Les Spies sont chargées d'enquêter sur le chanteur Ricky Mathis, devenu célèbre du jour au lendemain, et dont les fans sont étonnamment hystériques, comme hypnotisés. Tout comme eux, Clover a tout de suite le coup de foudre. Pour mener leur enquête, Alex et Sam inflitrent ses concerts en se faisant passer pour un groupe de rock, et découvrent que le manager du chanteur, Phil, semble étrangement impliqué dans l'affaire...
Alors qu'elles s'apprêtent à lui avouer qu'elles le trouvent trop envahissant, les Spies sont surprises de voir que Jerry aurait subitement pris sa retraite, remplacé par un certain Mac Smit... pour preuve, une vidéo que ce dernier leur montre, montrant Jerry jouant au golf... Bien que séduites au premier abord par ce nouveau patron qui les comprend enfin et leur offre des cadeaux, elles finissent par trouver cette situation étrange, après avoir échappé de justesse à plusieurs attentats... à commencer par la vidéo qu'elles ont visionné : est-elle vraie ?
Les voyant épuisées par leurs missions, Jerry se décide enfin à envoyer les Spies en vacances dans une île paradisiaque. Finies les missions, place à la plage, au soleil et aux beaux garçons... mais lorsque l'un deux apprend à Alex que son professeur de sciences a disparu, alors qu'il menait une étude sur le volcan se trouvant au centre de l'île, les vacances se transforment vite en une nouvelle mission d'espionnage...
Trois experts en stratégie militaire se sont fait enlever par un mystérieux cavalier. Les Spies sont chargées de les retrouver tout en déterminant les raisons de l'enlèvement...
En principe, ce sont les enfants qui jouent avec les jouets... mais depuis peu, ce sont les adultes qui retombent en enfance ! Plusieurs personnes se mettent à jouer inconsciemment avec des figurines, des peluches, et semblent totalement hypnotisées par cette nouvelle occupation, au point de délaisser totalement leurs occupations professionnelles respectives. Les Spies vont alors tenter de percer ce mystère...
À Bora-Bora, d'éminents scientifiques perdent subitement la mémoire après avoir été attaquées par d'étranges créatures, des blobs. Les Spies partent alors enquêter sur place afin de découvrir d'où proviennent ces mystérieux êtres vivants...
Tout va mal pour les Spies : elles sembleraient avoir été filmées par une caméra de surveillance, en train de... braquer une banque ! Alerté par la vidéo, Jerry ne tarde pas à les convoquer par surprise, afin de les capturer et de leur implanter une puce électronique dans le cerveau, pour contrôler leur comportement... Les Spies, elles, clament leur innocence, mais le film tiré de la caméra de surveillance les accuse lourdement... qui sont donc ces étranges Spies qui leur ressemblent trait pour trait ? Elles vont tout faire pour le découvrir, quitte à devoir se révolter contre un Jerry obstiné...
Depuis peu, dans divers pays, plusieurs professeurs et scientifiques sont kidnappés dans d'étranges circonstances... Au cours de leur enquête, les Spies, et tout particulièrement Sam, ne tardent pas à établir un étrange lien entre ces enlèvements et.. leurs examens scolaires au lycée ! D'autant plus étrange que ces évènements semblent également coïncider avec l'arrivée d'un nouveau premier de la classe, incollable sur tous les sujets, récemment installé avec son père à Beverly Hills, dans la résidence voisine de celle de Sam...
Une dizaine de top-models a subitement disparu au cours de la Semaine de la Mode. Bien entendu, Jerry charge les Spies de trouver qui est à l'origine de ces enlèvements, et pour quelle raison. Elles ne tardent pas à apprendre l'existence d'un nouveau mannequin qui apparaît physiquement parfait aux yeux de toutes les personnes présentes dans les défilés de mode. Et selon les Spies, une seule personne qui remporte soudainement tous les suffrages de la profession, alors que toutes ses concurrentes ont disparu comme par enchantement, ce n'est pas un hasard...
Les participants d'un jeu télévisé musclé mettant en scène des gladiateurs disparaissent à tour de rôle... naturellement, cela ne paraît pas normal aux yeux du WOOHP, et c'est ainsi que les Spies sont chargées de s'infiltrer dans les coulisses du jeu afin d'élucider ce mystère...
Plusieurs personnes ayant fréquenté le lycée de Silicon Valley, à San Francisco, ont été agressées par des machines. Et à chaque fois, une mystérieuse voix métallique s'est fait entendre, menaçant les victimes de leur infliger une grosse punition... Le plus étrange étant que cette voix semble bien connaître et sélectionner soigneusement ses cibles...
Jerry envoie les Spies en Lyrobie, un pays d'Afrique, afin d'arrêter un complot contre la reine du pays, Tassara, qui a échappé de justesse à un enlèvement. Une fête est organisée le soir même de leur arrivée. Elles décident alors de faire passer Clover pour la reine Tassara, afin de tendre un piège aux ravisseurs. Mais ceux-ci, profitant d'un moment d'inattention de leur part, parviennent à capturer Clover. Au même moment, la sœur de la reine disparaît également... Les Spies, accompagnées de Tassara, décident alors de partir à leur recherche...
Des monuments connus dans le monde entier, tels que la tour Eiffel de Paris, disparaissent dans des circonstances étranges, après avoir été, semblerait-il, miniaturisés par un rayon laser. Et, non content d'absorber les plus grands monuments de la planète, le coupable ne tarde pas à vouloir absorber des villes entières afin d'en contrôler la population...
Il semblerait que de petites créatures extra-terrestres veuillent prendre le contrôle de la planète : un jeune agriculteur a été enlevé sous les yeux de deux de ses collègues, en plein champ de maïs, par une sorte de soucoupe volante... Sam et Clover ont du mal à y croire, surtout que les commentaires des deux témoins restent vagues à ce sujet. Mais l'enquête des Spies va vite les mener à une certaine Sagan Hawking, qui enquêterait également sur cette étrange affaire...
Les passagers d'un paquebot de croisière ont subitement disparu dans l'océan, près d'une île. Jerry charge donc les Spies d'aller sur place afin de découvrir ce que sont devenus les passagers. Sur l'île, elles rencontrent un étrange pêcheur qui dit ne rien avoir vu... mais elles ne tardent pas à s'intéresser à lui, après s'être aperçues que l'île est envahie par d'étranges créatures apparemment mi-humaines, mi-animales...et clover ne tarde pas à comprendre comment ces personnes sont devenus comme celà
Une équipe de pom-pom-girls, les Abeilles, semblerait avoir été enlevée, n'ayant pas participé à l'une des plus grandes compétitions de la profession. Cette équipe, qui remportait tous les prix, semblait susciter la jalousie de toutes les autres : beaucoup de coupables potentielles pour les Spies... Mais suite à cette disparition, une autre équipe se fait connaître et impressionne tout le monde à l'unanimité, à l'exception de Sam, qui trouve que leurs gestes, étonnamment mécaniques, ressemblent étrangement à la chorégraphie des Abeilles...
Toutes les centrales électriques du monde entier explosent les unes après les autres. Il faut faire vite ; Jerry envoie donc les Spies sur le terrain afin d'élucider le mystère. Alors qu'elles explorent les fonds sous-marins à proximité d'un oléoduc, elles tombent nez-à-nez avec une bombe prête à tout faire exploser ! Mais cette bombe est miraculeusement désamorcée par une équipe de trois plongeurs, qui s'avèrent être en fait d'anciennes espionnes du WOOHP : Alice, Pam et Crimson ! À leur retour, Jerry n'en croit pas ses yeux : il désespérait de retrouver ces trois jeunes filles, disparues sept ans plus tôt lors d'une mission en vue de coincer un certain Edison. Fou de joie, il réintègre immédiatement ces trois agents avec l'équipe formée par Alex, Clover et Sam, pour les envoyer à nouveau enquêter, toutes les six, près de l'oléoduc. Mais les trois dernières restent perplexes et méfiantes face à ces "anciennes recrues" subitement tombées du ciel : pourquoi ne se sont-elles pas manifestées pendant sept longues années ? Et comment se sont-elles retrouvées près de l'oléoduc, juste au moment où une bombe était prête à exploser ?
