ＵＴＳを訪れた新たな依頼人。しかし、その依頼人の正体は“ＭＩＫ”こと迷惑異星人監視機構所属のエージェント、蒼月(そうげつ)マナブだった！不法滞在迷惑異星人として投降を求められたユウディアスは、自らの自由を懸けてマナブとデュエルをすることに!
六葉町で次々と巻き起こる襲撃事件。ある者はカードを眺めているときに、また、ある者はイラストを描き上げたときに、そして、ＵＴＳの八木(やぎ)さんまでもが犯人の毒牙にかかってしまう。一見、なんの関連も無さそうな被害者たちの、意外な共通点とは…。
チュパ太郎(たろう)にそそのかされ、集積所へと連れてこられたユウディアス。持ち前の身体能力でチュパ太郎が仕掛ける罠を次々と突破するユウディアスだったが、ついに捕らえられて絶体絶命のピンチに陥ってしまう。一方、慌てた様子の遊飛も集積所に現れ…。
クリーニングに出した服がびしょ濡れだったことに怒り、店長に詰め寄る遊飛。だが、その店長こそ遊飛のアースダマーを奪った宇宙人、合羽井(かわい)テルだった！合羽井にデュエルを挑む遊飛！しかし、濡れたデュエルディスクが壊れて動かなくなってしまい…。
ズウィージョウの行方を追う遊飛たちだったが、気付けば今月の収入はゼロ…。ＵＴＳの評判を上げようと、子どもたちが恐れる都市伝説の真相を突き止めることに。都市伝説の一つ“３メートルさん”を探すユウディアスは、廃工場の中で不思議な椅子を発見する。
自分の未熟さを感じたユウディアスは、ラッシュデュエルの特訓をして欲しいと遊飛に申し込む。特訓メカと特訓ＣＤを駆使してユウディアスを鍛える遊飛。次々と問題を解いていくユウディアス。一見、順調そうに見えた特訓だったが、特訓メカが暴走しはじめ…。
ズウィージョウの居場所を知らないかとユウディアスに詰め寄るマナブ。どうやら先日起きたムツバケーブルテレビでの騒動にズウィージョウが関係しているらしい…。己の無力さを痛感し、自分を鍛え直したいというユウディアスに、マニャが提案する地獄の特訓とは!?
『ゴーハ・ユウナ』を見つけるために宇宙人居住区へとやって来た遊飛たち。捜索を始めるも『ジャージ・デビルズ』と名乗る三兄弟に行く手を阻まれてしまう。“デュエルパワー”という謎の力を懸け、ユウディアスと長男ジョウジ・ジャージのデュエルが始まる！
なんとか救い出したものの、変わり果てた姿になってしまったユウディアス…。あの手この手を使ってユウディアスを元に戻そうとする遊飛たちだったが、しまいにはユウディアスを見失ってしまう。再びユウディアスを探す一同は、公園で一枚のカードを発見する。
恐怖の大王率いるホッキョキュー星雲チームとの友好ラッシュデュエル第二戦。マニャに対するは宇宙恐竜ザ☆模型田(もけいだ)ムベンベ！模型への想いを早口でまくしたてるムベンベ。しかし、模型に全く興味のないマニャは、お掃除デッキでムベンベに対抗する！
氷漬けになっていたニャカヨシ星の人々を元に戻すことに成功し、歓喜する一同。しかし、喜びもつかの間、遊飛たちの前にズウィージョウの右腕を自称するディノワ・ベルギャーが現れる。ズウィージョウの居場所が知りたいみつ子は、ディノワにデュエルを挑む！
“ラッシュデュエルでベルギャー星団の闘いを終わらせる”。ユウディアスはその可能性を示そうと、デュッディ・デュッカス艦隊の司令官、デュッディ・ニーショウにデュエルを挑む！しかし、優柔不断なニーショウが悩み始めると、辺りに奇妙な空間が発生し…。
ベルギャー最高議会を占拠し、ラッシュデュエルでの武力闘争を宣言したズウィージョウ！遊飛たちのピンチに駆けつけたユウディアスはそんなズウィージョウに異を唱える。正しきベルギャードを見つけ出すため、ユウディアスがズウィージョウにデュエルを挑む！
『オペレーションＭＩＫ』迷惑異星人完全排除を目的としたこの計画は、宇宙人とその関係者を地下宇宙人居住区に追いやった。反旗を翻し、単身ゴーハ堂へと戻ってきたユウナは、社長室で待ち構えていたマナブにフェイザーの行方を聞き出そうとデュエルを挑む！
