「戦争をする事は悪い事。しかし、一体悪いのは誰なのか。何なのか。」 その問いに自分の納得できる答えを探し続ける角松。 200X年6月南太平洋で行われる米軍艦隊との合同演習に参加するため、最新鋭イージス艦「みらい」は ハワイ沖に向けて横須賀を出港する。 艦上での訓練後、予報にはなかった突然の荒天に見舞われ落雷を受けた直後、目前に理解を超えた状況が展開する!?
菊池は夜空に浮かぶ月の変化に気がつき、自分たちが過去に出現した事を悟る。 「みらい」の周囲で急降下炎上するドーントレスや、レーダーに観測される現実に直面し、 艦長の梅津は艦内マイクで乗員に通達する。 「信じ難い事ではあるが、本艦は 1942年6月5日、ミッドウェー海戦域に突入したと思われる」 角松を始めとする「みらい」乗員たちは、目前に迫る本物の戦場を意識する。 しかし、そんな状況下、目前の海上に旧海軍の水上機を発見する！
「俺は自衛官だ。人命を救う事に迷いやためらいはない」 角松は海に飛び込み、墜落機に乗っていた海軍士官を救助する。 その海軍士官は少佐で名前は草加拓海。草加は桃井一尉の処置により「みらい」艦内で意識を取り戻す。 ミッドウェー海戦を避け、時空の歪みの入り口と思われるポイントまで戻る「みらい」。 乗員たちは、現代に戻れるかもしれないという一抹の期待を抱くが、結果は・・・ 困惑の中、角松は草加に伝える。 「俺達は・・・21世紀の日本から・・・やってきたんだ」。
クリス・エバンス率いる米海軍潜水艦は、エンジンを停止させている「みらい」に向けて魚雷を発射する。 「みらい」ソナー室では水測員が魚雷音を確認。急速エンジンを始動させ、回避行動を展開する。 向かってくる魚雷に恐怖した水雷長の米倉は、米海軍潜水艦に向けアスロックを発射する・・・
米潜水艦に応戦した「みらい」。一部始終を見届けた草加を、角松は資料室に案内した。原爆投下、無条件降伏……21世紀へと続く日本の歴史は草加に何をもたらしたのか。 明朝、横須賀入港の準備として、哨戒ヘリ「うみどり」が小笠原の偵察に向かった。高度を下げた「うみどり」の背後から現れた2機の日本海軍機。専守防衛を貫こうとする「うみどり」に、日の丸を掲げる戦闘機が容赦なく牙をむいた。
森二尉被弾ー。佐竹一尉からの悲痛な応射要請に苦悶する角松。日本同士で血を流さなければならないのか？森を見送る弔砲が響く艦上で専守防衛を説く角松に対し、隊員たちは異議を唱え始めた。 艦の目的が未だ明確にならないまま、燃料食料補給のため南方へ進路を取った「みらい」。艦はアナンバス諸島に停泊。角松は作戦を提唱した草加と共に、昭和17年のシンガポールに降り立つ。
角松と草加は、ジャングルの中を走るマレー鉄道に乗車する。角松が居眠りから目 を覚ますと、草加の姿がない。動揺する角松に、憲兵の取調べが迫る。 偽装書類を使っての作戦決行後、角松を連れ出しパーティに出かけた草加は、意外な人物に声をかけられる。それは、みらいの資料室で見た公式戦史上、シンガポールに存在するはずのない人物だった・・・
大量の物資を積み込んだ油槽船と、アナンバス沖に停留中の不審艦……。津田の推理は繋がった。「東進丸」乗員にすり代わっていた、津田以下29名の特務機関員に拘束された草加と角松。 「みらい」の存在を知った元部下に、太平洋戦争の結末を問われた草加は答えた。 「歴史は我々が変える」。激高する角松に、津田は「みらい」の強制拿捕を示唆。 追い詰められた角松は、津田に最後の切り札を提示した。