Un individu s'est introduit sur une base militaire secrète pour tenter de dérober une formule d'invisibilité. Jerry demande aux Spies d'enquêter sur place afin de retrouver le mystérieux cambrioleur...
Plusieurs sportifs de haut niveau disparaissent soudainement en pleine compétition après avoir été touchés par un étrange laser bleu. Seul un pilote de course, est parvenu à y échapper... Jerry envoie donc les Spies enquêter sur place afin d'interroger ce pilote. Mais, lors de l'interview, le ravisseur récidive et parvient cette fois-ci à enlever le sportif... ainsi qu'Alex, avant de s'enfuir à moto. Sam et Clover se lancent à sa poursuite...
Sam, Alex et Clover affrontent Lumière, un réalisateur dément, qui a enlevé les plus grandes stars du cinéma pour les obliger à jouer dans son prochain film. Parallèlement, Sam est élue "Élève la plus populaire" et figure dorénavant dans l'annuaire du lycée. Elle rencontre alors les affres de la célébrité...
Plusieurs personnes deviennent instantanément accros aux cookies menthe-chocolat de la Joyeuse Compagnie, et ce, dès la première bouchée. Clover en est bientôt victime, et devient très vite obèse après avoir goûté à ces gâteaux pour les besoins de l'enquête... les Spies vont donc devoir rapidement trouver l'origine de cette accoutumance, d'autant plus que les victimes, en plus de prendre très rapidement du poids, deviennent de plus en plus dépendantes et hystériques lorsqu'elles viennent à manquer de cookies...
Dans le collège d'Oceanside au bord de la cote californienne, plusiers élèves disparaissent mystérieusement, et réaparaissent sous une forme agée. Les spies enquêtent mais c'est au tour d'Alex, qui plus tard, devient une vieille mémé innocente en perdant sa jeunesse...
Les clients de plusieurs centres commerciaux se font kidnapper sans raison apparente, et les boutiques dans lesquelles ils se trouvent sont systématiquement ravagées. Pour mettre fin à ces actes de vandalisme, Jerry envoie les Spies enquêter dans un grand centre commercial au Caire, en Égypte. Mais les personnes présentes dans ce centre commercial ne tardent pas à être faites prisonnières à leur tour ; Clover et Alex parviennent à s'échapper, mais pas Sam, qui disparaît avec les autres clients du centre commercial...
Plusieurs œuvres d'art de très grande valeur disparaissent comme par enchantement. Ou, du moins, c'est ce que laisse entendre la manière avec laquelle elles sont dérobées : comme par magie... Jerry charge les Spies d'aller enquêter à Madrid, en Espagne, où se tient une vente aux enchères d'œuvres d'art très coûteuses... et donc, susceptibles d'intéresser le ravisseur. Et comme prévu, celui-ci ne tarde pas à agir : il dérobe une des œuvres d'art sous les yeux des Spies... Dans le même temps, Jerry leur apprend qu'un seul homme était connu pour être capable de réaliser de tels tours de magie, un certain Kandinski. Le problème, c'est qu'il aurait mystérieusement péri dans un accident en avion, il y a de cela quelques années...
Un sinistre individu projette de geler la planète afin de retourner à l'ère glaciaire. Il espère ainsi effacer les dégâts causés par l'homme à l'environnement. Dans le même temps, la susceptibilité de Clover met un frein à sa réputation... ...
Un bandit remplace les grandes figures de ce monde par des animations afin de transformer la planète en un gigantesque et dangereux parc d'attractions. Sam, quant à elle, affronte sa peur des sports extrêmes...
Alex, faisant partie des victimes enlevées par le réalisateur Lumière, est menacée de mort si ses deux comparses ne se plient pas aux exigeances du brigand.Sam et Clover se lançent à sa poursuite et Lumière décide de les filmer pour son prochain film .
Les filles se rendent en Égypte pour mener une enquête sur un étrange phénomène survenu dans une pyramide, où une équipe d'archéologues aurait été frappée par une malédiction.
Les plus belles filles ayant toutes de très beaux cheveux disparaissent . A priori , la dernière fois ou on peut les voir c'est dans un salon de coiffure . Clover a bien envie d'essayer .
Jerry est devenu complétement fou , il veut anéantir les spies . Mais Jerry est controlé par le docteur V se trouvant dans son corps .Alors les spies emprentent un mini jet et se miniaturises .Elles rentrent dans le corps de Jerry , pour vite trouver le docteur avant que Jerry ne meurt .
Comment se fait-il que l'équipe de Zanzibar, un pays tropical, rafle toutes les médailles aux Jeux olympiques d'hiver?
Une effroyable chaleur s'abat sur certains sites du globe. Même la banquise se met à fondre. Les Spies sont chargées de découvrir qui est à l'origine de ce brusque réchauffement climatique... Les espionnes mènent l'enquête et trouvent sous cette cachette une top model voulant que le monde achète ses produits capillaires .
Un nombre incalculable d'hommes quittent soudainement leurs épouses sans crier gare. Sam, Clover et Alex découvrent que le parfum "Possession", créé par la française Nathalie Valentine, est à l'origine de ce phénomène...
Afin de relancer leur carrière, un groupe d'anciennes stars de la chanson volent les visages des Teensicles, le boys band le plus en vogue de Beverly Hills. De son côté, Mandy exhibe son nouveau tatouage et critique Alex auprès de son entourage...
Sam se lance dans une grève de la faim pour protester contre le renvoi de l'employée de la cafétéria, madame Muckle. Dans le même temps, quand des tsunamis commencent à balayer les stations balnéaires les plus populaires, le Woohp envoie les Spies enquêter. Elles découvrent que les raz-de-marée sont le fait d'un seul homme : Frankie Dude, un ancien champion de surf, qui projette de rendre aux plages leur état naturel...
Sam, Alex et Clover offrent un week-end dans un centre de remise en forme à leurs mères respectives à l'occasion de la fête des mères. Seulement, une fois sur place, les Spies s'aperçoivent que leurs mamans se comportent de façon plus qu'étrange...
Clover est punie par sa mère, qui lui interdit de sortir de sa chambre. Dans le même temps, des enfants disparaissent mystérieusement. Sam, Alex et Clover, qui tente tant bien que mal d'assister ses comparses dans leur enquête, découvrent qu'un animateur d'émissions télévisées est à l'origine de ces enlèvements...
Mission très officielle à la Maison Blanche pour Sam, Alex et Clover, qui sont chargées de veiller sur la sécurité de la fille du président.Elle s'appelle Madison.Mais elle est kidnappée.La raviseuse demande une rançon:libérer Madison contre un fou dangereux
Ariel dirige "Les Femmes catcheuses", un groupe de filles très imposantes. Elle ambitionne d'accroître son "armée de combattantes" pour prendre possession du monde. Les Spies sont chargées de contrecarrer ses plans...
Certaines personnes deviennent folles et détruisent tout car elles sont hypnotisées par une musique . Tout commence d'abord par le roller disco d'Alex et cela ne va faire qu'empirer.Mais c'est un fou dangereux qui c'est échappé de prison(voir On connait la musique)
Un jeune acteur d'hollywood a disparu juste après le tournage d'un film . Clover est sous le charme , elle va devoir le remplacer ! Mais pas pour longtemps ...
