극심한 환경오염으로 인해 황폐해진 30년 후의 미래 세계! 메카니멀 연구자 프로페서 C는 메카니멀들을 메카니멀 테러리스트인 데미안으로부터 보호하기 위해 30년 전의 과거로 보내려 한다. 그런데 메카니멀들과 함께 프로페서C의 아들 류와 연구소를 습격한 데미안까지 과거로 전송된다. 한편 친구들과 함께 영화를 보기로 한 찬은 영화관으로 가는 도중 수상한 빛을 보게 되는데…
치료를 받기 위해 트라이포스로 간 에반 대신 스핑크스가 찬의 곁을 지키고, 찬과 친구들은 류와 데미안에 대한 정보를 모으기로 한다. 한편, 류는 미래 세계를 멸망에 이를 정도로 몰아간 게 바로 찬과 그의 친구들이라는 데미안의 말을 듣고, 데미안과 함께 찬과 친구들의 메카니멀을 빼앗기로 한다. 그리고 얼마 후 데미안은 거리에서 메카니멀 소동을 일으키고 이소벨과 마주치게 되는데…
에반의 부상이 심각하다는 다비의 말에 찬은 류를 떠올리며 분노한다. 그 모습을 본 쿠루기는 류가 악당이고 데미안이 정의로운 것처럼 보이도록 말을 꾸며낸다. 그리고 얼마 후 피닉스와 알타가 찬에게 와서 류를 찾았다고 전한다. 그 무렵 류는 현재의 아름다운 자연에 감격하며 이를 파괴한 어른들을 향해 분노하는데…
야롱이 때문에 이소벨이 만들어준 컵케이크를 떨어뜨린 반다인! 찬은 자신의 컵케이크를 먹으라고 하지만 반다인은 이를 거절한다. 결국 두 사람은 윙라이온을 먼저 찾는 사람이 컵케이크를 먹기로 하고, 쿠루기가 보여준 윙라이온의 모습을 사진으로 찍은 후 윙라이온을 찾아 나선다. 그리고 얼마 후 반다인이 마침내 윙라이온을 찾아내는데…
류를 예전의 류로 돌려놓고 싶어하는 크라켄은 찬과 주희의 대화를 우연히 들은 후 주희를 쫓아가 도움을 청한다. 주희는 크라켄의 얘기를 듣고 류를 직접 찾아가고, 세계를 파괴하려는 사람은 다름 아닌 데미안이라는 사실을 알게 된다. 그리고 때마침 그 자리에 데미안이 나타나 크라켄을 강제로 테이밍하는데...
크라켄이 하이드론을 설득한 끝에 결국 하이드론은 찬의 동료가 되기로 결심한다. 그리고 찬과 친구들은 하이드론이 녹화해둔 뉴스 영상을 통해 진정한 악당은 데미안이란 사실을 알게 된다. 한편 데미안은 거리에서 다비와 다나를 발견해 뒤쫓던 중 두 사람이 트라이포스로 차원 이동하는 모습을 목격하는데...
주희는 집에서 혼자 지내는 나영과 친구가 되기 위해 선물을 갖고 나영을 찾아간다. 그리고 나영의 집에서 우연히 카이온의 그림을 발견한 주희는 카이온이 세상을 멸망시킬 수 있는 강한 힘을 가졌다고 하며, 카이온을 찬에게 맡기자고 나영을 설득한다. 하지만 나영은 주희가 카이온을 빼앗으려 한다고 오해해 주희의 얘기를 들으려 하지 않는데...
트라이포스에서는 프랭클린 박사가 점보 메카니멀들의 성능 개량을 끝낸 참이었다. 그런데 투스코가 다비와 다나가 트라이포스에서 강력한 메카니멀을 가지고 오려 한다는 사실을 알게 되고 이를 데미안에게 알린다. 데미안은 점보 메카니멀들을 빼앗기 위해 다비와 다나가 차원 이동 할 때를 노려 이들과 함께 트라이포스로 오게 되는데…
리안은 찬과 친구들에게 점보 메카니멀 3대를 데미안에게 빼앗겼다는 사실을 알린다. 찬과 친구들은 점보 메카니멀들과 어떻게 맞서 싸울지 걱정하고, 결국 그리핑크스를 내세워 그들을 상대하기로 한다. 한편 데미안은 류가 밤새 돌아오지 않자 찬의 편으로 돌아섰다고 생각하고, 미래에 있는 친구인 카밀라를 이 시대로 불러오는데...
