天書（てんしょ）と呼ばれる竹簡から現れたのは、木甲術で作られた人形・雲（ユン）であった。雲は天書から現れた剣を、伝説の剣・軒轅剣（けんえんけん）と呼ぶ。殷と寧は、雲によって新しい力を得るのであった。一方、皇帝・澄（チョウ）の一言で太白帝国の機関師になった釗（ショウ）は、機関獣の開発にたずさわる事になった。その頃、反抗軍に寝返った墨 衡（ボク・コウ）も、新兵器・黒火の鎧を作ろうとしていた。
殷と寧は、旅の途中で二人の青年・淵（エン）と參狼（サンロウ）に出会う。彼らは太白帝国に反旗をひるがえす反抗軍の一員であった。彼らは、姉妹にも反抗軍に加わるよう誘う。それは天書と軒轅剣を持つ者の天命だと言う。一方、太白帝国では、昇進した釗が機関獣の設計に没頭し、苦悩していた。そんな釗をねぎらう皇帝・澄は、気晴らしに外の世界を見せようと思い、釗に機関部隊の指揮権を与えて帝国中を旅させる。しかし――
殷と寧は旅の途中、太白帝国の輸送部隊と遭遇する。部隊の後を追って村を訪れると、そこは作物の豊かな農村であった。しかしその村では、太白帝国の役人が私腹を肥やし、重い年貢によって村人を苦しめていた。村人を助けて戦いたいと願う寧。そんな寧を心配する殷。そんな殷のもとに、不思議な女性が現れる。一方、その役人の屋敷に、機関獣の部隊を指揮した釗が訪れる。役人は釗を歓迎するが、不正が暴かれる事を警戒し――
殷と寧の姉妹に、反抗軍の一員である越之（えつし）と柔（じゅう）が合流した。寧は反抗軍に誘われて戦いに積極的だが、殷は妹の身を心配して反対する。そんな姉の気遣いに反発してしまう寧であった。一方、釗は皇帝・澄に悩みを打ち明ける。三年前の惨劇以来、釗は眠る事ができなくなっていた。そして、一度見たものは忘れる事ができなくなっていた。夜の間、惨劇の記憶に苦しむ釗。そんな釗に、澄は宮殿の秘密通路の案内を始める。
殷と寧たちは、新兵器を開発している墨 衡と合流するために、反抗軍の拠点を目指して旅を始める。一方、太白帝国では機関総帥・蒙 忌（もう き）が、独断で新型機関獣の増産を開始していた。釗は、まだ試作品だと増産に反対するが、蒙機関総帥は世界征服のために配備を急ぐと言う。それを聞いた皇帝・澄も、増産を命令するのだった。機関宮を部下にまかせた釗は、前回戦った法術を使う反乱分子を探して、機関遊撃隊で出撃する。
釗はより大きな力を求めはじめる。何でも手に入れられる力を。そして古代葵蠶(キサン) 文明の遺跡から見つかった無限の力・黒火の研究に没頭する。何も知らない皇帝・澄は、熱心な釗に関内侯(かんだいこう)への昇級を約束するのだった。一方、寧の身を案じている殷。そんな殷を気づかう淵たちは、皆と義兄弟の契りを交わそうと提案する。一つの家族となり、共に力を合わせて戦おうと。しかし義父の項 楚（こう そ）は快く思わなかった。
黒火の鎧の戦闘力に感銘を受けた反抗軍だったが、まだ鎧は未完成で問題があった。目覚めた殷は黒火の影響で、戦っていた時の記憶がなかったのだ。墨 衡は鎧を完成させるべく調整を始める。一方、太白帝国では蒙機関総帥が、突撃隊が全滅した責任で位を降級されていた。皇帝・澄と釗に怒りを向ける蒙機関総帥。その頃、釗は黒火の研究に没頭していた。釗が留守で寂しい寧は、女中の梨香（リコウ）に反発する。そこに謎の敵が現れる。
太白帝国との戦いに備えて、黒火の鎧を仕上げる墨 衡。殷も、完成した黒火の鎧を身につけて法術の練習をする。一方、太白帝国に捕らえられた寧と、反乱軍をかくまった罪で逮捕された釗は、皇帝・澄と対面する。互いの想いがすれ違い交錯する。そして、寧と釗は思いも寄らない処分を受ける。その頃、釗の失脚を望む蒙機関総帥は、皇帝の座を狙う龐（パン）夫人と接触していた。そして反乱軍の拠点に向けて討伐隊を差し向ける。
征天の主砲・黒火砲の試射を行う太白帝国。蒙機関総帥は、その成果に満足する。皇帝・澄も、釗の功績を称えて褒美を与える。しかし澄は、皇帝の職務とは言え、愛する釗を幼馴染みたちと戦わせる事に心を傷めていた。一人悩んでいた澄だが、龐夫人の娘・涓（ケン）と遭遇する。一方で、黒火砲の試射を聞いて、征天の存在に気付く墨 衡。反抗軍は、征天に対抗する策を検討する。殷は、寧と釗に再会するため、戦場へ赴く決意をする。
建造中の征天を破壊しようとする反抗軍と、それを撃退しようとする太白帝国との決戦が行われる。事件のすべてを理解した皇帝・澄は、罪の意識にさいなまれていた。釗は、澄への書簡を梨香に預けると、戦場からの避難を促す。龐夫人の失敗を知った蒙機関総帥は、自分の計画が明るみに出る前に作戦を実行に移す。そこは、互いの総力がぶつかり合う戦場。心を失って姉を憎む寧と、妹を救おうとする殷が出会う。そして刃が交わり――。