Un naturaliste, las des traitements scientifiques infligés aux animaux de zoo, élabore un plan destiné à accroître leur intelligence, dans l'espoir d'en faire l'espèce dominante de la planète...
C'est fou ça ! Des gens disparaissent sans presque aucune trace et tous disparaissent dans une mystérieuse foret ! La foret ne bouge pas elle n'y peut rien , quoi que ...
Depuis quelque temps, Alex multiplie les erreurs au cours de ses missions. Elle remet ses compétences d'espionne en question. Sa détresse est d'autant plus grande lorsque Jerry lui présente une nouvelle recrue, Britney. Terrassée par un nouvel échec lors d'une intervention, elle décide de démissionner... Mais voilà pour Jerry les missions compte avant tout et il renvoit donc Sam, Clover et Britney en mission.Pendant l'enquête les spies se font kidnaper et c'est Alex a la surprise générale qui vient les sauver grâce au signal de détresse envoyé par Sam.La plus jeune des spies reprend donc sa place et les spies sont a nouveau au complet en comptant Britney en plus.
En Angleterre, certains membres de la jet-set changent soudainement de comportement. Dans le même temps, Sam, Alex et Clover suivent une piste et enquêtent sur les allées et venues du docteur Gray, un étrange psychanaliste. Jerry, quant à lui, apprend qu'il va être nommé chevalier par la reine d'Angleterre...
Après une course poursuite dans un immeuble , un méchant enferme les Spies dans un ascenseur . Aucune issue , les Spies se retrouve bloquées .Puisque il n'y a rien à faire , faisons un point sur le WOOHP .Souvenirs , relations et autres sont dans cet épisode . A ne pas loupé !
Avec leur lycée , Sam Alex et Clover partent en classe de neige au ski . Lorsqu'un jour Mandy se fait enlevé par un certain docteur Gelé ...
C'est nouveau au centre commercial , il y a une machine qui sert à trouver le garçon le plus mignon qui vous plait . Toutes les filles trouvent un garçon sympa mais à plusieurs têtes ...
Un jeu télévisé rend les gens complètement gaga ! On dirait qu'ils n'ont plus de mémoire !
Une superbe marque de vêtement est en rayon ! Bonjour le shopping ! Les spies adorent tout ce qui est stylé et elles en profites ! Mais attention à pas trop acheter ...
Des personnes ont volé des puces électroniques ! Seul piste , un tout petit casque venant d'une usine de jouets ! Les jouets auraient donc prie vie ...
Un jeune acteur d'hollywood a disparu juste après le tournage d'un film . Clover est sous le charme , elle va devoir le remplacer ! Mais pas pour longtemps ...
Alors que leurs parents sont partis en Europe, les Spies emménagent dans une nouvelle villa à Beverly Hills, où elle vivront ensemble. Dans le même temps, il y a du changement au WOOHP : le bureau de Jerry a été entièrement refait. Maintenant, il a même sa propre assistante : G.L.A.D.I.S. Elle leur annonce qu'un mystérieux voleur a dérobé des gadgets high-tech dans plusieurs laboratoires secrets. Les Spies sont dépêchées sur place pour mener l'enquête. Alors qu'elles essaient de prendre le malfaiteur sur le fait, soudain, leur univers se retrouve sens dessus dessous – littéralement.
Lorsqu'une série de disparitions est soudain signalée dans la région de Toronto, Jerry met les filles sur le coup. Leur enquête les conduit jusqu'à un étrange et nouveau cirque itinérant. Il est rempli de toutes sortes de créatures extraordinaires (des personnes qui ont été kidnappées et changées en mutants bizarres par un inquiétant palais des glaces). Alors que Sam trouve un morceau de glace du palais des glaces du cirque, sa main se transforme en pince de crabe. Lorsqu'une jeune fille se fait enlever dans un manège, Sam Alex et Clover montent dans le manège et se retrouvent devant le palais des glaces et celui qui transforme les gens en mutant est un homme né avec 4 bras et qui veut transformer toute la population en créatures de foire. Alors qu'il s’apprête à faire passer la jeune fille et les Spies à travers le palais des glaces, Sam arrive à s'échapper mais Clover est transformée en éléphant et Alex en poisson puis elles se font enlever par l'homme à 4 bras. Sam doit les sauver et empêcher l'homme de transformer la population en mutant.
Un concepteur de logiciels malfaisant a mis au point un virus informatique qui transforme tous ceux qui y sont exposés en disciples loyaux, de vrais cyber-zombies (les victimes sont contaminées par leur ordinateur, leur assistant numérique personnel, leur téléphone portable et même les gadgets électroniques des Totally Spies). En enquêtant, les cyber-zombies arrivent à kidnapper Clover...
Les Spies vont enquêter sur la chute inhabituelle de météorites énormes et très rapides un peu partout sur Terre. Leur enquête les conduit jusqu'à une station spatiale (genre "Moonraker") où elles découvrent le méchant (qui s'avère être une méchante) - une "astrologue des stars" mécontente, furieuse de ne pas avoir été choisie pour participer à un lancement de navette spatiale. Dans le même temps, Jerry a engagé Myrna de La Perrinne, une nounou d'enfer (et ex-agent du WOOP) très envahissante pour veiller sur les Spies.
"Das Coffeehaus", une toute nouvelle chaîne de cafés ultra-chics, ouvre ses portes et devient aussitôt la coqueluche des milieux branchés... littéralement en une nuit. La spécialité de la maison est un plongeon dans le "Perkolator 9 000," une incroyable machine qui submerge les clients dans un bain de café intégral. Il suffit d'un plongeon pour être accro. Lorsqu'on signale la disparition de plusieurs clients, Jerry envoie les Spies enquêter. Mais Mandy qui s'est fait "Woohper" par accident, devient une espionne et fait partie de l'équipe de Sam, Clover et Alex... Sam plonge accidentelement dans le "Perkolator 9 000," et disparaît a son tour...
Lorsqu'un beau jour, les Spies ne trouvent plus le Q.G. de WOOHP, elles découvrent qu'un malfaiteur a remonté le temps pour persuader Jerry, plus jeune, de s'associer avec lui pour lancer un WOOHP d'un tout autre genre, une organisation mondiale pour répandre le Mal. À leur tour, les filles devront voyager dans le temps et remettre Jerry dans la bonne voie. En intrigue secondaire, Clover explore la dernière tendance : les rencontres express hypersoniques.
Une princesse riche et puissante ("princesse" dans le sens "sale gamine gâtée", pas dans le sens "noble") kidnappe des athlètes de haut niveau, des mannequins, etc. dans le monde entier afin de les enfermer dans son "zoo humain" (situé sur son île privée, naturellement) pour son propre divertissement. Les Spies se rendent sur place pour enquêter.
Un ancien malfaiteur qui a vu ses plans contrecarrés par les Spies, Tim Scam, cherche à se venger d'elles. Pour mettre son projet à exécution, il a fabriqué un "robot morpheur" (genre Terminator 2), qui peut prendre sans effort l'apparence de n'importe quel être humain.
Dans le monde entier, des mordus de sport se mettent à se comporter de façon étrange (c'est-à-dire à développer des muscles énormes, à avoir la peau qui vire à une couleur bizarre, à avoir une force surhumaine et un sale caractère de plus en plus difficile à maîtriser). Jerry met les Spies sur l'affaire.
Arnold se retrouve accidentellement en possession d'une pierre magique qui aspire tout le côté "cool" des gens (pour les changer en gros nazes) et fait d'Arnold un mec hyper cool. Les Spies parviendront-elles à l'arrêter avant qu'il transforme l'humanité tout entière en neuneus ? En intrigue secondaire, Arnold se présente comme délégué de classe.