찬은 그리핑크스를 빼앗겨 실의에 빠지지만, 배틀로 그리핑크스를 되찾아오면 된다는 미스터K의 말에 금세 용기를 되찾는다. 찬은 토너먼트 배틀로 가장 강한 메카니멀을 가려내 그리핑크스에 맞서기로 한다. 그리고 메카니멀들은 대진표에 따라 배틀을 펼치기 시작하는데…
찬과 친구들은 주희가 카이온에 대해 무언가 알고 있을 것이라 추측한다. 하지만 주희가 자꾸만 친구들을 피하자, 찬은 메카니멀들을 주희에게 보내 윙라이온이 데미안의 손에 넘어가버린 사실을 알린다. 사태의 심각성을 깨달은 주희는 서둘러 나영의 집으로 향하고, 찬과 친구들은 주희를 몰래 뒤쫓아 가는데…
데미안의 제안을 거절했던 이소벨은 데미안을 다시 찾아가 동료가 되겠다고 말한다. 잠시 후 다비와 다나가 데미안과 이소벨이 함께 있는 것을 발견하는데, 이소벨이 자신들을 외면하자 충격을 받고 찬에게 이 사실을 알린다. 찬은 이 소식을 듣고 이소벨을 찾아 나서기로 하는데…
류가 윙라이온을 구출한 순간 나타난 데미안과 카밀라! 데미안이 류의 기억이 돌아왔다는 것을 깨닫고 류에게서 윙라이온을 빼앗으려 하자, 류는 이소벨에게 윙라이온과 함께 도망치라고 말한다. 이소벨은 윙라이온을 데리고 서둘러 자리를 벗어나지만 미로와 같은 아지트 안을 정처없이 헤매게 되는데…
데미안을 떠난 류는 찬의 동료가 되고, 찬은 돌아갈 곳이 없는 류를 집으로 데려간다. 다음 날 찬과 친구들은 데미안이 카이온을 찾지 못하도록 교란시키기 위해 메카니멀들을 곳곳에 풀어 놓는다. 그 시각 데미안과 카밀라는 레이더에 메카니멀 반응이 사방에서 나타나자 당황하는데…
나영은 몸 상태가 급격히 나빠져 병원으로 이송된다. 한편, 류와 다비 남매는 나영을 만나기 위해 나영의 집을 방문하지만, 아무도 없자 집 앞에서 나영을 기다린다. 그리고 얼마 후 류는 찬으로부터 나영이 병원에 있다는 전화를 받고서 병원으로 향한다. 반면, 다비 남매는 데미안을 교란시키기 위해 집 앞에 있기로 하는데…
카밀라가 카이온을 가져갔다는 사실을 알게 된 찬과 친구들은 카밀라를 찾기 위해 병원 이곳저곳을 돌아다닌다. 그때 리안이 다비 남매에게 통신기로 연락해, 친구들에게 전해줄 것이 있으니 지구로 가겠다고 말한다. 한편, 윙라이온의 안전 장치를 해제한 데미안은 리안이 차원전송을 시도한 것을 감지하고 윙라이온의 능력을 시험해보려 하는데…
한때 데미안을 따르던 쿠루기는 자신도 이제 찬의 메카니멀로서 진심으로 친구들과 함께 하고 싶어 하지만, 찬 외에는 누구도 쿠루기를 믿어주지 않는다. 찬은 쿠루기가 자신이 데미안을 설득해보겠다고 나서자, 다음 날 쿠루기와 함께 데미안을 찾아간다. 그리고 쿠루기를 도구로 대하는 데미안의 모습에 찬은 분노하는데…
카이온은 찬에게, 윙라이온은 데미안에게 있는 상황에서 찬과 친구들은 앞으로의 계획에 대해 의논한다. 그때 이소벨은 데미안으로부터 문자를 받게 되고, 반다인은 그런 이소벨을 주시한다. 그리고 모두가 집으로 돌아간 후 이소벨이 카이온을 데리고 아지트를 나서자 반다인이 그 뒤를 몰래 쫓아가는데…
이소벨은 다비 남매와 리안에게 카이온을 맡기고 등교한다. 얼마 후 리안이 홀로 정찰을 나간 사이, 다비 남매는 카이온과 윙라이온을 만나게 하기 위해 카이온을 데리고 아지트 밖으로 나간다. 그 시각 카밀라가 미래에서 새로운 메카니멀인 가고토스를 데리고 돌아오는데…
