| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S03E01 | 新たなる脅威 |
July 1, 2009
TV Tokyo
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| S03E02 | 進化の証 シンクロモンスター |
July 8, 2009
TV Tokyo
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| S03E03 | デュエルアカデミアの伝統！ アンティーク・ギアゴーレム |
July 15, 2009
TV Tokyo
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| S03E04 | 老人の記憶 くず鉄ファミリーデッキ |
July 22, 2009
TV Tokyo
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| S03E05 | 脅威！ローントークン地獄 |
July 29, 2009
TV Tokyo
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| S03E06 | 神隠しの森 スリーピービューティー |
August 5, 2009
TV Tokyo
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| S03E07 | 捕らわれた遊星 |
August 12, 2009
TV Tokyo
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| S03E08 | 風の中にあるもの |
August 19, 2009
TV Tokyo
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| S03E09 | シンクロ召喚を封じた先に･･･ |
August 26, 2009
TV Tokyo
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| S03E10 | さらなる進化！アクセルシンクロ |
September 2, 2009
TV Tokyo
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| S03E11 | 十六夜アキ アクセラレーション！ |
September 9, 2009
TV Tokyo
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| S03E12 | 誇り高き デーモン・カオス・キング |
September 16, 2009
TV Tokyo
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| S03E13 | 登場！スーパーエリート転校生 |
September 23, 2009
TV Tokyo
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| S03E14 | 甦る悪夢！機皇帝スキエル |
September 30, 2009
TV Tokyo
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| S03E15 | まだ見ぬ世界へ |
October 7, 2009
TV Tokyo
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| S03E16 | 謎のスーパーメカニック |
October 14, 2009
TV Tokyo
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| S03E17 | イェーガー捕獲作戦！ |
October 21, 2009
TV Tokyo
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| S03E18 | 不動遊星 敗北確率１００％！ |
October 28, 2009
TV Tokyo
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| S03E19 | 容疑者！？ジャック・アトラス |
November 4, 2009
TV Tokyo
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| S03E20 | もう一人のジャック |
November 11, 2009
TV Tokyo
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| S03E21 | ポッポタイムの古時計 |
November 18, 2009
TV Tokyo
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| S03E22 | クラッシュタウン |
November 25, 2009
TV Tokyo
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| S03E23 | 鬼柳救出！さまよえる決闘者の街 |
December 2, 2009
TV Tokyo
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| S03E24 | 勝利の先にある罠 |
December 9, 2009
TV Tokyo
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| S03E25 | ガトリング・オーガの恐怖 |
December 16, 2009
TV Tokyo
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| S03E26 | 死闘のライディングデュエル |
December 23, 2009
TV Tokyo
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| S03E27 | タッグデュエル 鬼柳・遊星VSロットン |
January 6, 2010
TV Tokyo
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| S03E28 |
サティスファクション
season finale
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January 13, 2010
TV Tokyo
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