殺人請負会社の新人社員・斉藤は、殺し屋激戦区の博多に左遷されることに。時を同じく、刑事の自殺事件の調査を依頼された探偵の馬場は、刑事が遺した写真を受け取っていた。そこには黒い噂の絶えない現市長の姿が。 馬場はさっそく情報屋の榎田を訪ね……。その頃、闇組織に雇われている女装の殺し屋・林は、雇い主の張に噛みついていた。張は金が欲しいのならば、こいつを殺せと林に一枚の名刺を見せるのだが――。
林は馬場を殺しに探偵事務所に忍び込んだ――かと思いきや、雇い主の張への嫌がらせのため、暗殺対象となっている馬場を組織の殺し屋の手から守ってやるのだという。 一方、人違いで復讐屋のジローと相棒のミサキに拉致されていた斉藤は、誤解も晴れ解放され、博多の夜を満喫していた。泥酔した斉藤がホテルの一室で目覚めると、そこには見知らぬ女性の死体が転がっていて――。
殺人の罪をなすりつけられたことが分かった斉藤は、復讐屋のジローに真犯人への復讐を依頼する。その頃、故郷に残した妹がこの博多で何者かの手によって殺されたと知った林は、怒りも露わに単身で雇い主の張の許へ。 だが、張の雇った殺し屋に不意を突かれ、林は重傷を負ってしまう。林の危機に駆けつけた探偵の馬場は、妹を殺した犯人を見つける手助けを申し出るのだった。
情報屋の榎田の協力で、妹を殺した犯人は博多市長の息子・ユウスケだと判明する。次回の人身取引の情報を得た馬場と林は作戦をたてる。林は売られる商品に成りすまして現場に潜入し、犯人との接触を試みるのだった。 だが、作戦は敵に筒抜けで――。頼みの綱の馬場も無惨な姿で殺されてしまっていた。馬場を殺したのは、博多で“殺し屋殺し”の異名を持つにわか侍。林は一転して窮地に立たされてしまう。
博多は三大祭りのひとつ『山笠』の季節。生粋の博多っ子の馬場は、この晴れの舞台のために仕事を休むという。その頃、殺人請負会社のエース・猿渡は手応えのない仕事に嫌気がさしていた。ついには会社を辞め、殺し屋の激戦区・博多へと向かう。到着早々、猿渡は高校時代にバッテリーを組んでいた新田に声をかけられる。殺し屋コンサルタントをしている彼は、猿渡のプロデュースを買って出るのだが――。
強敵を渇望する猿渡に持ちかけられたのは、福岡一の殺し屋・にわか侍との対戦だった。さっそく馬場のもとに依頼の電話がかかってくるが、山笠に浮かれる馬場に代わり、にわか侍に扮した林が、猿渡との殺し合いに挑むことに――。 しかし、慣れない武器での戦いにに苦戦を強いられる林はどんどん追い詰められていく。一方その頃、林がにわか侍の仕事を受けたことを知った馬場は現場に駆けつけるのだが……。
情報は金の次に重い。不都合な真実を探るハッカーへの粛正が、サイバーテロ組織により進んでいた。そんな中、馬場探偵事務所に、人捜しの依頼が舞い込んでくる。８年前に姿を消した少年を捜して欲しい、と差し出された写真には、独特の髪型をした少年が写っていた。 どこか見覚えのある姿に、顔を見合わせる馬場と林。ちょうどその時、事務所に情報屋の榎田がやってきて――。
「ハッカー狩り」のターゲットとなり、博多の街を逃げ回る榎田。賞金に釣られた殺し屋たちから狙われ、徐々に追いつめられていく。さらに、唯一の武器であるパソコンも封じられ、絶体絶命のピンチに陥っていた。 そんな中、身を案じる馬場たちの元に、榎田からのメッセージが届けられる。それは馬場と林を巻き込んだ、サイバーテロ組織への決死のカウンターだった――。
殺伐とした流浪の生活から一転して、初めて出来た林の居場所。お人好しの馬場がいる探偵事務所、メンバーとして迎えられた野球チーム『博多豚骨ラーメンズ』。林は心地良さを覚えながらも、その日常が長くは続かないと朧気な不安を感じていた。 そして思い出す、幼い過去の記憶。殺し屋として訓練を受けた過酷な日々、そこで出会った最初の相棒のことを……。
馬場たちは福岡に残存する華九会の幹部を掃討することを決める。その頃、新田は日本進出を目論む組織と交渉を進めていた。猿渡を組織専属の殺し屋にするビジネスチャンス。新田に提示された採用条件は、華九会幹部の始末だった……。幹部を殺された華九会の進来は、大陸からやってきた腕利きの殺し屋を雇うことに。緋狼と名乗るその殺し屋は、報酬の他に人を捜して欲しいと頼むのだが――。
華九会に雇われた緋狼による、殺し屋への報復が始まっていた。最初のターゲットとなった猿渡は、善戦するが不意を突かれてしまう。その頃、馬場の許を去った林は、榎田のいるネットカフェに潜伏していた。そこで告げられる“林憲明殺人事件”。福岡市内の林と同名の男性が、立て続けに殺害されているという。 現場に残されたメッセージが自分に宛てられたものだと気付いた林は、過去と決別するために緋狼の許へと向かうのだった。
自らの過去と対峙するために、林は緋狼の許へ。だが林の説得の甲斐なく、緋狼に刃を向けられてしまう。戦うことへの迷いから、徐々に追いつめられる林。駆けつけた馬場もあえなく捕まってしまい……。檻に閉じ込められた二人に緋狼は「殺しあえよ。お前ら二人で……生き残った方の命は助けてやる」と告げる。 過去と同じ状況に直面した林は、“殺すのか殺されるのか”最悪の選択を迫られることに――!?