데미안이 이소벨을 동료로 만들려 했던 사실에 분노하는 카밀라! 한편, 찬과 친구들은 거리를 돌아다니며 카밀라를 찾아 나서지만 카밀라의 행방은 여전히 묘연하다. 그러다 이들은 이소벨의 제안에 따라 데미안의 아지트로 향하고, 그곳에서 마침내 카밀라를 만나게 되는데…
데미안이 카밀라를 찾기 위해 미래로 간 사이 찬과 친구들은 휴식도 취할 겸 다 함께 소풍을 가기로 한다. 모두가 즐거운 시간을 보내고 있을 무렵, 미래에서는 카밀라가 데미안과 처음 만났던 장소에서 데미안을 기다린다. 그리고 잠시 후 데미안이 카밀라의 앞에 모습을 드러내는데…
다비와 다나는 리안의 비밀무기가 거의 완성됐다는 소식을 친구들에게 전하기 위해 지구로 온다. 하지만 카밀라 역시 투스코로부터 비밀무기의 존재를 듣고는 데미안에게 이 사실을 알린다. 얼마 후 데미안과 카밀라는 다비 남매를 미행하지만, 두 남매가 이를 눈치채면서 네 사람은 결국 배틀을 펼치게 되는데…
극심한 환경오염으로 인해 황폐해진 30년 후의 미래 세계. 그리고 메카니멀을 악용하려 하는 '데미안'과 그에 맞서 메카니멀을 지키려 하는 '류'. 두 소년은 우연히 나찬과 그의 친구들이 있는 30년 전의 과거 세계로 오게 되고, 류는 데미안의 음모로 인해 그와 한 편이 되어 나찬과 대결한다. 미래 테이머들에 맞서 메카니멀 배틀에 다시 뛰어들게 된 나찬과 친구들! 이들은 다시 시작된 운명적인 배틀을 통해 미래를 바꿀 수 있을 것인가? 메카니멀 배틀은 아직 끝나지 않았다!
데미안이 윙라이온과 카이온을 손에 넣게 되자 찬과 친구들은 리안이 개발중인 비밀무기에 희망을 걸기로 한다. 한편 데미안은 찬의 아지트를 알아내기 위해 윙라이온과 카이온을 위협하고, 카이온의 괴로워하는 모습에 윙라이온은 결국 아지트가 있는 곳을 실토한다. 그리고 얼마 후 데미안과 카밀라가 아지트를 급습하면서 테이머들은 마지막 결전을 벌이는데…
데미안은 메카니멀을 전멸시키기 위해 윙라이온을 타고 프랭클린 박사의 연구소로 향한다. 리안과 다비 남매는 비밀무기가 완성될 때까지 데미안에게 맞서 시간을 끌기로 하지만, 데미안 측의 강력한 공격에 속수무책으로 당한다. 그런데 바로 그때 이들 앞에 블루랜드의 근위대가 등장하는데…
마침내 비밀무기인 '메가에반'과 함께 나타난 찬과 친구들! 메카니멀들이 격전을 벌이는 사이 메가에반은 윙라이온에 맞서 싸운다. 그러나 윙라이온의 파워가 워낙 강력한 탓에 차원이 일그러지고, 급기야 현실 세계와 트라이포스가 소멸할지도 모르는 위기 상황이 발생하는데…
트라이포스의 작은 마을에 불가사의한 섬광이 발생하고 그 빛 속에서 정체불명의 메카니멀들이 나타난다. 곧이어 이들은 트라이포스와 지구를 연결하는 틈으로 뛰어드는데, 잠시 후 번개와 같은 빛 속에서 새로운 적인 '닥터 X'의 음산한 목소리와 함께 "메카니멀로 세계를 정복하라."라는 무시무시한 메시지가 울려퍼진다. 한편 데미안과의 격전이 끝난 이후 메카니멀들은 테이밍이 해제돼 자유로워지고, 찬과 친구들 역시 평화로운 일상을 보낸다. 그러던 어느 날, 찬은 메카니멀 레이더에 메카니멀 반응이 급격히 늘어나 있는 것을 발견하는데...
