Noticing the appearance of the Ark Cradle (also known as the "Divine Temple") in the sky, Yusei, Jack and Crow go over to investigate, where they run into Team Ragnarok's members, Halldor, Broder and Dragan, who all possess a Rune Eye, similar to the Crimson Dragon marks. Halldor tells them about he got his Rune Eye and his Aesir, later recruiting Dragan and Broder, and uniting them with their powers. Dragan explains that three years ago, his father got hospitalized following a cave in. In order to pay for his hospital bills, Dragan had to follow Goodwin's orders and throw a match against Jack, along with his pride as a duelist. With both sides desiring to fight against Yliaster, the two teams decide to settle things in the semifinals.
Remarquant la nouvelle apparition de l'île dans le ciel, Yusei, Jack et Crow vont aller voir, mais ils se retrouvent face aux membres de l'Équipe Ragnarök - Harald, Brave et Dragan - qui possèdent chacun l’Œil de Rune (similaire aux marques de dragon). Harald leur dit qu'il a reçu l'Œil de Rune et son Seigneur des Ases parce qu'il était l'héritier d'un pouvoir venant des contrées nordiques. Plus tard, il recrute les autres héritiers Dragan et Brave afin de contrer la menace de leur temps : Yliaster. Dragan explique qu'il y a trois ans, son père s'est fait hospitalisé après un accident dans une grotte. Afin de payer son opération, Dragan devait suivre les ordres de Goodwin et provoquer un match contre Jack, mais en contre partie, il devait perdre, mettant ainsi sa fierté de duelliste à rude épreuve. Les deux équipes désirant battre Yliaster, ils décident de régler cela pendant la demi-finale.
チーム５Ｄ'ｓは、次の対戦相手チームラグナロクのメンバーと偶然出会う。
三極神を継承する者の証である「ルーンの瞳」をもつ彼らもまた、世界に危機が迫りつつあることを感じていた。
遊星たちはチーム・ニューワールドの企みを暴くため、ラグナロクの三人へ協力を呼びかけるが･･･。
そして神のカード"星界の三極神"に隠された物語とは？