草加が提示した条件を飲み、津田を伴い「みらい」に帰艦した角松。 角松は陸で見たもの全てを梅津に伝えた。出会ったのは、史実の１ページではなく、過酷な時代を生き抜く人間たち・・・。すでに元の21世紀に繋がる歴史は消えた。 帰る場所も目的もなく漂い続けることに、隊員は限界を感じている。ならば・・・。 「みらい」はガダルカナル島を目指す。それはこの艦が初めて自ら選び取った進路だった。
この時代の人間が何を考えているのか知りたいと、東進丸に乗り込んだ小栗。 60年後から来たと告げると、河本兵曹長は本土空襲の可能性を尋ねてきた。 ヒロシマに家族がいる彼に小栗が返した言葉は……。この戦争の犠牲者をできるだけ減らしたい。 「みらい」が掲げた目標は、ガダルカナル攻防戦の阻止。 草加は、自分が山本五十六連合艦隊司令長官と面会し、日本軍の撤退を進言すると提案した。
佐竹が操縦する「うみどり」は草加を乗せ、戦艦「大和」に強引に着艦し、山本五十六と対面する。 そこで草加はガダルカナル攻略に対して山本に進言する。 一方角松は、尾栗、柳らとともにガダルカナル島北東、アウステン山中に上陸する。
ガ島のこの日の戦闘は、史実通りに進んでいった。米海兵隊の上陸。上陸支援中の米豪艦隊へ突入した三川艦隊の大勝。そして三川艦隊は、米輸送船団を攻撃せずに撤収した。「草加は何もしていないのか!?」。 このまま行けば、輸送船団の米海兵隊への補給が完了する。そうなれば、ガ島をめぐる日米泥沼の攻防戦は避けられない。角松たちは「みらい」としての作戦を実行する。 作戦名は「射手座」(オペレーション・サジタリウス)
ガダルカナル島に残る米海兵隊を、一人の血も流さず撤退させるため、「みらい」 は“神の矢（サジタリウス）”ハープーンを放ち警告を発した。だが同時刻、「大和」率いる攻撃部隊がガ島に接近。「上陸中の米第一海兵師団を殲滅せんとす」。角松らにガ島撤退を促す「大和」からの通信は、草加の裏切りを告げるものだった。撤退の意思はない！「みらい」経由で回答した角松に、草加は直接交信を取ってきた。
大日本帝国でも敗戦後の日本でもない新たなる国「ジパング」を作る。それが草加 の野望だった。“誇りある講和”のため米海兵隊を殲滅すると言う草加に、攻撃を中 止しないと「大和」に対艦ミサイルを撃ち込むと警告する角松。草加は、「あなたは 今、指揮官として冷静か？」と訊ね、その答えを聞くと突然通信を切った。米海兵 隊と角松たちのいるガ島に、「大和」の46センチ砲が放たれた……！
米海兵隊に向けられた「大和」の主砲弾を全て撃墜した「みらい」。 「大和」では、「みらい」の恫喝に屈するなと主張する参謀たちを前に、草加が作戦中止を進言。 山本五十六の回答は……!? 一方、ガ島にいる角松たちは日本軍を捜索中の米兵に 発見され、自らの命を守るため、やむなく米兵に向けて銃を撃つ。角松の眼前に突き つけられたナイフ。戦場で否応無く迫られる「生」と「死」の二択――。
史実では全滅したはずのガ島設営隊を救出。岬まで辿り着いたのは２千500名中185 名だった。救出作業を津田に任せて密林に入った角松は、設営隊の岡村少佐と遭遇。 彼は、未だ密林をさまよう隊員捜索のために自分は残るという。史実では、岡村は一 週間後に来るガ島奪還部隊と共に戦い、そして生き残る。だが今回の救出で歴史が変 わり、おそらく部隊は来ない……。角松からそれを聞いた岡村は!?
