切られた。レンリルには決して入らせまいと、フシは強化した能力でノッカーを撃退。状況は優勢に思えたが、敵は見えない場所から凶悪な一手を仕掛けていた。戦いが長引くにつれ、フシの身体に限界が迫る。その傍らで、いつかの少女が目を覚ました。
三人の死は、フシに強い怒りと深い悲しみをもたらした。目覚めたフシは、鬼神のごとき勢いでノッカーの群れを殲滅する。一人きりで戦況を覆そうともがくフシだったが、ノッカーの罠に囚われてしまう。絶体絶命の危機に現れたのは、復活した「駒」。不死身なのは、フシだけではなかった。
フシだけが、生きる痛みから逃げられない。カハクはそれを「呪い」と言った。不死身の秘密を握るボンシェンを、カハクが追及する。フシの人間性を守りたい。二人の意見は同じようでいて、相容れることはない。それぞれの守るべきもののために、戦いは続く。混迷極まる戦場で、メサールは王女アルメを探していた。
ついに、フシが消えた。フシの器はすべてノッカーに奪われてしまった。夜の闇がレンリルを覆い、街にはノッカーの砲弾の音だけが響く。異変を察知し、フシを探すボンシェンの前に、二百年前の生贄の少女が現れる。不死身のフシは死んだのか。少女が示した場所で、待っていたのは……。
それははじめ、球だった。ただの球ではない。ありとあらゆるものの姿を写し取り、変化することができる。フシは、はじまりの姿に戻った。確信は無い。だが、希望は残されている。ボンシェンは、フシのために命をかけた。ノッカーとの決着をつけるため、不死身の仲間が立ち上がる。
王都レンリルに夜明けが訪れた。 恐ろしいノッカーは去り、市民たちは取り戻した平和に歓喜する。戦いの後始末を終え、ようやく訪れた休息のとき。仲間たちは口々に夢を語り合う。 フシには新たな目標ができていた。やがて仲間たちは、それぞれの道を選択する。カハクもまた……。 時の流れの果てに、待つものとは。
