宇宙のかなたで『小惑星クマリア』が爆発。何故か地球上の『クマ（熊）』が一斉に決起し人類に襲いかかり、ヒトとクマの間には巨大な『断絶の壁』が築かれ互いに不可侵な状態となった。嵐が丘学園の生徒、椿輝紅羽（つばき くれは）と 泉乃純花（いずみの すみか）が、二人きりで花壇に咲いた百合の花を見ていた。二人は『友だち』であり【 恋人 】。見つめ合う二人。その時【クマ警報 】が鳴る。クマがヒトの世界に侵入し、ヒトが襲われたのだ。ヒトの世界に侵入した！そのクマは果たして…？
紅羽に近づこうと自宅にまで押しかけた銀子とるる。銀子は強く迫るが、銃を持った蜜子に邪魔されてしまう。紅羽を気遣う蜜子だが、それに嫉妬したのは百合川このみだった。彼女の邪心が燃えたそのとき、紅羽はまた謎の電話に呼び出された。クマと対峙して気を失う紅羽。そこに蜜子が忍び寄る。紅羽に執着する彼女の目的は？
クマから身を守るため、友達が大事だと説かれる女生徒たち。学園内では群れを重んじて、空気を読まないヒトを悪と見なす「排除の儀」が開かれた。議長・鬼山江梨子のもと、紅羽は排除されるべき者に選ばれてしまう。この結果にほくそ笑む蜜子。彼女は紅羽を呼び出し、おぞましい本性を露わにする。銃声と叫び声が屋上に響き渡った。
王国中の愛を弟のみるん王子に奪われた「るる姫」。彼女はみるんを憎んでいた。自分のために「約束のキス」を探し、蜂蜜の壺がそれだと言って渡すみるんを冷たくあしらう。そこに思わぬ悲劇が起こり、るる姫は虚しさに包まれた。深い後悔のなか、彼女は銀子に出会う。そして光をもらった。二人がヒトの世界へ旅立つまでの物語。
紅羽と友達になるため、強引に同居を迫る銀子とるる。好物を料理して振る舞うが、なかなか打ち解けてくれない。一方、学園では針島薫が紅羽を気遣う態度を見せていた。「透明な嵐」が壊した百合花壇を元に戻そうと提案する。紅羽の誕生日を花壇で祝いたい。それは純花の望みでもあったと語る。銀子とるるは、そんな針島を探るが…。
純花とのはじめての出会いで見せた紅羽の優しさ。透明な嵐から紅羽を守ろうとした純花の決意。スキを諦めなければ何かを失っても透明にならない。数々の思い出が紅羽によみがえるなか、学園では針島薫たちによる紅羽の誕生日会が始まろうとしていた。銀子も傷ついた体のままユリ花壇へとひた走る。紅羽に自分のスキを示すために。
澪愛の描いた絵本は、幼き紅羽と大スキなあの娘の物語だった。しかし紅羽には憶えがない。思いが晴れないでいたが、高熱で療養中の銀子が口ずさむ『スキの歌』にハッとする。銀子が大切な友達だったあの子…？ 一方、看病を続けていたるるは「罪グマへ」という宛名の手紙を見つけ、そこに書かれた銀子の罪に驚愕する。
『あの娘』とは銀子のことだったと知る紅羽。だがユリーカは、これまでの事件のすべての元凶は銀子であると紅羽に告げ、排除しろと言う。はたしてユリーカは何を企むのか？ ついに銀子と対峙した紅羽は問う。あなたは何者なの？ 激しい雷鳴の中、真実を告げられた紅羽は…。
スキとは、相手とひとつになること、相手を呑み込むこと。スキを失い、空っぽの箱のように生きてきたユリーカは、澪愛との間で果たせなかった思いを胸に、紅羽に迫る。たとえ破滅してもスキを叶えたい者たち。狂おしいスキの欲望は、正しいとは言えないが切実な思いだ。銀子のもとにも、スキの欲望を説く蜜子が現れる。銀子と紅羽のスキの行方は？
学園に潜むクマを炙り出そうと、大木蝶子が率いるクマタギ隊が秘密兵器を用意した。るるは身の危険を感じつつも、紅羽と銀子の仲を取り持とうと奔走する。クマがヒトの姿でいるための契約とは？ 蝶子とクマタギ隊の秘密兵器が、るると紅羽を追い詰める。私たち、友だちになれたよね？ るるの問いに紅羽は…。
囚えた紅羽を餌に、狂暴化した銀子をおびき出そうする蝶子。銀子は、蜜子の亡霊に導かれるままに、つぎつぎとヒトを襲い、紅羽に迫る。明かされる銀子の生い立ちと紅羽との出会い。二人を襲った悲しい過去。ふたりは運命を変えられるのか？ ようやく紅羽のもとにたどり着いた銀子が見たものは…。
蝶子は、捉えた銀子を排除するための儀式を始める。クマを庇う者は同罪であり、やはり排除すると言う。私はお前を食べるためにヒトの世界に来た、ヒトリカブトの銀子だ！ ヒトの敵だ！ 吠える銀子を見つめる紅羽。今、すべてがわかった。紅羽は決意を胸に空を仰ぐ。裁きの時が来たのだ。