Un dentiste, autrefois de renommée mondiale, veut se venger de ceux qui ont coulé son cabinet. Armé de matériel dentaire bizarre, il transforme ses anciens clients en véritables désastres dentaires. En enquêtant sur son ancien cabinet, Sam se fait enlever par une ex-cliente. En même temps, Mandy se retrouve "ruinée".
Lorsque Jerry WOOHPe les Spies au beau milieu d'une démonstration maison de manucure-pédicure (grâce à Clover, voir l'intrigue secondaire), elles sont aussitôt persuadées que l'affaire est grave et c'est le cas... Britney a été enlevée sur une île peuplée des criminels les plus dangereux arrêtés par le WOOHP !
Les Spies enquêtent sur une étrange maladie qui a mystérieusement fait perdre tous leurs talents à de nombreux ados (danseurs, skateboardeurs, chanteurs, etc.). Les Spies remontent la piste de ce phénomène jusqu'à une colonie de jeunes talents, où les ados se rendent pour se perfectionner. Les filles s'y rendent clandestinement et découvrent qu'une vilaine méchante hyper-aigrie attire les ados dans sa colonie avec la promesse de leur faire rencontrer des dénicheurs de talents qui leur feront signer des contrats mirobolants.
C'est Noël et WOOHP a organisé sa fête annuelle. Les Spies sont loin d'être ravies : comme toutes les fêtes de WOOHP, elles sont obligées d'y assister. La soirée est encore plus ennuyeuse que prévu : Jerry les coince et les oblige à écouter le récit nostalgique et interminable de ses années de jeunesse (lorsqu'il était lui-même un agent sur le terrain). Mais, comme tout ce qui se passe au sein de WOOHP, la fête ne reste pas longtemps monotone.
Lorsque Sam et Alex se rendent compte que Clover ne fait pas sa part du travail lors des missions, elles lui demandent des explications. "J'y peux rien si ma vie sociale super-active déborde sur ma vie d'espionne !" réplique-t-elle. Au cours de la mission suivante, Sam et Alex perdent la trace de Clover. Lorsqu'elles la retrouvent, elles découvrent que celle-ci a vaincu le méchant à elle toute seule. Mais en fait, elle a été manipulée par une ancienne prisonnière du WOOHP…
Un hélicoptère atterrit sur le toit de l'appartement des Spies, C'est l'avion international d'un concours, Clover découvre qu'elle a gagné le concours, elle doit partir en avion pour aller à Paris, elle rencontre des stars tout ça. Elle appelle Sam et Alex car elle croit qu'il y a un maniaque dans l'avion...
Lorsque des installations gouvernementales secrètes sont envahies par des forces mystérieuses et invisibles, les Spies sont chargées d'enquêter. Elles font une étonnante découverte : apparemment, des insectes ont été entraînés par Max Exterminus, un ancien magnat de la désinsectisation, qui projette de détruire la race humaine.
C’est la panique à Hollywood ! Acteurs, chanteurs et autres célébrités disparaissent mystérieusement. Les Spies, Sam, Alex et Clover sont chargées de mener l’enquête. Elles vont alors découvrir que le coupable est le rédacteur en chef d’un journal à scandale.
Les Spies arrivent au WOOHP et découvrent un endroit, comment dire- différent... agréable... apaisant. Jerry leur révèle que c'est grâce à Liu Wang, le tout nouveau conseiller/gourou du WOOHP en matière de Feng Shui ! "Il est là pour nous rendre tous plus productifs... heureux... équilibrés". Malheureusement, le gourou ne fait que profiter de la Zen attitude de Jerry...
Jerry convoque les Spies pour leur annoncer qu'il va se marier avec Myrna de La Perrinne, leur ancienne nounou (épisode "La Menace de l'espace", saison 3). Il leur confie la mission d'être les demoiselles d'honneur de ce mariage. Mais alors que Alex et Clover sont très enthousiasmées, Sam trouve bizarre que Jerry épouse une femme qu'il connaît à peine. Après que Jerry ait échappé à la chute d'une falaise, Sam enquête dans la villa de ce dernier et découvre qu'il est manipulé par une bague spéciale. En fait, Myrna ne cherche qu'à se débarrasser de Jerry pour prendre sa place au WOOP. Les Spies parviendront-elles à l'arrêter à temps ?
Clover est de corvée de baby-sitting : elle doit garder Chucky, le fils insupportable de la meilleure amie de sa mère, le soir de Halloween. Heureusement, elle parvient à convaincre Sam et Alex de lui tenir compagnie, pour rendre sa soirée moins désagréable. Après avoir reçu une série de coups de téléphone anonymes à leur donner la chair de poule, les filles emmènent Chucky lors de la chasse aux bonbons dans l'inquiétante résidence où il habite, protégée par des barrières. Bizarrement, aucun des voisins ne semble être chez lui.
Lorsque Jerry envoie les Spies enquêter sur une série d'enlèvement à Beverly Hills, elles assistent impuissantes à celui de... Mandy. Grâce à une emprunte laissée par les ravisseurs, elles parviennent à remonter la piste jusqu'à leur ancien club de fitness dirigé par Shirley (visible au début de l'épisode "Le Boys Band Fou" de la saison 2). Après s'être fait enlevé par Mandy hyptonisée, elles découvrent que la directrice fait passer ses victimes dans un portail, leur conférant une force surhumaine que même les Spies n'arrivent pas à vaincre. Arriveront-elles à empêcher Shirley d'hypnotiser tout Los Angeles ?
Un méchant, qui aspire à être la personne la plus évoluée et la plus intelligente sur Terre, invente un appareil loufoque qui fait littéralement rétrécir le cerveau des gens et les fait régresser à un stade primitif. En substance, il transforme tous les êtres humains en hommes préhistoriques.
À présent on ne les appellera plus les Spies mais Superspies. Elles ont eu une promotion et doivent accomplir plusieurs petites missions pour l'avoir, avec leur nouveau partenaire Dean. Mais au cours de leur stage, leur hôte Terence change de ton et leur ordonne d'éliminer Jerry, contre la vie de leur nouvel ami.
Terence a dit son plan, qui est d'ailleurs diabolique. Les Spies doivent récupérer une puce électronique dans le corps de Jerry, avant le tuer. Sur place à Los Angeles, non pas repérées par Terence, les Spies rencontrent Jerry. Ils forment un plan mais celui-ci tourne mal lorsque Jerry disparaît dans les profondeurs de la mer. En rentrant au centre d'entraînement, les Spies apprennent que Dean est un agent double et qu'il travaille aux côtés de Terence. Elles se retrouvent piégées mais un hélico les récupère in-extremis. Mais qui est le pilote ?
Le pilote de l'hélicoptère est... Jerry, sauvé par une combinaison de plongée. Ce dernier pense que Terence compte s'emparer d'un de ses plus vieux projets : le projet "espion droÏde", consistant à créer des espions robotisés. Le retrouvant dans un centre secret, il annonce aux Spies que Terence est son frère jumeau. Il compte se venger de son frère l'ayant accusé à tors de tricherie à un examen. Il veut détruire le WOOHP pour le remplacer par une organisation de malfaisants. Le WOOHP sera-t-il sauvé à temps par Clover‚ Sam‚ Alex et Jerry ?
Terence s'évade du WOOHP et libère par la même occasion plusieurs des anciens ennemis jurés des Spies. Ces malfrats se réunissent dans un repaire secret, où Terence leur annonce qu'ils sont tous invités à faire partie de son gang, qui se fera appeler les NULOS. Myrna de La Perrinne, recrutée dans le groupe, trouve un plan pour les éliminer...
