Tobie vit une enfance insouciante et heureuse dans les Cimes, quand lui et sa famille sont condamnés à l’exil, parce que son père, Sim Lolness, refuse de livrer le secret de son invention géniale : Balaïna.
Arrivé dans les Basses Branches, région de l’Arbre réputée sauvage et hostile, Tobie découvre une nature magnifique, où il se sent chez lui. Il fait la rencontre d'Elisha, une jeune fille de son âge.
En remontant dans les Cimes, Tobie et ses parents tombent dans un piège de Jo Mitch.
Tobie se retrouve seul, sans ami, sans famille, traqué par tout son peuple. Mais le destin de l’Arbre est entre ses mains, et Tobie doit le mettre en sécurité, dans les Basses Branches.
Tobie est fait prisonnier et enfermé au Cratère, à la merci d’un chefaillon aussi cruel que stupide.
Tobie et Mano fuient vers les Basses Branches. De son côté, Elisha est partie à la recherche de Tobie.
Les hommes de Jo Mitch fouillent les Basses Branches et Tobie doit vivre caché, partageant ce secret seulement avec Elisha.
Tobie survit dans sa grotte, grâce notamment à Elisha qui lui tient compagnie à distance et le protège. Mais une avalanche les séparent définitivement.
Tobie et Elisha préparent le casse du siècle pour pénétrer dans la prison de Tomble et sauver les parents de Tobie, qui vont être exécutés dans quelques jours.
Tobie parvient à pénétrer dans Tomble pour tenter de sauver ses parents, mais il tombe dans un piège.
Tobie atterrit dans la Prairie et rencontre les habitants des Herbes, les « Pelés ».
Tobie devient peu à peu Petit Arbre et se construit une nouvelle vie. Mais d'importantes nouvelles de l'Arbre lui parviennent, et il décide d'y retourner.
De retour dans l’Arbre, Tobie apprend qu’Elisha a survécu à sa chute ! Mais il découvre aussi le trafic des Pelés. Jo Mitch a pris le pouvoir et, seul, Tobie n’est pas de taille à lutter. Il a besoin d’un allié.
Tobie va trouver le bûcheron Nils Amen, qui l’a aidé pendant sa fuite… mais celui-ci est en train de collaborer avec Jo Mitch ! En vérité Nils Amen joue double jeu, pour protéger des persécutés. Tobie et Nils se reconnaissent et s’allient.
Tobie se construit une couverture : il apprend le métier de bûcheron, ce qui lui permet de circuler librement dans l’Arbre.
Il s’en sert pour approcher incognito le Cratère, afin de préparer l’évasion de ses parents et de ses amis des Herbes.
Tobie retrouve ses amis des Herbes, et le plan d’évasion est prêt. Mais désormais, le Cratère est séparé en deux par une infranchissable barrière, et ses parents sont dans l'autre camp.
Tobie est démasqué et doit accélérer son plan. Il parvient à s’évader du Cratère avec les Pelés, mais ses parents échouent de leur côté.
Tobie conduit les gens des Herbes en sécurité, dans une maison cachée de Nils Amen. Il apprend qu’Elisha va se fiancer avec Léo Blue…
Tobie fonce dans les Basses Branches, pour rejoindre Elisha. Il affronte Léo dans un duel terrifiant. Elisha a des choses à leur révéler.
Tobie remonte dans l’Arbre pour innocenter Nils Amen, que son peuple de bûcherons accuse de trahison.
Tobie rallie les bûcherons à sa cause et ensemble, ils marchent vers le Cratère.
Jo Mitch et Tigre se sont échappés avec Sim et Maïa, les parents de Tobie. Tout le monde dans l’Arbre les recherche. Tobie et Elisha retrouvent leur piste, qui les mène dans les cimes de l’Arbre.
Tobie rallie le peuple des Cimes à sa cause, Jo Mitch et Tigre se retranchent dans un œuf, avec Sim et Maïa en otage. Léo sauve Sim, et Jo Mitch est précipité dans le vide.
Tobie affronte Tigre puis, avec Elisha et Léo, il descend dans la Prairie. Jo Mitch a survécu et il a allumé un feu qui devient vite incontrôlable.
Tobie conduit un groupe de volontaires à travers l’incendie, pour une ultime tentative.