As Yusei Fudo ponders the state of New Domino City, Jack Atlas and Crow Hogan cheer him up with the idea of riding on their Duel Runners. As they ride, a mysterious Turbo Duelist called Paradox challenges Yusei to a duel. Yusei summons his Stardust Dragon but Paradox seals it inside a card and disappears with it. They later discover an article that says Paradox killed Pegasus with Stardust and other famous dragons. Compounding the situation, New Domino City is vanishing. As a result, the Crimson Dragon appears, giving Yusei's Duel Runner the ability to travel through time.
Nachdem Yusei Fudos Sternenstaubdrache von Paradox, einem mysteriösen Duellanten aus der Zukunft, gestohlen wurde, verfolgt er diesen in der Zeit zurück und trifft dort auf Jaden Yuki, der gerade von Paradox angegriffen wird. Daraufhin reist Paradox noch einmal in der Zeit zurück, um sein eigentliches Ziel zu erreichen und Pegasus zu töten. Um dies zu verhindern, folgen ihm die beiden Duellanten und treffen in Domino City auf Yugi Muto. Gemeinsam wollen sie nun Paradox aufhalten.