En jouant avec la nouvelle machine à remonter le temps de Jerry (qu'elles prennent pour un jeu vidéo ultra-cool), les Spies se propulsent sans le faire exprès 25 ans plus tard, dans le futur ! Au début, elles trouvent ça génial (elles adorent la mode qu'on trouvera dans le futur dans leurs boutiques préférées à Beverly Hills) - jusqu'à ce qu'elles se rendent compte que Mandy est une super-criminelle toute-puissante qui contrôle tous les médias, et a emprisonnée les Spies du futur!
Surprise : en arrivant au Woohp, les filles découvrent que Jerry est parti à la retraite ! A sa place trône maintenant Mac Smit, un séduisant trentenaire, charismatique, intelligent, qui ne laisse pas Sam indifférente ! Quand des choses bizarres surviennent, pour les filles, c'est clair : on en veut à Mac ! Elles décident alors de mener l'enquête ! D'indice en indice, elles finissent par s'apercevoir que c'est Mac lui-même qui tire les ficelles de ces magouilles ! Son plan ? Utiliser un Evapo-Blaster, un appareil qu'il a conçu quand il travaillait encore pour le Woohp, afin d'assécher la planète !
Lors d'une excursion d'un week-end sur la côte Californienne, au nord de Los Angeles, la nouvelle voiture des Spies tombe en panne dans une petite ville côtière apparemment idyllique, protégée par des grilles, et appelé le Paradis de l'Océan - pour faire court, "Le P.O.". Au début, les Spies adorent l'endroit - mais, lorsqu'elles font la connaissance de plusieurs ados qui semblent trop parfaits pour être vrais, elles commencent à changer radicalement d'avis.
Lorsque le bulletin d'Alex révèle une série de notes pas terribles, ses parents l'informent qu'ils la transfèrent à l'Académie Dorsale - un excellent pensionnat en Angleterre. Le fait d'y inscrire Alex leur permettra non seulement de la surveiller de plus près (puisque l'école se trouve près de l'endroit où ils vivent), mais cela leur garantit également que ses notes vont remonter (cette école est réputée pour former les élèves les plus intelligents du monde). Alex dit adieu à Clover et Sam et part, la mort dans l'âme. Malheureusement, cette école, et surtout les étudiants sont...assez étranges et Alex se fait mystérieusement enlevée .
Les Spies sont envoyées en mission pour enquêter sur une série d'événements bizarres : un homme mystérieux semble "zapper" ses victimes à l'aide d'un accordéon (!), qui leur fait perdre la voix. Tandis que le phénomène empire (même Sam et Alex perdent la voix), le monde est au bord de la rupture totale de communication ! Les Spies finissent par découvrir que le coupable est un mime malfaisant, dont l'objectif est de forcer le monde entier (qui n'a jamais apprécié son art à sa juste valeur) à mimer pour communiquer.
Revoilà cette merveilleuse époque de l'année : le moment du couronnement de la nouvelle Miss Beverly Hills (un honneur qui s'accompagne d'une bourse d'études, d'une voiture décapotable flambant neuve et du droit de se pavaner pendant un an). Parmi les candidates pleines d'espoir de cette année, on trouve Mandy et Clover. Mais, pour le concours, Mandy semble anormalement grande...
Terence, le sinistre frère de Jerry, fait de nouveau des siennes. Cette fois-ci, avec l'aide de Tim Scam, il a créé un appareil inquiétant qui permet d'extraire la moitié de son propre potentiel maléfique- et de le transférer directement à Jerry (en fait, il injecte ce "potentiel" dans des chocolats qu'il envoie à Jerry) ! Heureusement, les Spies remarquent que Jerry commence à se comporter de façon étrange. Mais Jerry, enervé, libère tous les prisonniers du WOOHP ! Entre temps les NULOS prennent le contrôle du WOOHP ! Les Spies interviennent a temps mais ne netralisent qu'une partie des NULOS.
Jerry est contacté par un producteur de Hollywood haut en couleur qui lui propose d'être la star d'un film d'espionnage à gros budget, dans le genre James Bond. Jerry ne peut pas résister : après tout, jouer la comédie a toujours été son rêve depuis l'université, où il avait suivi une UV de comédie musicale. Jerry décide donc de laisser Sam, Clover et Alex aux commandes du WOOHP, pendant qu'il ira réaliser son rêve de jeunesse : devenir un acteur !
Alors que les Spies sont en train d'effectuer une mission de routine pour arrêter le cambriolage d'une banque, elles remarquent quelque chose de très bizarre : quelqu'un en costume de super-héros cousu main essaie lui aussi d'arrêter le voleur. Et ce qui est encore plus étrange que son costume ridicule et ses gadgets primitifs, c'est que ce "super-héros" fait maison n'est autre que Arnold ! Après sa mission raté, il semble que les Spies ne soient pas seules à l'épier...
Lorsque des adolescentes commencent à disparaître dans la région de Beverly Hills, Jerry envoie Sam, Clover et Alex mener l'enquête. Celles-ci découvrent qu'un manucure malfaisant est en train de mettre sur pied une armée maléfique d'adolescentes manucurées pour éliminer le réseau le plus populaire de boutiques de soins des mains et des pieds de la région.
Lorsque Jerry informe les Spies qu'il leur offre de petites vacances sur le nouveau paquebot de croisière du WOOHP, celles-ci sont complètement survoltées : ce paquebot est un bateau luxueux, ultra-moderne, conçu pour offrir des croisières aux agents du WOOHP surmenés ! Les Spies acceptent l'offre de Jerry avec empressement. Mais, bizarrement, les ennuis se succèdent et la même journée recommence!!
Lorsque l'on commence à découvrir dans le monde entier des hommes dans un étrange état de catatonie, le WOOHP appelle les Spies à la rescousse. Après avoir enquêté, Sam, Clover et Alex se rendent compte que tous ces hommes ont un point commun : avant de devenir des zombies sans énergie, ils ont tous reçu des fleurs envoyées par la même boutique ! Coïncidence ? Sûrement pas.
Peu après la publication d'une liste des 4 personnes les plus riches du monde, ceux-ci se mettent à disparaître les uns après les autres, et tous de façon plus bizarre les uns que les autres. Jerry n'hésite pas et appelle les Spies à la rescousse pour surveiller la 5e personne la plus riche, même si Sam est plutôt contre l'idée de surveiller un personne trop matérielle.
Quand des adolescentes commencent à disparaître dans le monde entier (sans aucun signe qu'elles ont été enlevées), les Spies partent en chasse. Elles apprennent que les filles qui ont disparu ont toutes un point commun : elles étaient toutes pom-pom girls dans leurs lycées respectifs. Et Clover qui se prépare pour devenir la chef des pom-pom girls...
Alors que les Spies mènent l'enquête sur une étrange série d'attaques, elles découvrent que les victimes sont littéralement congelées, de façon aussi totale qu'inexplicable. En approfondissant leurs recherches, elles découvrent qu'un marchand de glaces malfaisant est à l'origine de ces attaques.
Une nouvelle ligne super branchée de cosmétiques débarque dans les boutiques les plus à la mode de New York, Paris et Beverly Hills. Cette ligne de produits de maquillage s'appelle "Humeurs de Beauté" et est censée donner à la femme qui les porte une attitude spécifique (heureuse, boudeuse, mystérieuse, étrange, surprise, etc.) Mais ces produits ont un effet secondaire stupéfiant : il déforme de façon permanente les traits du visage de la personne qui les porte.