찬이 나로에게 패배하면서, 찬과 친구들은 테이머가 없는 메카니멀을 테이밍하는 것을 서두르고 적에 대한 정보를 모으기로 한다. 그리고 찬은 운찬으로부터 준이 전학생이라는 사실을 듣고, 준의 적개심 가득했던 표정을 떠올리며 그 역시 적일지도 모른다고 생각한다. 수업이 끝난 후 찬과 친구들은 메카니멀을 찾기 위해 흩어진다. 한편, 나로 3인조는 메카니멀을 모으라는 닥터X의 명령 하에 다시 지구로 온다. 그 중 로키는 뜨거운 것을 좋아하는 메카니멀 '고브'를 찾기 위해 돌아다니던 중 고브가 한 소년에게 용기를 불어 넣어주는 것을 목격하고 이에 동참하는데...
찬과 친구들은 각각의 메카니멀들이 선호하는 장소를 중심으로 메카니멀을 찾기로 한다. 이소벨은 킹죠스 무리가 해안가에 머물던 사실을 떠올리며 바다로 향한다. 그 무렵, 나로 3인조는 기계를 고장내는 것을 좋아하는 메카니멀 '트렘'을 테이밍한 후 바다에서 휴식을 취한다. 때마침 이소벨이 바다에서 킹죠스, 크로키, 옥타를 테이밍 한 후 나로 3인조와 마주친다. 이소벨은 킹죠스 3인방을 내세워 나로 3인조와 배틀을 펼치고, 배틀 도중 나로와 데이지의 대화를 통해 '닥터X'의 존재를 알게 되는데...
프랭클린 박사의 말에 따르면, 닥터X는 천재적인 과학자로서 한때 프랭클린 박사와 미스터K의 동료였다고 한다. 하지만 닥터X가 세계정복에 대한 야심을 품고 메카니멀을 이용해 계속해서 위험한 실험을 진행하자, 결국 동료들은 그를 이차원의 세계에 가둬버렸다. 프랭클린 박사는 이전에 윙라이온과 메가에반이 격돌하면서 발생한 차원의 비틀림을 통해 닥터X가 나로 3인조에게 명령을 내리는 것이리라 추측한다. 곧이어 프랭클린 박사는 찬과 친구들에게 막강한 힘을 지닌 '에반킹'과 '윙피닉스'에 대해 털어 놓는데...
준은 찬과 친구들에게 겁이 많고 내성적인 성격 탓에 친구조차 제대로 못 사귀는 스스로가 싫었다고 털어놓는다. 그러던 중 TV에서 찬이 데미안과 격전을 펼치는 모습을 우연히 보게 되면서, 찬처럼 테이머가 돼 자신이 미래를 바꾸겠다고 다짐한 것이다. 준은 모든 사정을 이야기 한 뒤 찬에게 사과를 하고 찬은 웃으며 준을 용서한다. 며칠 후 나로 3인조는 지구의 거리를 걷던 중 이동식 아이스크림 가게를 발견한다. 아이스크림이 맛있는 것에 비해 장사가 잘 되지 않는다고 주인이 하소연하자, 나로 3인조는 적극적으로 가게를 홍보하기 시작하는데...
나로 3인조에게 3연패를 당한 이후 찬과 친구들은 미래에 있는 데미안에게 도움을 청한다. 그 무렵 다비와 다나가 찬을 돕기 위해 지구로 차원 이동을 하고, 지구에 도착한 두 사람은 나로 3인조와 우연히 마주친다. 서로가 적이라는 사실을 모른 채 다섯 명의 테이머는 메카니멀을 테이밍 하기 위해 함께 유령의 집으로 향하는데…
카밀라가 데려온 메카니멀들은 프로페서C에 의해 파워 업 되고 테이머와의 관계도 해제되어 있어, 찬과 친구들은 서로 상의해 누가 누구의 테이머가 될지를 정한다. 그 무렵 나로 3인조는 메카니멀 '도라'를 찾아 다니고 나로는 마루 밑 어두컴컴한 곳에 숨어있던 도라를 테이밍한다. 잠시 후 나로 3인조는 거리 공연이 열리는 것을 우연히 발견하는데, 어째서인지 세 사람을 제외하고는 공연을 보는 관객이 전혀 보이지 않는다. 하지만 나로 3인조가 공연에 동참하면서 거리는 어느새 북새통을 이루기 시작한다. 도라는 나로가 진심으로 즐거워하는 모습을 보며 나로는 닥터X와는 다르다고 생각한다. 그런데 잠시 후 찬이 나로의 앞에 나타나 나로에게 배틀을 신청하는데...
