Three years after settling on Nazca, Yui is killed in an accident. The old and the new generation are split more than ever about the future of Nazca and the quest to return to Terra, with the young Mu refusing to work on the ship. Meanwhile, Keith begins his journey to Silvester 7 to investigate the possible appearance of the Mu.
大地と共に生きる喜びが、地球への思いを薄れさせる中、ミュウたちの間に世代間の亀裂が広がっていく。世代の狭間で苦悩するジョミー。同じころキースは辺境に潜んでいた一人のミュウと出会う。
3년의 세월이 또다시 지났다. 토니 말고도 다른 아이들이 태어났고 나스카는 젊은 뮤들의 손길로 인해 점점 살기 좋은 별이 되어가고 있었다. 하지만 유이가 불의의 사고로 죽자 사람들은 동요한다. 젊은 뮤들은 점점 샹그릴라에서의 경비근무를 거부하고, 장로들은 그런 젊은 뮤들이 못마땅하게 생각하며 어서 테라로 돌아가야 된다고 주장한다. 이렇게 세대간의 갈등이 깊어지자 죠미는 고뇌하기 시작한다. 한편 키이스는 솔레이드 제13함대로 가서 그곳 함장인 그레이브와 재회한다. 그곳에서 우연히 뮤의 능력을 가진 군인을 한 명 발견하지만 죽이지 않고 자신의 옆에 있게 한다.