“ＭＩＫの最重要機密”を手にＵＴＳを訪れたものの、裏切り者として捕らえられてしまうマナブ。突然現れたズウィージョウには「お帰り」モードで接するＵＴＳメンバーに納得ができないマナブは、自分も認めてもらおうとズウィージョウにデュエルを仕掛ける！
ギャラクシーカップ中の六葉町に謎の仮面デュエリスト現る！スタディ総帥と名乗るそのデュエリストは、弱そうな相手を狙いポイントを荒稼ぎしているという。悪行を重ねるスタディ総帥の前に一人の男が立ち塞がる。その男の名は、“蒼月(そうげつ)マグト”！
デュエル家庭教師としてエポックにデッキ構築を教え、特訓で秘策を授るユウディアス。あとは実践あるのみ！ギャラクシーカップに参戦すべくエポックの対戦相手を探していると、ラッシュ・ブーターの光が遊飛を指し示す。エポックはじめてのラッシュデュエル！
遊歩たち特別チームは“人間をカード化するシステム”の解明を進めていた。チームメンバーのディノワは、フェイザーがイセキの秘密を隠していると疑いトレモロを問い詰める。兄を疑われたトレモロは逆にズウィージョウを疑い、ディノワにデュエルを仕掛ける！
突如六葉町に強襲してきた格安宇宙家具屋“セツリ”の代表、ザイオン！上城家に姿を現したザイオンは、お値段非情な見積もりで高性能歯車を作るようエポックに詰め寄る。脅迫に怯えるエポックを守るため、家庭教師のユウディアスがザイオンにデュエルを挑む！
何代も続いてきた宇宙家具屋『セツリ』。しかし、度重なる宇宙不況、外宇宙家具店の襲来。ザイオンが店長になってからはいつも火の車だった。ザイオンには夢があった。「めざせ！全宇宙８８８億店舗！」ユウディアスとのデュエルの果てに訪れた夢の結末とは。
ギャラクシーカップ決勝ステージ注目の初戦はみつ子vsズウィージョウ！ズウィージョウに冷たくされ怒りに燃えるみつ子だったがズウィージョウの猛攻の前に苦戦を強いられてしまう。反撃に転じようとしたみつ子は見知らぬ妖しいカードをドローしてしまい…。
熱いデュエルが続く決勝ステージ！アサカvs合羽井、ロヴィアンvsユウナ、遊歩vsニャンデスター、それぞれの想い、それぞれの誇りを懸けて三組が激突する中、不可思議な現象が発生する。存在しないはずのカードが、デュエリストたちの運命を狂わせていく。
決勝ステージ、ロヴィアンに挑んでいくユウナ。幼い頃からロヴィアンを慕ってきたユウナだったが、“アイツ”の存在が大きくなるにつれ、自分の気持ちに戸惑いを感じるようになっていた。ロヴィアンに全力でぶつかることで見出した“アタクシ”のロードとは。
決勝ステージの対戦カードが決まる迷路で、次に巡り会ったのはユウディアスとフェイザー！ユウディアスの前に立ちはだかるフェイザーだったが、その心にはある思惑を秘めていた。一方、イセキの元へ向かった遊飛たちは恐るべき計画の存在を目の当たりにする。
彼は、宇宙の果ての惑星に作り出され、その手で次々と同胞を増やし、巨大星団文明を誕生させた。やがて彼は、ラッシュデュエルに惹かれ、すべての物語を紡ぎ始めた。驚愕の事実が明らかとなる。第一号のカルトゥマータ、“クァイドゥール・ベルギャー”登場。
ギャラクシーカップ最後の闘い！遊飛とのデュエルに臨むユウディアスだったが、クァイドゥールと衝突し、その精神世界へと閉じ込められてしまう。クァイドゥールの心の奥底に封印されていた記憶とは…。哀しきベルギャー創造の物語に王道遊飛が終止符を打つ！
昼下がり、のんびりと公園を散歩するユウディアスたち。突然現れてメェ～グちゃんを返せと騒ぐチュパ太郎、フュージョンに喜ぶダマムー。ギャラクシーカップが終わり、六葉町は日常を取り戻していた。しかし、遊飛は一人、得も言われぬ違和感を感じていた…。
少しずつ、何かがおかしい。六葉町を覆う“クァイドゥール時空”の中では、自らの変化に気づかない限り、本当の姿には戻れないらしい…。異変を察知して皆に事情を伝える遊飛たちだったが、異変を認めないマナブに対して遊歩がデュエルで説得を試みることに！
