트라이포스의 작은 마을에 불가사의한 섬광이 발생하고 그 빛 속에서 정체불명의 메카니멀들이 나타난다. 곧이어 이들은 트라이포스와 지구를 연결하는 틈으로 뛰어드는데, 잠시 후 번개와 같은 빛 속에서 새로운 적인 '닥터 X'의 음산한 목소리와 함께 "메카니멀로 세계를 정복하라."라는 무시무시한 메시지가 울려퍼진다. 한편 데미안과의 격전이 끝난 이후 메카니멀들은 테이밍이 해제돼 자유로워지고, 찬과 친구들 역시 평화로운 일상을 보낸다. 그러던 어느 날, 찬은 메카니멀 레이더에 메카니멀 반응이 급격히 늘어나 있는 것을 발견하는데...