After destroying G-Phaetus, Kyo and Shizuno race to stop the expanding Deutera Areas on Earth by destroying their orbital base while carrying the Maihama server and the resurrection system's data compressed the Altair. Kyo finally defeats Abyss while Shizuno, with help from Minato and the other crew members, stabilizes the system and eliminates the Deutera Areas. Humanity's resurrection and restoration of the world finally begins.
オレはもう潰れねえぇぇぇーっ！」キョウは絶叫し、ゼーガペイン・アルティールでガルズオルムの機動部隊を次々と撃破する。
超巨大デフテラ「サバト」を攻撃するオケアノス艦隊は苦戦を強いられ、撤退を余儀なくされた。ドヴァールカーのイゾラ司令は軌道基地「クラウド」を強襲するが、ガルズオルムの絶対防衛線はトガのゼーガペイン・アルティールを持ってしても破れない。
なおも侵食拡大する「サバト」はついにすべてのサーバーを呑み込んでしまう。
最終決断を迫られるイゾラ司令の前に、キョウのゼーガペイン・アルティールが現れる。最後の希望の光、ゼーガペインがガルズオルムのアンチゼーガに立ち向かう。
人類の未来と進化への野望をかけた最後の戦いが始まった。