“高級宇宙家具店セツリ！達成、全宇宙８８８億店！”ついに夢を叶えたザイオン。しかし、全ては仮想空間、クァイドゥール時空での出来事だった。真実を伝えるためにセツリを訪れた遊飛は、聞く耳を持たないザイオンを目覚めさせようとデュエルで勝負を挑む！
ムツバタワーで様子が変なアサカと合羽井を見つけた遊飛たちは、二人を説得しようとするも逆に捕まり手荒な“おもてなし”を受けてしまう。話を聞いてもらうため、アサカにデュエルを仕掛けるユウディアスだったが、アサカたちにも何やら思惑があるようで…。
“あたいディノワ！町一番のパン屋さん「ボイルド・ベーグル・レクイエム」の看板娘、なんだかんね！”ズウィージョウたちもまたクァイドゥール時空に捕らわれていた。次第に暴走の度合いを深めていくディノワをズウィージョウがラッシュデュエルで迎え撃つ！
“怪しい家”を発見したユウディアスたちは、そこで赤ちゃんをあやすユウナに遭遇する。ユウナの妄想に巻き込まれ、可愛らしい姿になってしまったユウディアスたち…。妄想から抜け出そうと、遊飛はユウナにデュエルを仕掛ける。「ラッチュデュエル、バブ！」
「ナイッシュ～～」突如、言葉を発するバスケットゴール！その正体は、みつ子の友人の３メートル星人、バスケゴール子姉さんこと籠たま子(かごたまこ)だった！様子の変なゴール子とみつ子を目覚めさせるため、遊歩とエポックが２ｏｎ２デュエルに挑戦する！
目覚めるとそこは見知らぬ教室だった。集められていたのは遊飛たちクァイドゥール時空の存在を理解できた３９人。そして、教室の外にはユウディアスとクァイドゥール、二人の姿が…。３９人の解放をかけて、ユウディアスとクァイドゥールのデュエルが始まる！
アンジュ、リーム、カレン、なぜか“フェイザー”ガールズと名乗りフェイザーに付き従うトレモロの秘書３人。クァイドゥール時空ではずっとこんな様子らしい…。秘書たちを奪われ、フェイザーにデュエルを挑むトレモロ。ＭＩＫ総帥の座を狙う炬燵の乱、勃発！
どうやら、クァイドゥールにはユウディアスをカードにできない特別な理由があるようだ。クァイドゥール時空の真実を理解できぬようユウディアスの意識に掛けられた強固なロックを外すため、“ユウディアスわからせ作戦”が発動される！どうするユウディアス。
クァイドゥールの手駒として再び“時空教室”に集められた遊飛たちだったが、クァイドゥール時空の真実を理解したユウディアスの力で、クァイドゥールの支配から脱出することに成功する。ユウディアスたち４０人が心を一つにしてクァイドゥールに立ち向かう！
クァイドゥール時空からの解放を懸けてぶつかり合うユウディアスとクァイドゥール！白熱するデュエルの最中、鮮やかな銀河の姿が二人の脳裏をよぎる。突如、異常をきたすクァイドゥールの身体！壮大な夢の行く先に待ち受ける、プロトベルギャーの運命とは…。
衝突する運命にあるふたつの銀河、天の川銀河とアンドロメダ銀河。壮絶な闘いを繰り広げる二人の戦士は、その胸にそれぞれの銀河を宿していた。デュエルの果てにふたつの銀河の融合を図るクァイドゥール！そして、決着の訪れとともに衝撃の真実が明かされる！
クァイドゥールが告げたベルギャー人の過酷な運命。悲劇的な未来を変えるため遊飛たちは奔走する。シャポー星人の秘密の集会があることを知った遊飛は、予言能力を持つカモスにユウディアスたちの未来を尋ねようと、シャポー星人に扮して集会に潜入するが…。
ベルギャー人を救うには遊我の知識が必要だと考え、マニャのコネを使い遊我を捜すことになった遊歩たち。映画の撮影でスタジオを訪れた遊歩たちは“スタァになるまでお別れだ”と勝手に姿を消したボチと出くわす。マニャ対ボチ、お仕置きデュエル、スタート！
歯車を吐き出したザイオンは家具を創り出す能力を失っていた。イセキ修理のためにその能力を復活させたい遊飛たちは、再び歯車を飲むことを拒否するザイオンにデュエルを仕掛ける。ザイオンが対戦相手として指名したのは、長年従属させられてきたザ☆ルーグ！