C'est la veille du premier jour de l'automne et Sam, Clover et Alex sont au Groove, en train de faire du shopping pour renouveler leur garde-robe, lorsqu'elles rencontrent une mystérieuse vendeuse qui vend des bracelets trop cools, et trop chics ! Ravies d'avoir enfin trouvé un accessoire de mode que Mandy n'a pas déjà, les Spies les enfilent à leurs poignets avec enthousiasme - youpi, leur nouveau look de l'automne est parfait ! Mais le lendemain matin, au réveil, les Spies se sentent bizarres. Pendant ce temps, Jerry se fait enlever par les NULOS. Les spies ne sont plus spies . Les bracelets ont complètement enlevés leurs techniques d'attaques et leurs souvenirs de Spies. Du coup lorsque Jerry appelle pour qu'elles viennent à son secours. Les spies prennent peur et, comme par hasard, se font attaquer par les NULOS au SPA. Vont-elles enfin comprendre qu'elles sont espionnes?
Malgré qu'elles ne se rappellent plus être espionnes, elles partent à la rescousse de Jerry (avec quelques gadgets). Elles réussisent enfin à retrouver la mémoire en enlevant les bracelets et à libérer Jerry et arreter les NULOS qui ont pris le contrôle du WOOHP.
Jerry convoque les Spies au WOOHP et leur confie une mission urgente. Il s'avère qu'un malfaiteur recherché depuis très longtemps par le WOOHP - Kyle Katz, un adolescent expert en vols de bijoux ultra-mielleux et ultra-intelligent (mais aussi un criminel qui a réussi à échapper aux agents WOOHP pendant des années) - a recommencé à sévir. Bien qu'il n'ait aucune preuve formelle, Jerry est persuadé que Katz se prépare à commettre un nouveau cambriolage.
C'est le début de la nouvelle saison de foot et Alex est surexcitée en découvrant que le lycée de Beverly Hills vient d'engager un nouvel entraîneur (une femme) super cool. Le seul problème, c'est que Clover et Sam se sentent un peu délaissées par Alex, qui est accaparée par son entraînement. Plus tard, Jerry envoie les Spies en mission pour enquêter sur une série d'enlèvements qui semble avoir un étrange rapport avec le foot et l'entraineur d'Alex...
Lorsque les habitants d'une zone rurale isolée se mettent à disparaître de façon mystérieuse, Jerry envoie Sam, Clover et Alex mener l'enquête. Se faisant passer pour des ouvrières agricoles, les Spies finissent par découvrir qu'un agriculteur local a kidnappé des "carnivores" notoires et que, grâce à une technologie aussi nouvelle qu'étrange, il les transforme en fruits et en légumes, non seulement pour les punir- mais également pour promouvoir sa cause végétarienne radicale !
Les Spies sont survoltées en apprenant que leur groupe préféré, Alpha Centauris, est sur le point d'entrer dans l'histoire de la musique. Le groupe projette en effet d'être le premier à diffuser un concert en direct depuis la lune. Le seul problème, c'est que la date du concert approche et que le groupe a disparu.
Un jour que les spies rentrent de mission, leurs mères sont chez elles et vont découvrir leur secret. Les spies vont devoir arreter l'espionnage car leurs mères décident que l'espionnage est dangereux, ce que les spies ne comprennent pas . Ensuite les spies se font agressées par l'équipe de Mandy, qui se sont transformées en Spy-ssassines pour tuer les Spies ( à cause du sérum du fou que les Spies ont arrétées au début). Et c'est l'horreur, Mandy et ses copines enlèvent les mères des spies et n'on qu'un but en tete, les tuer .
Entre temps Jerry cherche des nouveaux espions et c'est la cata . Les spies que GLADIS ne veut plus faire rentrer au WOOHP, fabriquent elles-mêmes leur gadgets et partent sauver leurs meres à la montagne, ces dernières étant prisonnières dans une cabine de ski de Mandy. Les ayant sauvées, les mères leur pardonnent d'avoir recommencer l'espionnage et les félicitent. Mais, en chassant Mandy et ses copines, les Spies disparaissent sous une avalanche, autrement dit, plus de spies .
Le WOOHP, au courant que les Spies sont à la montagne (et pas pour visiter) a cherché toute la nuit mais en vain . Les spies ont disparues . Leurs mères n'y croient pas et décident de devenir des espionnes à mi-temps. Elles partent se battre contre Mandy et récupèrent enfin les spies que Mandy avait enlevée et transformée en Spy-ssassines (elles s'entretuaient!). Mandy, pendant ce temps libère le fou du début pour transformer tout le monde en Spy-ssassines! Mais les Spies les arrêtent et tout le monde, mère et filles, restent espionnes pour la vie!!
Aujourd'hui est le grand jour! Les Spies reçoivent leurs diplômes mais Jeft, un footballeur du lycée, emprisonne les élèves dans une reproduction du lycée dont on ne peut sortir, au beau milieu de nulle part. Vont-elles se sortir de cette situation pour sauver la cérémonie des diplômes?
Les Spies ont décidé d'aller dans une université où elles seront ensemble! Mais Sam découvre que sa chambre n'est pas la même que ses amies. Sa colocataire s'appelle Stacy et commence à hair Sam. Celle-ci, menant son enquête, découvre que les étudiants les plus intelligents se sont fait enlever. Clover et Alex passent à l'action lorsque Sam est victime à son tour.
Les Spies viennent de trouver un nouvel entraînement à l'université: le cours de l'espionnage. Dirigées par un soi-disant grand professionnel, les Spies participent au premier exercice (réalisé une expérience d'un célèbre agent secret. Totalement bidon car c'est le prétendu professeur qui a tout inventé). Quelque temps après, le directeur de l'université vient les accuser de vol: leur cours n'a jamais existé et le prétendu professeur leur a en fait fait voler un appareil capable d'agrandir les choses, dans le but de faire exploser la Terre!
Une mamie de 80 ans va être transférée dans un pénitencier de haute sécurité. Ce sont les Spies qui doivent l'amener. Mais la vieille dame a plus d'un tour dans son sac. Elle faisait partie auparavant d'un groupe de malfaiteurs à Londres, et elle souhaiterait le reconstituer même après 50 ans d'écart. Aurait-elle une idée derrière la tête?
Pendant que Clover entame une relation amoureuse avec Blayne, son nouveau petit ami, Sam et Alex découvrent que Blayne n'est autre qu'un espion apparemment chargé d'éliminer Clover. Celle-ci n'en croit pas ses yeux et l'affronte dans une bataille sans merci. Mais, ensuite, Clover découvre qu'il était agent secret au service du bien, mais une personne, encore inconnue, l'a contrôlé.
Clover, sans savoir comment ni pourquoi, est rejetée sans cesse par ses amies. En allant enquêter seule, elle découvre que Géraldine, déjà vue dans S.P.I et Super Spy, s'est échappée et a pris le contrôle du petit ami de Clover (voir Le petit ami de Clover). Clover va le sauver sur l'île du Pacifique, mais Sam et Alex découvrent que Géraldine a pris leur contrôle!
A Mali-U, Clover (mais aussi Mandy) s'inscrit au PEP, une confrérie d'étudiants menée par Muffy. Clover ne sait pas que Muffy est une voleuse et qu'elle contrôle les esprits des filles inscrites à la PEP grâce à un badge. Sam et Alex enquêtent sur le coup pour empêcher que Muffy n'orchestre le destruction de toutes les autres confréries d'étudiants...
Dans un zoo de Paris, les Spies découvrent que sept singes sont d'une fatigue inexplicable. Difficile à croire, mais cette fatigue est en fait liée à un club de gymnastes roumaines déclaré disparu à la veille d'une compétition. Alors qu'Alex croit avoir trouvé une branche de sa généalogie en France, Clover infiltre la compétition en représentant le pays fictif du Woohpstanza grâce à un justaucorps qui lui donne un très bon niveau d'athlète, mais l'entraîneuse roumaine la transforme elle aussi en femme-singe pour la manipuler. Sam et Alex vont alors devoir combattre des singes gymnastes!