찬은 나로와 제대로 이야기하기 위해 나로를 찾아 나선다. 한편, 준은 테이머로서 좀 더 성장하기 위해 다비와 다나에게 지도를 부탁한다. 준이 선생님이라고 부르며 자신들을 따르자, 다비 남매는 으쓱해하며 준을 제자로 받아들인다. 그리고 다비 남매는 산에 사는 메카니멀 '우르스'를 테이밍하기 위해 준을 데리고 산으로 향한다. 그러나 산에 도착하자마자 다비 남매는 꽃밭에 정신이 팔리고, 결국 준은 홀로 우르스를 찾아 나선다. 얼마 후 다비 남매가 있는 곳에 로키가 나타난다. 우르스를 무사히 테이밍하고 돌아온 준은 로키를 발견하고, 그가 데이지와 한패라는 사실을 떠올리며 배틀을 펼치려 하는데...
찬은 나로 3인조가 악당이 아니라고 확신하며 이들과 대화를 시도하려 한다. 이소벨과 반다인은 아직 그들을 믿을 수 없다고 말하면서도 우선 찬이 나로를 찾는 것을 돕기로 한다. 한편, 나로 3인조는 메카니멀 '볼카'를 테이밍하기 위해 화산을 찾아 나서던 중 우연히 찬 측과 마주친다. 로키가 배틀을 신청하자 찬은 이들과의 배틀을 망설이지만 결국 대결에 임하기로 마음먹는다. 각 테이머들은 메카드를 꺼내 배틀을 할 태세를 갖춘다. 그런데 갑자기 데이지가 자신은 돌아가겠다고 말하며 차원전송을 시도한다. 배틀 필드와 차원이동 필드가 동시에 발생하자 시공에 균열이 생기고, 데이지는 그 틈으로 빨려갈 위기에 처한다. 그 순간 이소벨이 데이지를 구하기 위해 손을 뻗지만, 결국 두 사람은 차원의 틈으로 함께 빨려 들어가는데...
찬과 이소벨은 나로 3인조에 대해 얘기를 나누던 중 아머피트로부터 새로운 사실을 듣게 된다. 신규 메카니멀들이 이차원의 세계를 탈출한 이유는 닥터X가 무서웠기 때문이라는 것이다. 찬은 나로 3인조가 닥터X에게 이용당하고 있다고 확신하며 그들을 설득시키기로 결심한다. 하지만 반다인은 찬의 의견에 반대하며, 우선은 메카니멀을 최대한 많이 테이밍하는 것에 집중해야 한다고 말한다. 반다인이 메카니멀을 찾기 위해 밖으로 나가자 찬 역시 반다인의 의견에 수긍하면서도 나로를 설득하기 위해 아지트를 벗어난다. 잠시 후 반다인은 길에서 로키와 마주치고 그와의 배틀에서 승리해 푸킨을 손에 넣는다. 그 무렵 준 역시 독꼬리를 되찾기 위해 데이지를 찾아가 배틀을 신청하지만, 어째서인지 데이지는 배틀을 하지도 않고 준에게 독꼬리를 순순히 돌려준다. 한편, 숲 속에서는 정체 불명의 테이머가 나타나 메카니멀 '버키'를 테이밍하는데...
찬은 정체 모를 테이머와의 배틀에서 패배해 모스톤을 빼앗긴 사실을 친구들에게 이야기한다. 수상한 테이머와 나로의 목적이 동일함에도 불구하고 찬은 계속해서 나로를 믿고 싶어하지만, 반다인은 메카니멀을 모으는데 집중하자고 한다. 한편, 트라이포스에서 나로는 배틀을 하지 않고도 메카니멀을 모을 수 있는 방법을 생각해낸다. 그리고 잠시 후 나로 3인조는 지구로 와 찬 측의 테이머들을 찾기 시작한다. 마침내 찬을 만난 나로는 찬에게 세계정복을 위해 동료가 되어달라고 제안하는데...
수상한 테이머는 자신이 닥터X의 부하이자 나로 3인조의 지휘관이라고 말하며, 나로 3인조에게 자신을 따르라고 명령한다. 세 사람은 강하게 반발하고 로키는 수상한 테이머와 배틀을 벌인다. 하지만 실력 차이로 인해 로키가 패배하면서 그는 더 강해지기 위해 수행을 결심하고는 자리를 떠난다. 위기를 직감한 데이지는 나로와 함께 서둘러 그곳을 벗어난다. 한편 준은 공원에서 다비 남매에게 다시 특훈을 요청한다. 그런데 그때 수상한 테이머가 이들 앞에 나타나 배틀을 신청한다. 공원에 있던 주희와 친구들은 찬이 있는 곳으로 가 이 소식을 알리고, 마침 배틀이 시작되려 할 때 찬과 친구들도 배틀 필드로 뛰어드는데...
