「二つの前世の記憶を持つ」灰村諸葉は、入学した亜鐘学園で嵐城サツキ・漆原静乃という二人の少女に出逢う。これが現世と前世を繋ぐ物語の始まりだった。
ストライカーズに入隊した諸葉と静乃。実力不足で思うようにいかず焦れるサツキだったが、休日に赴いたショッピングモールで初めてメタフィジカルと相まみえる。
世界にたった6人しかいないランクSのセイヴァー、エドワードが来日。一方、前世の記憶を語ろうとしない静乃と、それが気にかかる諸葉の周囲に不穏な影がさす。
家柄に縛られ己を抑制し続けてきた静乃。静乃を解き放とうと奮闘する諸葉の前にエドワードが立ちはだかる。今、諸葉のもう一つの前世が覚醒しようとしていた。
季節は夏。そして海！亜鐘学園のストライカーズは島で夏合宿を行うことに。張り切って水着を選ぶサツキと静乃。諸葉も春鹿や斎子たちとの交流を楽しむ。
諸葉たちは対“異端者”の実戦部隊、ストライカーズに入隊した。そんな折、突如新たな“異端者”が出現。味方の援護が来ないため、諸葉たちだけで戦うことになってしまう。
ある朝、登校した諸葉はロッカーの中に自分宛てのラブレターを発見する。送り主はロシアからの転校生、エレーナ・アルシャヴィナだった。
明かされたレーシャの正体。それはマンイーターと呼ばれる暗殺者だった。やがて刃を交わす諸葉とレーシャ。その時、諸葉の聖剣が覚醒を迎えようとしていた。
レーシャのため、ロシア支部に戦いを挑む決意をした諸葉。エドワードのバックアップのもと、アンジェラを伴ってロシアの地に降り立つ。
"雷帝"ヴァシリーサを追いロシアを駆ける諸葉は、ついに彼女の在処を突き止める。行く手を阻む刺客と1人戦い続ける諸葉の元に、仲間たちの思いが届く。
ロシアでの戦いを終えた諸葉たちは、一時の休息を過ごす。しかし平和な時間は長くは続かなかった。諸葉の不在を狙ったかのように、新たな敵が亜鐘学園に襲来する。
亜鐘学園を蹂躙する巨大なドラゴン。その圧倒的な力に決死の覚悟で対抗するストライカーズ。そしてついに帰還した諸葉。前世と現世を結ぶ宿命の戦いの火蓋は切られた。