ベルギャー人の危機に対して自分がやるべき事を探そうとＵＴＳを訪れたロヴィアン。ＵＴＳ社員に混じり片づけをしていると、自身に宇宙ポエムを教えてくれた“プリンセス吟遊詩人”のギターを発見する。驚くロヴィアン。そして、そのギターの持ち主は何と…。
８８８万人の同胞たちは、自分たちが消滅の危機に瀕していることをユウディアスに悟られないようにしてほしいと田崎に頼む。田崎は同胞たちの願いを聞き入れアサカに協力を仰ぐが取り付く島もなく断られてしまう。諦めきれない田崎はアサカにデュエルを挑む！
遊我が現れるという自販機コーナーで待ち伏せをするユウナ。しかし、姿を現した遊我はマナブが仕掛けた捕獲装置に捕まってしまう。遊我に会いたい一心でユウナはマナブにデュエルを挑む。「アタクシが勝ったら、遊我に会わせなさい！」ユウナ対マナブ、再び！
イセキから発見されたロボ型記録装置の解析中に乱入してきたミューダとディノワ。ベルギャー人の運命を受け入れた様子の二人は、ロボを奪い、遊飛と遊歩にタッグデュエルを仕掛ける！死力を尽くすミューダとディノワだったが、消滅の時が二人に迫っていた…。
悲劇の訪れを前に、ズウィージョウは抑えきれない衝動と喜びを感じていた。この不可解な感情の正体を知ったとき、彼はユウディアスとのデュエルを望んだ。誰もこのラッシュデュエルを止められない。ズウィージョウ・ズィル・ベルギャー、最後の闘いが始まる。
本日宇宙人中学校は臨時休校。思いがけないお休みを使いみんなで遠足に出かけるユウディアスたち。思い出の場所を巡るうちにタウン誌で見つけた“超穴場テーマパーク”へとたどり着くが、ユウディアスはそこで目にした無気力なデュエルショーが我慢できず…。
クァイドゥールの残したロボ型記録装置には、“ベルギャー人復活カード”の情報が秘められていた。そのカードを完成させ、『ベルギャー人復活作戦』を実行しようとするアサカたちだったが、何者からかの妨害を受けてしまう。立ちはだかる者、その正体とは…。
遊我のゆずれないものと遊飛の背負うもの、二人の強い気持ちが月面上でぶつかり合う！白熱するデュエルの裏では、遊我の思惑を超えて『ベルギャー人復活作戦』が進行し続けていた。デュエル制御システムから閃光が放たられるとき、禁断のカードが発動される！
「私一人くらい味方になってあげたっていいじゃない！」この宇宙でただ一人、未来の子供達のために闘い、傷を負う遊我。そんな遊我に代わりデュエルディスクを手にした遊歩は、遊飛の意志を継ぐユウディアスと相対する。勝者なきデュエルが新たな波紋を描く！
バリベルギャーで再び宇宙へと旅立ったユウディアスたち！しかし、うず高く積み上げられた船内唯一の食料“カレーパン”が彼らを追い詰めていく。カレーパンに飽きた一同は新しい味を求めて超物質まぜまぜ機にカレーパンと宇宙ドラゴンの反物を投入するが…。
新たな同行者“バリベルギャーＣＰＴ”の不注意で鉱山惑星に不時着した一行。不時着の衝撃でトイレが使用不能に…。すると突然、遊飛の影からサビュアスと名乗る謎の侵入者が現れる。トイレの修理を阻むサビュアスとモジモジする遊飛がデュエルをすることに！
救援物資到着！しかし、届いたのはマナブとニャンデスターの二人だけ…。『カレーパン同じ味地獄』が続くバリベルギャー内は、たった一つのお菓子を巡って争いが起きるほど混乱を極めていた。エポック対マナブ、船を束ねる“キャプテン”はデュエルが決める！
ベルギャー人復活の手掛かりを求めてニャカヨシ星を訪れたユウディアスたち。遺跡の調査中、どこからか「ママぁー！」という声が…。影から現れニャンデスターをママと呼ぶダークメン、ブリュエア。ママ、じゃないというニャンデスターがデュエルで迎え撃つ！
ニャカヨシ星の地下に謎の空間を発見したユウディアスたちは、ニャカヨシ星に代々伝わる“秘密の部屋”を見つけようと、様々な部屋で様々な勝負に挑む。最後の部屋に出現したダークマター帝国の刺客ゼイエトは、デュエルの相手としてユウディアスを指名する！
