事故で死んだはずのサラリーマンは、なんと赤ん坊として異世界へと転生する。そこで賢者・マーリンに拾われ、「シン」と名付けられる。賢者たちに育てられ、規格外の魔法を操れるようになったものの、なんと常識を教えられていなかった！森を出て買い物すらしたことのない15歳。そんな世間知らずのシンは、友人を得るため、そして常識を身につけるため高等魔法学院に入学することになる。
いよいよ迎えた入学試験日。会場には、アールスハイド王国の王子・オーグやシシリー、マリアの姿もあった。実技試験では相変わらず、桁違いの力で周囲を驚かすシン。他の受験生は身振り手振りとともに呪文を唱えるが、シンは無詠唱で魔法を発動させ、さらには大爆発を起こす始末。圧倒的な力の差により、なんと入試首席で入学することとなった。さてこれから、楽しい学園生活が幕を開ける――と思いきや、いきなり問題発生!?
護衛のため、シシリー、マリアと一緒に登校するシン。授業初日は、先生の案内のもとSクラスの皆で校内を見学することに。するとオーグから、研究会を立ち上げてはどうかと、提案を受ける。急な事態に戸惑うシンだが、そんなシンを差し置いて盛り上がるSクラス一同により、「究極魔法研究会」を作ることになった。一方、最近様子がおかしいカートは、中等生のころ怪しい先生の研究室に通っていたとか…。
数十年ぶりに現れた魔人を撃退したシンを新英雄と讃え、歓喜に満ち溢れる民衆たち。しかし、直接魔人と戦ったシンは違和感を抱いていた。まさか“人為的”に魔人化が行われているのではないか…。一方、学院では「究極魔法研究会」への入会希望者が押し寄せていた。そして、新たにマークとオリビアが仲間に加わることとなった。シンは武器の新調のため「ビーン工房」へと向かうが、その途中で眼帯の男と遭遇する…。
新しい武器を開発するため、ビーン工房へ向かうシンたち。しかし、どこか浮かない表情のシンは、先日のシュトロームとの戦いで起こった謎の爆発について考えていた。シンの魔法では爆発が起こるはずがなく、あれはシュトロームが目をくらますために行ったもの。つまり彼がまだ生きていることを意味していた。シンは再び事件が起こる前に、皆のレベルアップを図り、戦いに備えることにした。
アールスハイド王国との国境付近まで進軍したブルースフィア帝国軍。そこには、いるはずのない王国軍が待ち構えていた。部下から聞いていた情報と違い、怒り心頭に発するヘラルド皇帝。すると、帝都に大量の魔物が出現したとの一報が入り、急いで引き返す帝国軍。しかし、すでに街は変わり果てていた。獅子やオラウータンといった災害級の魔物に襲われ、あたりには血まみれの死体が散乱し、まさに地獄と化していた。
森の最深部で合同訓練を行うシン達の班は、騎士学院生と協力し熊の魔物討伐に成功。ようやく剣と魔法の連携の重要性が分かってきたようである。ある日、オーグから魔人の新しい情報を聴く。現在、魔人たちはブルースフィア帝国領内の町や村を襲撃し、さらには人々を魔人に変えているという。勢力を拡大し続けているシュトロームに対抗するため、究極魔法研究会のメンバーは強化合宿を行う。
クロードの街で合宿を行う究極魔法研究会。マーリンは魔力制御を、メリダは魔道具制作を指導し、２人の協力のおかげで着実にパワーアップしているメンバーたち。しかし、圧倒的な勢力の魔人を相手に戦うには、まだまだ力が足りない。シンも負けじと新魔法の練習を行う。皆が警戒する中、イメージを膨らませ魔法を放つが、またまたやらかしてしまうのであった。そしてオーグに後押しされ、遂にシンはシシリーに…！
ある朝、シンはシシリーに“大事なこと”を頼まれた。それは両親への交際の報告であった。緊張した面持ちでクロード邸へと向かい、挨拶をするシン。するとシシリーの母から、貴族の娘であるゆえ“その先”、つまり結婚を覚悟してもらいたいと告げられる。まだ付き合い始めたばかりのシンは、果たして何と答えるのだろうか…。一方、マーリンとメリダもシンから報告を受けると、何やら固い表情をしてある所へ向かった…。
平民たちまでも次々と魔人化させたシュトロームにより、ブルースフィア帝国はとうとう滅亡へと追い込まれてしまった。今まで貴族たちに虐げられてきた元・平民の魔人たちは、唐突に強大な力を得たことにより世界征服へと乗り出そうとする。しかし、帝国の殲滅という目的を果たしたシュトロームは、生きる意味を見失っていた。そして、自らの過去を語り始めるのであった…。ついに明らかになる、シュトローム魔人化の秘話…！
スイード王国に魔人が出現したとの一報が入り、浮遊魔法で空を飛び、急いで救援に向かうアルティメット・マジシャンズ。しかし、王国の城壁はすでに破壊され、敵は城内に侵入していた。子どもを抱いた母親をもてあそぶ魔人。シンはそれを見つけるとすぐさま駆け付け、ドロップキックをお見舞いするのであった。他のメンバーは、魔人との戦闘は未経験のため気を張り詰めていたが、彼らの力は圧倒的に強かった！！
魔人との戦いで傷を負った兵士たちに治癒魔法をかけるシシリー。負傷者の数が多く、疲労の色が浮かんでいた。その時、城門の辺りで大きな爆発が上がる。なんとミリアが加勢したのである。アリスとリンが全力で立ち向かうも、これまでの魔人とは桁違いの強さで苦戦を強いられる。そこに、バイブレーションソードを手にしたシンが駆け付け、激闘が始まるのであった！果たしてどちらが勝利するのか…！