草加たちを収容するため連合艦隊の根拠地トラックに入港した「みらい」。梅津艦 長は山本長官と会見し今後の歴史を語る。 山本は、陸軍の徹底交戦派・辻政信からガ島上陸への協力を強要されており、早期講和のため梅津に「みらい」の指揮権移譲を 要請するが……。海軍の“謎の動き”を探るため山本と梅津の会見の場に近づく辻。 その背後に現われた草加は、辻の額に銃口を突きつけた――。
山本長官の反対もむなしく、ガ島奪還作戦は断行される。だが本来の歴史とは異なり、辻政信も一木支隊と共に出発した。上陸した角松は、偶然草加を発見。追跡し た 先には、今まさに離陸しようする陸軍機が……！ 発進する陸軍機に食らいつく角 松に、草加は“イシワラ”というメッセージを伝える。そして「みらい」は、梅津艦 長の決断により、この時代の横須賀へ帰港することに。
「みらい」の横須賀帰港。だがガ島決戦を控えた今、駆逐艦を護衛に割く事はでき ないと連合艦隊司令部は紛糾。そこへ滝少佐が潜水艦で自分も同行すると申し出た。 「みらい」を「災いをなすもの」と捉える滝の思惑は――。 日本に戻った草加は石原莞爾と面会し、現在の日米の力関係を根底から覆す情報を与える。その頃、米空母「ワスプ」にハットン中佐の第六爆撃飛行隊が召集されていた。
伊21号潜水艦とともに横須賀へ向かう「みらい」のレーダーが、未確認の機影を捉 えた。伊号に照会すると「日本軍機」との回答が。疑念を抱いた角松は、柳を伴い伊 号に乗り込んだ。「みらい」を沈める――それが滝の答えだった。伊号は急速潜行 し、残された「みらい」の眼前には米軍40機の大編隊が……！ 伊号にいる角松たちは 安全と判断した「みらい」は、海域離脱を選択。ところが突然伊号が再浮上を始めた ！
「みらい」を第六爆撃飛行隊が襲う。自動発射管制モードなら、全機を瞬時に撃墜することができる。だが菊池は、一部を叩き相手の戦意をくじく戦法を取り、主砲と短ＳＡＭ６基のみを発射した。 戦闘開始後１分で飛行隊は半数を喪失。だが、残りの部隊はなおも退かず、「みらい」上空には突撃するハットン機が……！ 艦の損傷、奪われた隊員の命……。第２次攻撃を準備する「ワスプ」に対し、菊池が下した決断は!?
「ワスプ」撃沈……それが菊池の苦汁の選択だった。味方ではない者は“敵”と見 なされる。それを認めなくては自分たちを守れない――。「みらい」は「ワスプ」に 向けトマホークを放った。伊号の潜望鏡から、海上で起こった事態を知った角松。空 へ放たれたトマホークと、損傷し煙を上げる「みらい」……。角松は菊池の胸中を思 う。菊池は、防衛大学卒業を目前にして一度は任官拒否を決めたのだった。
「みらい」からの警告を無視した「ワスプ」にトマホークが着弾し、１万５千トン の空母が30分で沈没した。伊号では、滝が「みらい」を雷撃すると宣言。圧倒的戦力 を持つ「みらい」と言えど、近距離から全門斉射を受ければ無事ではすまない……柳 の心配をよそに、角松はそれは不可能だと断言した。角松に「撃てない理由」を説明 するよう促された柳は、とっさにある答えを出す。その答えに伊号の島本艦長 は……!?
一木支隊第二悌団がガ島上陸を断念。岡村は、辻に“未来から来た男”に聞いたガ 島攻防戦の結末を語る。日本軍は大敗、将兵２万５千人が病気と飢えで死ぬ――自決 するという辻に岡村は!? 「みらい」による「ワスプ」撃沈は、双方の乗組員に衝撃 をもたらす。第六爆撃隊は壊滅し、親友の死に立ち会うハットン。「みらい」もまた「死者５名」という現実に直面。戦争の重さと向き合うことを覚悟した隊員 は……。
「みらい」横須賀入港に警戒する海軍。交渉に訪れた予備役海軍大将・米内光政 に、梅津は「みらい」生存権の確保を要請する。戦争による犠牲者を減らしたいと語る 梅津に対し、米内は言った。「貴艦にはこの横須賀のドックで朽ち果て鉄屑になって 欲しい」。その頃草加は、津田を横浜のホテルに招いていた。この半年間が、早期講 和への最後の機会になる――。理想の国「ジパング」への第一歩として、草加は日本 を発つ。
横須賀上陸の許可が降り、東京深川を訪れた角松。父・洋一郎の実家があるこの地 で会った指物師が、角松の祖父・洋吉だった。洋吉に洋一郎のことを尋ねると、３日 前に車に轢かれて死んだという。この世界は自分たちの日本に繋っていない……！ 歴史を変えているのは草加。彼を生かした責任は自分にある。角松は草加を追う。連 合艦隊指揮下に入らざるを得ない「みらい」に“最後の意志”を残して――。
