警察庁から捜査権を与えられ、遺骨盗難事件を追っていた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、わずかな手掛かりから犯人が学校関係者ではないかと推理。鉄道マニアの米沢（六角精児）に協力を要請し、“13”を名乗る犯人グループがたどったルートの解析に掛かる。同じ頃、尊（及川光博）と美彌子（仲間由紀恵）は、密かに初会合を設け、それぞれの思惑を交錯させていた。そんな中、遺骨が盗まれた元官房室長・小野田公顕（岸部一徳）の小野田家をはじめとする被害者宅に、二通目のメッセージが届く。そこには“身代金”に関する指示が書かれていたが、受け渡しの方法と金額は予想外のもので…!? そして、被害者13家族の中の2家族が、断固としてそれを拒否。その内の一軒、真野家を訪れた右京は、応対に出た中学生の息子・正義（柴崎楓雅）に引っ掛かるものを感じる。正義はつい先日、奈良に遺跡巡りの旅に出たというが、引率した葛葉宰三 （渡辺いっけい）という私塾の塾長も、一癖ある人物で…!? 新たに届いた“脅迫状”をきっかけに 前代未聞の遺骨盗難事件はますます昏迷… 尊、米沢、美彌子らの思惑が交錯する中、 特命係が驚くべき結末をたぐり寄せる！