찬이 나로에게 동료가 되자고 제안하고 나로가 대답하려는 찰나, 마리가 나로의 시공전송장치를 원격 조작하는 바람에 나로는 트라이포스로 오게 된다. 마리는 나로에게 자신의 명령을 따르라고 얘기한 뒤 사라지고, 닥터X를 만나 그로부터 반다인과 이소벨의 메카니멀을 빼앗으라는 명령을 받는다. 그 무렵 찬과 친구들 앞에 갑자기 로키가 나타나더니 이내 쓰러진다. 알고 보니 로키는 마리와의 배틀에서 패배한 뒤 굶어가면서까지 특훈에 돌입하다가 과로를 한 것이었다. 로키는 동료들에게 돌아가는 것을 거부한 채 찬 측과 함께 거리에 나선다. 바로 그때 이들 앞에 마리와 나로, 데이지가 나타난다. 마리는 반다인과 이소벨을 지목하며 배틀을 신청하고 두 사람은 그 제안을 흔쾌히 받아들인다. 그런데 이소벨을 지켜보던 데이지가 갑자기 자신도 배틀에 참여하겠다고 나서는데...
찬은 윙라이온의 힘을 받은 카이온을 내세워 마리의 볼카와 배틀을 벌이지만 대결은 무승부로 끝이 난다. 그리고 배틀 후 트라이포스로 돌아온 마리는 숨을 가쁘게 몰아쉬며 이상증세를 보이고, 이내 닥터X에게로 가 새로운 적이 등장했다고 알린다. 닥터X는 에너지를 극도로 소모한 마리를 보며 또 다른 계획을 세우기로 한다. 한편 로키는 '라이벌은 서로 거리를 유지해야 한다.'고 생각하며 홀로 길을 떠난다. 그러던 중 로키는 거리에서 아이스크림 가게 2호점을 우연히 발견하고 일손이 부족하다는 점주의 말에 아르바이트를 자청한다. 아이스크림 만들기에 한창이던 로키는 레이더에 메카니멀 반응이 나타난 것을 발견한다. 로키는 센뿔을 보내 찬과 친구들에게 이 소식을 알리고, 잠시 후 찬 측이 센뿔과 함께 로키가 있는 곳으로 향하는데..
찬과 친구들은 쿠루기로부터 마리가 이차원을 넘나든다는 사실을 듣고는, 그녀가 얼마 전 이상증세를 보인 이유가 그로 인한 에너지 소모 때문일 것이라고 추측한다. 다음 날, 찬과 친구들은 각자 흩어져 아라게를 찾아 나선다. 잠시 후 골목길에서 아라게를 발견한 찬은 아라게를 테이밍하기 위해 메카드를 꺼내지만, 아라게는 손님인 쥐를 태우고 이내 사라진다. 아라게는 찬에 이어 이소벨까지 따돌리고 난 뒤 공원에서 '치르매미'와 우연히 마주친다. 치르매미가 달콤한 것이 먹고 싶다고 말하자 아라게는 치르매미를 태우고 어디론가 향한다. 그 무렵, 데이지는 아이스크림 가게에서 로키로부터 받은 아이스크림을 들고 북서쪽을 향하고 있었다. 그러던 중 그녀는 우연히 마주친 반다인에게 아이스크림을 전한 뒤 자리를 떠난다. 그리고 바로 그때 반다인의 앞에 치르매미와 아라게가 나타나는데...
마리1의 상태가 심상치 않자, 닥터X는 마리2에게 아라게를 테이밍 해오라고 명령한다. 곧이어 마리2는 데이지와 지구로 향하고 운 좋게도 지구에 도착하자마자 아라게를 발견해 추적을 시작한다. 그 사이 제트는 나로를 찾기 위해 본체(터닝카)를 몰래 빠져나간 뒤 찬과 친구들의 아지트로 향한다. 하지만 찬의 무리 속에 나로가 보이지 않자, 제트는 우선 찬 측에게 마리 일행도 아라게를 추적 중이라는 사실을 알린다. 찬과 친구들은 제트의 말을 듣고 아라게를 찾기 위해 서둘러 밖으로 나선다. 그리고 얼마 후 반다인은 아라게를 찾던 중 아라게와 그 뒤를 쫓는 마리2를 발견하고 그들을 따라가는데...
