Nachdem Okabe von Suzuha erfahren hat, dass nur er den dritten Weltkrieg verhindern kann, kehrt er zurück zu den Ereignissen bei Professor Nakabachis Seminar.
Suzuha explains that her mission is to prevent Kurisu's death and enter a World Line known as 'Stein's Gate' so that World War III will never happen. With a small chance of saving Kurisu, Rintaro agrees to go with Suzuha to just before Kurisu's death. As Rintaro waits in the place where Kurisu's stabbing takes place, he sees Kurisu's father, the Professor Nakamachi he saw that day, attack Kurisu as he tries to steal her time travel theory. As Rintaro attempts to save Kurisu, he inadvertently stabs her himself, allowing Nakamachi to escape with her theory and bring it to Russia. Returning to the present, Rintaro falls into despair but Mayuri knocks some sense into him. Afterwards, Rintaro receives a video mail from his future self, telling him that the key to saving Kurisu without changing the events that led him to create a time machine is to fool his other self into believing Kurisu had died.
Okabe retourne dans le passé avec Suzuha juste avant la mort de Kurisu pour assister à la course à l'armement annonçant la Troisième Guerre mondiale.
Okabe e Suzuha tornano indietro nel tempo prima della morte di Kurisu e assistono alla corsa agli armamenti e alla scintilla che ha scatenato la Terza guerra mondiale.
ラジ館の屋上に現れた鈴羽によると、この世界線の未来では、第3次世界大戦が勃発し、多くの人々が犠牲になるという。それを回避するためには、2010年7月28日に死んだ牧瀬紅莉栖の命を救い、アトラクタフィールドの干渉を受けない唯一の世界線“シュタインズゲート”を目指さなければならない。岡部は鈴羽に協力することを決め、タイムマシンで2010年7月28日のラジ館へ跳んだ。
2036년에서 온 스즈하는 크리스를 살려야 제 3차 세계대전을 막을 수 있다면서 오카베에게 도움을 요청한다.
한참을 고민하던 오카베는 결국 스즈하와 함께 크리스가 죽은 7월 28일로 돌아가지만...
오히려 자기 손으로 크리스를 죽이게 되고, 절망과 실의에 휩싸여 돌아오게 된다.
En el techo del edificio donde Kurisu fue asesinada, Suzuha explica que su misión es evitar la muerte de Kurisu y entrar en la linea del mundo conocida como Steins Gate, en la que la Tercera Guerra Mundial nunca ocurre. A regañadientes, Okabe viaja al pasado con Suzuha hasta justo antes de la muerte de Kurisu. Presenciando los sucesos acontecer como lo hicieron, Okabe se tropieza con Kurisu (lo que explica por qué ella dijo haber hablado con el 15 minutos antes de su primer encuentro) y luego se esconde en la habitación donde ella será apuñalada. Allí, Kurisu se reúne con su padre, quien resulta ser el Doctor Nakabachi.
回归到β世界线的冈部等人又遇到了乘坐时光机器而来的铃羽，为了避免第三次世界大战他们就必须拯救红莉栖，而经历了无数次时间跳跃的冈部却心存疑虑。真由理的鼓励让冈部下定了决心，与铃羽一起回到红莉栖遇害当天的他竟然在混乱中误杀了红莉栖，就在他面临崩溃的时候收到了来自15年后的自己发来的视频信息。
Сузуха объясняет, что ее миссия состоит в том, чтобы предотвратить смерть Курису и войти в мировую линию, известную как «Врата Штейна», чтобы Третьей мировой войны никогда не было. Имея небольшой шанс спасти Курису, Ринтаро соглашается отправиться с Сузухой незадолго до ее смерти. Пока Ринтаро ждет в том месте, где убьют Курису, он видит, как отец Курису, профессор Накамачи, которого он видел в тот день, нападает на Курису, когда он пытается украсть ее теорию путешествий во времени. Когда Ринтаро пытается спасти Курису, то сам непреднамеренно наносит ей удар, позволяя Накамачи сбежать со своей теорией и принести ее в Россию. Вернувшись в настоящее, он впадает в отчаяние, но Маюри вселяет в него здравый смысл. После этого Ринтаро получает видеописьмо от своего будущего «я», в котором говорится, что ключ к спасению Курису без изменения событий, которые привели его к созданию машины времени, заключается в том, чтобы обмануть свое второе «я», заставив его поверить в то, что Курису умерла.