A San Germiniani en Italie, Les Spies découvrent que deux frères ennemis se battent pour que leur restaurant ait tous les mérites. Ils se chamaillent sans cesse à coups de pâte à pizza, et veulent chacun régner sur le monde en ne vendant que leur pizza à eux. Sam, Clover et Alex sont agressées et décident de faire régner la paix, mais si elles réussissent à faire se réconcilier les deux hommes, ce n'est que pour causer plus de problèmes puisqu'ils s'allient tout en poursuivant le même but!
Toujours à Paris, les Spies doivent se débrouiller sans Jerry qui va faire de la tyrolienne. Par ailleurs, Sam rencontre Guillermo, le nettoyeur de piscine vu dans Coup de Foudre a Haut Risque. Mais Yves Mont-Bleu, un célèbre designer que Clover adore, souhaite se venger des critiques qui lui font des reproches sur ses collections de chaussures. Alors, grâce à des nouvelles chaussures hi-tech, il les enlève et les contrôle...
Britney, (voir épisodes Alex Démissionne et Révolte au WOOHP) une espionne du WOOHP, a été manipulée par son casque d'entraînement virtuel. 3 méchants (FoudPropr, Mainsd'Homme et la Dame Tornade) venus du cyber-espace contrôlent Britney. Les Spies réussisent à la libérer mais les 3 cyber résistent. Alors, les Spies les envoient dans le cyber-espace tous les trois. Par ailleurs, les filles apprennent que Britney va être transférée dans leur université. Mandy et son incroyable peste de cousine photographient les Spies en train de faire des actions contre la société (fermer la porte à un élève, salir les couloirs, renverser les poubelles) pour qu'elles partent de leur appartement et que Mandy et Mindy s'y installent. En réalité, c'est Mandy et Mindy qui ont fait ces actions et accusent Sam, Clover et Alex.
Une nouvelle gymnastique fait fureur au lycée de Beverly Hills . Il s'agit de la WOOHP-tonic . Même les Spies en sont dingues . Mais elles ne le seront pas longtemps : elles viennent d'apprendre que l'entrainement top secret du WOOHP vient d'être volé , et apparemment , les mouvements seraient les mêmes que la WOOHP-tonic . Bizarre ?
Monsieur Ailes, vu dans l'épisode Y a-t-il un maniaque dans l'avion ? - s'enfuit de prison et crée un nouveau bateau sous-marin. Il décide d'y inviter tous ses amis les stars et de les enfermer à tout jamais dans son luxueux bateau. Il veut aussi les garder avec lui et détruire la Terre avec tous les habitants en les engloutissant. Ainsi ce serait la fin du monde, mais les Spies vont tout arranger à l'aide de Britney, la nouvelle coéquipière de retour. Malheureusement, après que Alex est devenue son amie, Jerry informe les Spies que Britney doit partir au centre du WOOHP en Australie et qu'elle fera équipe avec Blayne, le petit ami de Clover qu'elle avait rencontré à Mali-U. Alors, pendant que Britney prépare ses affaires, Clover est plus qu'énervée.
Pour les fans des Totally Spies, cet épisode met en valeur un nouvel allié des Spies, Martin Mystère, héros d'une série produite elle-aussi par les studios MARATHON. Il fait son apparition spectaculaire au cours de cet épisode. Qu'est-ce qui peut bien pousser les pensionnaires de l'Hôtel Shee-Shee, luxueuse station de sports d'hiver, à s'enfuir précipitamment de leur lieu de vacances? Intrigué, Jerry envoie les Spies enquêter sur place, pour le plus grand plaisir de ces dernières, Clover en tête... Mais elles sont loin de se douter qu'un autre célèbre justicier, un certain Martin Mystère qu'elles semblent bien seules à ne pas connaître, va se mêler à leur enquête... Moyennement ravies à l'idée de devoir faire équipe avec un collaborateur aussi envahissant, elles vont devoir apprendre à supporter ses piques pour se mesurer au responsable de tous les évènements survenus à la station: un yéti, rien que ça!!
Au début de l'épisode, Sam reçoit un dossier de la part d'un agent secret. Très mystérieux mais cela n'empêche pas qu'elle aille en mission. Plusieurs restaurants de poissons, mais surtout de sushi, sont détruits mystérieusement. Sur place les Spies trouvent une dent grosse et pointue, un liquide bleu servant à du maquillage mais aussi un morceau de tentacule. Les Spies n'y croient pas et d'ailleurs la vérité est bien pire. Tout ça provient des sushis ou du moins de Sushi Bob, qui a créé une machine qui permet d'agrandir les petits sushis en géants. À la fin de l'épisode, lorsque le malfaiteur et ses sushis minables sont en prison, les Spies rentrent à leur appartement. Sam va se doucher et Alex et Clover écoutent les messages: Sam a manqué plusieurs cours. Bizarre, pas plus que ce qui va arriver: Sam ne se douchait pas, elle s'est, avec les yeux pleins de larmes, évadée de l'appartement! Elle a disparu.
On sait enfin pourquoi Sam a disparu. Tout ça fait partie de Jerry. Il a donner (discrètement) à Sam un dossier intitulé Opération Coopération Secrète sans en parler à Clover et Alex. Sam doit espionner Jaze Hans, un mime malfaisant maintenant libéré de prison (il était apparu dans l'épisode Mime-toi de tes affaires) Sam doit le surveiller et elle lui donne rendez-vous en se faisant passer pour une certaine madame Doigts de Fées, une nouvelle mime. Elle parle en direct avec lui et il lui dit de voler une puce électronique dans un laboratoire hi-tech. Alex et Clover, l'ayant suivi, la retrouvent ensuite dans Los Angeles avec la puce. Elles croient qu'elle l'a volée. Alors, pour le meilleur et le pire, Alex et Clover se battent contre Sam. Elles qui étaient ses amies, agissent malgré leurs sentiments: même si Sam doit aller en prison, elles resteront toujours les meilleurs amies du monde. Sam restera-t-elle en prison pour 5 ans? La mission réussira-t-elle?
Jazz Hans réalise un monde pour tous ceux qui aimes les mimes . Sam, se faisant passer pour madame Doigts de Fée (une mime de très grande popularité), s'incruste dans ce monde . Alex et Clover se chargent de trouver le plan de Jazz Hans . Celles-ci découvre que Jazz Hans transforme tous les fans de mimes... en mimes! Puis, Jazz Hans découvre la couverture de Sam et l'emprisonne dans une boite invisible, ainsi qu'Alex et Clover.
Alex est élue mascotte de la fac, et doit donc porter un costume ridicule de boîte de thon en conserve. Parallèlement, les sportifs-clé du campus sont blessés alors qu'une compétition se prépare face à une autre université. Les Spies découvrent que c'est la mascotte de l'autre université qui les a attaqués pour s'assurer de la victoire. Pour ce faire, il a doté son costume de gadgets liés à son personnage: il a des ailes pour voler, une arme qui lance des oeufs (!), des rayons laser...
Clover s'inscrit au groupe de théâtre de l'université. Après avoir fait une première scène, les spectateurs ont l'air de ne pas avoir apprécié la scène. Les Spies découvrent par la suite que le réalisateur hypnotise les étudiants n'ayant pas apprécié son spectacle. Alex se fait hypnotiser aussi. Le réalisateur a pour projet d'enfermer les hypnotisés dans un train et le faire tomber dans la mer tout en écrasant les Spies. Heureusement, celles-ci arrivent à faire sortir tout le monde et à arrêter le méchant.