찬과 친구들은 메카니멀 '마루'를 테이밍하기 위해 트라이포스에 있는 XX의 숲을 탐색한다. 때마침 마루가 찬 일행을 우연히 발견하고, 그들이 어떤 테이머인지 알아보기 위해 몰래 따라간다. 그러던 중 마루는 찬에게 반해 찬을 테이머로 삼기로 결심하고 잠시 후 그의 앞에 나타난다.하지만 찬이 아닌 로키가 자신을 테이밍하자 마루는 몹시 화를 내며 모습을 감춘다. 그런데 바로 그때 마리3이 나타나, 로키가 싫으면 자신의 메카니멀이 되라고 마루에게 제안하는데...
프랭클린 박사의 연구소에 도착한 찬과 친구들은 에반킹과 윙피닉스의 성능을 실험한 영상을 보게 된다. 이들은 두 메카니멀의 위력에 몹시 놀라며 반드시 닥터X를 저지하겠다고 마음을 다잡는다. 한편 닥터X는 마리에게 정체불명의 '그것'을 이용해 찬 측을 공격하라고 명령하는데…
찬은 친구들과 함께 켄타스콘에 맞서 싸우지만, 마리가 켄타스콘에게 에너지를 주입하면서 찬 측은 위기에 봉착한다. 바로 그때 바벨이 친구들을 위해 나서며 켄타스콘과 격전을 펼치는데…
마리 3호가 나타나자 찬은 또 다시 배틀에서 패배해 메카니멀을 빼앗길까봐 걱정한다. 바로 그때 나로가 친구들과 함께 나타나고, 찬은 나로와 한 팀이 돼 마리3의 켄타스콘에 맞서기로 한다. 하지만 찬 측의 연속 공격에도 불구하고 켄타스콘의 몸에는 상처 하나 남지 않는데…
찬과 친구들은 이소벨이 해독한 암호 문장의 의미를 알아내고자 서로 팀을 나눠 행동한다. 이 때 반다인은 적을 교란시키기 위해 나로와 로키의 레이더에 있던 발신기를 아라게에게 붙여 다른 메카니멀들과 이동시킨다. 때마침 마리 3호와 데이지가 지구에 나타나고, 반다인의 작전대로 두 사람은 아라게 무리를 나로와 로키로 착각하며 추적을 시작하는데…
찬 측은 '모든 것은 시작으로부터'라는 의미심장한 암호를 발견한 뒤 각자 흩어져 첫차, 아기, 숫자 '1' 등 시작과 관련된 요소들의 주위를 맴돌며 에반킹을 수색한다. 그 무렵 마리 1호와 2호는 찬 측의 아지트를 침입해 에반킹의 정보를 빼앗아 오기로 하는데…
마리 1호와 2호는 차고를 파괴해서라도 에반킹을 찾아가겠다고 으름장을 놓으며 찬 측에게 배틀을 신청한다. 그런데 찬과 나로가 배틀에 응하려는 찰나 다비 남매가 에반과 함께 차고에 나타나는데…
찬을 대신해 배틀에 나선 반다인과 로키는 예상외로 멋진 팀워크를 선보이며 마리 3호와 대적한다. 그러나 마리 3호가 켄타스콘의 어빌리티 3개를 모두 사용했는데도 불구하고 네 번째 어빌리티를 사용하자 찬 측은 몹시 당황하는데…
이차원에서 육체와 정신을 분리시킨 닥터X는 정신체의 모습으로 찬의 앞에 나타난다. 그리고 그는 마리 세 명의 기능을 모두 정지시킨 뒤 빛의 입자로 변해 켄타스콘의 몸으로 흡수되는데…
13회(세계를 지키고, 평화를 이루자!) 찬 측은 닥터X가 다시 돌아오기 전 에반킹을 기동시키기 위해 총 41대의 메카니멀들을 기동장치에 셋팅한다. 잠시 후 기동장치의 파워 충전이 완료되면서 메카니멀들의 응축된 파워는 광선이 돼 에반킹을 비추기 시작한다. 그러자 에반킹은 신비한 기운을 발산하며 로봇 형태로 거대하게 변신하는데…