Virgil, le gérant du Mali-café où travaille Alex, Sam et Clover, voit son rencard avec Alex tourner au désastre, alors que Sam et Clover entrent en compétition pour se faire élire employée du mois. Par hasard, le jeune homme découvre l'identité des Spies et se dit qu'Alex le trouve trop banal pour elle. Il récupère alors le sérum d'un vilain super-costaud que les Spies viennent de neutraliser (mais qui ne tarde pas à s'évader pour remettre ça)...
Clover tire toute la gloire d'une mission et prend la grosse tête. Sam et Alex, quant à elles, sont affectées à la section gadgets du WOOHP aux côtés de l'agent Dean (vu dans l'épisode Une promotion d'enfer en trois parties), et doivent affronter sans l'aide de Clover un robot gorille puis un vilain qui ne jure que par l'amidon.
Alex, Clover et Sam sont envoyées au Groove pour faire du shopping. Mais, surprise! Il n'y a absolument personne, sauf quelques vendeurs, assez spéciaux. Ce sont des robots! Ceux-ci les attaquent, et en voulant s'enfuir, les Spies découvrent qu'elles ne peuvent plus sortir du Groove!! Puis les robots se transforment en un immense robot. Après l'avoir neutralisée avec des crèmes idratantes, les files découvrent que ce n'était qu'un test de Jerry. La raison: le vrai robot est en train de terroriser la ville de Tokyo! Finalement, le vrai robot est facilement maitrisé de la même façon.
Noël approche et les étudiants de Mali-U s'offrent leurs cadeaux. Clover reçoit du charbon de la part de Mandy, tandis que celle-ci semble avoir triché pour que tout le monde lui offre des cadeaux. Par ailleurs, le père Noël frustré d'un centre commercial décide de confiner les gens chez eux, en provoquant une tempête de neige, grâce à un ballon-sonde météo, qui transforme l'eau minérale d'une grande marque en neige.
A l'université de Mali-u, Mandy et Mindy se sont lancées dans la défense de l'environnement . Sans le faire exprès, Alex fait tomber un papier de chewing-gum par terre . Elle est condamnée à rester dans une cellule toute seule . Le truc c'est que cette cellule est grandiose, aussi belle que son appartement qu'elle a quitté. Mais elle doit nettoyer le campus de font en combles, pas pour longtemps car Jerry a vite fait de la woohper : une agent d'entretien de Beverly Hills démoralisée (personne ne la remercie de son travail) décide de se venger et de créer un robot qui détruit tout à l'aide de ses fonctions : tornade de déchets, ouragans de boues, bazar de légumes en boite. Elle s'attaque au campus de Mali-U! A la fin, Sam et Clover (Alex est encore en train de nettoyer) arrêtent Mandy et Mindy pour avoir jeté un papier de chewing-gum par terre, elles aussi (tel est pris qui croyais prendre...)
Jerry, en vacances chez sa mère, devient de moins en moins efficace pour créer les gadgets. Il décide de prendre sa retraite et de confier le WOOHP à Mr. X et à ses droïdes. Les Spies sont donc, elles aussi "à la retraite". Tristes à l'idée de devoir démissionner, elles essaye de prouver qu'elles sont plus fortes que ces droïdes, sans réussite. Aussi, Mandy devient leur amie, assez étrange.En même temps, elles découvrent que les droïdes ne font pas leur travail, et que Beverly Hills est envahi des voleurs. En voulant prévenir Jerry, celui-ci se fait enlever.
Les Spies partent à la rescousse de Jerry enqueter dans sa maison. Mandy, les ayant retrouvées, se fait enlevée. En enquêtant dans la maison de la mère de Jerry, elles découvrent que les droïdes, contrôlés par Mr. X ont enprisonnés Britney, Blayne, Dean, Jerry et Mandy. Après les avoir libérés (Clover est surtout contente de voir Blayne), tous apprennent que Mr. X est... la mère de Jerry, au courant depuis toujours que Jerry est espion, l'étant elle-même!! Elle est devenue malfaisante après que, malencontreuseument, la machine de jerry (au début destinée à enlever le coté méchant de tout le monde) a ajouté au thé de sa maman un produit malfaisant. En étant prisonnier et compressé par les tentacules des droïdes, les espions découvrent que la machine de Jerry manquait juste d'énergie. Ils réussisent ainsi à arreter tous les méchants! Finalement, Jerry part définitivement à la retraite, ainsi que les spies, pour toujours .
Mandy découvre un nouveau réseau social entièrement dédié à elle : le Mandybook. Alors que ses statuts comptent 100 000 fans, tout va bientôt se retourner contre elle...
Des développeurs de jeux vidéos se mettent à disparaître un peu partout dans le monde.
Un étrange phénomène se manifeste aux 4 coins de la planète : les plus prestigieux mariages sont systématiquement sabotés ! Leur point commun : la boutique parisienne d'où proviennent la robe des mariées !
Lorsque le plus grand acteur de comédies romantiques de Hollywood, Rad Smitt, disparaît brutalement, Sam, Clover et Alex sont sous le choc ! En se rendant dans la luxueuse propriété de Rad, trouveront-elles les indices qu'elles sont venues y chercher ?
D'étranges cambriolages de banques sont perpétrés dans le monde entier sans aucune effraction ; le personnel a l'air totalemement envoûté ! Qui se cache derrière ce nouveau mode opératoire ?
Dans différents endroits du monde, on retrouve des personnes emprisonnées dans des blocs de glace... ce qui pousse Jerry à envoyer les filles enquêter...
Lorsque de célèbres designers d'intérieur disparaissent un peu partout dans le monde, Jerry met les filles sur l'enquête. Ce faisant, nos héroïnes découvrent que les endroits où travaillaient les designers avant de disparaître sont à présent truffés de déco ultra-kitsch...
Lorsque Jerry prévient les filles qu'une fois de plus, elles vont embarquer à bord du WOOHPtanic, Sam, Clover et Alex sont ravies, et imaginent pouvoir profiter des installations grand luxe du navire une fois que leur patron aura terminé la présentation de ses gadgets. Mais les choses tournent mal lorsque leur navire est soudain attaqué...
Alors que les filles sont occupées à appréhender un "scorpion" méchant et ridicule, Trent les surprend sans le vouloir et assiste à la scène...
Jerry apprend que plusieurs merveilles du monde subissent des phénomènes étranges : par exemple, le Grand Canyon et le Mont Everest se retrouvent "bétonnés"...
Partout dans le monde, les marées semblent se dérégler, et Jerry demande par conséquent aux filles de mener l'enquête...
Jerry souhaite que les totally spies utilisent le dirigeable du WOOHP pour convoyer trois méchants vers WHOOP Island (une île où sont enfermés les criminels)...
Une nature luxuriante mais agressive se met à envahir divers endroits de la planète, ce qui pousse Jerry à rappeler les filles parties en vacances afin qu'elles aillent voir ce qu'il en est...
Lorsqu'un présentateur d'émission pour enfants est enlevé en pleine émission, les filles sont envoyées sur le terrain. Lorsqu'elles retrouvent la personnalité en question, elles se rendent compte que quelqu'un veut l'obliger à exécuter une terrifiante cascade...
Le jour où Jerry informe Sam, Clover et Alex qu'elles ne travailleront désormais plus en équipe mais en solo, les filles sont sous le choc...
Sam, Alex et Clover obtiennent avec leurs camarades de classe un séjour offert au Château de Versailles. Mais une fois les Spies arrivées sur place, des évènements étranges se passent...
Avec la disparition de Trent, les évènements étranges semblent se confirmer lorsque Mandy commence à se comporter telle Marie-Antoinette..
Trois nouvelles venues à Los Angeles, Sam, Clover et Alex, se rencontrent en apparence fortuitement, alors qu'elles vont entrer dans le même lycée. Elles sont en fait suivies de près par une agence secrète, le WOOHP, qui va les recruter pour faire d'elles trois espionnes aguerries.
